data_8VWJ # _entry.id 8VWJ # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.398 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8VWJ pdb_00008vwj 10.2210/pdb8vwj/pdb WWPDB D_1000279972 ? ? EMDB EMD-43589 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-11-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8VWJ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-02-01 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 2, localised reconstruction)' EMD-43589 'associated EM volume' EMDB 'The base complex of the baculovirus nucleocapsid (Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus)' EMD-43587 'consensus EM volume' EMDB 'The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 1, localised reconstruction)' EMD-43588 'other EM volume' PDB 'The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 1, localised reconstruction)' 8VWI unspecified EMDB 'The cap complex of the baculovirus nucleocapsid (Autographa californica mul- tiple nucleopolyhedrovirus)' EMD-43590 'other EM volume' EMDB 'The cap of the AcMNVP baculovirus nucleocapsid (localised 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_citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'The baculovirus structure defines the hallmarks of a new viral realm' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Johnstone, B.A.' 1 0000-0003-3313-5553 primary 'Hardy, J.M.' 2 ? primary 'Ha, J.' 3 ? primary 'Butkovic, A.' 4 ? primary 'Koszalka, P.' 5 ? primary 'Accurso, C.' 6 ? primary 'Venugopal, H.' 7 ? primary 'de Marco, A.' 8 ? primary 'Krupovic, M.' 9 ? primary 'Coulibaly, F.' 10 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Major capsid protein' 38991.109 12 ? ? ? ? 2 polymer man 'Capsid-associated protein VP80' 79974.469 6 ? ? ? ? 3 polymer man 'Occlusion-derived virus envelope protein E27' 33568.152 6 ? ? ? ? 4 polymer man 'Protein C42' 41583.594 6 ? ? ? ? 5 polymer man 'Protein AC109' 44851.441 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Protein AC142' 55480.898 2 ? ? ? ? 7 polymer man '38K (AC98)' 38070.500 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 12 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 ODV-E27 4 C42,P40 7 ORF2 # loop_ _entity_poly.entity_id 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NCNVRIAKTFGASKRKNTTRSDDYESNKQPNYDMDLSDFSITEVEATQYLTLLLTVEHAYLHYYIFKNYGVFEYCKSLTD HSLFTNKLRSTMSTKTSNLLLSKFKFTIEDFDKINSNSVTSGFNIYNFNK ; J,M,Q,S,e,h ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSAIALYLEINKLRLKIDEPMQLAIWPQLFPLLCDEHQSVQLNTDVLINFMMHVARKSQNTILNNNAAIASQYAAGNADV VAAPASAQPTPRPVINLFARANAAAPAQPSEELINMRRYRNAARKLIHHYSLNSTSSTEYKISDVVMTMIFLLRSEKYHS LFKLLETTFDDYTCRPQMTQVQTDTLLDAVRSLLEMPSTTIDLTTVDIMRSSFARCFNSPIMRYAKIVLLQNVALQRDKR TTLEELLIERGEKIQMLQPQQYINSGTEIPFCDDAEFLNRLLKHIDPYPLSRMYYNAANTMFYTTMENYAVSNCKFNIED YNNIFKVMENIRKHSNKNSNDQDELNIYLGVQSSNAKRKKY ; ;MSAIALYLEINKLRLKIDEPMQLAIWPQLFPLLCDEHQSVQLNTDVLINFMMHVARKSQNTILNNNAAIASQYAAGNADV VAAPASAQPTPRPVINLFARANAAAPAQPSEELINMRRYRNAARKLIHHYSLNSTSSTEYKISDVVMTMIFLLRSEKYHS LFKLLETTFDDYTCRPQMTQVQTDTLLDAVRSLLEMPSTTIDLTTVDIMRSSFARCFNSPIMRYAKIVLLQNVALQRDKR TTLEELLIERGEKIQMLQPQQYINSGTEIPFCDDAEFLNRLLKHIDPYPLSRMYYNAANTMFYTTMENYAVSNCKFNIED YNNIFKVMENIRKHSNKNSNDQDELNIYLGVQSSNAKRKKY ; K,L,R,T,f,g ? 