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F . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8C8R _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8C8R _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8C8R _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8C8R _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 18618 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.458 ? 25470 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.263 ? 2592 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 3084 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3396 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8C8R _struct.title 'In situ structure of the Nitrosopumilus maritimus S-layer - Composite map between C2 and C6' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8C8R _struct_keywords.text 'Nmar_1547 S-layer, STRUCTURAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? 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C CYS 128 C CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf10 disulf ? ? C CYS 341 SG ? ? ? 1_555 C CYS 345 SG ? ? C CYS 341 C CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 920 SG ? ? ? 1_555 C CYS 962 SG ? ? C CYS 920 C CYS 962 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1199 SG ? ? C CYS 1166 C CYS 1199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 128 SG ? ? ? 1_555 D CYS 177 SG ? ? D CYS 128 D CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf14 disulf ? ? D CYS 341 SG ? ? ? 1_555 D CYS 345 SG ? ? D CYS 341 D CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? D CYS 920 SG ? ? ? 1_555 D CYS 962 SG ? ? D CYS 920 D CYS 962 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf16 disulf ? ? D CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 D CYS 1199 SG ? ? D CYS 1166 D CYS 1199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 128 SG ? ? ? 1_555 E CYS 177 SG ? ? E CYS 128 E CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf18 disulf ? ? E CYS 341 SG ? ? ? 1_555 E CYS 345 SG ? ? E CYS 341 E CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? E CYS 920 SG ? ? ? 1_555 E CYS 962 SG ? ? E CYS 920 E CYS 962 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1199 SG ? ? E CYS 1166 E CYS 1199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf21 disulf ? ? F CYS 128 SG ? ? ? 1_555 F CYS 177 SG ? ? F CYS 128 F CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf22 disulf ? ? F CYS 341 SG ? ? ? 1_555 F CYS 345 SG ? ? F CYS 341 F CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf23 disulf ? ? F CYS 920 SG ? ? ? 1_555 F CYS 962 SG ? ? F CYS 920 F CYS 962 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf24 disulf ? ? F CYS 1166 SG ? ? ? 1_555 F CYS 1199 SG ? ? F CYS 1166 F CYS 1199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 225 A . ? TRP 225 A PRO 226 A ? PRO 226 A 1 -2.86 2 LEU 649 A . ? LEU 649 A PRO 650 A ? PRO 650 A 1 -2.53 3 THR 970 A . ? THR 970 A PRO 971 A ? PRO 971 A 1 -3.42 4 GLU 1299 A . ? GLU 1299 A PRO 1300 A ? PRO 1300 A 1 4.09 5 TRP 225 B . ? TRP 225 B PRO 226 B ? PRO 226 B 1 -0.57 6 LEU 649 B . ? LEU 649 B PRO 650 B ? PRO 650 B 1 -2.42 7 THR 970 B . ? THR 970 B PRO 971 B ? PRO 971 B 1 -3.51 8 GLU 1299 B . ? GLU 1299 B PRO 1300 B ? PRO 1300 B 1 3.97 9 TRP 225 C . ? TRP 225 C PRO 226 C ? PRO 226 C 1 -2.06 10 LEU 649 C . ? LEU 649 C PRO 650 C ? PRO 650 C 1 -2.35 11 THR 970 C . ? THR 970 C PRO 971 C ? PRO 971 C 1 -3.47 12 GLU 1299 C . ? GLU 1299 C PRO 1300 C ? PRO 1300 C 1 4.05 13 TRP 225 D . ? TRP 225 D PRO 226 D ? PRO 226 D 1 -2.85 14 LEU 649 D . ? LEU 649 D PRO 650 D ? PRO 650 D 1 -2.39 15 THR 970 D . ? THR 970 D PRO 