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EMDB EMD-16376 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-05-31 2 'Structure model' 1 1 2023-06-14 3 'Structure model' 1 2 2024-07-24 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' em_admin # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 2 'Structure model' '_citation.page_first' 7 2 'Structure model' '_citation.page_last' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 2 'Structure model' '_citation.title' 11 2 'Structure model' '_citation.year' 12 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 3 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8C0Z _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-12-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'CryoEM structure of a tungsten-containing aldehyde oxidoreductase from Aromatoleum aromaticum' _pdbx_database_related.db_id EMD-16376 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email jan.schuller@synmikro.uni-marburg.de _pdbx_contact_author.name_first Jan _pdbx_contact_author.name_last Schuller _pdbx_contact_author.name_mi M. _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-9121-1764 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Winiarska, A.' 1 ? 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_citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Winiarska, A.' 1 0000-0003-4361-6852 primary 'Ramirez-Amador, F.' 2 0000-0002-4182-2487 primary 'Hege, D.' 3 0000-0002-2179-8037 primary 'Gemmecker, Y.' 4 ? primary 'Prinz, S.' 5 0000-0001-9534-3214 primary 'Hochberg, G.' 6 0000-0002-7155-0451 primary 'Heider, J.' 7 0000-0001-8328-9716 primary 'Szaleniec, M.' 8 0000-0002-7650-9263 primary 'Schuller, J.M.' 9 0000-0002-9121-1764 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Aldehyde:ferredoxin oxidoreductase,tungsten-containing' 65954.648 2 1.2.7.- ? ? ? 2 polymer man 'Iron-sulfur cluster-binding protein potential subunit of aldehyde oxidoreductase' 20524.352 2 ? ? ? ;AorA (chain C,F in the model) is fused to a N-terminal Twin-Strep-tag (two Strep-tags linked by a glycin/serin peptide) for purification purposes. ; 3 polymer man 'Similar to ferredoxin:NADH oxidoreductases or NADH oxidases,potential subunit of aldehyde oxidoreductase' 45798.395 1 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 'IRON/SULFUR CLUSTER' 351.640 10 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'tungsten cofactor' 1002.511 2 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'BENZOIC ACID' 122.121 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE' 785.550 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MGWNRKVLRVNLAEGTCTPEPLNMQWADEYLGSRGLATKYLVSETDPKVDPLSPDNKMIMATGPLTGTMASTGGRYTVVT KGPLTGAIACSNSGGFFGAEMKFAGWDMVIFEGRSPTPVYLFIENERAELRDASYLWGRSCWETEESIRAQHQDPLIRVS SIGRAGENQVMFACIVNDLHRAAGRSGVGAVMGSKNLKAVAIRGTKGVSGIRDFPGFVRATSEAKKVLAGNPVTSEGLPK 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;MKHVILGNGPAGVIAAETLRRAAPTDDILLFGSEDAPPYSRMAIPYLLEGNIDESGTWLRKSPGHFDRLRIHEMRGRAVS LDSERRRILFDDGHFESWDRLLIATGSHPVRPPIPGIDLPEVQTCWTLEDARAIARFATPGARVLQLGAGFIGCIIMEAL AARGVELTVVEMGDRMVPRMMTPTAGGMIRKWVEDQGVRVVTNAGVSRIDCRASNDAPLDVTLSTGEVVVADLVIVAAGV APNIAFLEATPVHVAKGVLVDDRLQTSVPGIFAAGDVAEAPDLFTGAHLVAAIQPNAADQARVAALNMAGHEARLKGVLA INVLDTLGLISSSFGQWWGEERERGGAGVEHVDEAAYRYLSLQFKDDVLIGATSIGLTEHVGALRGLIHGRVRLGEWKER LLHSPLQFVDAYIARSQQPMALVR ; E ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 'IRON/SULFUR CLUSTER' SF4 5 'tungsten cofactor' T7R 6 'MAGNESIUM ION' MG 7 'BENZOIC ACID' BEZ 8 'FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE' FAD # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLY n 1 3 TRP n 1 4 ASN n 1 5 ARG n 1 6 LYS n 1 7 VAL n 1 8 LEU n 1 9 ARG n 1 10 VAL n 1 11 ASN n 1 12 LEU n 1 13 ALA n 1 14 GLU n 1 15 GLY n 1 16 THR n 1 17 CYS n 1 18 THR n 1 19 PRO n 1 20 GLU n 1 21 PRO n 1 22 LEU n 1 23 ASN n 1 24 MET n 1 25 GLN n 1 26 TRP n 1 27 ALA n 1 28 ASP n 1 29 GLU n 1 30 TYR n 1 31 LEU n 1 32 GLY n 1 33 SER n 1 34 ARG n 1 35 GLY n 1 36 LEU n 1 37 ALA n 1 38 THR n 1 39 LYS n 1 40 TYR n 1 41 LEU n 1 42 VAL n 1 43 SER n 1 44 GLU n 1 45 THR n 1 46 ASP n 1 47 PRO n 1 48 LYS n 1 49 VAL n 1 50 ASP n 1 51 PRO n 1 52 LEU n 1 53 SER n 1 54 PRO n 1 55 ASP n 1 56 ASN n 1 57 LYS n 1 58 MET n 1 59 ILE n 1 60 MET n 1 61 ALA n 1 62 THR n 1 63 GLY n 1 64 PRO n 1 65 LEU n 1 66 THR n 1 67 GLY n 1 68 THR n 1 69 MET n 1 70 ALA n 1 71 SER n 1 72 THR n 1 73 GLY n 1 74 GLY n 1 75 ARG n 1 76 TYR n 1 77 THR n 1 78 VAL n 1 79 VAL n 1 80 THR n 1 81 LYS n 1 82 GLY n 1 83 PRO n 1 84 LEU n 1 85 THR n 1 86 GLY n 1 87 ALA n 1 88 ILE n 1 89 ALA n 1 90 CYS n 1 91 SER n 1 92 ASN n 1 93 SER n 1 94 GLY n 1 95 GLY n 1 96 PHE n 1 97 PHE n 1 98 GLY n 1 99 ALA n 1 100 GLU n 1 101 MET n 1 102 LYS n 1 103 PHE n 1 104 ALA n 1 105 GLY n 1 106 TRP n 1 107 ASP n 1 108 MET n 1 109 VAL n 1 110 ILE n 1 111 PHE n 1 112 GLU 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'expression tag' 0 68 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 18450 ? 