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T . n T 4 47 DA 47 1 1 DA DA T . n T 4 48 DC 48 2 2 DC DC T . n T 4 49 DG 49 3 3 DG DG T . n T 4 50 DC 50 4 4 DC DC T . n T 4 51 DG 51 5 5 DG DG T . n T 4 52 DC 52 6 6 DC DC T . n T 4 53 DA 53 7 7 DA DA T . n T 4 54 DT 54 8 8 DT DT T . n T 4 55 DG 55 9 9 DG DG T . n T 4 56 DG 56 10 10 DG DG T . n T 4 57 DA 57 11 11 DA DA T . n T 4 58 DT 58 12 12 DT DT T . n T 4 59 DC 59 13 13 DC DC T . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code U 5 ANP 1 601 601 ANP ANP A . V 5 ANP 1 601 601 ANP ANP B . W 6 MG 1 602 701 MG MG B . X 5 ANP 1 601 601 ANP ANP C . Y 6 MG 1 602 701 MG MG C . Z 7 ADP 1 601 601 ADP ADP E . AA 6 MG 1 602 701 MG MG E . BA 7 ADP 1 601 601 ADP ADP F . CA 6 MG 1 602 701 MG MG F . # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 Q ARG 225 ? CG ? Q ARG 225 CG 2 1 Y 1 Q ARG 225 ? CD ? Q ARG 225 CD 3 1 Y 1 Q ARG 225 ? NE ? Q ARG 225 NE 4 1 Y 1 Q ARG 225 ? CZ ? Q ARG 225 CZ 5 1 Y 1 Q ARG 225 ? NH1 ? Q ARG 225 NH1 6 1 Y 1 Q ARG 225 ? NH2 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.771 ? 67653 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.994 ? 6644 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 ? 7379 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 8636 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8XAX _struct.title 'Cryo-EM structure of an anti-phage defense complex bound to AMPPNP and DNA at state 2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8XAX _struct_keywords.text 'HerA, Helicase DUF4297, endonuclease, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 3 ? T N N 4 ? U N N 5 ? V N N 5 ? W N N 6 ? X N N 5 ? Y N N 6 ? Z N N 7 ? AA N N 6 ? BA N N 7 ? 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S DC 11 O2 ? ? ? 1_555 T DG 49 N2 ? ? S DC 11 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? S DT 13 O4 ? ? ? 1_555 T DA 47 N6 ? ? S DT 13 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG ? B SER 158 ? B SER 158 ? 1_555 MG ? W MG . ? B MG 602 ? 1_555 O1G ? V ANP . ? B ANP 601 ? 1_555 141.0 ? 2 OG ? B SER 158 ? B SER 158 ? 1_555 MG ? W MG . ? B MG 602 ? 1_555 O1B ? V ANP . ? B ANP 601 ? 1_555 68.3 ? 3 O1G ? V ANP . ? B ANP 601 ? 1_555 MG ? W MG . ? B MG 602 ? 1_555 O1B ? V ANP . ? B ANP 601 ? 1_555 78.7 ? 4 OG ? C SER 158 ? C SER 158 ? 1_555 MG ? Y MG . ? C MG 602 ? 1_555 O3G ? X ANP . ? C ANP 601 ? 1_555 125.3 ? 5 OG ? C SER 158 ? C SER 158 ? 1_555 MG ? Y MG . ? C MG 602 ? 1_555 O2B ? X ANP . ? C ANP 601 ? 1_555 64.0 ? 6 O3G ? X ANP . ? C ANP 601 ? 1_555 MG ? Y MG . ? C MG 602 ? 1_555 O2B ? X ANP . ? C ANP 601 ? 1_555 71.7 ? 7 OG ? E SER 158 ? E SER 158 ? 1_555 MG ? AA MG . ? E MG 602 ? 1_555 O1B ? Z ADP . ? E ADP 601 ? 1_555 59.9 ? 8 OG ? F SER 158 ? F SER 158 ? 1_555 MG ? CA MG . ? F MG 602 ? 1_555 OE2 ? F GLU 192 ? F GLU 192 ? 1_555 71.0 ? 9 OG ? F SER 158 ? F SER 158 ? 1_555 MG ? CA MG . ? F MG 602 ? 1_555 O1B ? BA ADP . ? F ADP 601 ? 1_555 83.5 ? 10 OE2 ? F GLU 192 ? F GLU 192 ? 1_555 MG ? CA MG . ? F MG 602 ? 1_555 O1B ? BA ADP . ? F ADP 601 ? 1_555 154.1 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 96 A . ? PRO 96 A PRO 97 A ? PRO 97 A 1 -3.18 2 PRO 96 B . ? PRO 96 B PRO 97 B ? PRO 97 B 1 -3.02 3 PRO 96 C . ? PRO 96 C PRO 97 C ? PRO 97 C 1 -3.21 4 PRO 96 D . ? PRO 96 D PRO 97 D ? PRO 97 D 1 0.30 5 PRO 96 E . ? PRO 96 E PRO 97 E ? PRO 97 E 1 -3.88 6 PRO 96 F . ? PRO 96 F PRO 97 F ? PRO 97 F 1 -3.02 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 43 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 9 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 11 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 11 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 11 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 7 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 11 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 6 ? AC5 ? 7 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 6 ? AC8 ? 6 ? AC9 ? 6 ? AD1 ? 6 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 6 ? AD4 ? 6 ? AD5 ? 6 ? AD6 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 1 7 ? anti-parallel AA1 1 40 ? anti-parallel AA1 2 5 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 3 7 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 4 8 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 8 9 ? anti-parallel AA1 8 15 ? anti-parallel AA1 9 12 ? anti-parallel AA1 10 11 ? anti-parallel AA1 10 15 ? anti-parallel AA1 11 12 ? anti-parallel AA1 11 13 ? anti-parallel AA1 11 16 ? anti-parallel AA1 13 14 ? anti-parallel AA1 16 17 ? anti-parallel AA1 16 22 ? anti-parallel AA1 17 20 ? anti-parallel AA1 18 19 ? anti-parallel AA1 18 22 ? anti-parallel AA1 19 20 ? anti-parallel AA1 19 23 ? anti-parallel AA1 20 21 ? anti-parallel AA1 23 24 ? anti-parallel AA1 23 29 ? anti-parallel AA1 24 27 ? anti-parallel AA1 25 26 ? anti-parallel AA1 25 29 ? anti-parallel AA1 26 27 ? anti-parallel AA1 26 30 ? anti-parallel AA1 27 28 ? anti-parallel AA1 30 31 ? anti-parallel AA1 30 36 ? anti-parallel AA1 31 34 ? anti-parallel AA1 32 33 ? anti-parallel AA1 32 36 ? anti-parallel AA1 33 34 ? anti-parallel AA1 33 37 ? anti-parallel AA1 34 35 ? anti-parallel AA1 37 38 ? anti-parallel AA1 37 43 ? anti-parallel AA1 38 41 ? anti-parallel AA1 39 40 ? anti-parallel AA1 39 43 ? anti-parallel AA1 40 41 ? anti-parallel AA1 41 42 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? parallel AA3 5 6 ? parallel AA3 6 7 ? parallel AA3 7 8 ? parallel AA3 8 9 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? parallel AA6 6 7 ? parallel AA6 7 8 ? parallel AA6 8 9 ? parallel AA6 9 10 ? parallel AA6 10 11 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? parallel AA9 6 7 ? parallel AA9 7 8 ? parallel AA9 8 9 ? parallel AA9 9 10 ? parallel AA9 10 11 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? parallel AB3 6 7 ? parallel AB3 7 8 ? parallel AB3 8 9 ? parallel AB3 9 10 ? parallel AB3 10 11 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB7 5 6 ? parallel AB7 6 7 ? parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? parallel AC1 6 7 ? parallel AC1 7 8 ? parallel AC1 8 9 ? parallel AC1 9 10 ? parallel AC1 10 11 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? parallel AC4 5 6 ? parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? parallel AC5 3 4 ? parallel AC5 4 5 ? parallel AC5 5 6 ? parallel AC5 6 7 ? parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? parallel AC6 4 5 ? parallel AC6 5 6 ? parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? parallel AC7 3 4 ? parallel AC7 4 5 ? parallel AC7 5 6 ? parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? parallel AC8 3 4 ? parallel AC8 4 5 ? parallel AC8 5 6 ? parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? parallel AC9 3 4 ? parallel AC9 4 5 ? parallel AC9 5 6 ? parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? parallel AD1 4 5 ? parallel AD1 5 6 ? parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? parallel AD2 3 4 ? parallel AD2 4 5 ? parallel AD2 5 6 ? parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? parallel AD3 3 4 ? parallel AD3 4 5 ? parallel AD3 5 6 ? parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? parallel AD4 3 4 ? parallel AD4 4 5 ? parallel AD4 5 6 ? parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? parallel AD5 3 4 ? parallel AD5 4 5 ? parallel AD5 5 6 ? parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? parallel AD6 4 5 ? parallel AD6 5 6 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 9 ? VAL A 14 ? ALA A 9 VAL A 14 AA1 2 LEU A 19 ? VAL A 23 ? LEU A 19 VAL A 23 AA1 3 TYR A 41 ? SER A 45 ? TYR A 41 SER A 45 AA1 4 VAL A 50 ? GLU A 62 ? VAL A 50 GLU A 62 AA1 5 LYS A 70 ? LYS A 82 ? LYS A 70 LYS A 82 AA1 6 LYS A 85 ? ARG A 88 ? LYS A 85 ARG A 88 AA1 7 LYS A 99 ? PRO A 102 ? LYS A 99 PRO A 102 AA1 8 ALA B 9 ? VAL B 14 ? ALA B 9 VAL B 14 AA1 9 LEU B 19 ? VAL B 23 ? LEU B 19 VAL B 23 AA1 10 TYR B 41 ? VAL B 44 ? TYR B 41 VAL B 44 AA1 11 VAL B 50 ? GLU B 62 ? VAL B 50 GLU B 62 AA1 12 LYS B 70 ? PRO B 77 ? LYS B 70 PRO B 77 AA1 13 GLY B 79 ? LYS B 82 ? GLY B 79 LYS B 82 AA1 14 LYS B 85 ? ARG B 88 ? LYS B 85 ARG B 88 AA1 15 LYS B 99 ? PRO B 102 ? LYS B 99 PRO B 102 AA1 16 ILE C 7 ? VAL C 14 ? ILE C 7 VAL C 14 AA1 17 LEU C 19 ? LEU C 26 ? LEU C 19 LEU C 26 AA1 18 TYR C 41 ? SER C 45 ? TYR C 41 SER C 45 AA1 19 VAL C 50 ? GLU C 62 ? VAL C 50 GLU C 62 AA1 20 LYS C 70 ? LYS C 82 ? LYS C 70 LYS C 82 AA1 21 LYS C 85 ? ARG C 88 ? LYS C 85 ARG C 88 AA1 22 LYS C 99 ? PRO C 102 ? LYS C 99 PRO C 102 AA1 23 ALA D 9 ? VAL D 14 ? ALA D 9 VAL D 14 AA1 24 LEU D 19 ? VAL D 23 ? LEU D 19 VAL D 23 AA1 25 TYR D 41 ? SER D 45 ? TYR D 41 SER D 45 AA1 26 VAL D 50 ? GLU D 62 ? VAL D 50 GLU D 62 AA1 27 LYS D 70 ? LYS D 82 ? LYS D 70 LYS D 82 AA1 28 LYS D 85 ? TYR D 87 ? LYS D 85 TYR D 87 AA1 29 LYS D 99 ? PRO D 102 ? LYS D 99 PRO D 102 AA1 30 ALA E 9 ? VAL E 14 ? ALA E 9 VAL E 14 AA1 31 LEU E 19 ? VAL E 23 ? LEU E 19 VAL E 23 AA1 32 TYR E 41 ? SER E 45 ? TYR E 41 SER E 45 AA1 33 VAL E 50 ? GLU E 62 ? VAL E 50 GLU E 62 AA1 34 LYS E 70 ? LYS E 82 ? LYS E 70 LYS E 82 AA1 35 LYS E 85 ? ARG E 88 ? LYS E 85 ARG E 88 AA1 36 LYS E 99 ? PRO E 102 ? LYS E 99 PRO E 102 AA1 37 ILE F 7 ? VAL F 14 ? ILE F 7 VAL F 14 AA1 38 LEU F 19 ? LEU F 26 ? LEU F 19 LEU F 26 AA1 39 TYR F 41 ? VAL F 44 ? TYR F 41 VAL F 44 AA1 40 VAL F 50 ? GLU F 62 ? VAL F 50 GLU F 62 AA1 41 LYS F 70 ? LYS F 82 ? LYS F 70 LYS F 82 AA1 42 LYS F 85 ? TYR F 87 ? LYS F 85 TYR F 87 AA1 43 LYS F 99 ? PRO F 102 ? 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