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_refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B 12.215 _refine.overall_SU_ML 0.232 _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _refine_hist.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_hist.cycle_id 1 _refine_hist.details ? _refine_hist.d_res_high . _refine_hist.d_res_low . _refine_hist.number_atoms_solvent ? _refine_hist.number_atoms_total 72246 _refine_hist.number_reflns_all ? _refine_hist.number_reflns_obs ? _refine_hist.number_reflns_R_free ? _refine_hist.number_reflns_R_work ? _refine_hist.R_factor_all ? _refine_hist.R_factor_obs ? _refine_hist.R_factor_R_free ? _refine_hist.R_factor_R_work ? _refine_hist.pdbx_number_residues_total ? _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand ? _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_lipid ? _refine_hist.pdbx_number_atoms_carb ? _refine_hist.pdbx_pseudo_atom_details ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.012 0.013 74446 ? r_bond_refined_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.001 0.017 64473 ? r_bond_other_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.475 1.669 100326 ? r_angle_refined_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.485 1.606 149157 ? r_angle_other_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.213 5.000 9474 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 34.700 25.596 3624 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.952 15.000 10578 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 22.089 15.000 210 ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.066 0.200 10776 ? r_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 0.020 85914 ? r_gen_planes_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 0.020 15467 ? r_gen_planes_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.200 7.879 38271 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.200 7.879 38269 ? r_mcbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.148 11.852 47382 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.148 11.852 47383 ? r_mcangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.869 8.625 36175 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.868 8.625 36176 ? r_scbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.227 12.607 52945 ? r_scangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.650 ? 296178 ? r_long_range_B_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.650 ? 296179 ? r_long_range_B_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 1 'interatomic distance' ? A 96360 ? ? 1 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 2 'interatomic distance' ? B 96360 ? ? 1 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 3 'interatomic distance' ? A 96396 ? ? 2 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 4 'interatomic distance' ? C 96396 ? ? 2 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.02 ? 0.05 5 'interatomic distance' ? A 96980 ? ? 3 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.02 ? 0.05 6 'interatomic distance' ? D 96980 ? ? 3 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 7 'interatomic distance' ? A 96358 ? ? 4 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 8 'interatomic distance' ? E 96358 ? ? 4 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 9 'interatomic distance' ? A 96258 ? ? 5 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 10 'interatomic distance' ? F 96258 ? ? 5 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.05 ? 0.05 11 'interatomic distance' ? A 622 ? ? 6 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.05 ? 0.05 12 'interatomic distance' ? B 622 ? ? 6 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.08 ? 0.05 13 'interatomic distance' ? A 620 ? ? 7 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.08 ? 0.05 14 'interatomic distance' ? C 620 ? ? 7 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.05 ? 0.05 15 'interatomic distance' ? A 626 ? ? 8 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.05 ? 0.05 16 'interatomic distance' ? D 626 ? ? 8 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.05 ? 0.05 17 'interatomic distance' ? A 622 ? ? 9 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.05 ? 0.05 18 'interatomic distance' ? E 622 ? ? 9 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.05 ? 0.05 19 'interatomic distance' ? A 622 ? ? 10 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.05 ? 0.05 20 'interatomic distance' ? F 622 ? ? 10 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 21 'interatomic distance' ? B 96402 ? ? 11 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 22 'interatomic distance' ? C 96402 ? ? 11 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 23 'interatomic distance' ? B 96462 ? ? 12 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 24 'interatomic distance' ? D 96462 ? ? 12 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.02 ? 0.05 25 'interatomic distance' ? B 97022 ? ? 13 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.02 ? 0.05 26 'interatomic distance' ? E 97022 ? ? 13 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 27 'interatomic distance' ? B 96246 ? ? 