5 'polypeptide(L)' no no 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B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 3 ? N N N 5 ? O N N 6 ? P N N 7 ? Q N N 3 ? R N N 4 ? S N N 3 ? T N N 4 ? U N N 1 ? V N N 1 ? W N N 1 ? X N N 1 ? Y N N 1 ? Z N N 1 ? AA N N 2 ? BA N N 2 ? CA N N 2 ? DA N N 3 ? EA N N 4 ? FA N N 4 ? GA N N 3 ? HA N N 5 ? IA N N 6 ? JA N N 7 ? KA N N 8 ? LA N N 8 ? MA N N 8 ? NA N N 8 ? OA N N 8 ? PA N N 8 ? QA N N 8 ? RA N N 8 ? SA N N 8 ? TA N N 8 ? UA N N 8 ? VA N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MCP_NPVAC P17499 ? 1 ;MALVPVGMAPRQMRVNRCIFASIVSFDACITYKSPCSPDAYHDDGWFICNNHLIKRFKMSKMVLPIFDEDDNQFKMTIAR HLVGNKERGIKRILIPSATNYQDVFNLNSMMQAEQLIFHLIYNNENAVNTICDNLKYTEGFTSNTQRVIHSVYATTKSIL DTTNPNTFCSRVSRDELRFFDVTNARALRGGAGDQLFNNYSGFLQNLIRRAVAPEYLQIDTEELRFRNCATCIIDETGLV ASVPDGPELYNPIRSSDIMRSQPNRLQIRNVLKFEGDTRELDRTLSGYEEYPTYVPLFLGYQIINSENNFLRNDFIPRAN PNATLGGGAVAGPAPGVAGEAGGGIAV ; 0 2 UNP VP80_NPVAC Q00733 ? 2 ;MNDSNSLLITRLAAQILSRNMQTVDVIVDDKTLSLEEKIDTLTSMVLAVNSPPQSPPRVTSSDLAASIIKNNSKMVGNDF EMRYNVLRMAVVFVKHYPKYYNETTAGLVAEIESNLLQYQNYVNQGNYQNIEGYDSLLNKAEECYVKIDRLFKESIKKIM DDTEAFEREQEAERLRAEQTAANALLERRAQTSADDVVNRADANIPTAFSDPLPGPSAPRYMYESSESDTYMETARRTAE HYTDQDKDYNAAYTADEYNSLVKTVLLRLIEKALATLKNRLHITTIDQLKKFRDYLNSDADAGEFQIFLNQEDCVILKNL SNLASKFFNVRCVADTLEVMLEALRNNIELVQPESDAVRRIVIKMTQEIKDSSTPLYNIAMYKSDYDAIKNKNIKTLFDL YNDRLPINFLDTSATSPVRKTSGKRSAEDDLLPTRSSKRANRPEINVISSEDEQEDDDVEDVDYEKESKRRKLEDEDFLK LKALEFSKDIVNEKLQKIIVVTDGMKRLYEYCNCKNSLETLPSAANYGSLLKRLNLYNLDHIEMNVNFYELLFPLTLYND NDNSDKTLSHQLVNYIFLASNYFQNCAKNFNYMRETFNVFGPFKQIDFMVMFVIKFNFLCDMRNFAKLIDELVPNKQPNM RIHSVLVMRDKIVKLAFSNLQFQTFSKKDKSRNTKHLQRLIMLMNANYNVI ; 1 3 UNP E27_NPVAC P41702 ? 3 ;MKRIKCNKVRTVTEIVNSDEKIQKTYELAEFDLKNLSSLESYETLKIKLALSKYMAMLSTLEMTQPLLEIFRNKADTRQI AAVVFSTLAFIHNRFHPLVTNFTNKMEFVVTETNDTSIPGEPILFTENEGVLLCSVDRPSIVKMLSREFDTEALVNFEND NCNVRIAKTFGASKRKNTTRSDDYESNKQPNYDMDLSDFSITEVEATQYLTLLLTVEHAYLHYYIFKNYGVFEYCKSLTD HSLFTNKLRSTMSTKTSNLLLSKFKFTIEDFDKINSNSVTSGFNIYNFNK ; 0 4 UNP C42_NPVAC P25695 ? 4 ;MSAIALYLEINKLRLKIDEPMQLAIWPQLFPLLCDEHQSVQLNTDVLINFMMHVARKSQNTILNNNAAIASQYAAGNADV VAAPASAQPTPRPVINLFARANAAAPAQPSEELINMRRYRNAARKLIHHYSLNSTSSTEYKISDVVMTMIFLLRSEKYHS LFKLLETTFDDYTCRPQMTQVQTDTLLDAVRSLLEMPSTTIDLTTVDIMRSSFARCFNSPIMRYAKIVLLQNVALQRDKR TTLEELLIERGEKIQMLQPQQYINSGTEIPFCDDAEFLNRLLKHIDPYPLSRMYYNAANTMFYTTMENYAVSNCKFNIED YNNIFKVMENIRKHSNKNSNDQDELNIYLGVQSSNAKRKKY ; 1 5 UNP AC109_NPVAC P41662 ? 5 ;MECPFQIQVCISDRFFAFPHNLVEPQSDVGNKLIENLIVYVPTDDDRLYIDKKQFPKFNSVLVYRHEHDVNIDSRSPKKT ASATIVYWNPLVPITEIGAGETRVFSVLLTNNLFYCNTMIVHHENPKCPIEFTYPETDMQSACSALLKNRNGQSVPPPIK SNLRPIACEIPLSHFKELVESNDFLLCFNLETSTMVKILSLKRIFCIFQYRKQPARYVINLPHEEIDNLYNKLNWERTRR LMKGDVPSNCATVNRSSLKYIKQAQSLLGIPDYSQTVVDFVKMFQKIIFPYQLVPNVIIKLNNFDQMVSSAPNKAEPYKK IRLFCKNDSIAISSSGIVPINMPDFSPPNTFDYSDYANRTNINFVTQRVLTDGGFSSGITVTPVKYNYYL ; 1 6 UNP AC142_NPVAC P41700 ? 6 ;MSGGGNLLTLERDHFKYLFLTSYFDLKDNEHVPSEPMAFIRNYLNCTFDLLDDAVLMNYFNYLQSMQLKHLVGSTSTNIF KFVKPQFRFVCDRTTVDILEFDTRMYIKPGTPVYATNLFTSNPRKMMAFLYAEFGKVFKNKIFVNINNYGCVLAGSAGFL FDDAYVDWNGVRMCAAPRLDNNMHPFRLYLLGEDMAKHFVDNNILPPHPSNAKTRKINNSMFMLKNFYKGLPLFKSKYTV VNSTKIVTRKPNDIFNEIDKELNGNCPFIKFIQRDYIFDAQFPPDLLDLLNEYMTKSSIMKIITKFVIEENPAMSGEMSR EIILDRYSVDNYRKLYIKMEITNQFPVMYDHESSYIFVSKDFLQLKGTMNAFYAPKQRILSILAVNRLFGATETIDFHPN LLVYRQSSPPVRLTGDVYVVDKNEKVFLVKHVFSNTVPAYLLIRGDYESSSDLKSLRDLNPWVQNTLLKLLIPDSVQ ; 1 7 UNP 38K_NPVAC P24745 ? 7 ;MASSLQSKWICLRLNDAIIKRHVLVLSEYADLKYLGFEKYKFFEYVIFQFCNDPQLCKIIENNYNYCMQIFKAPADDMRD IRHNIKRAFKTPVLGHMCVLSNKPPMYSFLKEWFLLPHYKVVSLKSESLTWGFPHVVVFDLDSTLITEEEQVEIRDPFVY DSLQELHEMGCVLVLWSYGSRDHVAHSMRDVDLEGYFDIIISEGSTVQEERSDLVQNSHNAIVDYNLKKRFIENKFVFDI HNHRSDNNIPKSPKIVIKYLSDKNVNFFKSITLVDDLPTNNYAYDFYVKVKRCPTPVQDWEHYHNEIIQNIMDYEQYFIK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8VWJ A 1 ? 347 ? 