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B . n B 2 1169 GLN 1169 1180 ? ? ? B . n B 2 1170 LYS 1170 1181 ? ? ? B . n B 2 1171 GLU 1171 1182 ? ? ? B . n B 2 1172 ILE 1172 1183 ? ? ? B . n B 2 1173 ASP 1173 1184 ? ? ? B . n B 2 1174 ARG 1174 1185 ? ? ? B . n B 2 1175 LEU 1175 1186 ? ? ? B . n B 2 1176 ASN 1176 1187 ? ? ? B . n B 2 1177 GLU 1177 1188 ? ? ? B . n B 2 1178 VAL 1178 1189 ? ? ? B . n B 2 1179 ALA 1179 1190 ? ? ? B . n B 2 1180 LYS 1180 1191 ? ? ? B . n B 2 1181 ASN 1181 1192 ? ? ? B . n B 2 1182 LEU 1182 1193 ? ? ? B . n B 2 1183 ASN 1183 1194 ? ? ? B . n B 2 1184 GLU 1184 1195 ? ? ? B . n B 2 1185 SER 1185 1196 ? ? ? B . n B 2 1186 LEU 1186 1197 ? ? ? B . n B 2 1187 ILE 1187 1198 ? ? ? B . n B 2 1188 ASP 1188 1199 ? ? ? B . n B 2 1189 LEU 1189 1200 ? ? ? B . n B 2 1190 GLN 1190 1201 ? ? ? B . n B 2 1191 GLU 1191 1202 ? ? ? B . n B 2 1192 LEU 1192 1203 ? ? ? B . n B 2 1193 GLY 1193 1204 ? ? ? B . n B 2 1194 LYS 1194 1205 ? ? ? B . n B 2 1195 TYR 1195 1206 ? ? ? B . n B 2 1196 GLU 1196 1207 ? ? ? B . n B 2 1197 GLN 1197 1208 ? ? ? B . n B 2 1198 TYR 1198 1209 ? ? ? B . n B 2 1199 ILE 1199 1210 ? ? ? B . n # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero C 3 NAG 1 C NAG 1 C NAG 1 n C 3 NAG 2 C NAG 2 C NAG 2 n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8YKH _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8YKH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8YKH _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8YKH _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 3414 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.592 ? 4644 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.544 ? 480 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 508 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 597 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8YKH _struct.title 'Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with NT-108 scFv' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8YKH _struct_keywords.text 'Antibody, Complex, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8YKH 8YKH ? 1 ? 1 2 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 2 ;SSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVY FASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYV SQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTP GDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPN ITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIA PGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFP LQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIAD TTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLI GAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSM TKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSK PSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAG AALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFG AISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMS FPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIG IVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYI ; 12 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8YKH A 1 ? 251 ? 8YKH 0 ? 250 ? 0 250 2 2 8YKH B 1 ? 1199 ? P0DTC2 12 ? 1210 ? 