14 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 28 'interatomic distance' ? F 96246 ? ? 14 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.06 ? 0.05 29 'interatomic distance' ? B 628 ? ? 15 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.06 ? 0.05 30 'interatomic distance' ? C 628 ? ? 15 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.01 ? 0.05 31 'interatomic distance' ? B 628 ? ? 16 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.01 ? 0.05 32 'interatomic distance' ? D 628 ? ? 16 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.00 ? 0.05 33 'interatomic distance' ? B 634 ? ? 17 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.00 ? 0.05 34 'interatomic distance' ? E 634 ? ? 17 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.02 ? 0.05 35 'interatomic distance' ? B 632 ? ? 18 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.02 ? 0.05 36 'interatomic distance' ? F 632 ? ? 18 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 37 'interatomic distance' ? C 96502 ? ? 19 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 38 'interatomic distance' ? D 96502 ? ? 19 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.02 ? 0.05 39 'interatomic distance' ? C 96426 ? ? 20 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.02 ? 0.05 40 'interatomic distance' ? E 96426 ? ? 20 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.02 ? 0.05 41 'interatomic distance' ? C 96948 ? ? 21 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.02 ? 0.05 42 'interatomic distance' ? F 96948 ? ? 21 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.06 ? 0.05 43 'interatomic distance' ? C 628 ? ? 22 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.06 ? 0.05 44 'interatomic distance' ? D 628 ? ? 22 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.06 ? 0.05 45 'interatomic distance' ? C 628 ? ? 23 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.06 ? 0.05 46 'interatomic distance' ? E 628 ? ? 23 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.08 ? 0.05 47 'interatomic distance' ? C 634 ? ? 24 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.08 ? 0.05 48 'interatomic distance' ? F 634 ? ? 24 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 49 'interatomic distance' ? D 96450 ? ? 25 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 50 'interatomic distance' ? E 96450 ? ? 25 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 51 'interatomic distance' ? D 96354 ? ? 26 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 52 'interatomic distance' ? F 96354 ? ? 26 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.01 ? 0.05 53 'interatomic distance' ? D 628 ? ? 27 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.01 ? 0.05 54 'interatomic distance' ? E 628 ? ? 27 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.02 ? 0.05 55 'interatomic distance' ? D 630 ? ? 28 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.02 ? 0.05 56 'interatomic distance' ? F 630 ? ? 28 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.03 ? 0.05 57 'interatomic distance' ? E 96290 ? ? 29 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.03 ? 0.05 58 'interatomic distance' ? F 96290 ? ? 29 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.02 ? 0.05 59 'interatomic distance' ? E 632 ? ? 30 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.02 ? 0.05 60 'interatomic distance' ? F 632 ? ? 30 # _refine_ls_shell.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine_ls_shell.d_res_high 2.720 _refine_ls_shell.d_res_low 2.791 _refine_ls_shell.number_reflns_all ? _refine_ls_shell.number_reflns_obs ? _refine_ls_shell.number_reflns_R_free 0 _refine_ls_shell.number_reflns_R_work 61454 _refine_ls_shell.percent_reflns_obs 100.00 _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free ? _refine_ls_shell.R_factor_all ? _refine_ls_shell.R_factor_obs ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error ? _refine_ls_shell.R_factor_R_work 0.750 _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all ? _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_all ? _refine_ls_shell.wR_factor_obs ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_free ? _refine_ls_shell.wR_factor_R_work ? _refine_ls_shell.pdbx_R_complete ? _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used 20 _refine_ls_shell.pdbx_phase_error ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work ? _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free ? _refine_ls_shell.R_factor_R_free 0.000 # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id 1 A 1 2 B 1 1 A 2 2 C 2 1 A 3 2 D 3 1 A 4 2 E 4 1 A 5 2 F 5 1 A 6 2 B 6 1 A 7 2 C 7 1 A 8 2 D 8 1 A 9 2 E 9 1 A 10 2 F 10 1 B 11 2 C 11 1 B 12 2 D 12 1 B 13 2 E 13 1 B 14 2 F 14 1 B 15 2 C 15 1 B 16 2 D 16 1 B 17 2 E 17 1 B 18 2 F 18 1 C 19 2 D 19 1 C 20 2 E 20 1 C 21 2 F 21 1 C 22 2 D 22 1 C 23 2 E 23 1 C 24 2 F 24 1 D 25 2 E 25 1 D 26 2 F 26 1 D 27 2 E 27 1 D 28 2 F 28 1 E 29 2 F 29 1 E 30 2 F 30 # loop_ _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.selection_details _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id 1 A 37 A 1616 0 0 ? 