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'Guan, Z.Y.' 2 ? 'Zhuang, J.J.' 3 ? 'Huang, R.' 4 ? 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_citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wang, Q.' 1 0000-0002-7048-638X primary 'Zhuang, J.' 2 ? primary 'Huang, R.' 3 ? primary 'Guan, Z.' 4 0009-0000-5527-543X primary 'Yan, L.' 5 0000-0002-1437-2193 primary 'Hong, S.' 6 ? primary 'Zhang, L.' 7 ? primary 'Huang, C.' 8 ? primary 'Liu, Z.' 9 0000-0003-4073-7237 primary 'Yin, P.' 10 0000-0001-8001-221X # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Mitochondrial import receptor subunit TOM22' 16801.373 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Mitochondrial import receptor subunit TOM5' 5993.924 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Mitochondrial import receptor subunit TOM6' 6410.460 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Mitochondrial import receptor subunit TOM7' 6876.955 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Mitochondrial import receptor subunit TOM40' 42071.141 2 ? 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FGFTSSFVRNAFTKSGNLAWTLTTTALLLGVPLSLSILAEQQLIEMEKTFDLQSDANNILAQGEKDAAATAN ; ;MVELTEIKDDVVQLDEPQFSRNQAIVEEKASATNNDVVDDEDDSDSDFEDEFDENETLLDRIVALKDIVPPGKRQTISNF FGFTSSFVRNAFTKSGNLAWTLTTTALLLGVPLSLSILAEQQLIEMEKTFDLQSDANNILAQGEKDAAATAN ; B,J ? 2 'polypeptide(L)' no no MFGLPQQEVSEEEKRAHQEQTEKTLKQAAYVAAFLWVSPMIWHLVKKQWK MFGLPQQEVSEEEKRAHQEQTEKTLKQAAYVAAFLWVSPMIWHLVKKQWK C,K ? 3 'polypeptide(L)' no no MDGMFAMPGAAAGAASPQQPKSRFQAFKESPLYTIALNGAFFVAGVAFIQSPLMDMLAPQL MDGMFAMPGAAAGAASPQQPKSRFQAFKESPLYTIALNGAFFVAGVAFIQSPLMDMLAPQL D,L ? 4 'polypeptide(L)' no no MSFLPSFILSDESKERISKILTLTHNVAHYGWIPFVLYLGWAHTSNRPNFLNLLSPLPSV MSFLPSFILSDESKERISKILTLTHNVAHYGWIPFVLYLGWAHTSNRPNFLNLLSPLPSV E,M ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSAPTPLAEASQIPTIPALSPLTAKQSKGNFFSSNPISSFVVDTYKQLHSHRQSLELVNPGTVENLNKEVSRDVFLSQYF FTGLRADLNKAFSMNPAFQTSHTFSIGSQALPKYAFSALFANDNLFAQGNIDNDLSVSGRLNYGWDKKNISKVNLQISDG QPTMCQLEQDYQASDFSVNVKTLNPSFSEKGEFTGVAVASFLQSVTPQLALGLETLYSRTDGSAPGDAGVSYLTRYVSKK 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J GLN 53 NE2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8W5K _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8W5K _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8W5K _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8W5K _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 7538 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.692 ? 10219 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.116 ? 1011 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 1157 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1298 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8W5K _struct.title 'Cryo-EM structure of the yeast TOM core complex crosslinked by BS3 (from TOM-TIM23 complex)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8W5K _struct_keywords.text 'TOM complex, TRANSLOCASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLOCASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP TOM22_YEAST P49334 ? 1 ;MVELTEIKDDVVQLDEPQFSRNQAIVEEKASATNNDVVDDEDDSDSDFEDEFDENETLLDRIVALKDIVPPGKRQTISNF FGFTSSFVRNAFTKSGNLAWTLTTTALLLGVPLSLSILAEQQLIEMEKTFDLQSDANNILAQGEKDAAATAN ; 1 2 UNP TOM5_YEAST P80967 ? 2 MFGLPQQEVSEEEKRAHQEQTEKTLKQAAYVAAFLWVSPMIWHLVKKQWK 1 3 UNP TOM6_YEAST P33448 ? 3 MDGMFAMPGAAAGAASPQQPKSRFQAFKESPLYTIALNGAFFVAGVAFIQSPLMDMLAPQL 1 4 UNP TOM7_YEAST P53507 ? 4 MSFLPSFILSDESKERISKILTLTHNVAHYGWIPFVLYLGWAHTSNRPNFLNLLSPLPSV 1 5 UNP TOM40_YEAST P23644 ? 5 ;MSAPTPLAEASQIPTIPALSPLTAKQSKGNFFSSNPISSFVVDTYKQLHSHRQSLELVNPGTVENLNKEVSRDVFLSQYF FTGLRADLNKAFSMNPAFQTSHTFSIGSQALPKYAFSALFANDNLFAQGNIDNDLSVSGRLNYGWDKKNISKVNLQISDG QPTMCQLEQDYQASDFSVNVKTLNPSFSEKGEFTGVAVASFLQSVTPQLALGLETLYSRTDGSAPGDAGVSYLTRYVSKK QDWIFSGQLQANGALIASLWRKVAQNVEAGIETTLQAGMVPITDPLMGTPIGIQPTVEGSTTIGAKYEYRQSVYRGTLDS NGKVACFLERKVLPTLSVLFCGEIDHFKNDTKIGCGLQFETAGNQELLMLQQGLDADGNPLQALPQL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8W5K B 1 ? 152 ? P49334 1 ? 152 ? 1 152 2 2 8W5K C 1 ? 