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EMDB EMD-15635 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB . 4A8J re-refinement EMDB 'Cryo-EM structure of yeast Elp456 subcomplex' EMD-15635 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8AT6 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-08-22 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Jaciuk, M.' 1 0000-0003-1251-1492 'Scherf, D.' 2 ? 'Kaszuba, K.' 3 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Jaciuk, M.' 1 ? primary 'Scherf, D.' 2 ? primary 'Kaszuba, K.' 3 ? primary 'Gaik, M.' 4 ? primary 'Rau, A.' 5 ? primary 'Koscielniak, A.' 6 ? primary 'Krutyholowa, R.' 7 ? primary 'Rawski, M.' 8 ? primary 'Indyka, P.' 9 ? primary 'Graziadei, A.' 10 ? primary 'Chramiec-Glabik, A.' 11 ? primary 'Biela, A.' 12 ? primary 'Dobosz, D.' 13 ? primary 'Lin, T.Y.' 14 ? primary 'Abbassi, N.E.' 15 ? primary 'Hammermeister, A.' 16 ? primary 'Rappsilber, J.' 17 ? primary 'Kosinski, J.' 18 ? primary 'Schaffrath, R.' 19 ? primary 'Glatt, S.' 20 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8AT6 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? 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_entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Gamma-toxin target 7,HAT-associated protein 1' 2 'Gamma-toxin target 5,HAT-associated protein 2,Protein IKI1' 3 'Gamma-toxin target 6,HAT-associated protein 3' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSFRKRGEILNDRGSGLRGPLLRGPPRTSSTPLRTGNRRAPGNVPLSDTTARLKKLNIADESKTKMGLDSSHVGVRPSPA TSQPTTSTGSADLDSILGHMGLPLGNSVLVEEQSTTEFHSILGKLFAAQGIVHNRISDSSADKTRNGDTHVIVLSLNQMF AKELPGIYKGSRKQMKKNLISEEESKVTVQNLNETQRSTPSRYKDLKIAWKYKLADEKRLGSPDRDDIQQNSEYKDYNHQ FDITTRLMPAPIASELTFIAPTQPVSTILSQIEQTIKRNDKKLIRIVIPSLLHPAMYPPKMFESSEIIGLMHGVRSLVKK YYERVVLFASISIDIITPPLLVLLRNMFDSVINLEPFNQEMTEFLERVYKSQPGKIQHGLVHILKLPVFTDRGEMRVLKS EWAFKNGRKKFEIEQWGIPVDDAEGSAASEQSHSHSHSDEISHNIPAKKTKISLDY ; ;MSFRKRGEILNDRGSGLRGPLLRGPPRTSSTPLRTGNRRAPGNVPLSDTTARLKKLNIADESKTKMGLDSSHVGVRPSPA TSQPTTSTGSADLDSILGHMGLPLGNSVLVEEQSTTEFHSILGKLFAAQGIVHNRISDSSADKTRNGDTHVIVLSLNQMF AKELPGIYKGSRKQMKKNLISEEESKVTVQNLNETQRSTPSRYKDLKIAWKYKLADEKRLGSPDRDDIQQNSEYKDYNHQ FDITTRLMPAPIASELTFIAPTQPVSTILSQIEQTIKRNDKKLIRIVIPSLLHPAMYPPKMFESSEIIGLMHGVRSLVKK YYERVVLFASISIDIITPPLLVLLRNMFDSVINLEPFNQEMTEFLERVYKSQPGKIQHGLVHILKLPVFTDRGEMRVLKS EWAFKNGRKKFEIEQWGIPVDDAEGSAASEQSHSHSHSDEISHNIPAKKTKISLDY ; A,D ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MASSSHNPVILLKRILSLTESSPFILCLDSIAQTSYKLIQEFVHQSKSKGNEYPIVYISFETVNKPSYCTQFIDATQMDF VHLVKQIISYLPAATATQAKKHMVIIDSLNYISTEYITRFLSEIASPHCTMVATYHKDIKDENRTVIPDWNNNYPDKLTL LQFMATTIVDIDVVLTGTLDTEEVSELLNEFRIPRGLNNDIFQLRLVNKRKSGRSLEYDFIVNSNTHEYELLSTTKQEEE SSSNGLETPEMLQGLTTFNLGTSNKQKLAKDQVALPFLEAQSFGQGGAIVYEYEKDDDYDEEDPYEDPF ; ;MASSSHNPVILLKRILSLTESSPFILCLDSIAQTSYKLIQEFVHQSKSKGNEYPIVYISFETVNKPSYCTQFIDATQMDF VHLVKQIISYLPAATATQAKKHMVIIDSLNYISTEYITRFLSEIASPHCTMVATYHKDIKDENRTVIPDWNNNYPDKLTL LQFMATTIVDIDVVLTGTLDTEEVSELLNEFRIPRGLNNDIFQLRLVNKRKSGRSLEYDFIVNSNTHEYELLSTTKQEEE SSSNGLETPEMLQGLTTFNLGTSNKQKLAKDQVALPFLEAQSFGQGGAIVYEYEKDDDYDEEDPYEDPF ; B,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGSVQRQDLVLFSDQSVLPAHFFQDSNSHNLFFITHQSCTQPLWMINALVETHVLGSPSSLNESSSSMLPSSTRSHAVLA SFIHEQNYFTNSLNKLKIPSNNYNVLDFLSDFIVNNIHNKPRDKILSDVLAKFSAAIQNNPTDTIVIIEQPELLLSLVSG LTCSELNNKFITPLLRQCKVLIIVSNSDIFNIDEYDASVHSSNLQNFYKSSFIKSMINLNLNPLKTGFAKDVTGSLHVCR GGAPIATSNTSLHVVENEYLYLNEKESTKLFYR ; ;MGSVQRQDLVLFSDQSVLPAHFFQDSNSHNLFFITHQSCTQPLWMINALVETHVLGSPSSLNESSSSMLPSSTRSHAVLA SFIHEQNYFTNSLNKLKIPSNNYNVLDFLSDFIVNNIHNKPRDKILSDVLAKFSAAIQNNPTDTIVIIEQPELLLSLVSG LTCSELNNKFITPLLRQCKVLIIVSNSDIFNIDEYDASVHSSNLQNFYKSSFIKSMINLNLNPLKTGFAKDVTGSLHVCR GGAPIATSNTSLHVVENEYLYLNEKESTKLFYR ; C,F ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 PHE n 1 4 ARG n 1 5 LYS n 1 6 ARG n 1 7 GLY n 1 8 GLU n 1 9 ILE n 1 10 LEU n 1 11 ASN n 1 12 ASP n 1 13 ARG n 1 14 GLY n 1 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'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ELP4_YEAST Q02884 ? 