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_struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8C8L _struct_keywords.text 'Nmar_1547 S-layer, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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F N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code A9A4Y9_NITMS _struct_ref.pdbx_db_accession A9A4Y9 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MNNEIGRKITSLTLMTIMVAGGLTFAIPGVMPEAMAANANLFVSAENSQFDNYMSGPQVIEVVVIDSDINDTDEAKGEPD VTVNGKVLRMVQAVDGNWYGYFADRDQAQIADSTATTADSGLDFGVFCASSSGTAALGFSTTETDGIAIPITIANATATG NGTQTGSSSGGAITTTCAANTLDASTANGTINVVREAKDPVAASGSVSVGQIGLKNGTANSGPNWPFIQLYELNPTGNVV VQYNKGGGVQSTTLTFDTVDQFAELSLDRTVFPRVSQVHATITDLWLNIDPTDEDSWTFATNTKNTTSSFNVDTFYQVFD ENGASGGSALTLRTTLSSLMCEDNCVLTLDVDAQSSGTPVVTIQDNGDSILTQLNASSNTNANNASAFGISTETAKLGTG SIPVTITEQGPNSGVFGTYDESDKSVLKITDNAKRGTSASLDYNETPQTILVGFSFASIDIQPVTDEWTSGQEIPVVIVD ADQNKNSRADEDLDLNNPDVTLIPALRTGDPFTIDEGGTPSLIFTNGTNGDDSIFDTGAINNTSAGQVGNFTLNINVTRF SSATNITSTESIDTFSKRLISAQTANSSANFDVDFAIIDLGSATLETLKETVVDEDNTAVGFNFFNYDVRSLGADTVSIA LLNTTGNILPWVNNDTRNVDKNNAILLVSNSTNSQAYVDLTNAVSDAVYGSTNTDSNVNIGFAMYFTGVGDLAAKEVIVM DFFSFGFTDDGVQSSERFANQIIRIEAEETGDNTSTFEGSLEYVMVNQINIQDAGTFSGITPIADDPSFIVIEDLTDEDA PRVNYNDLGADGVTTPVSDQEEAPSHSGVVSLNADSYKIADTVVITVEDLDLNVDSDLIDIFTVVSDNSKATDDAVGSAT TQSLSFGELGRLLDVTFDDVIWSTPDGANNTATGNDSDTCSTELSNAGITDTGLGATGFTLVETGAATGVFVGDFQIPSF WCRVSDTTTTPYTYAGDEETTTGLDIEVNYVDFRDASGEIVEVGDSAGVRANTGSVSLDRTVYPVPFGTIADSSKAANAA PNGRSVFPIHATGITSTIDSTEELPTGDLTIHVRINDPDFDENPAGEDAMDQDNALKISVIRGSDSVVLGYAGASERTGK IDVGGNNGTISNIRSFGEMDEIAPDAGIFELDVNIKFTDGPASAQCNSHDTLYTALDGTTGKADTNRFDDGAASGQEYCI LQGDILQVEYTDPADASGDANTVTDSATFDLRNGVLQSDKSVYIIGSDMILTLIEPDFDLDNDSAETYDLDLIEWDSDAA TTTMGNKGVTGAAAAFDPEPTDFRETGDSTGIFQIVIEIPESLSNDKLERGEEIILEYTDWGPSGSDYVGDEDEDVNLTI YTSNFGATVELDQKVYSWTDKVYITIVAPDHNFDSDLVDEIGETDSDPIKVSTRGFDLDNYKLVETGTDTGIFTGEVILT GFTAHDADGDGNTGDATGTTSGSGPTDGLLATDDDDGLTVSFEFSEDETIVGSALIRWNIGEVQWLEASYPASGTGVVRV IDPDMNLDPEAVDNFEVDVWSDSDAGGIDLTVTETNEATGIFEGTVFFTTLDESSGHRLRVSEGDTVTAEYEDNTLPDPY TTADELDITATSLIGTVVPPLERAPAANLRTVDAFGNSLDSVSVDQQVQISADLANGQDREQSFAYLVQIQDANGVTVSL AWITGSLSSGQSFSPALSWIPTEAGTYTATAFVWESVDNPTALSPPVSTTVNVS ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8C8L A 1 ? 1734 ? 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A9A4Y9 1 ? 1734 ? 1 1734 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 105 ? 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C CYS 128 C CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? ? disulf10 disulf ? ? C CYS 341 SG ? ? ? 1_555 C CYS 345 SG ? ? C CYS 341 C CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.060 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 920 SG ? ? ? 1_555 C CYS 962 SG ? ? C CYS 920 C CYS 962 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1199 SG ? ? C CYS 1166 C CYS 1199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 128 SG ? ? ? 1_555 D CYS 177 SG ? ? D CYS 128 D CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf14 disulf ? ? D CYS 341 SG ? ? ? 1_555 D CYS 345 SG ? ? D CYS 341 D CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf15 disulf ? ? D CYS 920 SG ? ? ? 1_555 D CYS 962 SG ? ? D CYS 920 D CYS 962 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf16 disulf ? ? D CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 D CYS 1199 SG ? ? D CYS 1166 D CYS 1199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 128 SG ? ? ? 1_555 E CYS 177 SG ? ? E CYS 128 E CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf18 disulf ? ? E CYS 341 SG ? ? ? 1_555 E CYS 345 SG ? ? E CYS 341 E CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf19 disulf ? ? E CYS 920 SG ? ? ? 1_555 E CYS 962 SG ? ? E CYS 920 E CYS 962 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1199 SG ? ? E CYS 1166 E CYS 1199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf21 disulf ? ? F CYS 128 SG ? ? ? 1_555 F CYS 177 SG ? ? F CYS 128 F CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? ? disulf22 disulf ? ? F CYS 341 SG ? ? ? 1_555 F CYS 345 SG ? ? F CYS 341 F CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.060 ? ? disulf23 disulf ? ? F CYS 920 SG ? ? ? 1_555 F CYS 962 SG ? ? F CYS 920 F CYS 962 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf24 disulf ? ? F CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 F CYS 1199 SG ? ? F CYS 1166 F CYS 1199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 225 A . ? TRP 225 A PRO 226 A ? PRO 226 A 1 -2.23 2 LEU 649 A . ? LEU 649 A PRO 650 A ? PRO 650 A 1 -6.64 3 THR 970 A . ? THR 970 A PRO 971 A ? PRO 971 A 1 -10.56 4 GLU 1299 A . ? GLU 1299 A PRO 1300 A ? PRO 1300 A 1 -3.69 5 TRP 225 B . ? TRP 225 B PRO 226 B ? PRO 226 B 1 -2.07 6 LEU 649 B . ? LEU 649 B PRO 650 B ? PRO 650 B 1 -6.09 7 THR 970 B . ? THR 970 B PRO 971 B ? PRO 971 B 1 -10.89 8 GLU 1299 B . ? GLU 1299 B PRO 1300 B ? PRO 1300 B 1 -3.93 9 TRP 225 C . ? TRP 225 C PRO 226 C ? PRO 226 C 1 -2.31 10 LEU 649 C . ? LEU 649 C PRO 650 C ? PRO 650 C 1 -5.93 11 THR 970 C . ? THR 970 C PRO 971 C ? PRO 971 C 1 -10.33 12 GLU 1299 C . ? GLU 1299 C PRO 1300 C ? PRO 1300 C 1 -4.06 13 TRP 225 D . ? TRP 225 D PRO 226 D ? PRO 226 D 1 -2.32 14 LEU 649 D . ? LEU 649 D PRO 650 D ? PRO 650 D 1 -6.60 15 THR 970 D . ? THR 970 D PRO 971 D ? PRO 971 D 1 -10.53 16 GLU 1299 D . ? GLU 1299 D PRO 1300 D ? PRO 1300 D 1 -3.82 17 TRP 225 E . ? TRP 225 E PRO 226 E ? PRO 226 E 1 -2.07 18 LEU 649 E . ? LEU 649 E PRO 650 E ? PRO 650 E 1 -6.03 19 THR 970 E . ? THR 970 E PRO 971 E ? PRO 971 E 1 -10.92 20 GLU 1299 E . ? GLU 1299 E PRO 1300 E ? PRO 1300 E 1 -3.89 21 TRP 225 F . ? TRP 225 F PRO 226 F ? PRO 226 F 1 -2.31 22 LEU 649 F . ? LEU 649 F PRO 650 F ? PRO 650 F 1 -5.82 23 THR 970 F . ? THR 970 F PRO 971 F ? PRO 971 F 1 -10.40 24 GLU 1299 F . ? GLU 1299 F PRO 1300 F ? PRO 1300 F 1 -4.11 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 7 ? AB3 ? 