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EMDB EMD-37949 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-02-07 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8WZB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-11-01 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? 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_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-023-44577-1 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38191553 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Meng, X.' 1 0009-0003-5498-0518 primary 'Xu, C.' 2 ? primary 'Li, J.' 3 ? primary 'Qiu, B.' 4 ? primary 'Luo, J.' 5 ? primary 'Hong, Q.' 6 0000-0003-0693-6865 primary 'Tong, Y.' 7 ? primary 'Fang, C.' 8 ? primary 'Feng, Y.' 9 ? primary 'Ma, R.' 10 ? primary 'Shi, X.' 11 ? primary 'Lin, C.' 12 ? primary 'Pan, C.' 13 ? primary 'Zhu, X.' 14 0000-0001-8019-9336 primary 'Yan, X.' 15 0000-0002-3260-1690 primary 'Cong, Y.' 16 0000-0002-7164-8694 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'DPY30 domain containing 2' 18235.326 1 ? 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_entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MYPYDVPDYAENLYFQGAAAMDTAYLKNCFGTGLTQALAEVARVRPSDPIEYLAHWLYHYRSITVAEEKRRQEELQLKEA RDRSAEEAKTTEMLKEEGYQIQQKCEKCHQELPSTSFSSDKTPALQEDTAPLEEKTMRQESQPGASRVISEMPQRAIPS ; ;MYPYDVPDYAENLYFQGAAAMDTAYLKNCFGTGLTQALAEVARVRPSDPIEYLAHWLYHYRSITVAEEKRRQEELQLKEA RDRSAEEAKTTEMLKEEGYQIQQKCEKCHQELPSTSFSSDKTPALQEDTAPLEEKTMRQESQPGASRVISEMPQRAIPS ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKENLYFQGAAAMGLDYYAVLQVTRNSEDAQIKKAYRKLALKNHPLKSSEPGAPEIFKQ IAEAYDVLSDPVKRGIYDKFGEEGLKGGIPLEFGSQTPWTTGYVFHGNPDKVFHEFFGGDNPFSEFFDAEGNDIDLNFGG LWGRGVQKQDPPIERDLYLSLEDLFFGCTKKIKISRRVLNEDRYSSTIKDKILTIDVRPGWRQGTRITFEKEGDQGPNII PADIIFIVKEKLHPRFRREHDNLFFVYPIPLGKALTCCTVEVKTLDDRLLNIPINDIVHPKYFKIVPGEGMPLPENPSKK GDLFIFFDIQFPTRLTPQKKQMLRQALLT ; ;MDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKENLYFQGAAAMGLDYYAVLQVTRNSEDAQIKKAYRKLALKNHPLKSSEPGAPEIFKQ IAEAYDVLSDPVKRGIYDKFGEEGLKGGIPLEFGSQTPWTTGYVFHGNPDKVFHEFFGGDNPFSEFFDAEGNDIDLNFGG LWGRGVQKQDPPIERDLYLSLEDLFFGCTKKIKISRRVLNEDRYSSTIKDKILTIDVRPGWRQGTRITFEKEGDQGPNII PADIIFIVKEKLHPRFRREHDNLFFVYPIPLGKALTCCTVEVKTLDDRLLNIPINDIVHPKYFKIVPGEGMPLPENPSKK GDLFIFFDIQFPTRLTPQKKQMLRQALLT ; B,C ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MTDRNPRTAEASGLYTYSSRPRAVACQRRRHRDSILQPVEEPMSYGNIMYDRRVIRGNTYALPTGQVPGQPDPLELQRQQ QARRRALARKRAQEQLKPRTPEPVEGRKHVDIQTELYLEEIADRIVEVDMECQTDAFLDRPPTPLFIPAKTGKDVATQIL GGELFDFDLEVKPMLEVLVGKTIEQSLLEVMEEEELANLRARQYAYEEIRNVELAEVQRLEEQERRHREEKERRKKQQWE