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_exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8YGU _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8YGU _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? 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_refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 3783 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.858 ? 5133 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.181 ? 2196 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.057 ? 565 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 653 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8YGU _struct.title 'Cryo-EM structure of simian rotavirus SA11 VP4 in complex with nAb 7H13-I54G mutant (right side)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8YGU _struct_keywords.text 'VIRUS, ROTAVIRUS, VP4, 7H13' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 3 ? E N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A5J6BC68_9REOV A0A5J6BC68 ? 1 ;GYKMASLIYRQLLTNSYTVDLSDEIQEIGSTKSQNVTINPGPFAQTGYAPVNWGPGEINDSTTVEPLLDGPYQPTTFNPP VDYWMLLAPTTPGVIVEGTNNTDRWLATILIEPNVQSENRTYTIFGIQEQLTVSNTSQDQWKFIDVVKTTANGSIGQYGP LLSSPKLYAVMKHNEKLYTYEGQTPNARTAHYSTTNYDSVNMTAFCDFYIIPRSEESKCTEYINNGLPPIQNTRNVVPLS LTARDVIHYRAQANEDIVISKTSLWKEMQYNRDITIRFKFANTIIKSGGLGYKWSEISFKPANYQYTYTRDGEEVTAHTT CSVNGVNDFSFNGGYLPTDFVVSKFEVIKENSYVYIDYWDDSQAFRNVVYVRSLAANLNSVMCTGGSYNFSLPVGQWPVL TGGAVSLHSAGVTLSTQFTDFVSLNSLRFRFRLAVEEPHFKLTRTRLDRLYGLPAADPNNGKEYYEIAGRFSLISLVPSN DDYQTPIANSVTVRQDLERQLGELREEFNALSQEIAMSQLIDLALLPLDMFSMFSGIKSTIDAAKSMATNVMKKFKKSGL ANSVSTLTDSLSDAASSISRGSSIRSIGSSASAWTDVSTQITDISSSVSSVSTQTSTISRRLRLKEMATQTEGMNFDDIS AAVLKTKIDKSTQISPNTIPDIVTEASEKFIPNRAYRVINNDDVFEAGIDGKFFAYKVDTFEEIPFDVQKFADLVTDSPV ISAIIDFKTLKNLNDNYGITKQQAFNLLRSDPRVLREFINQDNPIIRNRIEQLIMQCRL ; 1 2 UNP A0A5J6BC68_9REOV A0A5J6BC68 ? 2 ;GYKMASLIYRQLLTNSYTVDLSDEIQEIGSTKSQNVTINPGPFAQTGYAPVNWGPGEINDSTTVEPLLDGPYQPTTFNPP VDYWMLLAPTTPGVIVEGTNNTDRWLATILIEPNVQSENRTYTIFGIQEQLTVSNTSQDQWKFIDVVKTTANGSIGQYGP LLSSPKLYAVMKHNEKLYTYEGQTPNARTAHYSTTNYDSVNMTAFCDFYIIPRSEESKCTEYINNGLPPIQNTRNVVPLS LTARDVIHYRAQANEDIVISKTSLWKEMQYNRDITIRFKFANTIIKSGGLGYKWSEISFKPANYQYTYTRDGEEVTAHTT CSVNGVNDFSFNGGYLPTDFVVSKFEVIKENSYVYIDYWDDSQAFRNVVYVRSLAANLNSVMCTGGSYNFSLPVGQWPVL TGGAVSLHSAGVTLSTQFTDFVSLNSLRFRFRLAVEEPHFKLTRTRLDRLYGLPAADPNNGKEYYEIAGRFSLISLVPSN DDYQTPIANSVTVRQDLERQLGELREEFNALSQEIAMSQLIDLALLPLDMFSMFSGIKSTIDAAKSMATNVMKKFKKSGL ANSVSTLTDSLSDAASSISRG ; 1 3 PDB 8YGU 8YGU ? 3 ? 1 4 PDB 8YGU 8YGU ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8YGU A 1 ? 779 ? A0A5J6BC68 1 ? 779 ? -2 776 2 2 8YGU B 1 ? 581 ? A0A5J6BC68 1 ? 581 ? -2 578 3 1 8YGU C 1 ? 779 ? A0A5J6BC68 1 ? 779 ? -2 776 4 3 8YGU H 1 ? 116 ? 8YGU 1 ? 116 ? 1 116 5 4 8YGU L 1 ? 107 ? 8YGU 1 ? 107 ? 1 107 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 8YGU ALA A 147 ? UNP A0A5J6BC68 VAL 147 conflict 144 1 1 8YGU GLU A 156 ? UNP A0A5J6BC68 GLY 156 conflict 153 2 1 8YGU LYS A 175 ? UNP A0A5J6BC68 GLU 175 conflict 172 3 1 8YGU GLY A 190 ? UNP A0A5J6BC68 ALA 190 conflict 187 4 1 8YGU SER A 335 ? UNP A0A5J6BC68 TYR 335 conflict 332 5 1 8YGU SER A 448 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 448 conflict 445 6 1 8YGU ASN A 457 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 457 conflict 454 7 1 8YGU HIS A 481 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 481 conflict 478 8 2 8YGU SER B 335 ? UNP A0A5J6BC68 TYR 335 conflict 332 9 2 8YGU SER B 448 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 448 conflict 445 10 2 8YGU ASN B 457 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 457 conflict 454 11 2 8YGU HIS B 481 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 481 conflict 478 12 3 8YGU ALA C 147 ? UNP A0A5J6BC68 VAL 147 conflict 144 13 3 8YGU GLU C 156 ? UNP A0A5J6BC68 GLY 156 conflict 153 14 3 8YGU LYS C 175 ? UNP A0A5J6BC68 GLU 175 conflict 172 15 3 8YGU GLY C 190 ? UNP A0A5J6BC68 ALA 190 conflict 187 16 3 8YGU SER C 335 ? UNP A0A5J6BC68 TYR 335 conflict 332 17 3 8YGU SER C 448 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 448 conflict 445 18 3 8YGU ASN C 457 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 457 conflict 454 19 3 8YGU HIS C 481 ? UNP A0A5J6BC68 ASP 481 conflict 478 20 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # _struct_conf.conf_type_id HELX_P _struct_conf.id HELX_P1 _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id AA1 _struct_conf.beg_label_comp_id ALA _struct_conf.beg_label_asym_id B _struct_conf.beg_label_seq_id 364 _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code ? _struct_conf.end_label_comp_id VAL _struct_conf.end_label_asym_id B _struct_conf.end_label_seq_id 368 _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code ? _struct_conf.beg_auth_comp_id ALA _struct_conf.beg_auth_asym_id B _struct_conf.beg_auth_seq_id 361 _struct_conf.end_auth_comp_id VAL _struct_conf.end_auth_asym_id B _struct_conf.end_auth_seq_id 365 _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class 5 _struct_conf.details ? _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 95 SG ? ? H CYS 22 H CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf2 disulf ? ? E CYS 23 SG ? ? ? 1_555 E CYS 88 SG ? ? 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None 'Disulfide bridge' # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 437 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 434 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 438 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 435 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 5.26 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 4 ? 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