7 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 6 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 6 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 7 ? AD8 ? 7 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 5 ? AE3 ? 5 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 6 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 5 ? AF1 ? 5 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 6 ? AF4 ? 5 ? AF5 ? 6 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 3 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 4 ? AG1 ? 4 ? AG2 ? 5 ? AG3 ? 7 ? AG4 ? 7 ? AG5 ? 2 ? AG6 ? 5 ? AG7 ? 5 ? AG8 ? 5 ? AG9 ? 2 ? AH1 ? 2 ? AH2 ? 4 ? 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AP3 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB3 6 7 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AC9 5 6 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD7 5 6 ? anti-parallel AD7 6 7 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD8 6 7 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE7 5 6 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AE9 4 5 ? anti-parallel AF1 1 2 ? parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF1 4 5 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? parallel AF3 4 5 ? anti-parallel AF3 5 6 ? anti-parallel AF4 1 2 ? parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF4 4 5 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF5 4 5 ? anti-parallel AF5 5 6 ? anti-parallel AF6 1 2 ? parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG2 4 5 ? parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG3 4 5 ? anti-parallel AG3 5 6 ? anti-parallel AG3 6 7 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG4 4 5 ? anti-parallel AG4 5 6 ? anti-parallel AG4 6 7 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG6 4 5 ? anti-parallel AG7 1 2 ? parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG7 4 5 ? anti-parallel AG8 1 2 ? parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG8 3 4 ? anti-parallel AG8 4 5 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH2 1 2 ? anti-parallel AH2 2 3 ? anti-parallel AH2 3 4 ? anti-parallel AH3 1 2 ? parallel AH3 2 3 ? anti-parallel AH3 3 4 ? anti-parallel AH3 4 5 ? anti-parallel AH3 5 6 ? anti-parallel AH4 1 2 ? anti-parallel AH5 1 2 ? anti-parallel AH5 2 3 ? anti-parallel AH5 3 4 ? anti-parallel AH5 4 5 ? anti-parallel AH6 1 2 ? parallel AH6 2 3 ? anti-parallel AH6 3 4 ? anti-parallel AH6 4 5 ? anti-parallel AH7 1 2 ? anti-parallel AH7 2 3 ? anti-parallel AH7 3 4 ? anti-parallel AH8 1 2 ? anti-parallel AH8 2 3 ? anti-parallel AH8 3 4 ? parallel AH8 4 5 ? anti-parallel AH8 5 6 ? anti-parallel AH9 1 2 ? parallel AH9 2 3 ? anti-parallel AH9 3 4 ? anti-parallel AH9 4 5 ? anti-parallel AI1 1 2 ? anti-parallel AI1 2 3 ? anti-parallel AI1 3 4 ? anti-parallel AI1 4 5 ? anti-parallel AI1 5 6 ? anti-parallel AI2 1 2 ? parallel AI2 2 3 ? anti-parallel AI2 3 4 ? anti-parallel AI3 1 2 ? anti-parallel AI3 2 3 ? anti-parallel AI4 1 2 ? anti-parallel AI5 1 2 ? anti-parallel AI5 2 3 ? anti-parallel AI5 3 4 ? anti-parallel AI6 1 2 ? anti-parallel AI6 2 3 ? anti-parallel AI6 3 4 ? parallel AI7 1 2 ? anti-parallel AI7 2 3 ? anti-parallel AI7 3 4 ? anti-parallel AI7 4 5 ? parallel AI8 1 2 ? anti-parallel AI8 2 3 ? anti-parallel AI8 3 4 ? anti-parallel AI8 4 5 ? anti-parallel AI8 5 6 ? anti-parallel AI8 6 7 ? anti-parallel AI9 1 2 ? anti-parallel AI9 2 3 ? anti-parallel AI9 3 4 ? anti-parallel AI9 4 5 ? anti-parallel AI9 5 6 ? anti-parallel AI9 6 7 ? anti-parallel AJ1 1 2 ? anti-parallel AJ2 1 2 ? anti-parallel AJ2 2 3 ? anti-parallel AJ2 3 4 ? anti-parallel AJ2 4 5 ? anti-parallel AJ3 1 2 ? parallel AJ3 2 3 ? anti-parallel AJ3 3 4 ? anti-parallel AJ3 4 5 ? anti-parallel AJ4 1 2 ? parallel AJ4 2 3 ? anti-parallel AJ4 3 4 ? anti-parallel AJ4 4 5 ? anti-parallel AJ5 1 2 ? anti-parallel AJ6 1 2 ? anti-parallel AJ7 1 2 ? anti-parallel AJ7 2 3 ? anti-parallel AJ7 3 4 ? anti-parallel AJ8 1 2 ? 