IVHKRNETLQKISALIFARQYLANLLPSVFDKLRNSGFFYDPIERDIEVGFLPWLMNEVEKSMEHSMVGRTVLDMLIRDV VERRINDYEHKEAMPPGQKTNVINGPNTVTDPSVTTLHTQKPVLDRVSSQPAPSQERKPVEEGGHLMAE ; ;MTDRNPRTAEASGLYTYSSRPRAVACQRRRHRDSILQPVEEPMSYGNIMYDRRVIRGNTYALPTGQVPGQPDPLELQRQQ QARRRALARKRAQEQLKPRTPEPVEGRKHVDIQTELYLEEIADRIVEVDMECQTDAFLDRPPTPLFIPAKTGKDVATQIL GGELFDFDLEVKPMLEVLVGKTIEQSLLEVMEEEELANLRARQYAYEEIRNVELAEVQRLEEQERRHREEKERRKKQQWE IVHKRNETLQKISALIFARQYLANLLPSVFDKLRNSGFFYDPIERDIEVGFLPWLMNEVEKSMEHSMVGRTVLDMLIRDV VERRINDYEHKEAMPPGQKTNVINGPNTVTDPSVTTLHTQKPVLDRVSSQPAPSQERKPVEEGGHLMAE ; D ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MEQKLISEEDLGSGMEVSMPLPQIYVEKTLALIKPDVVDKEEEIQDIILGSGFTIIQRRKLHLSPEHCSNFYVEQYGKMF FPNLTAYMSSGPLVAMILARHKAISYWKELMGPSNSLVAKETHPDSLRAIYGTDELRNALHGSNDFAASEREIRFMFPAV IIEPIPIGQAAKDYINLYVAPTLLQGLTELCKEKPPDPYLWLADWLMKNNPNKPKLCHFPVTEEP ; ;MEQKLISEEDLGSGMEVSMPLPQIYVEKTLALIKPDVVDKEEEIQDIILGSGFTIIQRRKLHLSPEHCSNFYVEQYGKMF FPNLTAYMSSGPLVAMILARHKAISYWKELMGPSNSLVAKETHPDSLRAIYGTDELRNALHGSNDFAASEREIRFMFPAV IIEPIPIGQAAKDYINLYVAPTLLQGLTELCKEKPPDPYLWLADWLMKNNPNKPKLCHFPVTEEP ; E ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MWSHPQFEKGSGMSDLGSEELEEEGENDLGEYEGERNEVGERHGHGKARLPNGDTYEGSYEFGKRHGQGTYKFKNGARYT GDYVKNKKHGQGTFIYPDGSRYEGEWADDQRHGQGVYYYVNNDTYTGEWFNHQRHGQGTYLYAETGSKYVGTWVHGQQEG AAELIHLNHRYQGKFMNKNPVGPGKYVFDIGCEQHGEYRLTDTERGEEEEEEETLVNIVPKWKALNITELALWTPTLSEE 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EWSLLPPATEEMAMQISVVSGRFMGDPSHEYEHTELQKVNEGEKVFDEEVVVQIKEETRLVSIIDQIDKAVAIIPRGALF KTPFGVTHVNRTFEGLPLSEVRKLSSYFHFREAIDLKNKTLLEKSDLEPSLDFLDSLEYDIPRGSWSIQMERGNALVVLR SLLWPGLTFYHAPRTKNYGYIYVGTGEKNMDLPFML ; ;MDADSLLLSLELASGSGQGLSPDRRASLLTSLMLVKRDYRFARVLFWGRILGLVADYYIAQGLSEDQLAPRKTLYSLNCT EWSLLPPATEEMAMQISVVSGRFMGDPSHEYEHTELQKVNEGEKVFDEEVVVQIKEETRLVSIIDQIDKAVAIIPRGALF KTPFGVTHVNRTFEGLPLSEVRKLSSYFHFREAIDLKNKTLLEKSDLEPSLDFLDSLEYDIPRGSWSIQMERGNALVVLR SLLWPGLTFYHAPRTKNYGYIYVGTGEKNMDLPFML ; H,c ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 TYR n 1 3 PRO n 1 4 TYR n 1 5 ASP n 1 6 VAL n 1 7 PRO n 1 8 ASP n 1 9 TYR n 1 10 ALA n 1 11 GLU n 1 12 ASN n 1 13 LEU n 1 14 TYR n 1 15 PHE n 1 16 GLN n 1 17 GLY n 1 18 ALA n 1 19 ALA n 1 20 ALA n 1 21 MET n 1 22 ASP n 1 23 THR n 1 24 ALA n 1 25 TYR n 1 26 LEU n 1 27 LYS n 1 28 ASN n 1 29 CYS n 1 30 PHE n 1 31 GLY n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 LEU n 1 35 THR n 1 36 GLN n 1 37 ALA n 1 38 LEU n 1 39 ALA n 1 40 GLU n 1 41 VAL n 1 42 ALA n 1 43 ARG n 1 44 VAL n 1 45 ARG n 1 46 PRO n 1 47 SER n 1 48 ASP n 1 49 PRO n 1 50 ILE n 1 51 GLU n 1 52 TYR n 1 53 LEU n 1 54 ALA n 1 55 HIS n 1 56 TRP n 1 57 LEU n 1 58 TYR n 1 59 HIS n 1 60 TYR n 1 61 ARG n 1 62 SER n 1 63 ILE n 1 64 THR n 1 65 VAL n 1 66 ALA n 1 67 GLU n 1 68 GLU n 1 69 LYS n 1 70 ARG n 1 71 ARG n 1 72 GLN n 1 73 GLU n 1 74 GLU n 1 75 LEU n 1 76 GLN n 1 77 LEU n 1 78 LYS n 1 79 GLU n 1 80 ALA n 1 81 ARG n 1 82 ASP n 1 83 ARG n 1 84 SER n 1 85 ALA n 1 86 GLU n 1 87 GLU n 1 88 ALA n 1 89 LYS n 1 90 THR n 1 91 THR n 1 92 GLU n 1 93 MET n 1 94 LEU n 1 95 LYS n 1 96 GLU n 1 97 GLU n 1 98 GLY n 1 99 TYR n 1 100 GLN n 1 101 ILE n 1 102 GLN n 1 103 GLN n 1 104 LYS n 1 105 CYS n 1 106 GLU n 1 107 LYS n 1 108 CYS n 1 109 HIS n 1 110 GLN n 1 111 GLU n 1 112 LEU n 1 113 PRO n 1 114 SER n 1 115 THR n 1 116 SER n 1 117 PHE n 1 118 SER n 1 119 SER n 1 120 ASP n 1 121 LYS n 1 122 THR n 1 123 PRO n 1 124 ALA n 1 125 LEU n 1 126 GLN n 1 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'expression tag' -1 123 11 8WZB GLY I 12 ? UNP Q8VIG3 ? ? 'expression tag' 0 124 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 MET A 21 ? 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VAL G 532 VAL G 536 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE G 617 ? ALA G 621 ? ILE G 617 ALA G 621 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 SER G 683 ? MET G 692 ? SER G 683 MET G 692 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP H 2 ? SER H 9 ? ASP H 2 SER H 9 1 ? 8 HELX_P HELX_P33 AD6 SER H 9 ? SER H 14 ? SER H 9 SER H 14 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 SER H 21 ? TYR H 39 ? SER H 21 TYR H 39 1 ? 19 HELX_P HELX_P35 AD8 THR H 89 ? MET H 94 ? THR H 89 MET H 94 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 GLN H 95 ? VAL H 99 ? GLN H 95 VAL H 99 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU H 136 ? VAL H 151 ? GLU H 136 VAL H 151 1 ? 16 HELX_P HELX_P38 AE2 SER H 216 ? ASP H 220 ? SER H 216 ASP H 220 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP H 271 ? LEU H 276 ? ASP H 271 LEU H 276 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 LEU I 206 ? LEU I 218 ? LEU S 206 LEU S 218 1 ? 13 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN I 227 ? GLU I 242 ? ASN S 227 GLU S 242 1 ? 16 HELX_P HELX_P42 AE6 ILE I 250 ? LYS I 259 ? ILE S 250 LYS S 259 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 LEU I 277 ? GLN I 286 ? 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ASP c 271 LEU c 276 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LEU 289 C . ? LEU 256 C LEU 290 C ? LEU 257 C 1 -1.25 2 GLU 163 E . ? GLU 149 E PRO 164 E ? PRO 150 E 1 -12.59 3 LYS 192 E . ? LYS 178 E GLU 193 E ? GLU 179 E 1 -2.77 4 GLU 207 F . ? 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