1 MORE -307 ? 1 'SSA (A^2)' 74010 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'Mass photometry experiments' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 TRP A 26 ? 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ARG A 585 GLU A 588 5 ? 4 HELX_P HELX_P30 AD3 MET A 589 ? GLY A 598 ? MET A 589 GLY A 598 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 AD4 THR A 606 ? LEU A 613 ? THR A 606 LEU A 613 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 TRP B 26 ? LEU B 31 ? TRP B 26 LEU B 31 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 ARG B 34 ? SER B 43 ? ARG B 34 SER B 43 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 PHE B 96 ? ALA B 104 ? PHE B 96 ALA B 104 1 ? 9 HELX_P HELX_P35 AD8 SER B 140 ? GLN B 153 ? SER B 140 GLN B 153 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 GLY B 163 ? ASN B 168 ? GLY B 163 ASN B 168 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 GLY B 187 ? SER B 194 ? GLY B 187 SER B 194 1 ? 8 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP B 213 ? ASN B 231 ? ASP B 213 ASN B 231 1 ? 19 HELX_P HELX_P39 AE3 GLU B 236 ? GLY B 242 ? GLU B 236 GLY B 242 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 AE4 VAL B 245 ? GLY B 254 ? VAL B 245 GLY B 254 1 ? 10 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP B 268 ? ILE B 272 ? ASP B 268 ILE B 272 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 ALA B 274 ? HIS B 278 ? ALA B 274 HIS B 278 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 GLU B 329 ? GLY B 337 ? 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GLY B 559 ASP B 563 5 ? 5 HELX_P HELX_P58 AG4 PRO B 566 ? GLU B 572 ? PRO B 566 GLU B 572 1 ? 7 HELX_P HELX_P59 AG5 ARG B 585 ? GLU B 588 ? ARG B 585 GLU B 588 5 ? 4 HELX_P HELX_P60 AG6 MET B 589 ? GLY B 598 ? MET B 589 GLY B 598 1 ? 10 HELX_P HELX_P61 AG7 THR B 606 ? GLY B 614 ? THR B 606 GLY B 614 1 ? 9 HELX_P HELX_P62 AG8 PRO C 43 ? CYS C 46 ? PRO C 9 CYS C 12 5 ? 4 HELX_P HELX_P63 AG9 LEU C 50 ? THR C 61 ? LEU C 16 THR C 27 1 ? 12 HELX_P HELX_P64 AH1 ASN C 65 ? SER C 69 ? ASN C 31 SER C 35 5 ? 5 HELX_P HELX_P65 AH2 ALA C 93 ? SER C 98 ? ALA C 59 SER C 64 1 ? 6 HELX_P HELX_P66 AH3 VAL C 125 ? CYS C 130 ? VAL C 91 CYS C 96 1 ? 6 HELX_P HELX_P67 AH4 ASP C 148 ? ASP C 153 ? ASP C 114 ASP C 119 5 ? 6 HELX_P HELX_P68 AH5 GLY C 174 ? ASN C 186 ? GLY C 140 ASN C 152 1 ? 13 HELX_P HELX_P69 AH6 GLY D 9 ? ALA D 23 ? GLY E 9 ALA E 23 1 ? 15 HELX_P HELX_P70 AH7 ILE D 44 ? GLY D 50 ? ILE E 44 GLY E 50 1 ? 7 HELX_P HELX_P71 AH8 ASP D 53 ? TRP D 58 ? 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C CYS 18 C SF4 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? ? metalc20 metalc ? ? C CYS 56 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE1 ? ? C CYS 22 C SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? ? metalc21 metalc ? ? C CYS 87 SG ? ? ? 1_555 O SF4 . FE2 ? ? C CYS 53 C SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? ? metalc22 metalc ? ? C CYS 90 SG ? ? ? 1_555 O SF4 . FE3 ? ? C CYS 56 C SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? ? metalc23 metalc ? ? C CYS 95 SG ? ? ? 1_555 O SF4 . FE1 ? ? C CYS 61 C SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.290 ? ? metalc24 metalc ? ? C CYS 99 SG ? ? ? 1_555 P SF4 . FE4 ? ? C CYS 65 C SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? ? metalc25 metalc ? ? C CYS 120 SG ? ? ? 1_555 P SF4 . FE1 ? ? C CYS 86 C SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? ? metalc26 metalc ? ? C CYS 123 SG ? ? ? 1_555 P SF4 . FE2 ? ? C CYS 89 C SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? ? metalc27 metalc ? ? C CYS 126 SG ? ? ? 1_555 P SF4 . FE3 ? ? C CYS 92 C SF4 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? ? metalc28 metalc ? ? C CYS 130 SG ? ? ? 1_555 O SF4 . FE4 ? ? 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