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D N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP R1AB_SARS2 P0DTD1 ? 1 ;APTKVTFGDDTVIEVQGYKSVNITFELDERIDKVLNEKCSAYTVELGTEVNEFACVVADAVIKTLQPVSELLTPLGIDLD EWSMATYYLFDESGEFKLASHMYCSFYPPDEDEEEGDCEEEEFEPSTQYEYGTEDDYQGKPLEFGATSAALQPEEEQEED WLDDDSQQTVGQQDGSEDNQTTTIQTIVEVQPQLEMELTPVVQTIEVNSFSGYLKLTDNVYIKNADIVEEAKKVKPTVVV NAANVYLKHGGGVAGALNKATNNAMQVESDDYIATNGPLKVGGSCVLSGHNLAKHCLHVVGPNVNKGEDIQLLKSAYENF NQHEVLLAPLLSAGIFGADPIHSLRVCVDTVRTNVYLAVFDKNLYDKLVSSFLEMKSEKQVEQKIAEIPKEEVKPFITES KPSVEQRKQDDKKIKACVEEVTTTLEETKFLTENLLLYIDINGNLHPDSATLVSDIDITFLKKDAPYIVGDVVQEGVLTA VVIPTKKAGGTTEMLAKALRKVPTDNYITTYPGQGLNGYTVEEAKTVLKKCKSAFYILPSIISNEKQEILGTVSWNLREM LAHAEETRKLMPVCVETKAIVSTIQRKYKGIKIQEGVVDYGARFYFYTSKTTVASLINTLNDLNETLVTMPLGYVTHGLN LEEAARYMRSLKVPATVSVSSPDAVTAYNGYLTSSSKTPEEHFIETISLAGSYKDWSYSGQSTQLGIEFLKRGDKSVYYT SNPTTFHLDGEVITFDNLKTLLSLREVRTIKVFTTVDNINLHTQVVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHNSHEGKTF YVLPNDDTLRVEAFEYYHTTDPSFLGRYMSALNHTKKWKYPQVNGLTSIKWADNNCYLATALLTLQQIELKFNPPALQDA YYRARAGEAANFCALILAYCNKTVGELGDVRETMSYLFQHANLDSCKRVLNVVCKTCGQQQTTLKGVEAVMYMGTLSYEQ FKKGVQIPCTCGKQATKYLVQQESPFVMMSAPPAQYELKHGTFTCASEYTGNYQCGHYKHITSKETLYCIDGALLTKSSE YKGPITDVFYKENSYTTTIKPVTYKLDGVVCTEIDPKLDNYYKKDNSYFTEQPIDLVPNQPYPNASFDNFKFVCDNIKFA DDLNQLTGYKKPASRELKVTFFPDLNGDVVAIDYKHYTPSFKKGAKLLHKPIVWHVNNATNKATYKPNTWCIRCLWSTKP VETSNSFDVLKSEDAQGMDNLACEDLKPVSEEVVENPTIQKDVLECNVKTTEVVGDIILKPANNSLKITEEVGHTDLMAA YVDNSSLTIKKPNELSRVLGLKTLATHGLAAVNSVPWDTIANYAKPFLNKVVSTTTNIVTRCLNRVCTNYMPYFFTLLLQ LCTFTRSTNSRIKASMPTTIAKNTVKSVGKFCLEASFNYLKSPNFSKLINIIIWFLLLSVCLGSLIYSTAALGVLMSNLG MPSYCTGYREGYLNSTNVTIATYCTGSIPCSVCLSGLDSLDTYPSLETIQITISSFKWDLTAFGLVAEWFLAYILFTRFF YVLGLAAIMQLFFSYFAVHFISNSWLMWLIINLVQMAPISAMVRMYIFFASFYYVWKSYVHVVDGCNSSTCMMCYKRNRA TRVECTTIVNGVRRSFYVYANGGKGFCKLHNWNCVNCDTFCAGSTFISDEVARDLSLQFKRPINPTDQSSYIVDSVTVKN GSIHLYFDKAGQKTYERHSLSHFVNLDNLRANNTKGSLPINVIVFDGKSKCEESSAKSASVYYSQLMCQPILLLDQALVS DVGDSAEVAVKMFDAYVNTFSSTFNVPMEKLKTLVATAEAELAKNVSLDNVLSTFISAARQGFVDSDVETKDVVECLKLS HQSDIEVTGDSCNNYMLTYNKVENMTPRDLGACIDCSARHINAQVAKSHNIALIWNVKDFMSLSEQLRKQIRSAAKKNNL PFKLTCATTRQVVNVVTTKIALKGG ; 819 2 UNP R1AB_SARS2 P0DTD1 ? 2 ;KIVNNWLKQLIKVTLVFLFVAAIFYLITPVHVMSKHTDFSSEIIGYKAIDGGVTRDIASTDTCFANKHADFDTWFSQRGG SYTNDKACPLIAAVITREVGFVVPGLPGTILRTTNGDFLHFLPRVFSAVGNICYTPSKLIEYTDFATSACVLAAECTIFK DASGKPVPYCYDTNVLEGSVAYESLRPDTRYVLMDGSIIQFPNTYLEGSVRVVTTFDSEYCRHGTCERSEAGVCVSTSGR WVLNNDYYRSLPGVFCGVDAVNLLTNMFTPLIQPIGALDISASIVAGGIVAIVVTCLAYYFMRFRRAFGEYSHVVAFNTL LFLMSFTVLCLTPVYSFLPGVYSVIYLYLTFYLTNDVSFLAHIQWMVMFTPLVPFWITIAYIICISTKHFYWFFSNYLKR RVVFNGVSFSTFEEAALCTFLLNKEMYLKLRSDVLLPLTQYNRYLALYNKYKYFSGAMDTTSYREAACCHLAKALNDFSN SGSDVLYQPPQTSITSAVLQ ; 2764 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8YAX A 1 ? 