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Bayesian particle polishing was performed subsequently in a 640x640 pixel2 box followed by auto-refinement and symmetry relaxation. The final map was obtained from 354,860 particles and post-processed using a soft mask focused on the central hexamer, yielding a global resolution of 2.7 angstrom according to the Fourier shell correlation criterion between two independently refined half-maps at a threshold value at 0.143, and local resolution up to 2.5 angstrom ; _em_3d_reconstruction.resolution 2.71 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 354860 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '50 mM HEPES/NaOH pH=7.5, 500 mM NaCl, 50 mM MgCl2, 10 mM CaCl2' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type 'ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT' _em_entity_assembly.name 'Nitrosopumilus maritimus S-layer' _em_entity_assembly.details 'Nitrosopumilus maritimus S-layer C2 symmetrised' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_image_scans.entry_id 8C8L _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4092 _em_image_scans.dimension_width 5760 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 8C8L _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 2000 _em_imaging.nominal_defocus_max 5000 _em_imaging.calibrated_defocus_min 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_max 5000 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.calibrated_magnification 81000 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum 70 _em_imaging.recording_temperature_maximum 70 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER/RHODIUM _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.details '15 mA' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8C8L _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name NITROGEN _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 283.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details 'absorption for 60 sec and blotted for 5 sec with blot force -10' # _em_experiment.entry_id 8C8L _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state '2D ARRAY' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8C8L _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ASN 2 ? A ASN 2 3 1 Y 1 A ASN 3 ? A ASN 3 4 1 Y 1 A GLU 4 ? A GLU 4 5 1 Y 1 A ILE 5 ? A ILE 5 6 1 Y 1 A GLY 6 ? A GLY 6 7 1 Y 1 A ARG 7 ? A ARG 7 8 1 Y 1 A LYS 8 ? A LYS 8 9 1 Y 1 A ILE 9 ? A ILE 9 10 1 Y 1 A THR 10 ? A THR 10 11 1 Y 1 A SER 11 ? A SER 11 12 1 Y 1 A LEU 12 ? A LEU 12 13 1 Y 1 A THR 13 ? A THR 13 14 1 Y 1 A LEU 14 ? A LEU 14 15 1 Y 1 A MET 15 ? A MET 15 16 1 Y 1 A THR 16 ? A THR 16 17 1 Y 1 A ILE 17 ? A ILE 17 18 1 Y 1 A MET 18 ? A MET 18 19 1 Y 1 A VAL 19 ? A VAL 19 20 1 Y 1 A ALA 20 ? A ALA 20 21 1 Y 1 A GLY 21 ? A GLY 21 22 1 Y 1 A GLY 22 ? A GLY 22 23 1 Y 1 A LEU 23 ? A LEU 23 24 1 Y 1 A THR 24 ? A THR 24 25 1 Y 1 A PHE 25 ? A PHE 25 26 1 Y 1 A ALA 26 ? A ALA 26 27 1 Y 1 A ILE 27 ? A ILE 27 28 1 Y 1 A PRO 28 ? A PRO 28 29 1 Y 1 A GLY 29 ? A GLY 29 30 1 Y 1 A VAL 30 ? A VAL 30 31 1 Y 1 A MET 31 ? A MET 31 32 1 Y 1 A PRO 32 ? A PRO 32 33 1 Y 1 A GLU 33 ? A GLU 33 34 1 Y 1 A ALA 34 ? A ALA 34 35 1 Y 1 A MET 35 ? A MET 35 36 1 Y 1 A ALA 36 ? A ALA 36 37 1 Y 1 A ASN 1364 ? A ASN 1364 38 1 Y 1 A PHE 1365 ? A PHE 1365 39 1 Y 1 A GLY 1366 ? A GLY 1366 40 1 Y 1 A ALA 1367 ? A ALA 1367 41 1 Y 1 A THR 1368 ? A THR 1368 42 1 Y 1 A VAL 1369 ? A VAL 1369 43 1 Y 1 A GLU 1370 ? A GLU 1370 44 1 Y 1 A LEU 1371 ? A LEU 1371 45 1 Y 1 A ASP 1372 ? A ASP 1372 46 1 Y 1 A GLN 1373 ? A GLN 1373 47 1 Y 1 A LYS 1374 ? A LYS 1374 48 1 Y 1 A VAL 1375 ? A VAL 1375 49 1 Y 1 A TYR 1376 ? A TYR 1376 50 1 Y 1 A SER 1377 ? A SER 1377 51 1 Y 1 A TRP 1378 ? A TRP 1378 52 1 Y 1 A THR 1379 ? A THR 1379 53 1 Y 1 A ASP 1380 ? A ASP 1380 54 1 Y 1 A LYS 1381 ? A LYS 1381 55 1 Y 1 A VAL 1382 ? A VAL 1382 56 1 Y 1 A TYR 1383 ? A TYR 1383 57 1 Y 1 A ILE 1384 ? A ILE 1384 58 1 Y 1 A THR 1385 ? A THR 1385 59 1 Y 1 A ILE 1386 ? A ILE 1386 60 1 Y 1 A VAL 1387 ? A VAL 1387 61 1 Y 1 A ALA 1388 ? A ALA 1388 62 1 Y 1 A PRO 1389 ? A PRO 1389 63 1 Y 1 A ASP 1390 ? A ASP 1390 64 1 Y 1 A HIS 1391 ? A HIS 1391 65 1 Y 1 A ASN 1392 ? A ASN 1392 66 1 Y 1 A PHE 1393 ? A PHE 1393 67 1 Y 1 A ASP 1394 ? A ASP 1394 68 1 Y 1 A SER 1395 ? A SER 1395 69 1 Y 1 A ASP 1396 ? A ASP 1396 70 1 Y 1 A LEU 1397 ? A LEU 1397 71 1 Y 1 A VAL 1398 ? A VAL 1398 72 1 Y 1 A ASP 1399 ? A ASP 1399 73 1 Y 1 A GLU 1400 ? A GLU 1400 74 1 Y 1 A ILE 1401 ? A ILE 1401 75 1 Y 1 A GLY 1402 ? A GLY 1402 76 1 Y 1 A GLU 1403 ? A GLU 1403 77 1 Y 1 A THR 1404 ? A THR 1404 78 1 Y 1 A ASP 1405 ? A ASP 1405 79 1 Y 1 A SER 1406 ? A SER 1406 80 1 Y 1 A ASP 1407 ? A ASP 1407 81 1 Y 1 A PRO 1408 ? A PRO 1408 82 1 Y 1 A ILE 1409 ? A ILE 1409 83 1 Y 1 A LYS 1410 ? A LYS 1410 84 1 Y 1 A VAL 1411 ? A VAL 1411 85 1 Y 1 A SER 1412 ? A SER 1412 86 1 Y 1 A THR 1413 ? A THR 1413 87 1 Y 1 A ARG 1414 ? A ARG 1414 88 1 Y 1 A GLY 1415 ? A GLY 1415 89 1 Y 1 A PHE 1416 ? A PHE 1416 90 1 Y 1 A ASP 1417 ? A ASP 1417 91 1 Y 1 A LEU 1418 ? A LEU 1418 92 1 Y 1 A ASP 1419 ? A ASP 1419 93 1 Y 1 A ASN 1420 ? A ASN 1420 94 1 Y 1 A TYR 1421 ? A TYR 1421 95 1 Y 1 A LYS 1422 ? A LYS 1422 96 1 Y 1 A LEU 1423 ? A LEU 1423 97 1 Y 1 A VAL 1424 ? A VAL 1424 98 1 Y 1 A GLU 1425 ? A GLU 1425 99 1 Y 1 A THR 1426 ? A THR 1426 100 1 Y 1 A GLY 1427 ? A GLY 1427 101 1 Y 1 A THR 1428 ? A THR 1428 102 1 Y 1 A ASP 1429 ? A ASP 1429 103 1 Y 1 A THR 1430 ? A THR 1430 104 1 Y 1 A GLY 1431 ? A GLY 1431 105 1 Y 1 A ILE 1432 ? A ILE 1432 106 1 Y 1 A PHE 1433 ? A PHE 1433 107 1 Y 1 A THR 