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PRO 311 B 1 2.41 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 13 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 8 9 ? anti-parallel AA2 9 10 ? anti-parallel AA2 10 11 ? anti-parallel AA2 11 12 ? anti-parallel AA2 12 13 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TRP A 108 ? LYS A 111 ? TRP A 58 LYS A 61 AA1 2 LYS A 121 ? LEU A 129 ? LYS A 71 LEU A 79 AA1 3 GLU A 114 ? SER A 116 ? GLU A 64 SER A 66 AA2 1 TRP A 108 ? LYS A 111 ? TRP A 58 LYS A 61 AA2 2 LYS A 121 ? LEU A 129 ? LYS A 71 LEU A 79 AA2 3 GLU A 176 ? PRO A 182 ? GLU A 126 PRO A 132 AA2 4 LEU A 215 ? ILE A 219 ? LEU A 165 ILE A 169 AA2 5 MET A 226 ? GLY A 233 ? MET A 176 GLY A 183 AA2 6 VAL A 236 ? LEU A 245 ? VAL A 186 LEU A 195 AA2 7 PHE A 1025 ? ASP A 1034 ? PHE A 968 ASP A 977 AA2 8 LEU A 1012 ? THR A 1021 ? LEU A 955 THR A 964 AA2 9 GLY A 993 ? VAL A 1002 ? GLY A 936 VAL A 945 AA2 10 SER A 277 ? LEU A 286 ? SER A 227 LEU A 236 AA2 11 ILE A 326 ? TRP A 335 ? ILE A 276 TRP A 285 AA2 12 HIS A 359 ? LYS A 366 ? HIS A 309 LYS A 316 AA2 13 VAL A 930 ? LEU A 931 ? VAL A 880 LEU A 881 AA3 1 SER B 4 ? TYR B 10 ? SER B 4 TYR B 10 AA3 2 SER B 531 ? ASN B 536 ? SER B 531 ASN B 536 AA3 3 CYS B 523 ? ASP B 526 ? CYS B 523 ASP B 526 AA3 4 ARG B 496 ? LEU B 498 ? ARG B 496 LEU B 498 AA4 1 VAL B 79 ? LEU B 82 ? VAL B 79 LEU B 82 AA4 2 MET B 89 ? ALA B 92 ? MET B 89 ALA B 92 AA4 3 LYS B 96 ? VAL B 101 ? LYS B 96 VAL B 101 AA4 4 ALA B 117 ? SER B 123 ? ALA B 117 SER B 123 AA5 1 TRP B 104 ? TYR B 106 ? TRP B 104 TYR B 106 AA5 2 GLU B 112 ? MET B 114 ? GLU B 112 MET B 114 AA6 1 VAL B 132 ? PRO B 139 ? VAL B 132 PRO B 139 AA6 2 THR B 154 ? PHE B 160 ? THR B 154 PHE B 160 AA6 3 TYR B 164 ? TYR B 168 ? TYR B 164 TYR B 168 AA6 4 LEU B 174 ? LEU B 179 ? LEU B 174 LEU B 179 AA7 1 GLN B 187 ? ARG B 191 ? GLN B 187 ARG B 191 AA7 2 GLU B 207 ? TYR B 212 ? GLU B 207 TYR B 212 AA7 3 ALA B 215 ? ASP B 220 ? ALA B 215 ASP B 220 AA7 4 LYS B 254 ? LEU B 258 ? LYS B 254 LEU B 258 AA7 5 THR B 372 ? LEU B 374 ? THR B 372 LEU B 374 AA8 1 THR B 263 ? GLY B 271 ? THR B 263 GLY B 271 AA8 2 MET B 301 ? SER B 309 ? MET B 301 SER B 309 AA8 3 THR B 313 ? LEU B 319 ? THR B 313 LEU B 319 AA8 4 PHE B 378 ? LEU B 380 ? PHE B 378 LEU B 380 AA9 1 GLY B 387 ? LEU B 392 ? GLY B 387 LEU B 392 AA9 2 LEU B 398 ? 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GLY B 487 ASN B 490 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N GLU A 109 ? N GLU A 59 O TYR A 128 ? O TYR A 78 AA1 2 3 O PHE A 122 ? O PHE A 72 N ILE A 115 ? N ILE A 65 AA2 1 2 N GLU A 109 ? N GLU A 59 O TYR A 128 ? O TYR A 78 AA2 2 3 N SER A 123 ? N SER A 73 O ALA A 181 ? O ALA A 131 AA2 3 4 N ILE A 180 ? N ILE A 130 O PHE A 216 ? O PHE A 166 AA2 4 5 N ILE A 219 ? N ILE A 169 O MET A 226 ? O MET A 176 AA2 5 6 N GLY A 233 ? N GLY A 183 O VAL A 236 ? O VAL A 186 AA2 6 7 N ASP A 239 ? N ASP A 189 O PHE A 