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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 6 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 7 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'synthetic construct' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name ? _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 32630 _pdbx_entity_src_syn.details ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP BAMA_ECOLI P0A940 ? 1 ;MAMKKLLIASLLFSSATVYGAEGFVVKDIHFEGLQRVAVGAALLSMPVRTGDTVNDEDISNTIRALFATGNFEDVRVLRD GDTLLVQVKERPTIASITFSGNKSVKDDMLKQNLEASGVRVGESLDRTTIADIEKGLEDFYYSVGKYSASVKAVVTPLPR NRVDLKLVFQEGVSAEIQQINIVGNHAFTTDELISHFQLRDEVPWWNVVGDRKYQKQKLAGDLETLRSYYLDRGYARFNI DSTQVSLTPDKKGIYVTVNITEGDQYKLSGVEVSGNLAGHSAEIEQLTKIEPGELYNGTKVTKMEDDIKKLLGRYGYAYP RVQSMPEINDADKTVKLRVNVDAGNRFYVRKIRFEGNDTSKDAVLRREMRQMEGAWLGSDLVDQGKERLNRLGFFETVDT DTQRVPGSPDQVDVVYKVKERNTGSFNFGIGYGTESGVSFQAGVQQDNWLGTGYAVGINGTKNDYQTYAELSVTNPYFTV DGVSLGGRLFYNDFQADDADLSDYTNKSYGTDVTLGFPINEYNSLRAGLGYVHNSLSNMQPQVAMWRYLYSMGEHPSTSD QDNSFKTDDFTFNYGWTYNKLDRGYFPTDGSRVNLTGKVTIPGSDNEYYKVTLDTATYVPIDDDHKWVVLGRTRWGYGDG LGGKEMPFYENFYAGGSSTVRGFQSNTIGPKAVYFPHQASNYDPDYDYECATQDGAKDLCKSDDAVGGNAMAVASLEFIT PTPFISDKYANSVRTSFFWDMGTVWDTNWDSSQYSGYPDYSDPSNIRMSAGIALQWMSPLGPLVFSYAQPFKKYDGDKAE QFQFNIGKTW ; 1 2 UNP BAMB_ECOLI P77774 ? 2 ;MQLRKLLLPGLLSVTLLSGCSLFNSEEDVVKMSPLPTVENQFTPTTAWSTSVGSGIGNFYSNLHPALADNVVYAADRAGL VKALNADDGKEIWSVSLAEKDGWFSKEPALLSGGVTVSGGHVYIGSEKAQVYALNTSDGTVAWQTKVAGEALSRPVVSDG LVLIHTSNGQLQALNEADGAVKWTVNLDMPSLSLRGESAPTTAFGAAVVGGDNGRVSAVLMEQGQMIWQQRISQATGSTE IDRLSDVDTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQS DLLHRLLTSPVLYNGNLVVGDSEGYLHWINVEDGRFVAQQKVDSSGFQTEPVAADGKLLIQAKDGTVYSITR ; 1 3 UNP BAMC_ECOLI P0A903 ? 3 ;MAYSVQKSRLAKVAGVSLVLLLAACSSDSRYKRQVSGDEAYLEAAPLAELHAPAGMILPVTSGDYAIPVTNGSGAVGKAL DIRPPAQPLALVSGARTQFTGDTASLLVENGRGNTLWPQVVSVLQAKNYTITQRDDAGQTLTTDWVQWNRLDEDEQYRGR YQISVKPQGYQQAVTVKLLNLEQAGKPVADAASMQRYSTEMMNVISAGLDKSATDAANAAQNRASTTMDVQSAADDTGLP MLVVRGPFNVVWQRLPAALEKVGMKVTDSTRSQGNMAVTYKPLSDSDWQELGASDPGLASGDYKLQVGDLDNRSSLQFID PKGHTLTQSQNDALVAVFQAAFSK ; 1 4 UNP BAMD_ECOLI P0AC02 ? 4 ;MTRMKYLVAAATLSLFLAGCSGSKEEVPDNPPNEIYATAQQKLQDGNWRQAITQLEALDNRYPFGPYSQQVQLDLIYAYY KNADLPLAQAAIDRFIRLNPTHPNIDYVMYMRGLTNMALDDSALQGFFGVDRSDRDPQHARAAFSDFSKLVRGYPNSQYT TDATKRLVFLKDRLAKYEYSVAEYYTERGAWVAVVNRVEGMLRDYPDTQATRDALPLMENAYRQMQMNAQAEKVAKIIAA NSSNT ; 1 5 UNP BAME_ECOLI P0A937 ? 5 ;MRCKTLTAAAAVLLMLTAGCSTLERVVYRPDINQGNYLTANDVSKIRVGMTQQQVAYALGTPLMSDPFGTNTWFYVFRQQ PGHEGVTQQTLTLTFNSSGVLTNIDNKPALSGN ; 1 6 PDB 8ADI 8ADI ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8ADI A 4 ? 813 ? 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UNP P77774 ? ? 'expression tag' 0 6 2 8ADI LYS B 396 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 393 7 2 8ADI LEU B 397 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 394 8 2 8ADI TRP B 398 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 395 9 2 8ADI SER B 399 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 396 10 2 8ADI HIS B 400 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 397 11 2 8ADI PRO B 401 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 398 12 2 8ADI GLN B 402 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 399 13 2 8ADI PHE B 403 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 400 14 2 8ADI GLU B 404 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 401 15 2 8ADI LYS B 405 ? UNP P77774 ? ? 