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L ILE 433 . L ALA 9 L ILE 433 ? ? 39 77 77 E ALA 9 . E ILE 433 . E ALA 9 E ILE 433 ? ? 39 78 78 F ALA 9 . F ILE 433 . F ALA 9 F ILE 433 ? ? 40 79 79 E ALA 9 . E THR 430 . E ALA 9 E THR 430 ? ? 40 80 80 G ALA 9 . G THR 430 . G ALA 9 G THR 430 ? ? 41 81 81 E ALA 9 . E ILE 433 . E ALA 9 E ILE 433 ? ? 41 82 82 H ALA 9 . H ILE 433 . H ALA 9 H ILE 433 ? ? 42 83 83 E ALA 9 . E ILE 433 . E ALA 9 E ILE 433 ? ? 42 84 84 I ALA 9 . I ILE 433 . I ALA 9 I ILE 433 ? ? 43 85 85 E ALA 9 . E ILE 433 . E ALA 9 E ILE 433 ? ? 43 86 86 J ALA 9 . J ILE 433 . J ALA 9 J ILE 433 ? ? 44 87 87 E ALA 9 . E ARG 432 . E ALA 9 E ARG 432 ? ? 44 88 88 K ALA 9 . K ARG 432 . K ALA 9 K ARG 432 ? ? 45 89 89 E ALA 9 . E LYS 434 . E ALA 9 E LYS 434 ? ? 45 90 90 L ALA 9 . L LYS 434 . L ALA 9 L LYS 434 ? ? 46 91 91 F ALA 9 . F THR 430 . F ALA 9 F THR 430 ? ? 46 92 92 G ALA 9 . G THR 430 . G ALA 9 G THR 430 ? ? 47 93 93 F ALA 9 . F LYS 434 . F ALA 9 F LYS 434 ? ? 47 94 94 H ALA 9 . H LYS 434 . H ALA 9 H LYS 434 ? ? 48 95 95 F ALA 9 . F LEU 436 . F ALA 9 F LEU 436 ? ? 48 96 96 I ALA 9 . I LEU 436 . I ALA 9 I LEU 436 ? ? 49 97 97 F ALA 9 . F LYS 434 . F ALA 9 F LYS 434 ? ? 49 98 98 J ALA 9 . J LYS 434 . J ALA 9 J LYS 434 ? ? 50 99 99 F ALA 9 . F ARG 432 . F ALA 9 F ARG 432 ? ? 50 100 100 K ALA 9 . K ARG 432 . K ALA 9 K ARG 432 ? ? 51 101 101 F ALA 9 . F ILE 433 . F ALA 9 F ILE 433 ? ? 51 102 102 L ALA 9 . L ILE 433 . L ALA 9 L ILE 433 ? ? 52 103 103 G ALA 9 . G THR 430 . G ALA 9 G THR 430 ? ? 52 104 104 H ALA 9 . H THR 430 . H ALA 9 H THR 430 ? ? 53 105 105 G ALA 9 . G THR 430 . G ALA 9 G THR 430 ? ? 53 106 106 I ALA 9 . I THR 430 . I ALA 9 I THR 430 ? ? 54 107 107 G ALA 9 . G THR 430 . G ALA 9 G THR 430 ? ? 54 108 108 J ALA 9 . J THR 430 . J ALA 9 J THR 430 ? ? 55 109 109 G ALA 9 . G THR 430 . G ALA 9 G THR 430 ? ? 55 110 110 K ALA 9 . K THR 430 . K ALA 9 K THR 430 ? ? 56 111 111 G ALA 9 . G THR 430 . G ALA 9 G THR 430 ? ? 56 112 112 L ALA 9 . L THR 430 . L ALA 9 L THR 430 ? ? 57 113 113 H ALA 9 . H LYS 434 . H ALA 9 H LYS 434 ? ? 57 114 114 I ALA 9 . I LYS 434 . I ALA 9 I LYS 434 ? ? 58 115 115 H ALA 9 . H GLU 435 . H ALA 9 H GLU 435 ? ? 58 116 116 J ALA 9 . J GLU 435 . J ALA 9 J GLU 435 ? ? 59 117 117 H ALA 9 . H ARG 432 . H ALA 9 H ARG 432 ? ? 59 118 118 K ALA 9 . K ARG 432 . K ALA 9 K ARG 432 ? ? 60 119 119 H ALA 9 . H ILE 433 . H ALA 9 H ILE 433 ? ? 60 120 120 L ALA 9 . L ILE 433 . L ALA 9 L ILE 433 ? ? 61 121 121 I ALA 9 . I LYS 434 . I ALA 9 I LYS 434 ? ? 61 122 122 J ALA 9 . J LYS 434 . J ALA 9 J LYS 434 ? ? 62 123 123 I ALA 9 . I ARG 432 . I ALA 9 I ARG 432 ? ? 62 124 124 K ALA 9 . K ARG 432 . K ALA 9 K ARG 432 ? ? 63 125 125 I ALA 9 . I ILE 433 . I ALA 9 I ILE 433 ? ? 63 126 126 L ALA 9 . L ILE 433 . L ALA 9 L ILE 433 ? ? 64 127 127 J ALA 9 . J ARG 432 . J ALA 9 J ARG 432 ? ? 64 128 128 K ALA 9 . K ARG 432 . K ALA 9 K ARG 432 ? ? 65 129 129 J ALA 9 . J ILE 433 . J ALA 9 J ILE 433 ? ? 65 130 130 L ALA 9 . L ILE 433 . L ALA 9 L ILE 433 ? ? 66 131 131 K ALA 9 . K ARG 432 . K ALA 9 K ARG 432 ? ? 