1945 ? 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THR C 269 ? ASP C 259 THR C 269 1 ? 11 HELX_P HELX_P83 AJ2 PRO C 270 ? GLN C 273 ? PRO C 270 GLN C 273 5 ? 4 HELX_P HELX_P84 AJ3 SER C 283 ? ALA C 307 ? SER C 283 ALA C 307 1 ? 25 HELX_P HELX_P85 AJ4 PHE C 308 ? GLU C 310 ? PHE C 308 GLU C 310 5 ? 3 HELX_P HELX_P86 AJ5 TYR C 311 ? LEU C 331 ? TYR C 311 LEU C 331 1 ? 21 HELX_P HELX_P87 AJ6 PHE C 337 ? THR C 350 ? PHE C 337 THR C 350 1 ? 14 HELX_P HELX_P88 AJ7 THR C 354 ? THR C 370 ? THR C 354 THR C 370 1 ? 17 HELX_P HELX_P89 AJ8 PRO C 371 ? VAL C 373 ? PRO C 371 VAL C 373 5 ? 3 HELX_P HELX_P90 AJ9 PRO C 374 ? LEU C 398 ? PRO C 374 LEU C 398 1 ? 25 HELX_P HELX_P91 AK1 PHE D 39 ? SER D 41 ? PHE D 39 SER D 41 5 ? 3 HELX_P HELX_P92 AK2 ALA D 69 ? GLN D 77 ? ALA D 69 GLN D 77 1 ? 9 HELX_P HELX_P93 AK3 ASP D 172 ? LEU D 176 ? ASP D 172 LEU D 176 5 ? 5 HELX_P HELX_P94 AK4 GLU D 183 ? LEU D 185 ? GLU D 183 LEU D 185 5 ? 3 HELX_P HELX_P95 AK5 ASP D 259 ? MET D 267 ? ASP D 259 MET D 267 1 ? 9 HELX_P HELX_P96 AK6 PHE D 268 ? GLN D 273 ? PHE D 268 GLN D 273 5 ? 6 HELX_P HELX_P97 AK7 SER D 281 ? TYR D 299 ? SER D 281 TYR D 299 1 ? 19 HELX_P HELX_P98 AK8 TYR D 299 ? LEU D 331 ? TYR D 299 LEU D 331 1 ? 33 HELX_P HELX_P99 AK9 PHE D 337 ? PHE D 351 ? PHE D 337 PHE D 351 1 ? 15 HELX_P HELX_P100 AL1 THR D 354 ? THR D 370 ? THR D 354 THR D 370 1 ? 17 HELX_P HELX_P101 AL2 PRO D 371 ? VAL D 373 ? PRO D 371 VAL D 373 5 ? 3 HELX_P HELX_P102 AL3 PRO D 374 ? TYR D 397 ? PRO D 374 TYR D 397 1 ? 24 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C CYS 234 C CYS 256 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf10 disulf ? ? D CYS 63 SG ? ? ? 1_555 D CYS 88 SG ? ? D CYS 63 D CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf11 disulf ? ? D CYS 133 SG ? ? ? 1_555 D CYS 150 SG ? ? D CYS 133 D CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 156 SG ? ? ? 1_555 D CYS 170 SG ? ? D CYS 156 D CYS 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 221 SG ? ? ? 1_555 D CYS 226 SG ? ? D CYS 221 D CYS 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 465 A . ? ALA 465 A PRO 466 A ? PRO 466 A 1 0.06 2 ASN 722 A . ? ASN 722 A PRO 723 A ? PRO 723 A 1 -1.50 3 LYS 1131 A . ? LYS 1131 A PRO 1132 A ? PRO 1132 A 1 -1.49 4 PHE 1142 A . ? PHE 1142 A PRO 1143 A ? PRO 1143 A 1 1.93 5 GLY 1440 A . ? GLY 1440 A MET 1441 A ? MET 1441 A 1 3.33 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 7 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 3 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 6 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 2 ? 