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FGFTSSFVRNAFTKSGNLAWTLTTTALLLGVPLSLSILAEQQLIEMEKTFDLQSDANNILAQGEKDAAATAN ; B,J ? 3 'polypeptide(L)' no no MFGLPQQEVSEEEKRAHQEQTEKTLKQAAYVAAFLWVSPMIWHLVKKQWK MFGLPQQEVSEEEKRAHQEQTEKTLKQAAYVAAFLWVSPMIWHLVKKQWK C,K ? 4 'polypeptide(L)' no no MDGMFAMPGAAAGAASPQQPKSRFQAFKESPLYTIALNGAFFVAGVAFIQSPLMDMLAPQL MDGMFAMPGAAAGAASPQQPKSRFQAFKESPLYTIALNGAFFVAGVAFIQSPLMDMLAPQL D,L ? 5 'polypeptide(L)' no no MSFLPSFILSDESKERISKILTLTHNVAHYGWIPFVLYLGWAHTSNRPNFLNLLSPLPSV MSFLPSFILSDESKERISKILTLTHNVAHYGWIPFVLYLGWAHTSNRPNFLNLLSPLPSV E,M ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 6 _pdbx_entity_nonpoly.name '(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 46E # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 ALA n 1 4 PRO n 1 5 THR n 1 6 PRO n 1 7 LEU n 1 8 ALA n 1 9 GLU n 1 10 ALA n 1 11 SER n 1 12 GLN n 1 13 ILE n 1 14 PRO n 1 15 THR n 1 16 ILE n 1 17 PRO n 1 18 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K 46E 1 C2E # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8W5J _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8W5J _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8W5J _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8W5J _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 7515 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.603 ? 10196 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.627 ? 988 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.039 ? 1157 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1298 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8W5J _struct.title 'Cryo-EM structure of the yeast TOM core complex (from TOM-TIM23 complex)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8W5J _struct_keywords.text 'TOM complex, TRANSLOCASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLOCASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP TOM40_YEAST P23644 ? 1 ;MSAPTPLAEASQIPTIPALSPLTAKQSKGNFFSSNPISSFVVDTYKQLHSHRQSLELVNPGTVENLNKEVSRDVFLSQYF FTGLRADLNKAFSMNPAFQTSHTFSIGSQALPKYAFSALFANDNLFAQGNIDNDLSVSGRLNYGWDKKNISKVNLQISDG QPTMCQLEQDYQASDFSVNVKTLNPSFSEKGEFTGVAVASFLQSVTPQLALGLETLYSRTDGSAPGDAGVSYLTRYVSKK QDWIFSGQLQANGALIASLWRKVAQNVEAGIETTLQAGMVPITDPLMGTPIGIQPTVEGSTTIGAKYEYRQSVYRGTLDS NGKVACFLERKVLPTLSVLFCGEIDHFKNDTKIGCGLQFETAGNQELLMLQQGLDADGNPLQALPQL ; 1 2 UNP TOM22_YEAST P49334 ? 2 ;MVELTEIKDDVVQLDEPQFSRNQAIVEEKASATNNDVVDDEDDSDSDFEDEFDENETLLDRIVALKDIVPPGKRQTISNF FGFTSSFVRNAFTKSGNLAWTLTTTALLLGVPLSLSILAEQQLIEMEKTFDLQSDANNILAQGEKDAAATAN ; 1 3 UNP TOM5_YEAST P80967 ? 3 MFGLPQQEVSEEEKRAHQEQTEKTLKQAAYVAAFLWVSPMIWHLVKKQWK 1 4 UNP TOM6_YEAST P33448 ? 4 MDGMFAMPGAAAGAASPQQPKSRFQAFKESPLYTIALNGAFFVAGVAFIQSPLMDMLAPQL 1 5 UNP TOM7_YEAST P53507 ? 5 MSFLPSFILSDESKERISKILTLTHNVAHYGWIPFVLYLGWAHTSNRPNFLNLLSPLPSV 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8W5J A 1 ? 387 ? P23644 1 ? 387 ? 1 387 2 2 8W5J B 1 ? 152 ? P49334 1 ? 152 ? 1 152 3 3 8W5J C 1 ? 50 ? P80967 1 ? 50 ? 1 50 4 4 8W5J D 1 ? 61 ? P33448 1 ? 