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EMDB EMD-43667 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2024-09-18 2 'Structure model' 1 1 2024-10-16 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 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_pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs ; _pdbx_database_related.db_id EMD-43667 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email jmclellan@austin.utexas.edu _pdbx_contact_author.name_first Jason _pdbx_contact_author.name_last McLellan _pdbx_contact_author.name_mi S. _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-3991-542X # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sponholtz, M.R.' 1 0000-0002-0671-670X 'Byrne, P.O.' 2 0000-0002-6462-8951 'McLellan, J.S.' 3 0000-0003-3991-542X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? 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WNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD ; D,G,J ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIETNYVSWYQQFPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLR SEDEAEYYCGTWDDNSWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAG VETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; ;QSVLTQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIETNYVSWYQQFPGTAPKLLIYRNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLR SEDEAEYYCGTWDDNSWVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAG VETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; E,F,I ? 4 'polypeptide(L)' no no ;QSVLSQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGKNYVYWYQQVPGTAPKLLMFKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLR SEDEADYYCSAWDGSLSRPLFGGGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVK AGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS ; ;QSVLSQPPSASGTPGQRVTISCSGSSSNIGKNYVYWYQQVPGTAPKLLMFKNNQRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLR SEDEADYYCSAWDGSLSRPLFGGGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVK 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1 19 LEU n 1 20 GLY n 1 21 ALA n 1 22 ALA n 1 23 VAL n 1 24 SER n 1 25 SER n 1 26 SER n 1 27 SER n 1 28 THR n 1 29 ARG n 1 30 GLY n 1 31 THR n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 THR n 1 35 HIS n 1 36 SER n 1 37 HIS n 1 38 HIS n 1 39 SER n 1 40 SER n 1 41 HIS n 1 42 THR n 1 43 THR n 1 44 SER n 1 45 ALA n 1 46 ALA n 1 47 HIS n 1 48 SER n 1 49 ARG n 1 50 SER n 1 51 GLY n 1 52 SER n 1 53 VAL n 1 54 SER n 1 55 GLN n 1 56 ARG n 1 57 VAL n 1 58 THR n 1 59 SER n 1 60 SER n 1 61 GLN n 1 62 THR n 1 63 VAL n 1 64 SER n 1 65 HIS n 1 66 GLY n 1 67 VAL n 1 68 ASN n 1 69 GLU n 1 70 THR n 1 71 ILE n 1 72 TYR n 1 73 ASN n 1 74 THR n 1 75 THR n 1 76 LEU n 1 77 LYS n 1 78 TYR n 1 79 GLY n 1 80 ASP n 1 81 VAL n 1 82 VAL n 1 83 GLY n 1 84 VAL n 1 85 ASN n 1 86 THR n 1 87 THR n 1 88 LYS n 1 89 TYR n 1 90 PRO n 1 91 TYR n 1 92 ARG n 1 93 VAL n 1 94 CYS n 1 95 SER n 1 96 MET n 1 97 ALA n 1 98 GLN n 1 99 GLY n 1 100 THR n 1 101 ASP n 1 102 LEU n 1 103 ILE n 1 104 ARG n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ARG n 1 108 ASN n 1 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VAL n 1 193 ILE n 1 194 ALA n 1 195 GLY n 1 196 THR n 1 197 VAL n 1 198 PHE n 1 199 VAL n 1 200 ALA n 1 201 TYR n 1 202 HIS n 1 203 ARG n 1 204 ASP n 1 205 SER n 1 206 TYR n 1 207 GLU n 1 208 ASN n 1 209 LYS n 1 210 THR n 1 211 MET n 1 212 GLN n 1 213 LEU n 1 214 MET n 1 215 PRO n 1 216 ASP n 1 217 ASP n 1 218 TYR n 1 219 SER n 1 220 ASN n 1 221 THR n 1 222 HIS n 1 223 SER n 1 224 THR n 1 225 