66 132 132 L ALA 9 . L ARG 432 . L ALA 9 L ARG 432 ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 'Local NCS retraints between domains: 1 2' 2 'Local NCS retraints between domains: 3 4' 3 'Local NCS retraints between domains: 5 6' 4 'Local NCS retraints between domains: 7 8' 5 'Local NCS retraints between domains: 9 10' 6 'Local NCS retraints between domains: 11 12' 7 'Local NCS retraints between domains: 13 14' 8 'Local NCS retraints between domains: 15 16' 9 'Local NCS retraints between domains: 17 18' 10 'Local NCS retraints between domains: 19 20' 11 'Local NCS retraints between domains: 21 22' 12 'Local NCS retraints between domains: 23 24' 13 'Local NCS retraints between domains: 25 26' 14 'Local NCS retraints between domains: 27 28' 15 'Local NCS retraints between domains: 29 30' 16 'Local NCS retraints between domains: 31 32' 17 'Local NCS retraints between domains: 33 34' 18 'Local NCS retraints between domains: 35 36' 19 'Local NCS retraints between domains: 37 38' 20 'Local NCS retraints between domains: 39 40' 21 'Local NCS retraints between domains: 41 42' 22 'Local NCS retraints between domains: 43 44' 23 'Local NCS retraints between domains: 45 46' 24 'Local NCS retraints between domains: 47 48' 25 'Local NCS retraints between domains: 49 50' 26 'Local NCS retraints between domains: 51 52' 27 'Local NCS retraints between domains: 53 54' 28 'Local NCS retraints between domains: 55 56' 29 'Local NCS retraints between domains: 57 58' 30 'Local NCS retraints between domains: 59 60' 31 'Local NCS retraints between domains: 61 62' 32 'Local NCS retraints between domains: 63 64' 33 'Local NCS retraints between domains: 65 66' 34 'Local NCS retraints between domains: 67 68' 35 'Local NCS retraints between domains: 69 70' 36 'Local NCS retraints between domains: 71 72' 37 'Local NCS retraints between domains: 73 74' 38 'Local NCS retraints between domains: 75 76' 39 'Local NCS retraints between domains: 77 78' 40 'Local NCS retraints between domains: 79 80' 41 'Local NCS retraints between domains: 81 82' 42 'Local NCS retraints between domains: 83 84' 43 'Local NCS retraints between domains: 85 86' 44 'Local NCS retraints between domains: 87 88' 45 'Local NCS retraints between domains: 89 90' 46 'Local NCS retraints between domains: 91 92' 47 'Local NCS retraints between domains: 93 94' 48 'Local NCS retraints between domains: 95 96' 49 'Local NCS retraints between domains: 97 98' 50 'Local NCS retraints between domains: 99 100' 51 'Local NCS retraints between domains: 101 102' 52 'Local NCS retraints between domains: 103 104' 53 'Local NCS retraints between domains: 105 106' 54 'Local NCS retraints between domains: 107 108' 55 'Local NCS retraints between domains: 109 110' 56 'Local NCS retraints between domains: 111 112' 57 'Local NCS retraints between domains: 113 114' 58 'Local NCS retraints between domains: 115 116' 59 'Local NCS retraints between domains: 117 118' 60 'Local NCS retraints between domains: 119 120' 61 'Local NCS retraints between domains: 121 122' 62 'Local NCS retraints