1 ;MSFRKRGEILNDRGSGLRGPLLRGPPRTSSTPLRTGNRRAPGNVPLSDTTARLKKLNIADESKTKMGLDSSHVGVRPSPA TSQPTTSTGSADLDSILGHMGLPLGNSVLVEEQSTTEFHSILGKLFAAQGIVHNRISDSSADKTRNGDTHVIVLSLNQMF AKELPGIYKGSRKQMKKNLISEEESKVTVQNLNETQRSTPSRYKDLKIAWKYKLADEKRLGSPDRDDIQQNSEYKDYNHQ FDITTRLMPAPIASELTFIAPTQPVSTILSQIEQTIKRNDKKLIRIVIPSLLHPAMYPPKMFESSEIIGLMHGVRSLVKK YYERVVLFASISIDIITPPLLVLLRNMFDSVINLEPFNQEMTEFLERVYKSQPGKIQHGLVHILKLPVFTDRGEMRVLKS EWAFKNGRKKFEIEQWGIPVDDAEGSAASEQSHSHSHSDEISHNIPAKKTKISLDY ; 1 2 UNP ELP5_YEAST P38874 ? 2 ;MASSSHNPVILLKRILSLTESSPFILCLDSIAQTSYKLIQEFVHQSKSKGNEYPIVYISFETVNKPSYCTQFIDATQMDF VHLVKQIISYLPAATATQAKKHMVIIDSLNYISTEYITRFLSEIASPHCTMVATYHKDIKDENRTVIPDWNNNYPDKLTL LQFMATTIVDIDVVLTGTLDTEEVSELLNEFRIPRGLNNDIFQLRLVNKRKSGRSLEYDFIVNSNTHEYELLSTTKQEEE SSSNGLETPEMLQGLTTFNLGTSNKQKLAKDQVALPFLEAQSFGQGGAIVYEYEKDDDYDEEDPYEDPF ; 1 3 UNP ELP6_YEAST Q04868 ? 3 ;MGSVQRQDLVLFSDQSVLPAHFFQDSNSHNLFFITHQSCTQPLWMINALVETHVLGSPSSLNESSSSMLPSSTRSHAVLA SFIHEQNYFTNSLNKLKIPSNNYNVLDFLSDFIVNNIHNKPRDKILSDVLAKFSAAIQNNPTDTIVIIEQPELLLSLVSG LTCSELNNKFITPLLRQCKVLIIVSNSDIFNIDEYDASVHSSNLQNFYKSSFIKSMINLNLNPLKTGFAKDVTGSLHVCR GGAPIATSNTSLHVVENEYLYLNEKESTKLFYR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8AT6 A 1 ? 456 ? 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'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8AT6 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8AT6 _struct.title 'Cryo-EM structure of yeast Elp456 subcomplex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8AT6 _struct_keywords.text 'wobble uridine modification, TRANSLATION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLATION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 90 ? GLY A 98 ? SER A 90 GLY A 98 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 PHE A 118 ? ILE A 136 ? PHE A 118 ILE A 136 1 ? 19 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 157 ? LEU A 164 ? ASN A 157 LEU A 164 5 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 264 ? ASN A 279 ? PRO A 264 ASN A 279 1 ? 16 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 298 ? PHE A 302 ? PRO A 298 PHE A 302 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 303 ? TYR A 321 ? GLU A 303 TYR A 321 1 ? 19 HELX_P HELX_P7 AA7 THR A 337 ? PHE A 348 ? THR A 337 PHE A 348 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 358 ? TYR A 369 ? ASN A 358 TYR A 369 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 ASN B 7 ? SER B 17 ? ASN B 7 SER B 17 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 SER B 35 ? LYS B 49 ? SER B 35 LYS B 49 1 ? 15 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP B 79 ? TYR B 90 ? ASP B 79 TYR B 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 SER B 113 ? GLU B 115 ? SER B 113 GLU B 115 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 AB4 TYR B 116 ? SER B 122 ? TYR B 116 SER B 122 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP B 156 ? ALA B 165 ? ASP B 156 ALA B 165 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP B 180 ? GLU B 190 ? ASP B 180 GLU B 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 PRO C 19 ? PHE C 23 ? PRO C 19 PHE C 23 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO C 42 ? LEU C 55 ? PRO C 42 LEU C 55 1 ? 