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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.694 ? 28874 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.722 ? 2896 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 3396 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 3699 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8WYR _struct.title 'Cryo-EM structure of human CD5L bound to IgM-Fc/J' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8WYR _struct_keywords.text 'immunoglobulin, CD5 antigen-like, pentamer, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 3 ? M N N 4 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 5 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 5 ? U N N 5 ? V N N 5 ? 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UNP P60568 ? ? linker 225 31 1 8WYR ASP A 53 ? UNP P60568 ? ? linker 226 32 1 8WYR THR A 54 ? UNP P60568 ? ? linker 227 33 1 8WYR THR A 55 ? UNP P60568 ? ? linker 228 34 3 8WYR SER B 22 ? UNP P60568 ? ? linker 195 35 3 8WYR ALA B 23 ? UNP P60568 ? ? linker 196 36 3 8WYR TRP B 24 ? UNP P60568 ? ? linker 197 37 3 8WYR SER B 25 ? UNP P60568 ? ? linker 198 38 3 8WYR HIS B 26 ? UNP P60568 ? ? linker 199 39 3 8WYR PRO B 27 ? UNP P60568 ? ? linker 200 40 3 8WYR GLN B 28 ? UNP P60568 ? ? linker 201 41 3 8WYR PHE B 29 ? UNP P60568 ? ? linker 202 42 3 8WYR GLU B 30 ? UNP P60568 ? ? linker 203 43 3 8WYR LYS B 31 ? UNP P60568 ? ? linker 204 44 3 8WYR GLY B 32 ? UNP P60568 ? ? linker 205 45 3 8WYR GLY B 33 ? UNP P60568 ? ? linker 206 46 3 8WYR GLY B 34 ? UNP P60568 ? ? linker 207 47 3 8WYR SER B 35 ? UNP P60568 ? ? linker 208 48 3 8WYR GLY B 36 ? UNP P60568 ? ? linker 209 49 3 8WYR GLY B 37 ? UNP P60568 ? ? linker 210 50 3 8WYR GLY B 38 ? UNP P60568 ? ? linker 211 51 3 8WYR SER B 39 ? UNP P60568 ? ? linker 212 52 3 8WYR GLY B 40 ? UNP P60568 ? ? linker 213 53 3 8WYR GLY B 41 ? UNP P60568 ? ? linker 214 54 3 8WYR SER B 42 ? UNP P60568 ? ? linker 215 55 3 8WYR ALA B 43 ? UNP P60568 ? ? linker 216 56 3 8WYR TRP B 44 ? UNP P60568 ? ? linker 217 57 3 8WYR SER B 45 ? UNP P60568 ? ? linker 218 58 3 8WYR HIS B 46 ? UNP P60568 ? ? linker 219 59 3 8WYR PRO B 47 ? UNP P60568 ? ? linker 220 60 3 8WYR GLN B 48 ? UNP P60568 ? ? linker 221 61 3 8WYR PHE B 49 ? UNP P60568 ? ? linker 222 62 3 8WYR GLU B 50 ? UNP P60568 ? ? linker 223 63 3 8WYR LYS B 51 ? UNP P60568 ? ? linker 224 64 3 8WYR ILE B 52 ? UNP P60568 ? ? linker 225 65 3 8WYR ASP B 53 ? UNP P60568 ? ? linker 226 66 3 8WYR THR B 54 ? UNP P60568 ? ? linker 227 67 3 8WYR THR B 55 ? UNP P60568 ? ? linker 228 68 5 8WYR SER C 22 ? UNP P60568 ? ? linker 195 69 5 8WYR ALA C 23 ? UNP P60568 ? ? linker 196 70 5 8WYR TRP C 24 ? UNP P60568 ? ? linker 197 71 5 8WYR SER C 25 ? UNP P60568 ? ? linker 198 72 5 8WYR HIS C 26 ? 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UNP P60568 ? ? linker 19 359 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 180 ? 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AH3 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? parallel AF6 4 5 ? parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF7 4 5 ? anti-parallel AF7 5 6 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG8 3 4 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH1 2 3 ? anti-parallel AH1 3 4 ? anti-parallel AH2 1 2 ? anti-parallel AH2 2 3 ? anti-parallel AH2 3 4 ? parallel AH3 1 2 ? anti-parallel AH3 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 173 ? 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