ARG n 1 226 TYR n 1 227 VAL n 1 228 THR n 1 229 VAL n 1 230 LYS n 1 231 ASP n 1 232 GLN n 1 233 TRP n 1 234 HIS n 1 235 SER n 1 236 ARG n 1 237 GLY n 1 238 SER n 1 239 THR n 1 240 TRP n 1 241 LEU n 1 242 TYR n 1 243 ARG n 1 244 GLU n 1 245 THR n 1 246 SER n 1 247 ASN n 1 248 LEU n 1 249 ASN n 1 250 CYS n 1 251 MET n 1 252 VAL n 1 253 THR n 1 254 ILE n 1 255 THR n 1 256 THR n 1 257 ALA n 1 258 ARG n 1 259 SER n 1 260 LYS n 1 261 TYR n 1 262 PRO n 1 263 TYR n 1 264 HIS n 1 265 PHE n 1 266 PHE n 1 267 ALA n 1 268 THR n 1 269 SER n 1 270 THR n 1 271 GLY n 1 272 ASP n 1 273 VAL n 1 274 VAL n 1 275 ASP 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.406 ? 30683 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.414 ? 8206 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 3501 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3860 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8VYM _struct.title ;Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8VYM _struct_keywords.text ;orthoherpesvirus, betaherpesvirus, cytomegalovirus, human betaherpesvirus 5, human cytomegalovirus, HCMV, glycoprotein B, gB, HCMV gB, VIRAL PROTEIN, 7H3, 1G2, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 2 ? H N N 4 ? I N N 3 ? J N N 2 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 6 ? N N N 6 ? O N N 6 ? P N N 6 ? 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None 'Disulfide bridge' 29 CYS A 344 ? CYS A 391 ? CYS A 344 ? 1_555 CYS A 391 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 30 CYS B 111 ? CYS B 507 ? CYS B 111 ? 1_555 CYS B 507 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 31 CYS B 185 ? CYS B 250 ? CYS B 185 ? 1_555 CYS B 250 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 32 CYS B 344 ? CYS B 391 ? CYS B 344 ? 1_555 CYS B 391 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 33 CYS C 111 ? CYS C 507 ? CYS C 111 ? 1_555 CYS C 507 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 34 CYS C 185 ? CYS C 250 ? CYS C 185 ? 1_555 CYS C 250 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 35 CYS C 344 ? CYS C 391 ? CYS C 344 ? 1_555 CYS C 391 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 36 CYS D 22 ? CYS D 97 ? CYS D 22 ? 1_555 CYS D 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 37 CYS E 22 ? CYS E 89 ? CYS E 23 ? 1_555 CYS E 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 38 CYS F 22 ? CYS F 89 ? CYS F 23 ? 1_555 CYS F 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 39 CYS G 22 ? CYS G 97 ? CYS G 22 ? 1_555 CYS G 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 40 CYS H 22 ? CYS H 89 ? CYS H 23 ? 1_555 CYS H 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 41 CYS I 22 ? CYS I 89 ? CYS I 23 ? 1_555 CYS I 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 42 CYS J 22 ? CYS J 97 ? CYS J 22 ? 1_555 CYS J 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 43 CYS K 22 ? CYS K 96 ? CYS K 22 ? 1_555 CYS K 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TYR 261 A . ? TYR 261 A PRO 262 A ? PRO 262 A 1 6.57 2 TYR 261 B . ? TYR 261 B PRO 262 B ? PRO 262 B 1 3.55 3 TYR 261 C . ? TYR 261 C PRO 262 C ? PRO 262 C 1 18.04 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 7 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 6 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 5 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 5 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 4 ? AE8 ? 6 ? AE9 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE8 4 5 ? anti-parallel AE8 5 6 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 346 ? 