14 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU C 85 ? LYS C 95 ? GLU C 85 LYS C 95 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP C 111 ? ILE C 117 ? ASP C 111 ILE C 117 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO C 121 ? ASN C 140 ? PRO C 121 ASN C 140 1 ? 20 HELX_P HELX_P21 AC3 LEU C 153 ? VAL C 158 ? LEU C 153 VAL C 158 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 THR C 162 ? PHE C 170 ? THR C 162 PHE C 170 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 AC5 PHE C 170 ? GLN C 177 ? PHE C 170 GLN C 177 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP C 188 ? ILE C 192 ? ASP C 188 ILE C 192 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 ASP C 196 ? SER C 201 ? ASP C 196 SER C 201 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 SER C 201 ? SER C 215 ? SER C 201 SER C 215 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 AC9 SER D 90 ? LEU D 97 ? SER D 90 LEU D 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P28 AD1 PHE D 118 ? SER D 140 ? PHE D 118 SER D 140 1 ? 23 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN D 157 ? GLU D 163 ? ASN D 157 GLU D 163 5 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO D 264 ? ASN D 279 ? PRO D 264 ASN D 279 1 ? 16 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO D 298 ? PHE D 302 ? PRO D 298 PHE D 302 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU D 303 ? TYR D 321 ? GLU D 303 TYR D 321 1 ? 19 HELX_P HELX_P33 AD6 THR D 337 ? PHE D 348 ? THR D 337 PHE D 348 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN D 358 ? LYS D 370 ? ASN D 358 LYS D 370 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN E 7 ? SER E 17 ? ASN E 7 SER E 17 1 ? 11 HELX_P HELX_P36 AD9 SER E 35 ? LYS E 49 ? SER E 35 LYS E 49 1 ? 15 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP E 79 ? LEU E 91 ? ASP E 79 LEU E 91 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 SER E 113 ? GLU E 115 ? SER E 113 GLU E 115 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 AE3 TYR E 116 ? ALA E 125 ? TYR E 116 ALA E 125 1 ? 10 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP E 156 ? ALA E 165 ? ASP E 156 ALA E 165 1 ? 10 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP E 180 ? GLU E 190 ? ASP E 180 GLU E 190 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 AE6 ALA F 20 ? ASP F 25 ? ALA F 20 ASP F 25 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO F 42 ? GLY F 56 ? PRO F 42 GLY F 56 1 ? 15 HELX_P HELX_P44 AE8 GLN F 86 ? ASN F 94 ? GLN F 86 ASN F 94 1 ? 9 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP F 111 ? ILE F 117 ? ASP F 111 ILE F 117 1 ? 7 HELX_P HELX_P46 AF1 PRO F 121 ? ASN F 139 ? PRO F 121 ASN F 139 1 ? 19 HELX_P HELX_P47 AF2 LEU F 153 ? VAL F 158 ? LEU F 153 VAL F 158 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 THR F 162 ? PHE F 170 ? THR F 162 PHE F 170 1 ? 9 HELX_P HELX_P49 AF4 PHE F 170 ? GLN F 177 ? PHE F 170 GLN F 177 1 ? 8 HELX_P HELX_P50 AF5 SER F 202 ? LYS F 214 ? SER F 202 LYS F 214 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 MET 248 A . ? MET 248 A PRO 249 A ? PRO 249 A 1 0.00 2 MET 248 D . ? MET 248 D PRO 249 D ? PRO 249 D 1 -6.52 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 9 ? AA3 ? 9 ? AA4 ? 8 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 9 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 9 ? AB1 ? 