'expression tag' 402 16 3 8ADI MET C 1 ? UNP P0A903 ? ? 'initiating methionine' -2 17 3 8ADI GLY C 2 ? UNP P0A903 ? ? 'expression tag' -1 18 3 8ADI SER C 3 ? UNP P0A903 ? ? 'expression tag' 0 19 4 8ADI MET D 1 ? UNP P0AC02 ? ? 'initiating methionine' -2 20 4 8ADI GLY D 2 ? UNP P0AC02 ? ? 'expression tag' -1 21 4 8ADI SER D 3 ? UNP P0AC02 ? ? 'expression tag' 0 22 5 8ADI MET E 1 ? UNP P0A937 ? ? 'initiating methionine' -2 23 5 8ADI GLY E 2 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' -1 24 5 8ADI SER E 3 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 0 25 5 8ADI LYS E 117 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 114 26 5 8ADI LEU E 118 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 115 27 5 8ADI HIS E 119 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 116 28 5 8ADI HIS E 120 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 117 29 5 8ADI HIS E 121 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 118 30 5 8ADI HIS E 122 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 119 31 5 8ADI HIS E 123 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 120 32 5 8ADI HIS E 124 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 121 33 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 0AF 'L-peptide linking' n 7-hydroxy-L-tryptophan ? 'C11 H12 N2 O3' 220.225 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8ADI _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8ADI _struct.title 'Cryo-EM structure of Darobactin 9 bound BAM complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8ADI _struct_keywords.text 'BAM Complex; Darobactin 9, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 41 ? MET A 49 ? ALA A 38 MET A 46 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 58 ? THR A 72 ? ASN A 55 THR A 69 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 109 ? GLY A 121 ? LYS A 106 GLY A 118 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 132 ? GLY A 148 ? THR A 129 GLY A 145 1 ? 17 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 192 ? HIS A 199 ? THR A 189 HIS A 196 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 GLN A 218 ? ASP A 235 ? 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THR E 51 LEU E 59 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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PHENIX ? ? ? 1.19_4092 2 ? 'model building' ? ? ? ? ? ? ? ? ? https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ ? 'UCSF ChimeraX' Linux ? package 1.3/v9 3 # _pdbx_entry_details.entry_id 8ADI _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ;The native darobactin A producer Photorhabdus khanii HGB1456 shows very limited production under laboratory cultivation conditions. Hence scientists designed heterologous expression of the darobactin biosynthetic gene cluster (BGC) in Escherichia coli. Rational design of darA variant resulted in the production of new 'non-natural' darobactin derivatives. 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