61 ? 1 61 5 5 8W5J E 1 ? 60 ? P53507 1 ? 60 ? 1 60 6 1 8W5J I 1 ? 387 ? P23644 1 ? 387 ? 1 387 7 2 8W5J J 1 ? 152 ? P49334 1 ? 152 ? 1 152 8 3 8W5J K 1 ? 50 ? P80967 1 ? 50 ? 1 50 9 4 8W5J L 1 ? 61 ? P33448 1 ? 61 ? 1 61 10 5 8W5J M 1 ? 60 ? P53507 1 ? 60 ? 1 60 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 HIS A 49 ? LEU A 55 ? HIS A 49 LEU A 55 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 62 ? LEU A 66 ? THR A 62 LEU A 66 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 67 ? ARG A 72 ? ASN A 67 ARG A 72 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 364 ? GLY A 373 ? ASN A 364 GLY A 373 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 PHE B 87 ? ASP B 135 ? PHE B 87 ASP B 135 1 ? 49 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS C 14 ? TRP C 49 ? LYS C 14 TRP C 49 1 ? 36 HELX_P HELX_P7 AA7 SER D 30 ? SER D 51 ? SER D 30 SER D 51 1 ? 22 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO D 52 ? ALA D 58 ? PRO D 52 ALA D 58 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 ILE E 20 ? THR E 44 ? ILE E 20 THR E 44 1 ? 25 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN E 49 ? SER E 55 ? ASN E 49 SER E 55 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 SER F 50 ? GLU F 56 ? SER I 50 GLU I 56 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 AB3 THR F 62 ? LEU F 66 ? THR I 62 LEU I 66 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN F 67 ? ARG F 72 ? ASN I 67 ARG I 72 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN F 364 ? GLY F 373 ? ASN I 364 GLY I 373 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 PHE G 87 ? ASP G 135 ? PHE J 87 ASP J 135 1 ? 49 HELX_P HELX_P16 AB7 LYS H 14 ? TRP H 49 ? LYS K 14 TRP K 49 1 ? 36 HELX_P HELX_P17 AB8 SER I 30 ? SER I 51 ? SER L 30 SER L 51 1 ? 22 HELX_P HELX_P18 AB9 SER I 51 ? ALA I 58 ? SER L 51 ALA L 58 1 ? 8 HELX_P HELX_P19 AC1 ILE J 20 ? GLY J 31 ? ILE M 20 GLY M 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY J 31 ? THR J 44 ? GLY M 31 THR M 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN J 49 ? SER J 55 ? ASN M 49 SER M 55 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 20 ? AA2 ? 20 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 7 8 ? anti-parallel AA1 8 9 ? anti-parallel AA1 9 10 ? anti-parallel AA1 10 11 ? anti-parallel AA1 11 12 ? anti-parallel AA1 12 13 ? anti-parallel AA1 13 14 ? anti-parallel AA1 14 15 ? anti-parallel AA1 15 16 ? anti-parallel AA1 16 17 ? anti-parallel AA1 17 18 ? anti-parallel AA1 18 19 ? anti-parallel AA1 19 20 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 8 9 ? anti-parallel AA2 9 10 ? anti-parallel AA2 10 11 ? anti-parallel AA2 11 12 ? anti-parallel AA2 12 13 ? anti-parallel AA2 13 14 ? anti-parallel AA2 14 15 ? anti-parallel AA2 15 16 ? anti-parallel AA2 16 17 ? anti-parallel AA2 17 18 ? anti-parallel AA2 18 19 ? anti-parallel AA2 19 20 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLY A 83 ? 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