1434 ? A THR 1434 108 1 Y 1 A GLY 1435 ? A GLY 1435 109 1 Y 1 A GLU 1436 ? A GLU 1436 110 1 Y 1 A VAL 1437 ? A VAL 1437 111 1 Y 1 A ILE 1438 ? A ILE 1438 112 1 Y 1 A LEU 1439 ? A LEU 1439 113 1 Y 1 A THR 1440 ? A THR 1440 114 1 Y 1 A GLY 1441 ? A GLY 1441 115 1 Y 1 A PHE 1442 ? A PHE 1442 116 1 Y 1 A THR 1443 ? A THR 1443 117 1 Y 1 A ALA 1444 ? A ALA 1444 118 1 Y 1 A HIS 1445 ? A HIS 1445 119 1 Y 1 A ASP 1446 ? A ASP 1446 120 1 Y 1 A ALA 1447 ? A ALA 1447 121 1 Y 1 A ASP 1448 ? A ASP 1448 122 1 Y 1 A GLY 1449 ? A GLY 1449 123 1 Y 1 A ASP 1450 ? A ASP 1450 124 1 Y 1 A GLY 1451 ? A GLY 1451 125 1 Y 1 A ASN 1452 ? A ASN 1452 126 1 Y 1 A THR 1453 ? A THR 1453 127 1 Y 1 A GLY 1454 ? A GLY 1454 128 1 Y 1 A ASP 1455 ? A ASP 1455 129 1 Y 1 A ALA 1456 ? A ALA 1456 130 1 Y 1 A THR 1457 ? A THR 1457 131 1 Y 1 A GLY 1458 ? A GLY 1458 132 1 Y 1 A THR 1459 ? A THR 1459 133 1 Y 1 A THR 1460 ? A THR 1460 134 1 Y 1 A SER 1461 ? A SER 1461 135 1 Y 1 A GLY 1462 ? A GLY 1462 136 1 Y 1 A SER 1463 ? A SER 1463 137 1 Y 1 A GLY 1464 ? A GLY 1464 138 1 Y 1 A PRO 1465 ? A PRO 1465 139 1 Y 1 A THR 1466 ? A THR 1466 140 1 Y 1 A ASP 1467 ? A ASP 1467 141 1 Y 1 A GLY 1468 ? A GLY 1468 142 1 Y 1 A LEU 1469 ? A LEU 1469 143 1 Y 1 A LEU 1470 ? A LEU 1470 144 1 Y 1 A ALA 1471 ? A ALA 1471 145 1 Y 1 A THR 1472 ? A THR 1472 146 1 Y 1 A ASP 1473 ? A ASP 1473 147 1 Y 1 A ASP 1474 ? A ASP 1474 148 1 Y 1 A ASP 1475 ? A ASP 1475 149 1 Y 1 A ASP 1476 ? A ASP 1476 150 1 Y 1 A GLY 1477 ? A GLY 1477 151 1 Y 1 A LEU 1478 ? A LEU 1478 152 1 Y 1 A THR 1479 ? A THR 1479 153 1 Y 1 A VAL 1480 ? A VAL 1480 154 1 Y 1 A SER 1481 ? A SER 1481 155 1 Y 1 A PHE 1482 ? A PHE 1482 156 1 Y 1 A GLU 1483 ? A GLU 1483 157 1 Y 1 A PHE 1484 ? A PHE 1484 158 1 Y 1 A SER 1485 ? A SER 1485 159 1 Y 1 A GLU 1486 ? A GLU 1486 160 1 Y 1 A ASP 1487 ? A ASP 1487 161 1 Y 1 A GLU 1488 ? A GLU 1488 162 1 Y 1 A THR 1489 ? A THR 1489 163 1 Y 1 A ILE 1490 ? A ILE 1490 164 1 Y 1 A VAL 1491 ? A VAL 1491 165 1 Y 1 A GLY 1492 ? A GLY 1492 166 1 Y 1 A SER 1493 ? A SER 1493 167 1 Y 1 A ALA 1494 ? A ALA 1494 168 1 Y 1 A LEU 1495 ? A LEU 1495 169 1 Y 1 A ILE 1496 ? A ILE 1496 170 1 Y 1 A ARG 1497 ? A ARG 1497 171 1 Y 1 A TRP 1498 ? A TRP 1498 172 1 Y 1 A ASN 1499 ? A ASN 1499 173 1 Y 1 A ILE 1500 ? A ILE 1500 174 1 Y 1 A GLY 1501 ? A GLY 1501 175 1 Y 1 A GLU 1502 ? A GLU 1502 176 1 Y 1 A VAL 1503 ? A VAL 1503 177 1 Y 1 A GLN 1504 ? A GLN 1504 178 1 Y 1 A TRP 1505 ? A TRP 1505 179 1 Y 1 A LEU 1506 ? A LEU 1506 180 1 Y 1 A GLU 1507 ? A GLU 1507 181 1 Y 1 A ALA 1508 ? A ALA 1508 182 1 Y 1 A SER 1509 ? A SER 1509 183 1 Y 1 A TYR 1510 ? 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HD2 H N N 284 PRO HD3 H N N 285 PRO HXT H N N 286 SER N N N N 287 SER CA C N S 288 SER C C N N 289 SER O O N N 290 SER CB C N N 291 SER OG O N N 292 SER OXT O N N 293 SER H H N N 294 SER H2 H N N 295 SER HA H N N 296 SER HB2 H N N 297 SER HB3 H N N 298 SER HG H N N 299 SER HXT H N N 300 THR N N N N 301 THR CA C N S 302 THR C C N N 303 THR O O N N 304 THR CB C N R 305 THR OG1 O N N 306 THR CG2 C N N 307 THR OXT O N N 308 THR H H N N 309 THR H2 H N N 310 THR HA H N N 311 THR HB H N N 312 THR HG1 H N N 313 THR HG21 H N N 314 THR HG22 H N N 315 THR HG23 H N N 316 THR HXT H N N 317 TRP N N N N 318 TRP CA C N S 319 TRP C C N N 320 TRP O O N N 321 TRP CB C N N 322 TRP CG C Y N 323 TRP CD1 C Y N 324 TRP CD2 C Y N 325 TRP NE1 N Y N 326 TRP CE2 C Y N 327 TRP CE3 C Y N 328 TRP CZ2 C Y N 329 TRP CZ3 C Y N 330 TRP CH2 C Y N 331 TRP OXT O N N 332 TRP H H N N 333 TRP H2 H N N 334 TRP HA H N N 335 TRP HB2 H N N 336 TRP HB3 H N N 337 TRP HD1 H N N 338 TRP HE1 H N N 339 TRP HE3 H N N 340 TRP HZ2 H N N 341 TRP HZ3 H N N 342 TRP HH2 H N N 343 TRP HXT H N N 344 TYR N N N N 345 TYR CA C N S 346 TYR C C N N 347 TYR O O N N 348 TYR CB C N N 349 TYR CG C Y N 350 TYR CD1 C Y N 351 TYR CD2 C Y N 352 TYR CE1 C Y N 353 TYR CE2 C Y N 354 TYR CZ C Y N 355 TYR OH O N N 356 TYR OXT O N N 357 TYR H H N N 358 TYR H2 H N N 359 TYR HA H N N 360 TYR HB2 H N N 361 TYR HB3 H N N 362 TYR HD1 H N N 363 TYR HD2 H N N 364 TYR HE1 H N N 365 TYR HE2 H N N 366 TYR HH H N N 367 TYR HXT H N N 368 VAL N N N N 369 VAL CA C N S 370 VAL C C N N 371 VAL O O N N 372 VAL CB C N N 373 VAL CG1 C N N 374 VAL CG2 C N N 375 VAL OXT O N N 376 VAL H H N N 377 VAL H2 H N N 378 VAL HA H N N 379 VAL HB H N N 380 VAL HG11 H N N 381 VAL HG12 H N N 382 VAL HG13 H N N 383 VAL HG21 H N N 384 VAL HG22 H N N 385 VAL HG23 H N N 386 VAL HXT H N N 387 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal ALA N CA sing N N 1 ALA N H sing N N 2 ALA N H2 sing N N 3 ALA CA C sing N N 4 ALA CA CB sing N N 5 ALA CA HA sing N N 6 ALA C O doub N N 7 ALA C OXT sing N N 8 ALA CB HB1 sing N N 9 ALA CB HB2 sing N N 10 ALA CB HB3 sing N N 11 ALA OXT HXT sing N N 12 ARG N CA sing N N 13 ARG N H sing N N 14 ARG N H2 sing N N 15 ARG CA C sing N N 16 ARG CA CB sing N N 17 ARG CA HA sing N N 18 ARG C O doub N N 19 ARG C OXT sing N N 20 ARG CB CG sing N N 21 ARG CB HB2 sing N N 22 ARG CB HB3 sing N N 23 ARG CG CD sing N N 24 ARG CG HG2 sing N N 25 ARG CG HG3 sing N N 26 ARG CD NE sing N N 27 ARG CD HD2 sing N N 28 ARG CD HD3 sing N N 29 ARG NE CZ sing N N 30 