50 ? P80967 1 ? 50 ? 1 50 3 3 8W5K D 1 ? 61 ? P33448 1 ? 61 ? 1 61 4 4 8W5K E 1 ? 60 ? P53507 1 ? 60 ? 1 60 5 1 8W5K J 1 ? 152 ? P49334 1 ? 152 ? 1 152 6 2 8W5K K 1 ? 50 ? P80967 1 ? 50 ? 1 50 7 3 8W5K L 1 ? 61 ? P33448 1 ? 61 ? 1 61 8 4 8W5K M 1 ? 60 ? P53507 1 ? 60 ? 1 60 9 5 8W5K F 1 ? 387 ? P23644 1 ? 387 ? 1 387 10 5 8W5K I 1 ? 387 ? P23644 1 ? 387 ? 1 387 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 86 ? ASP A 135 ? SER B 86 ASP B 135 1 ? 50 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS B 14 ? TRP B 49 ? LYS C 14 TRP C 49 1 ? 36 HELX_P HELX_P3 AA3 SER C 30 ? SER C 51 ? SER D 30 SER D 51 1 ? 22 HELX_P HELX_P4 AA4 SER C 51 ? ALA C 58 ? SER D 51 ALA D 58 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 ILE D 20 ? THR D 44 ? ILE E 20 THR E 44 1 ? 25 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN D 49 ? SER D 55 ? ASN E 49 SER E 55 1 ? 7 HELX_P HELX_P7 AA7 PHE E 87 ? ASP E 135 ? PHE J 87 ASP J 135 1 ? 49 HELX_P HELX_P8 AA8 LYS F 14 ? TRP F 49 ? LYS K 14 TRP K 49 1 ? 36 HELX_P HELX_P9 AA9 SER G 30 ? SER G 51 ? SER L 30 SER L 51 1 ? 22 HELX_P HELX_P10 AB1 SER G 51 ? ALA G 58 ? SER L 51 ALA L 58 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 AB2 ILE H 20 ? GLY H 31 ? ILE M 20 GLY M 31 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY H 31 ? THR H 44 ? GLY M 31 THR M 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN H 49 ? SER H 55 ? ASN M 49 SER M 55 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 SER I 50 ? LEU I 55 ? SER F 50 LEU F 55 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 THR I 62 ? LEU I 66 ? THR F 62 LEU F 66 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN I 67 ? ARG I 72 ? ASN F 67 ARG F 72 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN I 364 ? GLY I 373 ? ASN F 364 GLY F 373 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 AB9 SER J 50 ? LEU J 55 ? SER I 50 LEU I 55 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 THR J 62 ? LEU J 66 ? THR I 62 LEU I 66 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN J 67 ? ARG J 72 ? ASN I 67 ARG I 72 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN J 364 ? GLY J 373 ? ASN I 364 GLY I 373 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 21 ? AA2 ? 20 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 7 8 ? anti-parallel AA1 8 9 ? anti-parallel AA1 9 10 ? anti-parallel AA1 10 11 ? anti-parallel AA1 11 12 ? anti-parallel AA1 12 13 ? anti-parallel AA1 13 14 ? anti-parallel AA1 14 15 ? anti-parallel AA1 15 16 ? anti-parallel AA1 16 17 ? anti-parallel AA1 17 18 ? anti-parallel AA1 18 19 ? anti-parallel AA1 19 20 ? anti-parallel AA1 20 21 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 8 9 ? anti-parallel AA2 9 10 ? anti-parallel AA2 10 11 ? anti-parallel AA2 11 12 ? anti-parallel AA2 12 13 ? anti-parallel AA2 13 14 ? anti-parallel AA2 14 15 ? anti-parallel AA2 15 16 ? anti-parallel AA2 16 17 ? anti-parallel AA2 17 18 ? anti-parallel AA2 18 19 ? anti-parallel AA2 19 20 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR I 361 ? ALA I 362 ? THR F 361 ALA F 362 AA1 2 GLY I 83 ? SER I 93 ? GLY F 83 SER F 93 AA1 3 ASP I 350 ? PHE I 359 ? ASP F 350 PHE F 359 AA1 4 LEU I 336 ? ASP I 345 ? LEU F 336 ASP F 345 AA1 5 LYS I 323 ? ARG I 330 ? LYS F 323 ARG F 330 AA1 6 SER I 312 ? ASP I 319 ? SER F 312 ASP F 319 AA1 7 GLY I 299 ? GLU I 308 ? GLY F 299 GLU F 308 AA1 8 VAL I 267 ? LEU I 275 ? VAL F 267 LEU F 275 AA1 9 LEU I 255 ? ALA I 264 ? LEU F 255 ALA F 264 AA1 10 TRP I 243 ? LEU I 249 ? TRP F 243 LEU F 249 AA1 11 ASP I 227 ? VAL I 237 ? ASP F 227 VAL F 237 AA1 12 LEU I 209 ? ARG I 219 ? LEU F 209 ARG F 219 AA1 13 PHE I 193 ? THR I 206 ? PHE F 193 THR F 206 AA1 14 PHE I 176 ? PHE I 187 ? PHE F 176 PHE F 187 AA1 15 MET I 164 ? GLN I 172 ? MET F 164 GLN F 172 AA1 16 ASN I 149 ? ILE I 157 ? ASN F 149 ILE F 157 AA1 17 SER I 136 ? GLY I 144 ? SER F 136 GLY F 144 AA1 18 LEU I 125 ? ASP I 132 ? LEU F 125 ASP F 132 AA1 19 TYR I 114 ? ALA I 121 ? TYR F 114 ALA F 121 AA1 20 ALA I 97 ? ILE I 106 ? 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