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P24745 1 ? 320 ? 1 320 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 36-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 36 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 CYS A 18 ? 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ASP k 299 ASP k 313 1 ? 15 HELX_P HELX_P443 BX2 TYR JA 314 ? TYR JA 317 ? 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B CYS 49 SG ? ? ? 1_555 LA ZN . ZN ? ? B CYS 49 B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc8 metalc ? ? B HIS 52 ND1 ? ? ? 1_555 LA ZN . ZN ? ? B HIS 52 B ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? ? metalc9 metalc ? ? C CYS 18 SG ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? C CYS 18 C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? ? metalc10 metalc ? ? C CYS 36 SG ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? C CYS 36 C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc11 metalc ? ? C CYS 49 SG ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? C CYS 49 C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? ? metalc12 metalc ? ? C HIS 52 ND1 ? ? ? 1_555 MA ZN . ZN ? ? C HIS 52 C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? metalc13 metalc ? ? D CYS 18 SG ? ? ? 1_555 NA ZN . ZN ? ? D CYS 18 D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? ? metalc14 metalc ? ? D CYS 36 SG ? ? ? 1_555 NA ZN . ZN ? ? D CYS 36 D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc15 metalc ? ? D CYS 49 SG ? ? ? 1_555 NA ZN . ZN ? ? D CYS 49 D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc16 metalc ? ? D HIS 52 ND1 ? ? ? 1_555 NA ZN . ZN ? ? D HIS 52 D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? ? metalc17 metalc ? ? E CYS 18 SG ? ? ? 1_555 OA ZN . ZN ? ? E CYS 18 E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc18 metalc ? ? E CYS 36 SG ? ? ? 1_555 OA ZN . ZN ? ? E CYS 36 E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc19 metalc ? ? E CYS 49 SG ? ? ? 1_555 OA ZN . ZN ? ? E CYS 49 E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc20 metalc ? ? E HIS 52 ND1 ? ? ? 1_555 OA ZN . ZN ? ? E HIS 52 E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? ? metalc21 metalc ? ? F CYS 18 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? F CYS 18 F ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? ? metalc22 metalc ? ? F CYS 36 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? F CYS 36 F ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? ? metalc23 metalc ? ? F CYS 49 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? F CYS 49 F ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc24 metalc ? ? F HIS 52 NE2 ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? F HIS 52 F ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? metalc25 metalc ? ? U CYS 18 SG ? ? ? 1_555 QA ZN . ZN ? ? 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Z CYS 49 Z ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc44 metalc ? ? Y HIS 52 ND1 ? ? ? 1_555 UA ZN . ZN ? ? Z HIS 52 Z ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? ? metalc45 metalc ? ? Z CYS 18 SG ? ? ? 1_555 VA ZN . ZN ? ? a CYS 18 a ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? ? metalc46 metalc ? ? Z CYS 49 N ? ? ? 1_555 VA ZN . ZN ? ? a CYS 49 a ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.190 ? ? metalc47 metalc ? ? Z CYS 49 SG ? ? ? 1_555 VA ZN . ZN ? ? a CYS 49 a ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 SG ? 