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VAL B 169 ? GLU B 167 VAL B 169 AB2 2 HIS B 136 ? LEU B 147 ? HIS B 136 LEU B 147 AB2 3 VAL B 331 ? ASP B 335 ? VAL B 331 ASP B 335 AB2 4 GLU B 317 ? GLU B 326 ? GLU B 317 GLU B 326 AB2 5 PHE B 297 ? ILE B 305 ? PHE B 297 ILE B 305 AB3 1 GLN B 184 ? CYS B 185 ? GLN B 184 CYS B 185 AB3 2 MET B 211 ? GLN B 212 ? MET B 211 GLN B 212 AB4 1 ARG B 540 ? PHE B 541 ? ARG B 540 PHE B 541 AB4 2 LEU B 546 ? GLY B 547 ? LEU B 546 GLY B 547 AB5 1 ALA C 373 ? SER C 377 ? ALA C 373 SER C 377 AB5 2 TYR C 364 ? SER C 368 ? TYR C 364 SER C 368 AB5 3 LEU C 346 ? GLU C 359 ? LEU C 346 GLU C 359 AB5 4 GLU C 123 ? ARG C 131 ? GLU C 123 ARG C 131 AB5 5 VAL C 428 ? GLN C 436 ? VAL C 428 GLN C 436 AB5 6 TYR C 412 ? LYS C 414 ? TYR C 412 LYS C 414 AB6 1 ALA C 373 ? SER C 377 ? ALA C 373 SER C 377 AB6 2 TYR C 364 ? SER C 368 ? TYR C 364 SER C 368 AB6 3 LEU C 346 ? GLU C 359 ? LEU C 346 GLU C 359 AB6 4 GLU C 123 ? ARG C 131 ? GLU C 123 ARG C 131 AB6 5 VAL C 428 ? GLN C 436 ? VAL C 428 GLN C 436 AB6 6 SER C 419 ? 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GLU D 6 ? GLN D 3 GLU D 6 AC4 2 LEU D 18 ? SER D 25 ? LEU D 18 SER D 25 AC4 3 GLN D 79 ? VAL D 84 ? GLN D 77 VAL D 82 AC4 4 VAL D 69 ? ASP D 74 ? VAL D 67 ASP D 72 AC5 1 ALA D 59 ? TYR D 61 ? ALA D 57 TYR D 59 AC5 2 GLU D 48 ? ILE D 53 ? GLU D 46 ILE D 51 AC5 3 TYR D 35 ? GLN D 41 ? TYR D 35 GLN D 39 AC5 4 ALA D 93 ? ARG D 100 ? ALA D 88 ARG D 95 AC5 5 PHE D 107 B TRP D 110 ? PHE D 100 TRP D 103 AC6 1 ALA D 59 ? TYR D 61 ? ALA D 57 TYR D 59 AC6 2 GLU D 48 ? ILE D 53 ? GLU D 46 ILE D 51 AC6 3 TYR D 35 ? GLN D 41 ? TYR D 35 GLN D 39 AC6 4 ALA D 93 ? ARG D 100 ? ALA D 88 ARG D 95 AC6 5 THR D 114 ? VAL D 116 ? THR D 107 VAL D 109 AC7 1 SER E 9 ? SER E 11 ? SER E 9 SER E 12 AC7 2 THR E 103 ? THR E 106 ? THR E 102 THR E 105 AC7 3 GLU E 86 ? TRP E 92 ? GLU E 85 TRP E 91 AC7 4 SER E 35 ? GLN E 39 ? SER E 34 GLN E 38 AC7 5 LYS E 46 ? ILE E 49 ? LYS E 45 ILE E 48 AC8 1 SER E 9 ? SER E 11 ? SER E 9 SER E 12 AC8 2 THR E 103 ? THR E 106 ? THR E 102 THR E 105 AC8 3 GLU E 86 ? TRP E 92 ? 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# _em_3d_reconstruction.entry_id 8VYM _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 211132 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02% (w/v) sodium azide, 3% (v/v) glycerol, 0.25% CHAPS, and 0.1% (w/v) amphipol A8-35' _em_buffer.pH 8 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name ;Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs ; _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5' # _em_imaging.entry_id 8VYM _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? 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2024-10-16 _em_admin.map_release_date 2024-09-18 _em_admin.title ;Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs ; # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 80 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 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ISOLDE ? # _em_specimen.concentration 3 _em_specimen.details ;Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation, 1G2 Fab, and 7H3 Fab purified separately, mixed, and incubated for 30 minutes on ice prior to grid preparation ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Other private' _pdbx_audit_support.country ? _pdbx_audit_support.grant_number ? _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n # _atom_sites.entry_id 8VYM _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_