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B . n B 2 1236 GLY 1236 1240 ? ? ? B . n B 2 1237 GLY 1237 1241 ? ? ? B . n B 2 1238 GLY 1238 1242 ? ? ? B . n B 2 1239 SER 1239 1243 ? ? ? B . n B 2 1240 ALA 1240 1244 ? ? ? B . n B 2 1241 TRP 1241 1245 ? ? ? B . n B 2 1242 SER 1242 1246 ? ? ? B . n B 2 1243 HIS 1243 1247 ? ? ? B . n B 2 1244 PRO 1244 1248 ? ? ? B . n B 2 1245 GLN 1245 1249 ? ? ? B . n B 2 1246 PHE 1246 1250 ? ? ? B . n B 2 1247 GLU 1247 1251 ? ? ? B . n B 2 1248 LYS 1248 1252 ? ? ? B . n # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero C 3 NAG 1 C NAG 1 C NAG 1 n C 3 NAG 2 C NAG 2 C NAG 2 n C 3 BMA 3 C BMA 3 C BMA 3 n D 3 NAG 1 D NAG 1 D NAG 1 n D 3 NAG 2 D NAG 2 D NAG 2 n D 3 BMA 3 D BMA 3 D BMA 3 n E 4 NAG 1 E NAG 1 E NAG 1 n E 4 NAG 2 E NAG 2 E NAG 2 n F 4 NAG 1 F NAG 1 F NAG 1 n F 4 NAG 2 F NAG 2 F NAG 2 n G 4 NAG 1 G NAG 1 G NAG 1 n G 4 NAG 2 G NAG 2 G NAG 2 n # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 BMA ? ? BMA ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 NAG ? ? NAG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 ZN ? ? ZN ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 5 ZN 1 701 700 ZN ZN A . I 6 NAG 1 702 701 NAG NAG A . J 6 NAG 1 703 704 NAG NAG A . K 6 NAG 1 1301 521 NAG NAG B . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8Y18 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8Y18 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8Y18 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8Y18 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 6697 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.491 ? 9101 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.075 ? 923 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.044 ? 975 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1162 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8Y18 _struct.title 'Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron JN.1 RBD in complex with human ACE2 (local refinement from the spike protein)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8Y18 _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, Omicron, JN.1, RBD, human ACE2, VIRUS, HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'HYDROLASE/VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 4 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 6 ? 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N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 304 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 322 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 414 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 432 A NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 528 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 546 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.470 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 343 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 351 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 354 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? C NAG . O4 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? C NAG 1 C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.390 ? ? covale10 covale both ? C NAG . O4 ? ? ? 1_555 C BMA . C1 ? ? C NAG 2 C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? ? covale11 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.394 ? ? covale12 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? ? covale13 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.398 ? ? covale14 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.385 ? ? covale15 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.392 ? ? metalc1 metalc ? ? A HIS 356 NE2 ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A HIS 374 A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? ? metalc2 metalc ? ? A HIS 360 NE2 ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A HIS 378 A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? ? metalc3 metalc ? ? A GLU 384 OE1 ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A GLU 402 A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? ? metalc4 metalc ? ? A GLU 384 OE2 ? ? ? 1_555 H ZN . ZN ? ? A GLU 402 A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.100 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 NE2 ? 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None 'Disulfide bridge' 11 CYS A 512 ? CYS A 524 ? CYS A 530 ? 1_555 CYS A 542 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS B 333 ? CYS B 358 ? CYS B 336 ? 1_555 CYS B 361 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS B 376 ? CYS B 429 ? CYS B 379 ? 1_555 CYS B 432 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS B 477 ? CYS B 484 ? CYS B 480 ? 1_555 CYS B 488 ? 1_555 SG SG . . . 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