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sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N CA sing N N 304 TRP N H sing N N 305 TRP N H2 sing N N 306 TRP CA C sing N N 307 TRP CA CB sing N N 308 TRP CA HA sing N N 309 TRP C O doub N N 310 TRP C OXT sing N N 311 TRP CB CG sing N N 312 TRP CB HB2 sing N N 313 TRP CB HB3 sing N N 314 TRP CG CD1 doub Y N 315 TRP CG CD2 sing Y N 316 TRP CD1 NE1 sing Y N 317 TRP CD1 HD1 sing N N 318 TRP CD2 CE2 doub Y N 319 TRP CD2 CE3 sing Y N 320 TRP NE1 CE2 sing Y N 321 TRP NE1 HE1 sing N N 322 TRP CE2 CZ2 sing Y N 323 TRP CE3 CZ3 doub Y N 324 TRP CE3 HE3 sing N N 325 TRP CZ2 CH2 doub Y N 326 TRP CZ2 HZ2 sing N N 327 TRP CZ3 CH2 sing Y N 328 TRP CZ3 HZ3 sing N N 329 TRP CH2 HH2 sing N N 330 TRP OXT HXT sing N N 331 TYR N CA sing N N 332 TYR N H sing N N 333 TYR N H2 sing N N 334 TYR CA C sing N N 335 TYR CA CB sing N N 336 TYR CA HA sing N N 337 TYR C O doub N N 338 TYR C OXT sing N N 339 TYR CB CG sing N N 340 TYR CB HB2 sing N N 341 TYR CB HB3 sing N N 342 TYR CG CD1 doub Y N 343 TYR CG CD2 sing Y N 344 TYR CD1 CE1 sing Y N 345 TYR CD1 HD1 sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2024-02-01 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 8VWJ _em_admin.last_update 2024-11-06 _em_admin.map_release_date 2024-11-06 _em_admin.title 'The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 2, localised reconstruction)' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 307456 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7108 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Spodoptera frugiperda' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid Bacmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 11439 # _em_particle_selection.details 'Particles were picked using a trained Topaz model, trained using manual picking of nucleocapsid ends from 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Topaz ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? cryoSPARC 4.1.2 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? Coot 0.9.8.6 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.5 'MODEL FITTING' ? 9 ? 1 ? ISOLDE ? OTHER ? 10 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 11 ? 1 ? PHENIX 1.20.1 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 12 1 ? ? cryoSPARC 4.1.2 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 13 1 ? ? cryoSPARC 4.1.2 CLASSIFICATION ? 14 1 ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 15 1 ? ? cryoSPARC 4.1.2 # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;A suspension of AcMNPV viruses was purified from cell culture supernatant using sucrose gradient ultracentrifugation. Sucrose was removed after purification through dialysis. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 7088 _em_virus_natural_host.organism Lepidoptera _em_virus_natural_host.strain ? # _em_virus_shell.diameter 500 _em_virus_shell.entity_assembly_id 1 _em_virus_shell.id 1 _em_virus_shell.name Nucleocapsid _em_virus_shell.triangulation ? # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Australian Research Council (ARC)' _pdbx_audit_support.country Australia _pdbx_audit_support.grant_number DP210103388 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 'in silico model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name AlphaFold _pdbx_initial_refinement_model.accession_code ? _pdbx_initial_refinement_model.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 8VWJ _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C H N O S ZN # loop_