data_8ZDJ # _entry.id 8ZDJ # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.404 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8ZDJ pdb_00008zdj 10.2210/pdb8zdj/pdb WWPDB D_1300047456 ? ? EMDB EMD-39983 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-06-25 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-06-25 ? 3 FSC 1 0 2025-06-25 ? 4 'Half map' 1 0 2025-06-25 1 5 'Half map' 1 0 2025-06-25 2 6 Image 1 0 2025-06-25 ? 7 'Primary map' 1 0 2025-06-25 ? 8 'Structure model' 1 1 2025-09-03 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 8 'Structure model' 'Data collection' 2 8 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 8 'Structure model' citation 2 8 'Structure model' citation_author 3 8 'Structure model' em_admin # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 8 'Structure model' '_citation.country' 2 8 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 8 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 8 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 8 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 8 'Structure model' '_citation.page_first' 7 8 'Structure model' '_citation.page_last' 8 8 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 8 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 8 'Structure model' '_citation.title' 11 8 'Structure model' '_citation.year' 12 8 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8ZDJ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-05-02 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Cryo-EM map of Mycobacteriophage Douge genome-packed connector-vertex (GP5, GP9, GP10, GP12 GP13, GP8 and GP113 region)' EMD-60714 'other EM volume' EMDB 'Focused refinement cryo-EM map of Mycobacteriophage Douge genome-packed connector (GP5 and GP9 region)' EMD-39985 'other EM volume' EMDB 'Focused refinement cryo-EM map of Mycobacteriophage Douge genome-packed connector (GP10, GP12 and GP13 region)' EMD-39986 'other EM volume' EMDB 'Composite cryo-EM map of Mycobacteriophage Douge genome-packed connector-vertex (GP5, GP9, GP10, GP12 GP13, GP8 and GP113 region)' EMD-39988 'other EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge genome-packed connector (GP5, GP9, GP10, GP12 and GP13)' EMD-39983 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 3 joeho@gate.sinica.edu.tw Meng-Chiao Ho ? 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Douge.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.celrep.2025.116057 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40711877 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Maharana, J.' 1 ? primary 'Wang, C.H.' 2 ? primary 'Tsai, L.A.' 3 ? primary 'Liao, Y.T.' 4 ? primary 'Yang, C.H.' 5 ? primary 'Shen, M.C.' 6 ? primary 'Macale, L.S.' 7 ? primary 'Tran, T.N.' 8 ? primary 'Narsico, J.' 9 ? primary 'Perez, R.J.' 10 ? primary 'Tewary, S.K.' 11 ? primary 'Wu, J.L.' 12 ? primary 'Lin, H.Y.' 13 ? primary 'Chang, S.W.' 14 ? primary 'Franklin, A.' 15 ? primary 'Moynihan, P.J.' 16 ? primary 'Jacobs-Sera, D.' 17 ? primary 'Freeman, K.G.' 18 ? primary 'Hatfull, G.F.' 19 ? primary 'Lowary, T.L.' 20 ? primary 'Ho, M.C.' 21 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight 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;MNDETLTVYRGATDNKGNPNKQVHGTVKGVFAWGPGTSTNKFGRDRNFKGESSSLTAELYVKRGADLKARDRIRRANGEE YSVVGHAAWDQGHPFDGFDFGYMVFQVEAVN ; M,N,O,P,Q,R ? 3 'polypeptide(L)' no no ;TDFYTIKDAQADLAIAPLNLTVLLAPYSTTPATTLESPTDGSLAIPPGYKSVGHFEKQAGLTLGNEFDSKDIEAYGEPEP IRTIINKRTTTFDFAMYQNQRNVLELIWTQDFSNIQPSEFGGIVLEAPKVPKNIYYRAILVGMDDRNDRPIWLYWLMPKV KLDKLDNQTLNDDNVIEYKPTLKAFRDDVVGYSVAQGFAGPGWRDLVATAGFGEALTALTITPGSPTVTVATGASHTAQL LVEGDNGINYTPDVVFTSSAPDKASVSAAGLVTGVAAGSATITATKGALTATATVTVTA ; ;TDFYTIKDAQADLAIAPLNLTVLLAPYSTTPATTLESPTDGSLAIPPGYKSVGHFEKQAGLTLGNEFDSKDIEAYGEPEP IRTIINKRTTTFDFAMYQNQRNVLELIWTQDFSNIQPSEFGGIVLEAPKVPKNIYYRAILVGMDDRNDRPIWLYWLMPKV KLDKLDNQTLNDDNVIEYKPTLKAFRDDVVGYSVAQGFAGPGWRDLVATAGFGEALTALTITPGSPTVTVATGASHTAQL LVEGDNGINYTPDVVFTSSAPDKASVSAAGLVTGVAAGSATITATKGALTATATVTVTA ; S,T,U,V,W,X ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AGLATIDELQTLMSTVFEDDALEQAQLVLDIVSSWARVVSGQMWPDAPANVPDDVRAVVLQASRRELKNPDRVISRQMGP FNVQYSQPPDGFFYPAELAILKRFKRSGGLMTVSTSRGEEGRPWAGKTAYIRYGDGL ; ;AGLATIDELQTLMSTVFEDDALEQAQLVLDIVSSWARVVSGQMWPDAPANVPDDVRAVVLQASRRELKNPDRVISRQMGP FNVQYSQPPDGFFYPAELAILKRFKRSGGLMTVSTSRGEEGRPWAGKTAYIRYGDGL ; a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l ? 5 'polypeptide(L)' no no ;AVVLPDWYEEAFVNVENLFIDMFTDLLPDYESGCWAPDDWLADEIEVKPTIWFFRLPGGRVDWDGRKDECQLQVMVVTGS RDDSWRLMDFVRAMLLPMQGDKYKMADGYTAQIRCAGEVAGPQLLTPGQRIDTRVVTATFKVSVSMKSAKNYKQKLYELW QALRG ; ;AVVLPDWYEEAFVNVENLFIDMFTDLLPDYESGCWAPDDWLADEIEVKPTIWFFRLPGGRVDWDGRKDECQLQVMVVTGS RDDSWRLMDFVRAMLLPMQGDKYKMADGYTAQIRCAGEVAGPQLLTPGQRIDTRVVTATFKVSVSMKSAKNYKQKLYELW QALRG ; m,n,o,p,q,r ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ILE n 1 2 GLU n 1 3 LEU n 1 4 PRO n 1 5 ASP n 1 6 ALA n 1 7 ILE n 1 8 SER n 1 9 ASP n 1 10 GLY n 1 11 GLU n 1 12 VAL n 1 13 ARG n 1 14 LYS n 1 15 LEU n 1 16 VAL n 1 17 GLU n 1 18 ASN n 1 19 GLU n 1 20 PHE n 1 21 TRP n 1 22 PRO n 1 23 GLU n 1 24 PHE n 1 25 VAL n 1 26 ARG n 1 27 ARG n 1 28 ARG n 1 29 GLU n 1 30 LYS n 1 31 LEU n 1 32 ASP n 1 33 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