ARG NE HE sing N N 31 ARG CZ NH1 sing N N 32 ARG CZ NH2 doub N N 33 ARG NH1 HH11 sing N N 34 ARG NH1 HH12 sing N N 35 ARG NH2 HH21 sing N N 36 ARG NH2 HH22 sing N N 37 ARG OXT HXT sing N N 38 ASN N CA sing N N 39 ASN N H sing N N 40 ASN N H2 sing N N 41 ASN CA C sing N N 42 ASN CA CB sing N N 43 ASN CA HA sing N N 44 ASN C O doub N N 45 ASN C OXT sing N N 46 ASN CB CG sing N N 47 ASN CB HB2 sing N N 48 ASN CB HB3 sing N N 49 ASN CG OD1 doub N N 50 ASN CG ND2 sing N N 51 ASN ND2 HD21 sing N N 52 ASN ND2 HD22 sing N N 53 ASN OXT HXT sing N N 54 ASP N CA sing N N 55 ASP N H sing N N 56 ASP N H2 sing N N 57 ASP CA C sing N N 58 ASP CA CB sing N N 59 ASP CA HA sing N N 60 ASP C O doub N N 61 ASP C OXT sing N N 62 ASP CB CG sing N N 63 ASP CB HB2 sing N N 64 ASP CB HB3 sing N N 65 ASP CG OD1 doub N N 66 ASP CG OD2 sing N N 67 ASP OD2 HD2 sing N N 68 ASP OXT HXT sing N N 69 CYS N CA sing N N 70 CYS N H sing N N 71 CYS N H2 sing N N 72 CYS CA C sing N N 73 CYS CA CB sing N N 74 CYS CA HA sing N N 75 CYS C O doub N N 76 CYS C OXT sing N N 77 CYS CB SG sing N N 78 CYS CB HB2 sing N N 79 CYS CB HB3 sing N N 80 CYS SG HG sing N N 81 CYS OXT HXT sing N N 82 GLN N CA sing N N 83 GLN N H sing N N 84 GLN N H2 sing N N 85 GLN CA C sing N N 86 GLN CA CB sing N N 87 GLN CA HA sing N N 88 GLN C O doub N N 89 GLN C OXT sing N N 90 GLN CB CG sing N N 91 GLN CB HB2 sing N N 92 GLN CB HB3 sing N N 93 GLN CG CD sing N N 94 GLN CG HG2 sing N N 95 GLN CG HG3 sing N N 96 GLN CD OE1 doub N N 97 GLN CD NE2 sing N N 98 GLN NE2 HE21 sing N N 99 GLN NE2 HE22 sing N N 100 GLN OXT HXT sing N N 101 GLU N CA sing N N 102 GLU N H sing N N 103 GLU N H2 sing N N 104 GLU CA C sing N N 105 GLU CA CB sing N N 106 GLU CA HA sing N N 107 GLU C O doub N N 108 GLU C OXT sing N N 109 GLU CB CG sing N N 110 GLU CB HB2 sing N N 111 GLU CB HB3 sing N N 112 GLU CG CD sing N N 113 GLU CG HG2 sing N N 114 GLU CG HG3 sing N N 115 GLU CD OE1 doub N N 116 GLU CD OE2 sing N N 117 GLU OE2 HE2 sing N N 118 GLU OXT HXT sing N N 119 GLY N CA sing N N 120 GLY N H sing N N 121 GLY N H2 sing N N 122 GLY CA C sing N N 123 GLY CA HA2 sing N N 124 GLY CA HA3 sing N N 125 GLY C O doub N N 126 GLY C OXT sing N N 127 GLY OXT HXT sing N N 128 HIS N CA sing N N 129 HIS N H sing N N 130 HIS N H2 sing N N 131 HIS CA C sing N N 132 HIS CA CB sing N N 133 HIS CA HA sing N N 134 HIS C O doub N N 135 HIS C OXT sing N N 136 HIS CB CG sing N N 137 HIS CB HB2 sing N N 138 HIS CB HB3 sing N N 139 HIS CG ND1 sing Y N 140 HIS CG CD2 doub Y N 141 HIS ND1 CE1 doub Y N 142 HIS ND1 HD1 sing N N 143 HIS CD2 NE2 sing Y N 144 HIS CD2 HD2 sing N N 145 HIS CE1 NE2 sing Y N 146 HIS CE1 HE1 sing N N 147 HIS NE2 HE2 sing N N 148 HIS OXT HXT sing N N 149 ILE N CA sing N N 150 ILE N H sing N N 151 ILE N H2 sing N N 152 ILE CA C sing N N 153 ILE CA CB sing N N 154 ILE CA HA sing N N 155 ILE C O doub N N 156 ILE C OXT sing N N 157 ILE CB CG1 sing N N 158 ILE CB CG2 sing N N 159 ILE CB HB sing N N 160 ILE CG1 CD1 sing N N 161 ILE CG1 HG12 sing N N 162 ILE CG1 HG13 sing N N 163 ILE CG2 HG21 sing N N 164 ILE CG2 HG22 sing N N 165 ILE CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 175 LEU CA HA sing N N 176 LEU C O doub N N 177 LEU C OXT sing N N 178 LEU CB CG sing N N 179 LEU CB HB2 sing N N 180 LEU CB HB3 sing N N 181 LEU CG CD1 sing N N 182 LEU CG CD2 sing N N 183 LEU CG HG sing N N 184 LEU CD1 HD11 sing N N 185 LEU CD1 HD12 sing N N 186 LEU CD1 HD13 sing N N 187 LEU CD2 HD21 sing N N 188 LEU CD2 HD22 sing N N 189 LEU CD2 HD23 sing N N 190 LEU OXT HXT sing N N 191 LYS N CA sing N N 192 LYS N H sing N N 193 LYS N H2 sing N N 194 LYS CA C sing N N 195 LYS CA CB sing N N 196 LYS CA HA sing N N 197 LYS C O doub N N 198 LYS C OXT sing N N 199 LYS CB CG sing N N 200 LYS CB HB2 sing N N 201 LYS CB HB3 sing N N 202 LYS CG CD sing N N 203 LYS CG HG2 sing N N 204 LYS CG HG3 sing N N 205 LYS CD CE sing N N 206 LYS CD HD2 sing N N 207 LYS CD HD3 sing N N 208 LYS CE NZ sing N N 209 LYS CE HE2 sing N N 210 LYS CE HE3 sing N N 211 LYS NZ HZ1 sing N N 212 LYS NZ HZ2 sing N N 213 LYS NZ HZ3 sing N N 214 LYS OXT HXT sing N N 215 MET N CA sing N N 216 MET N H sing N N 217 MET N H2 sing N N 218 MET CA C sing N N 219 MET CA CB sing N N 220 MET CA HA sing N N 221 MET C O doub N N 222 MET C OXT sing N N 223 MET CB CG sing N N 224 MET CB HB2 sing N N 225 MET CB HB3 sing N N 226 MET CG SD sing N N 227 MET CG HG2 sing N N 228 MET CG HG3 sing N N 229 MET SD CE sing N N 230 MET CE HE1 sing N N 231 MET CE HE2 sing N N 232 MET CE HE3 sing N N 233 MET OXT HXT sing N N 234 PHE N CA sing N N 235 PHE N H sing N N 236 PHE N H2 sing N N 237 PHE CA C sing N N 238 PHE CA CB sing N N 239 PHE CA HA sing N N 240 PHE C O doub N N 241 PHE C OXT sing N N 242 PHE CB CG sing N N 243 PHE CB HB2 sing N N 244 PHE CB HB3 sing N N 245 PHE CG CD1 doub Y N 246 PHE CG CD2 sing Y N 247 PHE CD1 CE1 sing Y N 248 PHE CD1 HD1 sing N N 249 PHE CD2 CE2 doub Y N 250 PHE CD2 HD2 sing N N 251 PHE CE1 CZ doub Y N 252 PHE CE1 HE1 sing N N 253 PHE CE2 CZ sing Y N 254 PHE CE2 HE2 sing N N 255 PHE CZ HZ sing N N 256 PHE OXT HXT sing N N 257 PRO N CA sing N N 258 PRO N CD sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N