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EMD-38845 'consensus EM volume' EMDB . EMD-38846 'focused EM volume' EMDB . EMD-38848 'focused EM volume' EMDB 'Near-atomic structure of icosahedrally averaged jumbo bacteriophage PhiKZ capsid' EMD-39002 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email fangqlin3@mail.sysu.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Qianglin _pdbx_contact_author.name_last Fang _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-1844-7313 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Yang, Y.' 1 ? 'Shao, Q.' 2 ? 'Guo, M.' 3 ? 'Han, L.' 4 ? 'Zhao, X.' 5 ? 'Wang, A.' 6 ? 'Li, X.' 7 ? 'Wang, B.' 8 ? 'Pan, J.' 9 ? 'Chen, Z.' 10 ? 'Fokine, A.' 11 ? 'Sun, L.' 12 ? 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no no ;MEGIDMPATNAVRPFGRNYSGGQQQAISRFTARPGDPQVEELYLIFTNFPAQTAYWEFHKKVLACAIRLFSGNYNWFILQ DNNSNIDSYNYQFLLDTVRYIATGHRRISITQWPMLLATEPDAGAQLIEPRAEIATLFNELKLDLDTVSMIQNWVKHKNG MNDLMYTLHLLFGSVEVIDKD ; ;MEGIDMPATNAVRPFGRNYSGGQQQAISRFTARPGDPQVEELYLIFTNFPAQTAYWEFHKKVLACAIRLFSGNYNWFILQ DNNSNIDSYNYQFLLDTVRYIATGHRRISITQWPMLLATEPDAGAQLIEPRAEIATLFNELKLDLDTVSMIQNWVKHKNG MNDLMYTLHLLFGSVEVIDKD ; H ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSLLKMLDKLSLESIEDQGTTIHGDVELVVENETSADVSSVLAEVDQIENNPVEEVLDADDAVQPTALDTEVTIVQAEDE LGLIEDAKEALEKFQGLLLQAGEDGISRQAAAFMHVGMESIDRILGIEKSGLTAALENYDASPRSAIQKAAVISLEDLKE KLKEAGKKALEIIKKIVAMIKQKIKDFNPKLIALDMRITKTIDAIKSLKAGDLKKEEIKFTPSEYMVSSSGFIANNPKTI ADFMTVFSTQYVSALRKYGELGVRYLKGDKSIDIDQVTSDLQAKMAEDINKAVEKAPGNVKLEVTSSKSGVNKWEVVEGD GETDLHEVEVDVRAPSKILAHLNILKGLVIKLQDFNKIDYKIAENLEKALADWNPDEAGMSKETARDALNIGGIDNSALV NYIAKCIAAQYTFIVKHELAAYGKETSKAPENDEK ; ;MSLLKMLDKLSLESIEDQGTTIHGDVELVVENETSADVSSVLAEVDQIENNPVEEVLDADDAVQPTALDTEVTIVQAEDE 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DPAGRLKNLFVLLGGKVVKFKVDRLPRAVFQPDLVGDTRNAVIRFDSDDLVVSGDTTFIDGSADGVINDLKTAKLSLRLS VGFGGTISLSKGDSKFGATDTYVDKVLNEDGQVMDNADPAVKAILDQLTDLAVIGFELDTRFTNTNRRQRGHLLQTRALQ FRHPIPMHAPVTLPMDTMTDEGPGEVVKALTVNTNIRNSNNAVKRMLNYLAQLREVVHNGYNRPKFGIIEGALSAVMRPT YRYKELDLEKVIDTIKSKDRWDDVCAAILNCVKAELFPAHRDSNIEAAFRVISGNQDETPMYLFCSDKEIANYLMTKGDD RTLGAYLKYDIVSTNNQLFDGKLVVIPTRAVQQENDILSWGQFFYVSTVIADLPITRGGHQVTREIAAIPFNLHVNNIPF ALEFKITGFQKVMGETQFNGKLADLKP ; a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w,x,y,z,A ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MAKKKTVPAMDFFASLERVSDAEDKNVNLDVGKELPEQLKDDEDGKVNPCDEVTNVVTNTPIDVCKGPDVDGTADKINDK KIHVSQGLKEFQVAKGDRVENEITETADEMITKVSDTKDLNVSTKKPHQIADVPSNEDISIMEANETEQLDHGYDATALL ETTEDIITGELDDHLESLSVEMFTIVNELTKVESVQTALENYIGLVSNRHHRGHDVDHDLAKAISIALESFDYKYFNNTV PSMESFISPLTRPKASIEVLDNLQAKAKEVSTVALDFIKKLIRIVVETYQRIRQNVSNQIERVNKIMKRVKENELPDEVR TIAIPRDLILGDTGESWVGVDPVQGVTVIRNLFDSIEKNGLRALKAALAGKTTDDKALALAKGMFGTATKINANGVRYAS 