between domains: 123 124' 63 'Local NCS retraints between domains: 125 126' 64 'Local NCS retraints between domains: 127 128' 65 'Local NCS retraints between domains: 129 130' 66 'Local NCS retraints between domains: 131 132' # _struct.entry_id 8AFF _struct.title 'Wild type oxalyl-CoA synthetase Pcs60p' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AFF _struct_keywords.text 'Peroxisome, Oxalyl-CoA ligase, Oligomer, Yeast, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 2 ? T N N 2 ? U N N 2 ? V N N 2 ? W N N 2 ? X N N 2 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code FAT2_YEAST _struct_ref.pdbx_db_accession P38137 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MTSAATVTASFNDTFSVSDNVAVIVPETDTQVTYRDLSHMVGHFQTMFTNPNSPLYGAVFRQDTVAISMRNGLEFIVAFL GATMDAKIGAPLNPNYKEKEFNFYLNDLKSKAICVPKGTTKLQSSEILKSASTFGCFIVELAFDATRFRVEYDIYSPEDN YKRVIYRSLNNAKFVNTNPVKFPGFARSSDVALILHTSGTTSTPKTVPLLHLNIVRSTLNIANTYKLTPLDRSYVVMPLF HVHGLIGVLLSTFRTQGSVVVPDGFHPKLFWDQFVKYNCNWFSCVPTISMIMLNMPKPNPFPHIRFIRSCSSALAPATFH KLEKEFNAPVLEAYAMTEASHQMTSNNLPPGKRKPGTVGQPQGVTVVILDDNDNVLPPGKVGEVSIRGENVTLGYANNPK ANKENFTKRENYFRTGDQGYFDPEGFLVLTGRIKELINRGGEKISPIELDGIMLSHPKIDEAVAFGVPDDMYGQVVQAAI VLKKGEKMTYEELVNFLKKHLASFKIPTKVYFVDKLPKTATGKIQRRVIAETFAKSSRNKSKL ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8AFF A 1 ? 543 ? 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P38137 1 ? 543 ? 1 543 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? monomeric 1 2 author_defined_assembly ? monomeric 1 3 author_defined_assembly ? monomeric 1 4 author_defined_assembly ? monomeric 1 5 author_defined_assembly ? monomeric 1 6 author_defined_assembly ? monomeric 1 7 author_defined_assembly ? monomeric 1 8 author_defined_assembly ? monomeric 1 9 author_defined_assembly ? monomeric 1 10 author_defined_assembly ? monomeric 1 11 author_defined_assembly ? monomeric 1 12 author_defined_assembly ? monomeric 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,M 2 1 B,N 3 1 C,O 4 1 D,P 5 1 E,Q 6 1 F,R 7 1 G,S 8 1 H,T 9 1 I,U 10 1 J,V 11 1 K,W 12 1 L,X # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 SAXS ;Concentration dependent oligomerization. We used OLIGOMER to estimate the volume fraction of each oligomeric state depending on the protein concentration analyzed. ; 2 1 'electron microscopy' 'The Cryogenic electron microscopy structure of Pcs60 showed the formation of hexameric homooligomers' 3 1 'light scattering' 'Multi angle light scattering at different protein concentration showed formation of mixed population of homooligomeric complexes.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 10 ? 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ALA A 315 ASN A 327 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 THR A 337 ? SER A 340 ? THR A 337 SER A 340 5 ? 4 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN A 398 ? PHE A 406 ? ASN A 398 PHE A 406 1 ? 