CA sing N N 304 TRP N H sing N N 305 TRP N H2 sing N N 306 TRP CA C sing N N 307 TRP CA CB sing N N 308 TRP CA HA sing N N 309 TRP C O doub N N 310 TRP C OXT sing N N 311 TRP CB CG sing N N 312 TRP CB HB2 sing N N 313 TRP CB HB3 sing N N 314 TRP CG CD1 doub Y N 315 TRP CG CD2 sing Y N 316 TRP CD1 NE1 sing Y N 317 TRP CD1 HD1 sing N N 318 TRP CD2 CE2 doub Y N 319 TRP CD2 CE3 sing Y N 320 TRP NE1 CE2 sing Y N 321 TRP NE1 HE1 sing N N 322 TRP CE2 CZ2 sing Y N 323 TRP CE3 CZ3 doub Y N 324 TRP CE3 HE3 sing N N 325 TRP CZ2 CH2 doub Y N 326 TRP CZ2 HZ2 sing N N 327 TRP CZ3 CH2 sing Y N 328 TRP CZ3 HZ3 sing N N 329 TRP CH2 HH2 sing N N 330 TRP OXT HXT sing N N 331 TYR N CA sing N N 332 TYR N H sing N N 333 TYR N H2 sing N N 334 TYR CA C sing N N 335 TYR CA CB sing N N 336 TYR CA HA sing N N 337 TYR C O doub N N 338 TYR C OXT sing N N 339 TYR CB CG sing N N 340 TYR CB HB2 sing N N 341 TYR CB HB3 sing N N 342 TYR CG CD1 doub Y N 343 TYR CG CD2 sing Y N 344 TYR CD1 CE1 sing Y N 345 TYR CD1 HD1 sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 50 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 500 mM NaCl 2 NaCl 1 50 mM MgCl2 3 MgCl2 1 10 mM CaCl2 4 CaCl2 # _em_ctf_correction.details 'RELION refinement with in-built CTF correction. The function is similar to a Wiener filter, so amplitude correction included.' _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location extracellular _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 436308 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Nitrosopumilus maritimus SCM1' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain SCM1 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.details ;Movies collected at the scope were clustered into optics groups based on the XML meta-data of the data-collection software EPU (Thermo Fisher Scientific) using a k-means algorithm implemented in EPU_group_AFIS (https://github.com/DustinMorado/EPU_group_AFIS). Imported movies were motion-corrected, dose-weighted, and Fourier cropped (2x) with MotionCor2 implemented in RELION-3.1. Contrast transfer functions (CTFs) of the resulting motion-corrected micrographs were estimated using CTFFIND4. ; _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 4.2 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 48.5 _em_image_recording.details 'collected over three sessions with one session with the stage tilted by 33 degrees (alpha tilt)' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 3 _em_image_recording.num_real_images 12557 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ;Initially, side views of S-layer sheets were first manually picked along the edge of the lattice using the helical picking tab in RELION while setting the helical rise to 60 angstrom. Top and tilted views were manually picked at the central hexameric axis. Manually picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Class averages centered at a hexameric axis were used to automatically pick particles inside RELION-3.1. Automatically picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification. Particle coordinates belonging to class averages centered at the hexameric axis were used to train TOPAZ in 5x downsampled micrographs with the neural network architecture conv127. For the final reconstruction, particles were picked using TOPAZ and the previously trained neural network above. Additionally, top, bottom, and side views were picked using the reference-based autopicker inside RELION-3.1, which TOPAZ did not readily identify. Particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Particles belonging to class averages centered at the hexameric axis were combined, and particles within 30 angstrom were removed to prevent duplication after alignment. All resulting particles were then re-extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1971908 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'ResNet8 trained model' 1 1 ? ? Topaz 0.2.5 'PARTICLE SELECTION' ? 2 1 ? ? RELION ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 3 ? ? 1 EPU ? MASKING ? 4 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'CTFFIND4 was used as implemented in RELION 3.1' 5 1 ? ? CTFFIND 4.1.13 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? Coot 0.9.2-pre OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 10 ? 1 ? PHENIX 1.19-4092 'MODEL REFINEMENT' ? 11 ? 1 ? REFMAC ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 12 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 13 1 ? ? RELION 3.1 CLASSIFICATION ? 14 1 ? ? RELION 3.1 RECONSTRUCTION ? 15 1 ? ? RELION 3.1 'VOLUME SELECTION' ? 16 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 18 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 19 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 20 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 21 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'In vitro isolate S-layer cell envelopes' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 202231/Z/16/Z 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/31 2 # _atom_sites.entry_id 8C8L _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # loop_