12 1210 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 8YKH GLY B 671 ? UNP P0DTC2 ARG 682 'engineered mutation' 682 1 2 8YKH SER B 672 ? UNP P0DTC2 ARG 683 'engineered mutation' 683 2 2 8YKH GLY B 674 ? UNP P0DTC2 ARG 685 'engineered mutation' 685 3 2 8YKH PRO B 806 ? UNP P0DTC2 PHE 817 'engineered mutation' 817 4 2 8YKH PRO B 881 ? UNP P0DTC2 ALA 892 'engineered mutation' 892 5 2 8YKH PRO B 888 ? UNP P0DTC2 ALA 899 'engineered mutation' 899 6 2 8YKH PRO B 931 ? UNP P0DTC2 ALA 942 'engineered mutation' 942 7 2 8YKH PRO B 975 ? UNP P0DTC2 LYS 986 'engineered mutation' 986 8 2 8YKH PRO B 976 ? UNP P0DTC2 VAL 987 'engineered mutation' 987 9 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 187 ? SER A 191 ? GLY A 186 SER A 190 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 212 ? THR A 216 ? THR A 211 THR A 215 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 VAL A 227 ? GLY A 229 ? VAL A 226 GLY A 228 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO B 326 ? ASN B 332 ? PRO B 337 ASN B 343 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 SER B 338 ? TRP B 342 ? SER B 349 TRP B 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 TYR B 354 ? ASN B 359 ? TYR B 365 ASN B 370 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP B 394 ? ILE B 399 ? ASP B 405 ILE B 410 5 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 GLY B 405 ? ASN B 411 ? GLY B 416 ASN B 422 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY B 491 ? TYR B 494 ? GLY B 502 TYR B 505 5 ? 4 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 23 SG ? ? ? 1_555 A CYS 89 SG ? ? A CYS 22 A CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 144 SG ? ? ? 1_555 A CYS 221 SG ? ? A CYS 143 A CYS 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 325 SG ? ? ? 1_555 B CYS 350 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 368 SG ? ? ? 1_555 B CYS 421 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 380 SG ? ? ? 1_555 B CYS 514 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 469 SG ? ? ? 1_555 B CYS 477 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? covale1 covale one ? B ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? B ASN 343 C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale2 covale both ? C NAG . O4 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? C NAG 1 C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG C . ? ASN B 332 ? NAG C 1 ? 1_555 ASN B 343 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate 2 CYS A 23 ? CYS A 89 ? CYS A 22 ? 1_555 CYS A 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS A 144 ? CYS A 221 ? CYS A 143 ? 1_555 CYS A 220 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS B 325 ? CYS B 350 ? CYS B 336 ? 1_555 CYS B 361 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS B 368 ? CYS B 421 ? CYS B 379 ? 1_555 CYS B 432 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS B 380 ? CYS B 514 ? CYS B 391 ? 1_555 CYS B 525 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS B 469 ? CYS B 477 ? CYS B 480 ? 1_555 CYS B 488 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 4 ? 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SER A 164 ? ALA A 155 SER A 163 AA5 5 GLY A 168 ? TYR A 177 ? GLY A 167 TYR A 176 AA5 6 TRP A 181 ? TYR A 185 ? TRP A 180 TYR A 184 AA6 1 LEU A 133 ? VAL A 134 ? LEU A 132 VAL A 133 AA6 2 THR A 239 ? VAL A 243 ? THR A 238 VAL A 242 AA6 3 ALA A 217 ? PHE A 220 ? ALA A 216 PHE A 219 AA6 4 ALA A 156 ? SER A 164 ? ALA A 155 SER A 163 AA6 5 ARG A 223 ? ILE A 225 ? ARG A 222 ILE A 224 AA6 6 PHE A 232 ? ILE A 234 ? PHE A 231 ILE A 233 AA7 1 ASN B 343 ? ILE B 347 ? ASN B 354 ILE B 358 AA7 2 VAL B 384 ? ARG B 392 ? VAL B 395 ARG B 403 AA7 3 PRO B 496 ? PHE B 504 ? PRO B 507 PHE B 515 AA7 4 GLY B 420 ? ASN B 426 ? GLY B 431 ASN B 437 AA7 5 THR B 365 ? TYR B 369 ? THR B 376 TYR B 380 AA8 1 LEU B 441 ? ARG B 443 ? LEU B 452 ARG B 454 AA8 2 LEU B 481 ? SER B 483 ? LEU B 492 SER B 494 AA9 1 TYR B 462 ? GLN B 463 ? TYR B 473 GLN B 474 AA9 2 CYS B 477 ? TYR B 478 ? CYS B 488 TYR B 489 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N THR A 5 ? N THR A 4 O ARG A 24 ? O ARG A 23 AA1 2 3 N CYS A 23 ? N CYS A 22 O PHE A 72 ? O PHE A 71 AA1 3 4 O ILE A 76 ? O ILE A 75 N ALA A 19 ? N ALA A 18 AA2 1 2 N THR A 5 ? N THR A 4 O ARG A 24 ? O ARG A 23 AA2 2 3 N CYS A 23 ? N CYS A 22 O PHE A 72 ? O PHE A 71 AA2 3 4 O THR A 73 ? O THR A 72 N SER A 66 ? N SER A 65 AA3 1 2 N LEU A 13 ? N LEU A 12 O GLU A 105 ? O GLU A 104 AA3 2 3 O LEU A 104 ? O LEU A 103 N ALA A 85 ? N ALA A 84 AA3 3 4 O VAL A 86 ? O VAL A 85 N GLN A 39 ? N GLN A 38 AA3 4 5 N GLN A 38 ? N GLN A 37 O ARG A 46 ? O ARG A 45 AA3 5 6 N TYR A 50 ? N TYR A 49 O TYR A 54 ? O TYR A 53 AA4 1 2 N GLN A 125 ? N GLN A 124 O SER A 147 ? O SER A 146 AA4 2 3 N CYS A 144 ? N CYS A 143 O PHE A 204 ? O PHE A 203 AA4 3 4 O HIS A 207 ? O HIS A 206 N ALA A 194 ? N ALA A 193 AA5 1 2 N VAL A 134 ? N VAL A 133 O THR A 242 ? O THR A 241 AA5 2 3 O THR A 239 ? O THR A 238 N TYR A 219 ? N TYR A 218 AA5 3 4 O PHE A 220 ? O PHE A 219 N ILE A 161 ? N ILE A 160 AA5 4 5 N ARG A 162 ? N ARG A 161 O GLU A 170 ? O GLU A 169 AA5 5 6 N TYR A 176 ? N TYR A 175 O TYR A 182 ? O TYR A 181 AA6 1 2 N VAL A 134 ? N VAL A 133 O THR A 242 ? O THR A 241 AA6 2 3 O THR A 239 ? O THR A 238 N TYR A 219 ? N TYR A 218 AA6 3 4 O PHE A 220 ? O PHE A 219 N ILE A 161 ? N ILE A 160 AA6 4 5 N ALA A 157 ? N ALA A 156 O VAL A 224 ? O VAL A 223 AA6 5 6 N ARG A 223 ? N ARG A 222 O ILE A 234 ? O ILE A 233 AA7 1 2 N LYS B 345 ? N LYS B 356 O ALA B 386 ? O ALA B 397 AA7 2 3 N ILE B 391 ? N ILE B 402 O TYR B 497 ? O TYR B 508 AA7 3 4 O VAL B 500 ? O VAL B 511 N ILE B 423 ? N ILE B 434 AA7 4 5 O VAL B 422 ? O VAL B 433 N LYS B 367 ? N LYS B 378 AA8 1 2 N TYR B 442 ? N TYR B 453 O GLN B 482 ? O GLN B 493 AA9 1 2 N TYR B 462 ? N TYR B 473 O TYR B 478 ? O TYR B 489 # _pdbx_entry_details.entry_id 8YKH _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA A 51 ? ? 73.76 -9.06 2 1 PHE A 83 ? ? -69.09 95.77 3 1 SER A 151 ? ? -94.24 31.10 4 1 PRO B 337 ? ? -78.66 46.68 5 1 ASN B 370 ? ? -91.12 51.25 6 1 THR B 385 ? ? 68.35 -4.41 7 1 LEU B 390 ? ? 70.03 144.39 8 1 CYS B 525 ? ? -170.88 146.31 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8YKH _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 8YK4 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 8YK4 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 8YKH _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.27 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 124137 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 2 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details PBS _em_buffer.pH 7.4 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv' ? ? ? 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_em_admin.last_update 2025-03-12 _em_admin.map_release_date 2025-03-12 _em_admin.title 'SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with NT-108 scFv focused on RBD and NT-108 scFv interface' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 0.14 mol/L NaCl 1 'sodium chloride' 1 0.0027 mol/L KCl 2 'kalium chloride' 1 0.010 mol/L H3PO4 3 'phosphoric acid' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 NO 1 MEGADALTONS 0.47 1 NO 2 MEGADALTONS 0.42 1 NO 3 MEGADALTONS 0.02 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell 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