9 HELX_P HELX_P18 AB9 LYS A 434 ? LEU A 436 ? LYS A 434 LEU A 436 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 445 ? SER A 455 ? SER A 445 SER A 455 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 THR A 489 ? LYS A 498 ? THR A 489 LYS A 498 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN A 525 ? GLU A 531 ? GLN A 525 GLU A 531 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 AC4 SER B 10 ? PHE B 15 ? SER B 10 PHE B 15 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 TYR B 34 ? ASN B 50 ? TYR B 34 ASN B 50 1 ? 17 HELX_P HELX_P24 AC6 SER B 53 ? ALA B 58 ? SER B 53 ALA B 58 5 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY B 72 ? MET B 84 ? GLY B 72 MET B 84 1 ? 13 HELX_P HELX_P26 AC8 LYS B 97 ? LYS B 109 ? LYS B 97 LYS B 109 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY B 118 ? LEU B 122 ? GLY B 118 LEU B 122 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 SER B 125 ? GLY B 135 ? SER B 125 GLY B 135 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO B 157 ? ASN B 160 ? 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GLY C 72 MET C 84 1 ? 13 HELX_P HELX_P44 AE8 LYS C 97 ? LYS C 109 ? LYS C 97 LYS C 109 1 ? 13 HELX_P HELX_P45 AE9 GLY C 118 ? LEU C 122 ? GLY C 118 LEU C 122 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 SER C 125 ? GLY C 135 ? SER C 125 GLY C 135 1 ? 11 HELX_P HELX_P47 AF2 PRO C 157 ? ASN C 160 ? PRO C 157 ASN C 160 5 ? 4 HELX_P HELX_P48 AF3 LEU C 169 ? ASN C 171 ? LEU C 169 ASN C 171 5 ? 3 HELX_P HELX_P49 AF4 HIS C 211 ? LYS C 226 ? HIS C 211 LYS C 226 1 ? 16 HELX_P HELX_P50 AF5 HIS C 241 ? ILE C 246 ? HIS C 241 ILE C 246 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 VAL C 248 ? THR C 255 ? VAL C 248 THR C 255 1 ? 8 HELX_P HELX_P52 AF7 LEU C 269 ? TYR C 277 ? LEU C 269 TYR C 277 1 ? 9 HELX_P HELX_P53 AF8 VAL C 285 ? ASN C 294 ? VAL C 285 ASN C 294 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 AF9 ALA C 315 ? ASN C 327 ? ALA C 315 ASN C 327 1 ? 13 HELX_P HELX_P55 AG1 THR C 337 ? SER C 340 ? THR C 337 SER C 340 5 ? 4 HELX_P HELX_P56 AG2 ASN C 398 ? PHE C 406 ? ASN C 398 PHE C 406 1 ? 9 HELX_P HELX_P57 AG3 SER D 10 ? PHE D 15 ? 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ALA D 315 ASN D 327 1 ? 13 HELX_P HELX_P72 AH9 THR D 337 ? SER D 340 ? THR D 337 SER D 340 5 ? 4 HELX_P HELX_P73 AI1 ASN D 398 ? PHE D 406 ? ASN D 398 PHE D 406 1 ? 9 HELX_P HELX_P74 AI2 LYS D 434 ? LEU D 436 ? LYS D 434 LEU D 436 5 ? 3 HELX_P HELX_P75 AI3 SER D 445 ? SER D 455 ? SER D 445 SER D 455 1 ? 11 HELX_P HELX_P76 AI4 THR D 489 ? LYS D 498 ? THR D 489 LYS D 498 1 ? 10 HELX_P HELX_P77 AI5 SER E 10 ? PHE E 15 ? SER E 10 PHE E 15 1 ? 6 HELX_P HELX_P78 AI6 TYR E 34 ? ASN E 50 ? TYR E 34 ASN E 50 1 ? 17 HELX_P HELX_P79 AI7 SER E 53 ? ALA E 58 ? SER E 53 ALA E 58 5 ? 6 HELX_P HELX_P80 AI8 GLY E 72 ? MET E 84 ? GLY E 72 MET E 84 1 ? 13 HELX_P HELX_P81 AI9 LYS E 97 ? LYS E 109 ? LYS E 97 LYS E 109 1 ? 13 HELX_P HELX_P82 AJ1 GLY E 118 ? LEU E 122 ? GLY E 118 LEU E 122 5 ? 5 HELX_P HELX_P83 AJ2 SER E 125 ? GLY E 135 ? SER E 125 GLY E 135 1 ? 11 HELX_P HELX_P84 AJ3 PRO E 157 ? ASN E 160 ? PRO E 157 ASN E 160 5 ? 4 HELX_P HELX_P85 AJ4 LEU E 169 ? ASN E 171 ? 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