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EMDB EMD-37535 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-04-17 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8WH9 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-09-22 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state' _pdbx_database_related.db_id EMD-37535 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 4 _pdbx_contact_author.email dujm@sustech.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Jiamu _pdbx_contact_author.name_last Du _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-1337-0786 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Liu, Y.' 1 ? 'Zhang, Z.' 2 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Liu, Y.' 1 0000-0002-5183-4895 primary 'Zhang, Z.' 2 0000-0003-0973-9189 primary 'Hu, H.' 3 0000-0002-3086-3072 primary 'Chen, W.' 4 ? primary 'Zhang, F.' 5 0000-0002-8863-7801 primary 'Wang, Q.' 6 ? primary 'Wang, C.' 7 0000-0001-5206-9737 primary 'Yan, K.' 8 0000-0003-4176-5109 primary 'Du, J.' 9 0000-0002-1337-0786 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15300.968 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11436.467 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A.6' 13680.854 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B.6' 16474.459 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (sense strand)' 45123.758 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (antisense strand)' 45626.043 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'ATP-dependent DNA helicase DDM1' 86844.836 1 3.6.4.12 ? ? ? 8 non-polymer syn 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' 66.007 1 ? ? ? ? 9 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 'HTA1,Protein RESISTANT TO AGROBACTERIUM TRANSFORMATION 5' 4 H2BAt,HTB9 7 ;Protein CHROMATIN REMODELING 1,AtCHR1,CHR01,Protein DECREASED DNA METHYLATION 1,AtDDM1,Protein SOMNIFEROUS 1,SWI/SNF2-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin DDM1 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MAGRGKTLGSGGAKKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRI VPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIANGGVMPNIHNLLLPKKAGASKPQED ; ;MAGRGKTLGSGGAKKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRI VPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIANGGVMPNIHNLLLPKKAGASKPQED ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGI SSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; ;MAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGI SSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) 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(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGGCGGTTAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SMVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLRE DEEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAK RAVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIG FLSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAK RILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEK 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FSEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQ TKPVHVYRLSTAQSIETRVLKRAYSKLKLEHVVIGQGQFHQERAKSSTPLEEEDILALLKEDETAEDKLIQTDISDADLD RLLDRSDLTITAPGETQAAEAFPVKGPGWEVVLPSSGGMLSSLNS ; K ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' BEF 9 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 PHE n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 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n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 ILE n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 ARG n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 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_refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.010 ? 16209 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.443 ? 23103 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 25.363 ? 6541 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.122 ? 2618 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 1930 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8WH9 _struct.title 'Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8WH9 _struct_keywords.text 'complex, nucleosome, chromatin remodeling, structural protein-hydrolase-dna complex, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 8 ? M N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_ARATH P59226 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_ARATH P59259 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A6_ARATH Q9LD28 ? 3 ;MAGRGKTLGSGGAKKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRI VPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIANGGVMPNIHNLLLPKKAGASKPQED ; 1 4 UNP H2B6_ARATH O23629 ? 4 ;MAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGI SSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; 1 5 PDB 8WH9 8WH9 ? 5 ? 1 6 PDB 8WH9 8WH9 ? 6 ? 1 7 UNP DDM1_ARATH Q9XFH4 ? 7 ;MVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLRED EEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAKR AVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIGF LSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAKR ILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEKN KNEATKEEEEKRRAQVVSKLHGILRPFILRRMKCDVELSLPRKKEIIMYATMTDHQKKFQEHLVNNTLEAHLGENAIRGQ GWKGKLNNLVIQLRKNCNHPDLLQGQIDGSYLYPPVEEIVGQCGKFRLLERLLVRLFANNHKVLIFSQWTKLLDIMDYYF SEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQT KPVHVYRLSTAQSIETRVLKRAYSKLKLEHVVIGQGQFHQERAKSSTPLEEEDILALLKEDETAEDKLIQTDISDADLDR LLDRSDLTITAPGETQAAEAFPVKGPGWEVVLPSSGGMLSSLNS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8WH9 A 1 ? 136 ? 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Q9XFH4 1 ? 764 ? 1 764 # _struct_ref_seq_dif.align_id 11 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 8WH9 _struct_ref_seq_dif.mon_id SER _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id K _struct_ref_seq_dif.seq_num 1 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code Q9XFH4 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num ? _struct_ref_seq_dif.details 'expression tag' _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 0 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? 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