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HIS CA HA sing N N 134 HIS C O doub N N 135 HIS C OXT sing N N 136 HIS CB CG sing N N 137 HIS CB HB2 sing N N 138 HIS CB HB3 sing N N 139 HIS CG ND1 sing Y N 140 HIS CG CD2 doub Y N 141 HIS ND1 CE1 doub Y N 142 HIS ND1 HD1 sing N N 143 HIS CD2 NE2 sing Y N 144 HIS CD2 HD2 sing N N 145 HIS CE1 NE2 sing Y N 146 HIS CE1 HE1 sing N N 147 HIS NE2 HE2 sing N N 148 HIS OXT HXT sing N N 149 ILE N CA sing N N 150 ILE N H sing N N 151 ILE N H2 sing N N 152 ILE CA C sing N N 153 ILE CA CB sing N N 154 ILE CA HA sing N N 155 ILE C O doub N N 156 ILE C OXT sing N N 157 ILE CB CG1 sing N N 158 ILE CB CG2 sing N N 159 ILE CB HB sing N N 160 ILE CG1 CD1 sing N N 161 ILE CG1 HG12 sing N N 162 ILE CG1 HG13 sing N N 163 ILE CG2 HG21 sing N N 164 ILE CG2 HG22 sing N N 165 ILE CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 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_em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 2697049 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell 'HEK 293F' _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details 'Falcon 4i Selectris X energy filter' _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 105 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3 _em_image_recording.details ;The tilt-series were acquired using Thermofisher Krios equipped with a Falcon 4i camera and Selectris energy filter. A dose-symmetric scheme (group of 2) was used, with a tilt range of -51 degree to 51 degree (or -60 to 60) at 3 degree increments and an exposure dose of 3 e/A2 per image. The total dose was 105 or 123 e/A2. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'TFS FALCON 4i (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'VOLUME SELECTION' ? 1 1 ? ? emClarity v1.6.2 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 1 1 1 ? ? MASKING ? 3 1 1 1 ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? emClarity v1.6.2 'CTF CORRECTION' ? 5 1 ? ? RELION v4 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 1 1 1 ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 1 1 1 ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 1 1 ? 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