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;MSKPNLEWLASLESKEAKSTVDSSDMDNDQKEGSDKSQQDEATEPEKKITATDVQIAIEEYARIRALTTTKDLPTDPEPG DTYHVNGVDWIYQEDGGWVTMQGIYGHEHFDENGLNIEASGIDQKSGATKRYVVTGYNAQTNPAAMPGDNLTECVILMQN GLVPEVGVNGLTADCLLKIVKDLFEGYQAGPFACEENQVVINSMDRALSAIHQRLVRRKEQGTEGTYSGN ; I ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MPTYIELINIVNDDTPEDDAVISDLMSQMNDKQTVLDSCRINHKGNAYFKFHVKGSISKDKLKALNETLKDSNLVVTDAS TQRGFMPPNKFDDITYTEESVGYRAMVWTSFTIEKLLV ; ;MPTYIELINIVNDDTPEDDAVISDLMSQMNDKQTVLDSCRINHKGNAYFKFHVKGSISKDKLKALNETLKDSNLVVTDAS TQRGFMPPNKFDDITYTEESVGYRAMVWTSFTIEKLLV ; C ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PHE n 1 3 LEU n 1 4 LEU n 1 5 PRO n 1 6 TYR n 1 7 GLU n 1 8 THR n 1 9 THR n 1 10 VAL n 1 11 CYS n 1 12 LYS n 1 13 THR n 1 14 LEU n 1 15 TYR n 1 16 ASN n 1 17 PRO n 1 18 THR n 1 19 GLY n 1 20 GLY n 1 21 GLY n 1 22 LYS n 1 23 LEU n 1 24 TYR n 1 25 PRO n 1 26 LYS n 1 27 GLN n 1 28 TYR n 1 29 VAL n 1 30 ASP n 1 31 GLN n 1 32 ILE n 1 33 GLU n 1 34 ASN n 1 35 ALA n 1 36 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PA N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8Y6V 8Y6V ? 1 ? 1 2 PDB 8Y6V 8Y6V ? 2 ? 1 3 PDB 8Y6V 8Y6V ? 3 ? 1 4 PDB 8Y6V 8Y6V ? 4 ? 1 5 PDB 8Y6V 8Y6V ? 5 ? 1 6 PDB 8Y6V 8Y6V ? 6 ? 1 7 PDB 8Y6V 8Y6V ? 7 ? 1 8 PDB 8Y6V 8Y6V ? 8 ? 1 9 PDB 8Y6V 8Y6V ? 9 ? 1 10 PDB 8Y6V 8Y6V ? 10 ? 1 11 PDB 8Y6V 8Y6V ? 11 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8Y6V D 1 ? 320 ? 8Y6V 1 ? 320 ? 1 320 2 2 8Y6V B 1 ? 271 ? 8Y6V 1 ? 271 ? 1 271 3 3 8Y6V E 1 ? 149 ? 8Y6V 1 ? 149 ? 1 149 4 3 8Y6V F 1 ? 149 ? 8Y6V 1 ? 149 ? 1 149 5 4 8Y6V G 1 ? 428 ? 8Y6V -5 ? 422 ? -5 422 6 5 8Y6V H 1 ? 181 ? 8Y6V -4 ? 176 ? -4 176 7 6 8Y6V K 1 ? 435 ? 8Y6V 1 ? 435 ? 1 435 8 6 8Y6V L 1 ? 435 ? 8Y6V 1 ? 435 ? 1 435 9 6 8Y6V M 1 ? 435 ? 8Y6V 1 ? 435 ? 1 435 10 7 8Y6V J 1 ? 177 ? 8Y6V 1 ? 177 ? 1 177 11 8 8Y6V a 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 12 8 8Y6V b 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 13 8 8Y6V c 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 14 8 8Y6V d 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 15 8 8Y6V e 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 16 8 8Y6V f 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 17 8 8Y6V g 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 18 8 8Y6V h 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 19 8 8Y6V i 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 20 8 8Y6V j 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 21 8 8Y6V k 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 22 8 8Y6V l 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 23 8 8Y6V m 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 24 8 8Y6V n 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 25 8 8Y6V o 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 26 8 8Y6V p 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 27 8 8Y6V q 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 28 8 8Y6V r 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 29 8 8Y6V s 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 30 8 8Y6V t 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 31 8 8Y6V u 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 32 8 8Y6V v 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 33 8 8Y6V w 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 34 8 8Y6V x 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 35 8 8Y6V y 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 36 8 8Y6V z 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 37 8 8Y6V A 1 ? 747 ? 8Y6V 1 ? 747 ? 1 747 38 9 8Y6V N 1 ? 522 ? 8Y6V 1 ? 522 ? 1 522 39 9 8Y6V O 1 ? 522 ? 8Y6V 1 ? 522 ? 1 522 40 9 8Y6V P 1 ? 522 ? 8Y6V 1 ? 522 ? 1 522 41 10 8Y6V I 1 ? 230 ? 8Y6V 1 ? 230 ? 1 230 42 11 8Y6V C 1 ? 118 ? 8Y6V 1 ? 118 ? 1 118 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete icosahedral assembly' ? 2520-meric 2520 2 'icosahedral asymmetric unit' ? 42-meric 42 3 'icosahedral pentamer' ? 210-meric 210 4 'icosahedral 23 hexamer' ? 252-meric 252 5 'icosahedral asymmetric unit, std point frame' ? 42-meric 42 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-60)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 3 '(1-5)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 4 '(1,2,6,10,23,24)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 5 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? -0.58770286 -0.80907685 -0.00003263 0.04888 0.68859385 -0.50020676 0.52500638 0.18692 -0.42478683 0.30852529 0.85109829 -0.23145 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.30901730 -0.95105642 -0.00003826 0.05743 0.95105592 0.30901719 -0.00100129 0.32997 0.00096410 0.00027303 0.99999950 0.00014 3 'point symmetry operation' ? ? -0.80901618 -0.58778568 0.00090221 -0.23865 0.58778440 -0.80901649 -0.00134710 0.48655 0.00152170 -0.00055951 0.99999869 0.00042 4 'point symmetry operation' ? ? -0.80901618 0.58778440 0.00152171 -0.47906 -0.58778567 -0.80901649 -0.00055952 0.25336 0.00090221 -0.00134708 0.99999869 0.00045 5 'point symmetry operation' ? ? 0.30901730 0.95105593 0.00096411 -0.33157 -0.95105641 0.30901719 0.00027303 -0.04735 -0.00003825 -0.00100129 0.99999950 0.00020 6 'point symmetry operation' ? ? -0.63911230 -0.26211496 -0.72307069 -0.19997 -0.26211495 -0.80962430 0.52517068 0.26609 -0.72307069 0.52517069 0.44873659 -0.19627 7 'point symmetry operation' ? ? -0.44747986 0.52663640 -0.72278342 -0.32326 -0.85048972 -0.00075832 0.52599112 -0.01604 0.27645797 0.85009031 0.44823818 -0.06444 8 'point symmetry operation' ? ? 0.36188481 0.58812095 -0.72329326 -0.17528 -0.26303014 0.80877299 0.52602415 -0.06506 0.89434586 -0.00011223 0.44737619 0.23200 9 'point symmetry operation' ? ? 0.67046725 -0.16263088 -0.72389562 0.03946 0.68841461 0.50022488 0.52522413 0.18677 0.27669293 -0.85048591 0.44734186 0.28339 10 'point symmetry operation' ? ? 0.05181701 -0.68810557 -0.72375807 0.02421 0.68898023 -0.49999965 0.52469666 0.39144 -0.72292547 -0.52584321 0.44818264 0.01870 11 'point symmetry operation' ? ? -0.05167701 -0.68887860 0.72303234 -0.13918 -0.68887860 -0.49958639 -0.52522348 0.22191 0.72303234 -0.52522349 -0.44873660 0.39398 12 'point symmetry operation' ? ? -0.67043409 -0.16353016 0.72372372 -0.36936 -0.68851637 0.50063823 -0.52469663 0.01743 -0.27652003 -0.85007015 -0.44823813 0.26213 13 'point symmetry operation' ? ? -0.36200432 0.58728462 0.72391275 -0.46172 0.26286562 0.80938048 -0.52517131 0.14302 -0.89434587 0.00017748 -0.44737615 -0.03431 14 'point symmetry operation' ? 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parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? parallel AE3 5 6 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 1 3 ? anti-parallel AE5 1 4 ? parallel AE5 3 5 ? parallel AE5 3 6 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 5 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AE9 4 5 ? anti-parallel AE9 4 6 ? anti-parallel AF1 1 2 ? parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF1 4 5 ? parallel AF2 1 2 ? parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 5 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF5 4 5 ? anti-parallel AF5 4 6 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF9 1 2 ? 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parallel AH5 3 4 ? anti-parallel AH5 3 5 ? anti-parallel AH6 1 2 ? parallel AH6 2 3 ? anti-parallel AH6 3 4 ? anti-parallel AH6 4 5 ? parallel AH7 1 2 ? anti-parallel AH7 1 3 ? anti-parallel AH7 1 4 ? parallel AH7 3 6 ? parallel AH7 3 9 ? anti-parallel AH7 5 7 ? parallel AH7 6 8 ? anti-parallel AH7 7 8 ? anti-parallel AH7 7 10 ? parallel AH8 1 2 ? anti-parallel AH9 1 2 ? anti-parallel AH9 2 3 ? anti-parallel AH9 3 4 ? anti-parallel AI1 1 5 ? anti-parallel AI1 2 3 ? anti-parallel AI1 3 4 ? anti-parallel AI1 4 5 ? anti-parallel AI1 4 6 ? anti-parallel AI2 1 2 ? anti-parallel AI3 1 4 ? anti-parallel AI3 2 3 ? anti-parallel AI3 2 4 ? anti-parallel AI3 2 5 ? parallel AI3 4 6 ? parallel AI3 6 8 ? anti-parallel AI3 7 8 ? anti-parallel AI3 7 9 ? anti-parallel AI4 1 2 ? parallel AI4 2 3 ? anti-parallel AI4 3 4 ? anti-parallel AI4 4 5 ? parallel AI4 5 6 ? anti-parallel AI5 1 2 ? parallel AI6 1 2 ? anti-parallel AI6 1 3 ? anti-parallel AI6 1 4 ? parallel AI6 3 5 ? anti-parallel AI7 1 2 ? anti-parallel AI8 1 2 ? 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