9 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 8 9 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA3 5 6 ? parallel AA3 6 7 ? anti-parallel AA3 7 8 ? anti-parallel AA3 8 9 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA4 5 6 ? parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA4 7 8 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? parallel AA7 5 6 ? parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA7 7 8 ? anti-parallel AA7 8 9 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? parallel AA9 5 6 ? parallel AA9 6 7 ? anti-parallel AA9 7 8 ? anti-parallel AA9 8 9 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB1 5 6 ? parallel AB1 6 7 ? anti-parallel AB1 7 8 ? anti-parallel AB1 8 9 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 76 ? 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GLU B 228 LEU B 231 AA4 1 TYR C 103 ? ASP C 107 ? TYR C 103 ASP C 107 AA4 2 HIS C 76 ? SER C 81 ? HIS C 76 SER C 81 AA4 3 THR C 144 ? GLU C 149 ? THR C 144 GLU C 149 AA4 4 VAL C 180 ? ASN C 186 ? VAL C 180 ASN C 186 AA4 5 ASN C 30 ? HIS C 36 ? ASN C 30 HIS C 36 AA4 6 ILE C 217 ? ASN C 222 ? ILE C 217 ASN C 222 AA4 7 GLY C 234 ? ARG C 240 ? GLY C 234 ARG C 240 AA4 8 ASN C 257 ? TYR C 261 ? ASN C 257 TYR C 261 AA5 1 ASN C 263 ? GLU C 264 ? ASN C 263 GLU C 264 AA5 2 SER C 267 ? THR C 268 ? SER C 267 THR C 268 AA6 1 VAL D 75 ? PRO D 77 ? VAL D 75 PRO D 77 AA6 2 PRO D 84 ? THR D 86 ? PRO D 84 THR D 86 AA6 3 LEU D 102 ? PRO D 103 ? LEU D 102 PRO D 103 AA7 1 LEU D 256 ? ILE D 259 ? LEU D 256 ILE D 259 AA7 2 THR D 149 ? LEU D 154 ? THR D 149 LEU D 154 AA7 3 LEU D 283 ? LEU D 291 ? LEU D 283 LEU D 291 AA7 4 VAL D 325 ? SER D 332 ? VAL D 325 SER D 332 AA7 5 LEU D 109 ? GLU D 112 ? LEU D 109 GLU D 112 AA7 6 VAL D 351 ? PRO D 356 ? VAL D 351 PRO D 356 AA7 7 GLY D 379 ? LYS D 385 ? 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F GLY 2 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM NaCl 'sodium chloride' 1 2 20 mM HEPES HEPES 1 3 3 mM Dithiothreitol Dithiothreitol # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.2338 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 4932 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Saccharomyces cerevisiae' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 4932 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Saccharomyces cerevisiae' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details '20 eV slit, fully tuned before the experiment' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time 1.82 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 4716 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'given number of particles is after TOPAZ picking and 2D cleaning' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 364424 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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PHENIX ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'Ab-Initio Reconstruction' cryoSPARC v3.2.0 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' '3D auto-refine' RELION 3.1 1 ? ? 12 CLASSIFICATION 'masked 3D classification' RELION 3.1 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION Postprocessing RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.4 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Polish National Science Centre' Poland 2018/31/B/NZ1/03559 1 'European Research Council (ERC)' 'European Union' 101001394 2 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 4A8J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'Complex composition and stoichiometry validated using SDS-PAGE' #