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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.9225 ? 46447 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0590 ? 5419 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0091 ? 5868 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.4035 ? 12123 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 8WDE _struct.title 'CryoEM structure of the spike protein of human CoV 229E in complex with receptor hAPN (composite map)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8WDE _struct_keywords.text 'human aminopeptidase N, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 5 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? 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A CYS 599 SG ? ? ? 1_555 A CYS 605 SG ? ? A CYS 613 A CYS 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 701 SG ? ? ? 1_555 A CYS 712 SG ? ? A CYS 715 A CYS 726 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 903 SG ? ? ? 1_555 A CYS 914 SG ? ? A CYS 917 A CYS 928 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 67 SG ? ? ? 1_555 B CYS 91 SG ? ? B CYS 81 B CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 154 SG ? ? B CYS 145 B CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 241 SG ? ? ? 1_555 B CYS 250 SG ? ? B CYS 255 B CYS 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 355 SG ? ? ? 1_555 B CYS 382 SG ? ? B CYS 369 B CYS 396 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 432 SG ? ? ? 1_555 B CYS 483 SG ? ? B CYS 446 B CYS 497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 529 SG ? ? ? 1_555 B CYS 542 SG ? ? B CYS 543 B CYS 556 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 594 SG ? ? ? 1_555 B CYS 616 SG ? ? B CYS 608 B CYS 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 599 SG ? ? ? 1_555 B CYS 605 SG ? ? B CYS 613 B CYS 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 701 SG ? ? ? 1_555 B CYS 712 SG ? ? B CYS 715 B CYS 726 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 903 SG ? ? ? 1_555 B CYS 914 SG ? ? B CYS 917 B CYS 928 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 67 SG ? ? ? 1_555 C CYS 91 SG ? ? C CYS 81 C CYS 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 154 SG ? ? C CYS 145 C CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 241 SG ? ? ? 1_555 C CYS 250 SG ? ? C CYS 255 C CYS 264 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 355 SG ? ? ? 1_555 C CYS 382 SG ? ? C CYS 369 C CYS 396 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 432 SG ? ? ? 1_555 C CYS 483 SG ? ? C CYS 446 C CYS 497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 529 SG ? ? ? 1_555 C CYS 542 SG ? ? C CYS 543 C CYS 556 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 594 SG ? ? ? 1_555 C CYS 616 SG ? ? C CYS 608 C CYS 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 599 SG ? ? ? 1_555 C CYS 605 SG ? ? C CYS 613 C CYS 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 701 SG ? ? ? 1_555 C CYS 712 SG ? ? C CYS 715 C CYS 726 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 903 SG ? ? ? 1_555 C CYS 914 SG ? ? C CYS 917 C CYS 928 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf33 disulf ? ? D CYS 696 SG ? ? ? 1_555 D CYS 703 SG ? ? D CYS 761 D CYS 768 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf34 disulf ? ? D CYS 733 SG ? ? ? 1_555 D CYS 769 SG ? ? D CYS 798 D CYS 834 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf35 disulf ? ? E CYS 696 SG ? ? ? 1_555 E CYS 703 SG ? ? E CYS 761 E CYS 768 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf36 disulf ? ? E CYS 733 SG ? ? ? 1_555 E CYS 769 SG ? ? E CYS 798 E CYS 834 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? covale1 covale one ? A ASN 48 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 62 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 84 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 98 A NAG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 229 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 243 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 426 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 440 A NAG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 504 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 518 A NAG 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 524 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 538 A NAG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 671 A NAG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 48 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 62 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? B ASN 84 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? B ASN 98 B NAG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 157 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? B ASN 171 B NAG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? B ASN 229 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 243 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 504 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 518 B NAG 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 524 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? B ASN 538 B NAG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B ASN 671 B NAG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? C ASN 48 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 62 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? C ASN 84 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 98 C NAG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? C ASN 157 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 171 C NAG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 229 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 243 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 504 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 518 C NAG 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 524 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 538 C NAG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 671 C NAG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 700 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 714 C NAG 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 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O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale32 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale33 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale34 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale35 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? covale36 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG AA . ? 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CYS A 145 ? 1_555 CYS A 168 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 29 CYS A 241 ? CYS A 250 ? CYS A 255 ? 1_555 CYS A 264 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 30 CYS A 303 ? CYS A 306 ? CYS A 317 ? 1_555 CYS A 320 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 31 CYS A 326 ? CYS A 372 ? CYS A 340 ? 1_555 CYS A 386 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 32 CYS A 355 ? CYS A 382 ? CYS A 369 ? 1_555 CYS A 396 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 33 CYS A 432 ? CYS A 483 ? CYS A 446 ? 1_555 CYS A 497 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 34 CYS A 529 ? CYS A 542 ? CYS A 543 ? 1_555 CYS A 556 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 35 CYS A 594 ? CYS A 616 ? CYS A 608 ? 1_555 CYS A 630 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 36 CYS A 599 ? CYS A 605 ? CYS A 613 ? 1_555 CYS A 619 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 37 CYS A 701 ? CYS A 712 ? CYS A 715 ? 1_555 CYS A 726 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 38 CYS A 903 ? CYS A 914 ? 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ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'Contrast transfer function (CTF) estimation was conducted by patch-CTF estimation function in CryoSPARC v4.1.1' 4 1 ? ? cryoSPARC 4.1.1 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 8 ? ? ? ? ? OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? cryoSPARC 4.1.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? cryoSPARC 4.1.1 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? cryoSPARC 4.1.1 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? ? ? 'VOLUME SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 15 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 17 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 18 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-CDA-109-L08 1 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-IDR-112-04 2 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-IDR-111-03 3 'National Science Council (NSC, Taiwan)' Taiwan 110-2113-M-001-050-MY3 4 'National Science Council (NSC, Taiwan)' Taiwan 110-2311-B-001-013-MY3 5 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-CFII-111-201 6 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-CFII-111-209 7 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-CFII-111-210 8 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-KPQ-109-TPP2 9 # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 3 NAG 1 n 3 NAG 2 n 3 BMA 3 n 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 8WDE _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #