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EMDB EMD-37537 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-04-17 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8WHA _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-09-22 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2' _pdbx_database_related.db_id EMD-37537 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 4 _pdbx_contact_author.email dujm@sustech.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Jiamu _pdbx_contact_author.name_last Du _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-1337-0786 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Liu, Y.' 1 ? 'Zhang, Z.' 2 ? 'Du, J.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Plants _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2055-0278 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 374 _citation.page_last 380 _citation.title 'Molecular basis of chromatin remodelling by DDM1 involved in plant DNA methylation.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41477-024-01640-z _citation.pdbx_database_id_PubMed 38413824 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Liu, Y.' 1 0000-0002-5183-4895 primary 'Zhang, Z.' 2 0000-0003-0973-9189 primary 'Hu, H.' 3 0000-0002-3086-3072 primary 'Chen, W.' 4 ? primary 'Zhang, F.' 5 0000-0002-8863-7801 primary 'Wang, Q.' 6 ? primary 'Wang, C.' 7 0000-0001-5206-9737 primary 'Yan, K.' 8 0000-0003-4176-5109 primary 'Du, J.' 9 0000-0002-1337-0786 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15300.968 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11436.467 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A.6' 13680.854 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B.6' 16474.459 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (sense strand)' 45123.758 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (antisense strand)' 45626.043 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'ATP-dependent DNA helicase DDM1' 86844.836 2 3.6.4.12 ? ? ? 8 non-polymer syn 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' 66.007 2 ? ? ? ? 9 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 'HTA1,Protein RESISTANT TO AGROBACTERIUM TRANSFORMATION 5' 4 H2BAt,HTB9 7 ;Protein CHROMATIN REMODELING 1,AtCHR1,CHR01,Protein DECREASED DNA METHYLATION 1,AtDDM1,Protein SOMNIFEROUS 1,SWI/SNF2-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin DDM1 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MAGRGKTLGSGGAKKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRI VPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIANGGVMPNIHNLLLPKKAGASKPQED ; ;MAGRGKTLGSGGAKKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRI VPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIANGGVMPNIHNLLLPKKAGASKPQED ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGI SSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; ;MAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGI SSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) 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(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGGCGGTTAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SMVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLRE DEEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAK RAVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIG FLSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAK RILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEK 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FSEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQ TKPVHVYRLSTAQSIETRVLKRAYSKLKLEHVVIGQGQFHQERAKSSTPLEEEDILALLKEDETAEDKLIQTDISDADLD RLLDRSDLTITAPGETQAAEAFPVKGPGWEVVLPSSGGMLSSLNS ; K,L ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' BEF 9 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 PHE n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 LYS n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 PRO n 1 68 PHE n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 ARG n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 76 ALA n 1 77 GLN n 1 78 ASP n 1 79 PHE n 1 80 LYS n 1 81 THR n 1 82 ASP n 1 83 LEU n 1 84 ARG n 1 85 PHE n 1 86 GLN n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 ALA n 1 90 VAL n 1 91 ALA n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 GLN n 1 95 GLU n 1 96 ALA n 1 97 ALA n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 TYR n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 GLY n 1 104 LEU n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ASP n 1 108 THR n 1 109 ASN n 1 110 LEU n 1 111 CYS n 1 112 ALA n 1 113 ILE n 1 114 HIS n 1 115 ALA n 1 116 LYS n 1 117 ARG n 1 118 VAL n 1 119 THR n 1 120 ILE n 1 121 MET n 1 122 PRO n 1 123 LYS n 1 124 ASP n 1 125 ILE n 1 126 GLN n 1 127 LEU n 1 128 ALA n 1 129 ARG n 1 130 ARG n 1 131 ILE n 1 132 ARG n 1 133 GLY n 1 134 GLU n 1 135 ARG n 1 136 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 ILE n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 ARG n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 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E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 7 ? M N N 8 ? N N N 9 ? O N N 8 ? P N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_ARATH P59226 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRFRPGTVALREIRKYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVAALQEAAEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_ARATH P59259 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A6_ARATH Q9LD28 ? 3 ;MAGRGKTLGSGGAKKATSRSSKAGLQFPVGRIARFLKAGKYAERVGAGAPVYLAAVLEYLAAEVLELAGNAARDNKKTRI VPRHIQLAVRNDEELSKLLGDVTIANGGVMPNIHNLLLPKKAGASKPQED ; 1 4 UNP H2B6_ARATH O23629 ? 4 ;MAPRAEKKPAEKKPAAEKPVEEKSKAEKAPAEKKPKAGKKLPKEAGAGGDKKKKMKKKSVETYKIYIFKVLKQVHPDIGI SSKAMGIMNSFINDIFEKLASESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS ; 1 5 PDB 8WHA 8WHA ? 5 ? 1 6 PDB 8WHA 8WHA ? 6 ? 1 7 UNP DDM1_ARATH Q9XFH4 ? 7 ;MVSLRSRKVIPASEMVSDGKTEKDASGDSPTSVLNEEENCEEKSVTVVEEEILLAKNGDSSLISEAMAQEEEQLLKLRED EEKANNAGSAVAPNLNETQFTKLDELLTQTQLYSEFLLEKMEDITINGIESESQKAEPEKTGRGRKRKAASQYNNTKAKR AVAAMISRSKEDGETINSDLTEEETVIKLQNELCPLLTGGQLKSYQLKGVKWLISLWQNGLNGILADQMGLGKTIQTIGF LSHLKGNGLDGPYLVIAPLSTLSNWFNEIARFTPSINAIIYHGDKNQRDELRRKHMPKTVGPKFPIVITSYEVAMNDAKR ILRHYPWKYVVIDEGHRLKNHKCKLLRELKHLKMDNKLLLTGTPLQNNLSELWSLLNFILPDIFTSHDEFESWFDFSEKN KNEATKEEEEKRRAQVVSKLHGILRPFILRRMKCDVELSLPRKKEIIMYATMTDHQKKFQEHLVNNTLEAHLGENAIRGQ GWKGKLNNLVIQLRKNCNHPDLLQGQIDGSYLYPPVEEIVGQCGKFRLLERLLVRLFANNHKVLIFSQWTKLLDIMDYYF SEKGFEVCRIDGSVKLDERRRQIKDFSDEKSSCSIFLLSTRAGGLGINLTAADTCILYDSDWNPQMDLQAMDRCHRIGQT KPVHVYRLSTAQSIETRVLKRAYSKLKLEHVVIGQGQFHQERAKSSTPLEEEDILALLKEDETAEDKLIQTDISDADLDR LLDRSDLTITAPGETQAAEAFPVKGPGWEVVLPSSGGMLSSLNS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8WHA A 1 ? 136 ? P59226 1 ? 136 ? 0 135 2 2 8WHA B 1 ? 103 ? P59259 1 ? 103 ? 0 102 3 3 8WHA C 1 ? 130 ? Q9LD28 1 ? 130 ? 0 129 4 4 8WHA D 1 ? 150 ? O23629 1 ? 150 ? 0 149 5 1 8WHA E 1 ? 136 ? P59226 1 ? 136 ? 0 135 6 2 8WHA F 1 ? 103 ? P59259 1 ? 103 ? 0 102 7 3 8WHA G 1 ? 130 ? Q9LD28 1 ? 130 ? 0 129 8 4 8WHA H 1 ? 150 ? O23629 1 ? 150 ? 0 149 9 5 8WHA I 1 ? 147 ? 8WHA 1 ? 147 ? 1 147 10 6 8WHA J 1 ? 147 ? 8WHA 1 ? 147 ? 1 147 11 7 8WHA K 2 ? 765 ? Q9XFH4 1 ? 764 ? 1 764 12 7 8WHA L 2 ? 765 ? Q9XFH4 1 ? 764 ? 1 764 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 11 8WHA SER K 1 ? UNP Q9XFH4 ? ? 'expression tag' 0 1 12 8WHA SER L 1 ? UNP Q9XFH4 ? ? 'expression tag' 0 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 64 ? ILE A 75 ? ARG A 63 ILE A 74 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 121 ? GLY A 133 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 43 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 SER C 18 ? GLY C 24 ? SER C 17 GLY C 23 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 28 ? ALA C 38 ? PRO C 27 ALA C 37 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY C 48 ? ASN C 75 ? GLY C 47 ASN C 74 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 AB3 VAL C 81 ? ASP C 92 ? VAL C 80 ASP C 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 92 ? LEU C 99 ? ASP C 91 LEU C 98 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR D 63 ? HIS D 75 ? TYR D 62 HIS D 74 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 81 ? ASN D 110 ? SER D 80 ASN D 109 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 THR D 116 ? LEU D 128 ? THR D 115 LEU D 127 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO D 129 ? SER D 150 ? PRO D 128 SER D 149 1 ? 22 HELX_P HELX_P18 AB9 THR E 46 ? GLN E 56 ? THR E 45 GLN E 55 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG E 64 ? GLN E 77 ? ARG E 63 GLN E 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET E 121 ? ILE E 131 ? MET E 120 ILE E 130 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP F 25 ? ILE F 30 ? ASP F 24 ILE F 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 31 ? GLY F 43 ? THR F 30 GLY F 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 83 ? ARG F 93 ? THR F 82 ARG F 92 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO G 28 ? GLY G 39 ? PRO G 27 GLY G 38 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 ALA G 47 ? ASN G 75 ? ALA G 46 ASN G 74 1 ? 29 HELX_P HELX_P28 AD1 VAL G 81 ? ASP G 92 ? VAL G 80 ASP G 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP G 92 ? LEU G 99 ? ASP G 91 LEU G 98 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 TYR H 63 ? HIS H 75 ? TYR H 62 HIS H 74 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 SER H 81 ? ASN H 110 ? SER H 80 ASN H 109 1 ? 30 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 117 ? LEU H 128 ? SER H 116 LEU H 127 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 PRO H 129 ? SER H 149 ? PRO H 128 SER H 148 1 ? 21 HELX_P HELX_P34 AD7 SER K 205 ? GLY K 221 ? SER K 204 GLY K 220 1 ? 17 HELX_P HELX_P35 AD8 LYS K 234 ? GLY K 247 ? LYS K 233 GLY K 246 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO K 259 ? THR K 274 ? PRO K 258 THR K 273 1 ? 16 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN K 287 ? LEU K 292 ? ASN K 286 LEU K 291 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 TYR K 312 ? ASP K 318 ? TYR K 311 ASP K 317 1 ? 7 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP K 318 ? ARG K 324 ? ASP K 317 ARG K 323 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU K 335 ? LYS K 340 ? GLU K 334 LYS K 339 5 ? 6 HELX_P HELX_P41 AE5 CYS K 344 ? LEU K 353 ? CYS K 343 LEU K 352 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 AE6 LEU K 370 ? LEU K 381 ? LEU K 369 LEU K 380 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 AE7 VAL K 417 ? ARG K 426 ? VAL K 416 ARG K 425 1 ? 10 HELX_P HELX_P44 AE8 THR K 454 ? ASN K 466 ? THR K 453 ASN K 465 1 ? 13 HELX_P HELX_P45 AE9 THR K 468 ? LEU K 473 ? THR K 467 LEU K 472 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 GLY K 474 ? ASN K 476 ? GLY K 473 ASN K 475 5 ? 3 HELX_P HELX_P47 AF2 LEU K 490 ? HIS K 500 ? LEU K 489 HIS K 499 1 ? 11 HELX_P HELX_P48 AF3 PRO K 501 ? ASP K 509 ? PRO K 500 ASP K 508 1 ? 9 HELX_P HELX_P49 AF4 ILE K 520 ? GLN K 523 ? ILE K 519 GLN K 522 5 ? 4 HELX_P HELX_P50 AF5 CYS K 524 ? LEU K 537 ? CYS K 523 LEU K 536 1 ? 14 HELX_P HELX_P51 AF6 THR K 551 ? GLY K 565 ? THR K 550 GLY K 564 1 ? 15 HELX_P HELX_P52 AF7 LYS K 576 ? SER K 588 ? LYS K 575 SER K 587 1 ? 13 HELX_P HELX_P53 AF8 SER K 600 ? GLY K 605 ? SER K 599 GLY K 604 1 ? 6 HELX_P HELX_P54 AF9 ASN K 624 ? HIS K 636 ? ASN K 623 HIS K 635 1 ? 13 HELX_P HELX_P55 AG1 SER K 654 ? GLY K 677 ? SER K 653 GLY K 676 1 ? 24 HELX_P HELX_P56 AG2 SER L 205 ? GLY L 221 ? SER L 204 GLY L 220 1 ? 17 HELX_P HELX_P57 AG3 GLY L 233 ? GLY L 247 ? GLY L 232 GLY L 246 1 ? 15 HELX_P HELX_P58 AG4 PRO L 259 ? THR L 274 ? PRO L 258 THR L 273 1 ? 16 HELX_P HELX_P59 AG5 ASN L 287 ? LEU L 292 ? ASN L 286 LEU L 291 1 ? 6 HELX_P HELX_P60 AG6 TYR L 312 ? ASP L 318 ? TYR L 311 ASP L 317 1 ? 7 HELX_P HELX_P61 AG7 ASP L 318 ? ARG L 324 ? ASP L 317 ARG L 323 1 ? 7 HELX_P HELX_P62 AG8 GLU L 335 ? LYS L 340 ? GLU L 334 LYS L 339 5 ? 6 HELX_P HELX_P63 AG9 CYS L 344 ? LEU L 353 ? CYS L 343 LEU L 352 1 ? 10 HELX_P HELX_P64 AH1 LEU L 370 ? LEU L 381 ? LEU L 369 LEU L 380 1 ? 12 HELX_P HELX_P65 AH2 PRO L 382 ? PHE L 385 ? PRO L 381 PHE L 384 5 ? 4 HELX_P HELX_P66 AH3 VAL L 417 ? ARG L 426 ? VAL L 416 ARG L 425 1 ? 10 HELX_P HELX_P67 AH4 THR L 454 ? ASN L 466 ? THR L 453 ASN L 465 1 ? 13 HELX_P HELX_P68 AH5 THR L 468 ? LEU L 473 ? THR L 467 LEU L 472 1 ? 6 HELX_P HELX_P69 AH6 GLY L 474 ? ASN L 476 ? GLY L 473 ASN L 475 5 ? 3 HELX_P HELX_P70 AH7 ASN L 489 ? HIS L 500 ? ASN L 488 HIS L 499 1 ? 12 HELX_P HELX_P71 AH8 PRO L 501 ? ASP L 509 ? PRO L 500 ASP L 508 1 ? 9 HELX_P HELX_P72 AH9 GLU L 519 ? GLN L 523 ? GLU L 518 GLN L 522 5 ? 5 HELX_P HELX_P73 AI1 CYS L 524 ? LEU L 537 ? CYS L 523 LEU L 536 1 ? 14 HELX_P HELX_P74 AI2 THR L 551 ? GLY L 565 ? THR L 550 GLY L 564 1 ? 15 HELX_P HELX_P75 AI3 LYS L 576 ? SER L 588 ? LYS L 575 SER L 587 1 ? 13 HELX_P HELX_P76 AI4 SER L 600 ? GLY L 605 ? SER L 599 GLY L 604 1 ? 6 HELX_P HELX_P77 AI5 ASN L 624 ? HIS L 636 ? ASN L 623 HIS L 635 1 ? 13 HELX_P HELX_P78 AI6 SER L 654 ? GLY L 677 ? SER L 653 GLY L 676 1 ? 24 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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N N 400 LYS CG HG3 sing N N 401 LYS CD CE sing N N 402 LYS CD HD2 sing N N 403 LYS CD HD3 sing N N 404 LYS CE NZ sing N N 405 LYS CE HE2 sing N N 406 LYS CE HE3 sing N N 407 LYS NZ HZ1 sing N N 408 LYS NZ HZ2 sing N N 409 LYS NZ HZ3 sing N N 410 LYS OXT HXT sing N N 411 MET N CA sing N N 412 MET N H sing N N 413 MET N H2 sing N N 414 MET CA C sing N N 415 MET CA CB sing N N 416 MET CA HA sing N N 417 MET C O doub N N 418 MET C OXT sing N N 419 MET CB CG sing N N 420 MET CB HB2 sing N N 421 MET CB HB3 sing N N 422 MET CG SD sing N N 423 MET CG HG2 sing N N 424 MET CG HG3 sing N N 425 MET SD CE sing N N 426 MET CE HE1 sing N N 427 MET CE HE2 sing N N 428 MET CE HE3 sing N N 429 MET OXT HXT sing N N 430 PHE N CA sing N N 431 PHE N H sing N N 432 PHE N H2 sing N N 433 PHE CA C sing N N 434 PHE CA CB sing N N 435 PHE CA HA sing N N 436 PHE C O doub N N 437 PHE C OXT sing N N 438 PHE CB CG sing N N 439 PHE CB HB2 sing N N 440 PHE CB HB3 sing N N 441 PHE CG CD1 doub Y N 442 PHE CG CD2 sing Y 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J 21 ? 20 1 1 I DG 128 1_555 J DC 20 1_555 -1.028 -1.170 -1.725 -15.632 -19.993 10.992 119 I_DG128:DC20_J I 128 ? J 20 ? 19 1 1 I DT 129 1_555 J DA 19 1_555 0.521 -0.536 -0.935 19.887 -41.331 20.433 120 I_DT129:DA19_J I 129 ? J 19 ? 20 1 1 I DC 130 1_555 J DG 18 1_555 1.065 -0.910 -1.196 -1.801 -23.850 20.321 121 I_DC130:DG18_J I 130 ? J 18 ? 19 1 1 I DA 131 1_555 J DT 17 1_555 0.854 -0.445 1.141 9.827 -22.039 3.759 122 I_DA131:DT17_J I 131 ? J 17 ? 20 1 1 I DG 132 1_555 J DC 16 1_555 -2.747 2.083 0.054 7.883 -20.764 45.411 123 I_DG132:DC16_J I 132 ? J 16 ? ? ? 1 I DA 133 1_555 J DT 15 1_555 -0.595 0.087 -0.414 -4.061 -34.815 22.755 124 I_DA133:DT15_J I 133 ? J 15 ? ? 1 1 I DT 134 1_555 J DA 14 1_555 0.440 -0.193 -0.017 22.414 1.249 10.044 125 I_DT134:DA14_J I 134 ? J 14 ? 20 1 1 I DA 135 1_555 J DT 13 1_555 0.028 0.114 0.423 -2.224 -8.904 12.128 126 I_DA135:DT13_J I 135 ? J 13 ? 20 1 1 I DT 136 1_555 J DA 12 1_555 -0.721 -0.311 0.153 -0.305 -11.270 -2.402 127 I_DT136:DA12_J I 136 ? 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J 2 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DA 5 1_555 J DT 143 1_555 I DG 6 1_555 J DC 142 1_555 1.660 1.046 2.901 4.191 3.906 38.063 1.136 -2.035 3.147 5.948 -6.382 38.476 1 II_DA5DG6:DC142DT143_JJ I 5 ? J 143 ? I 6 ? J 142 ? 1 I DG 6 1_555 J DC 142 1_555 I DA 7 1_555 J DT 141 1_555 0.692 -1.610 3.342 -0.916 -2.834 29.836 -2.504 -1.534 3.455 -5.487 1.773 29.981 2 II_DG6DA7:DT141DC142_JJ I 6 ? J 142 ? I 7 ? J 141 ? 1 I DA 7 1_555 J DT 141 1_555 I DA 8 1_555 J DT 140 1_555 0.027 -1.484 3.944 4.628 -3.165 43.311 -1.625 0.506 4.019 -4.267 -6.239 43.655 3 II_DA7DA8:DT140DT141_JJ I 7 ? J 141 ? I 8 ? J 140 ? 1 I DA 8 1_555 J DT 140 1_555 I DT 9 1_555 J DA 139 1_555 -0.325 -1.509 3.286 2.916 -1.402 39.429 -2.064 0.825 3.304 -2.074 -4.313 39.556 4 II_DA8DT9:DA139DT140_JJ I 8 ? J 140 ? I 9 ? J 139 ? 1 I DT 9 1_555 J DA 139 1_555 I DC 10 1_555 J DG 138 1_555 -0.333 -0.522 5.049 -9.917 -7.751 41.582 0.480 -1.068 5.013 -10.628 13.599 43.364 5 II_DT9DC10:DG138DA139_JJ I 9 ? J 139 ? I 10 ? J 138 ? 1 I DC 10 1_555 J DG 138 1_555 I DC 11 1_555 J DG 137 1_555 0.123 0.013 3.580 3.922 -11.734 31.699 2.088 0.479 3.356 -20.530 -6.862 33.970 6 II_DC10DC11:DG137DG138_JJ I 10 ? J 138 ? I 11 ? J 137 ? 1 I DC 11 1_555 J DG 137 1_555 I DC 12 1_555 J DG 136 1_555 0.932 -0.625 2.737 6.338 1.193 27.140 -1.544 -0.625 2.848 2.498 -13.269 27.882 7 II_DC11DC12:DG136DG137_JJ I 11 ? J 137 ? I 12 ? J 136 ? 1 I DC 12 1_555 J DG 136 1_555 I DG 13 1_555 J DC 135 1_555 -1.361 0.240 2.792 -5.542 -5.632 39.203 0.919 1.432 2.890 -8.291 8.159 39.961 8 II_DC12DG13:DC135DG136_JJ I 12 ? J 136 ? I 13 ? J 135 ? 1 I DG 13 1_555 J DC 135 1_555 I DG 14 1_555 J DC 134 1_555 1.791 -1.391 4.460 13.126 3.909 31.677 -3.232 -0.061 4.623 6.779 -22.762 34.441 9 II_DG13DG14:DC134DC135_JJ I 13 ? J 135 ? I 14 ? J 134 ? 1 I DG 14 1_555 J DC 134 1_555 I DT 15 1_555 J DA 133 1_555 -0.128 -1.881 3.328 -1.678 6.708 39.747 -3.465 0.002 2.987 9.776 2.446 40.320 10 II_DG14DT15:DA133DC134_JJ I 14 ? J 134 ? I 15 ? J 133 ? 1 I DT 15 1_555 J DA 133 1_555 I DC 17 1_555 J DG 131 1_555 -0.898 -0.426 6.474 18.657 -1.377 56.779 -0.293 2.740 5.951 -1.407 -19.057 59.538 11 II_DT15DC17:DG131DA133_JJ I 15 ? J 133 ? I 17 ? 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