1031 ? O PHE A 974 AA2 7 8 O ALA A 1030 ? O ALA A 973 N ARG A 1015 ? N ARG A 958 AA2 8 9 O MET A 1016 ? O MET A 959 N LEU A 998 ? N LEU A 941 AA2 9 10 O GLU A 995 ? O GLU A 938 N ARG A 281 ? N ARG A 231 AA2 10 11 N ILE A 280 ? N ILE A 230 O TRP A 335 ? O TRP A 285 AA2 11 12 N HIS A 330 ? N HIS A 280 O ARG A 363 ? O ARG A 313 AA2 12 13 N VAL A 362 ? N VAL A 312 O VAL A 930 ? O VAL A 880 AA3 1 2 N SER B 4 ? N SER B 4 O ASN B 536 ? O ASN B 536 AA3 2 3 O SER B 531 ? O SER B 531 N ASP B 526 ? N ASP B 526 AA3 3 4 O CYS B 523 ? O CYS B 523 N LEU B 498 ? N LEU B 498 AA4 1 2 N VAL B 79 ? N VAL B 79 O ALA B 92 ? O ALA B 92 AA4 2 3 N ILE B 91 ? N ILE B 91 O VAL B 98 ? O VAL B 98 AA4 3 4 N PHE B 99 ? N PHE B 99 O TRP B 120 ? O TRP B 120 AA5 1 2 N LYS B 105 ? N LYS B 105 O GLU B 113 ? O GLU B 113 AA6 1 2 N THR B 133 ? N THR B 133 O GLY B 159 ? O GLY B 159 AA6 2 3 N VAL B 158 ? N VAL B 158 O ARG B 166 ? O ARG B 166 AA6 3 4 N VAL B 165 ? N VAL B 165 O GLN B 178 ? O GLN B 178 AA7 1 2 N ARG B 191 ? N ARG B 191 O GLU B 207 ? O GLU B 207 AA7 2 3 N LEU B 208 ? N LEU B 208 O ILE B 219 ? O ILE B 219 AA7 3 4 N ILE B 216 ? N ILE B 216 O TRP B 256 ? O TRP B 256 AA7 4 5 N GLY B 257 ? N GLY B 257 O LEU B 374 ? O LEU B 374 AA8 1 2 N THR B 263 ? N THR B 263 O SER B 309 ? O SER B 309 AA8 2 3 N TYR B 304 ? N TYR B 304 O PHE B 316 ? O PHE B 316 AA8 3 4 N PHE B 315 ? N PHE B 315 O PHE B 378 ? O PHE B 378 AA9 1 2 N GLU B 388 ? N GLU B 388 O THR B 402 ? O THR B 402 AA9 2 3 N VAL B 401 ? N VAL B 401 O ILE B 409 ? O ILE B 409 AA9 3 4 N LEU B 410 ? N LEU B 410 O ILE B 419 ? O ILE B 419 AB1 1 2 N GLY B 431 ? N GLY B 431 O VAL B 466 ? O VAL B 466 AB1 2 3 N LEU B 465 ? N LEU B 465 O TRP B 478 ? O TRP B 478 AB1 3 4 N VAL B 477 ? N VAL B 477 O GLY B 487 ? O GLY B 487 # _pdbx_entry_details.entry_id 8VYB _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS A 89 ? ? -90.68 51.02 2 1 ALA A 134 ? ? 56.12 -130.53 3 1 HIS A 170 ? ? 55.09 -126.42 4 1 HIS A 171 ? ? -106.10 -155.34 5 1 GLN A 240 ? ? 57.33 -117.90 6 1 ASN A 823 ? ? 52.90 73.67 7 1 LYS A 857 ? ? -82.43 47.13 8 1 SER A 872 ? ? 82.23 -17.13 9 1 PRO A 878 ? ? -93.60 48.28 10 1 GLU A 879 ? ? -170.25 112.14 11 1 ALA A 885 ? ? 52.93 -137.52 12 1 GLU B 63 ? ? -84.41 46.28 13 1 LYS B 68 ? ? -149.05 -157.43 14 1 ARG B 93 ? ? -95.85 -66.69 15 1 GLU B 94 ? ? -122.60 -54.56 16 1 GLN B 95 ? ? -140.67 11.22 17 1 LYS B 103 ? ? -161.54 116.83 18 1 SER B 107 ? ? -79.41 -168.78 19 1 THR B 192 ? ? -111.52 -152.77 20 1 ASN B 310 ? ? 52.59 74.82 21 1 GLN B 481 ? ? -129.04 -76.86 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8VYB _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 8VYB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.37 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 170636 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 RECOMBINANT COMPLEX 'Core Rab3GAP1/2 complex' ? ? ? 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