971 D ? PRO 971 D 1 -3.47 16 GLU 1299 D . ? GLU 1299 D PRO 1300 D ? PRO 1300 D 1 4.10 17 TRP 225 E . ? TRP 225 E PRO 226 E ? PRO 226 E 1 1.15 18 LEU 649 E . ? LEU 649 E PRO 650 E ? PRO 650 E 1 -2.45 19 THR 970 E . ? THR 970 E PRO 971 E ? PRO 971 E 1 -3.39 20 GLU 1299 E . ? GLU 1299 E PRO 1300 E ? PRO 1300 E 1 4.10 21 TRP 225 F . ? TRP 225 F PRO 226 F ? PRO 226 F 1 -1.97 22 LEU 649 F . ? LEU 649 F PRO 650 F ? PRO 650 F 1 -2.42 23 THR 970 F . ? THR 970 F PRO 971 F ? PRO 971 F 1 -3.47 24 GLU 1299 F . ? GLU 1299 F PRO 1300 F ? PRO 1300 F 1 4.08 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 7 ? AB3 ? 7 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 5 ? AD4 ? 6 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 7 ? AE3 ? 7 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 5 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 5 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 5 ? AF2 ? 6 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 5 ? AF5 ? 5 ? AF6 ? 5 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 4 ? AG1 ? 4 ? AG2 ? 6 ? AG3 ? 5 ? AG4 ? 6 ? AG5 ? 4 ? AG6 ? 3 ? AG7 ? 2 ? AG8 ? 4 ? AG9 ? 4 ? AH1 ? 5 ? AH2 ? 7 ? AH3 ? 7 ? AH4 ? 2 ? AH5 ? 5 ? AH6 ? 5 ? AH7 ? 5 ? AH8 ? 2 ? AH9 ? 2 ? AI1 ? 5 ? AI2 ? 6 ? AI3 ? 2 ? AI4 ? 5 ? AI5 ? 5 ? AI6 ? 5 ? AI7 ? 4 ? AI8 ? 2 ? AI9 ? 4 ? AJ1 ? 4 ? AJ2 ? 6 ? AJ3 ? 5 ? AJ4 ? 6 ? AJ5 ? 3 ? AJ6 ? 3 ? AJ7 ? 2 ? AJ8 ? 4 ? AJ9 ? 4 ? AK1 ? 5 ? AK2 ? 7 ? AK3 ? 7 ? AK4 ? 2 ? AK5 ? 5 ? AK6 ? 5 ? AK7 ? 5 ? AK8 ? 2 ? AK9 ? 2 ? AL1 ? 5 ? AL2 ? 6 ? AL3 ? 2 ? AL4 ? 5 ? AL5 ? 5 ? AL6 ? 5 ? AL7 ? 4 ? AL8 ? 2 ? AL9 ? 4 ? AM1 ? 4 ? AM2 ? 6 ? AM3 ? 5 ? AM4 ? 6 ? AM5 ? 4 ? AM6 ? 3 ? AM7 ? 2 ? AM8 ? 4 ? AM9 ? 4 ? AN1 ? 5 ? AN2 ? 7 ? AN3 ? 7 ? AN4 ? 2 ? AN5 ? 5 ? AN6 ? 5 ? AN7 ? 5 ? AN8 ? 2 ? AN9 ? 2 ? AO1 ? 5 ? AO2 ? 6 ? AO3 ? 2 ? AO4 ? 5 ? AO5 ? 5 ? AO6 ? 5 ? AO7 ? 4 ? AO8 ? 2 ? AO9 ? 4 ? AP1 ? 4 ? AP2 ? 6 ? AP3 ? 5 ? AP4 ? 6 ? AP5 ? 3 ? AP6 ? 3 ? AP7 ? 2 ? AP8 ? 4 ? AP9 ? 4 ? AQ1 ? 5 ? AQ2 ? 7 ? AQ3 ? 7 ? AQ4 ? 2 ? AQ5 ? 5 ? AQ6 ? 5 ? AQ7 ? 5 ? AQ8 ? 2 ? AQ9 ? 2 ? AR1 ? 5 ? AR2 ? 6 ? AR3 ? 2 ? AR4 ? 5 ? AR5 ? 5 ? AR6 ? 5 ? AR7 ? 4 ? AR8 ? 2 ? AR9 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB3 6 7 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? parallel AC8 1 2 ? parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD2 5 6 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD4 5 6 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE2 5 6 ? anti-parallel AE2 6 7 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE3 5 6 ? anti-parallel AE3 6 7 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF1 4 5 ? anti-parallel AF2 1 2 ? parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF2 4 5 ? anti-parallel AF2 5 6 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF4 4 5 ? anti-parallel AF5 1 2 ? parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF5 4 5 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF6 4 5 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? parallel AF8 1 2 ? parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG2 5 6 ? anti-parallel AG3 1 2 ? parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG3 4 5 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG4 4 5 ? anti-parallel AG4 5 6 ? anti-parallel AG5 1 2 ? parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG8 3 4 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AG9 3 4 ? parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH1 2 3 ? anti-parallel AH1 3 4 ? anti-parallel AH1 4 5 ? parallel AH2 1 2 ? anti-parallel AH2 2 3 ? anti-parallel AH2 3 4 ? anti-parallel AH2 4 5 ? anti-parallel AH2 5 6 ? anti-parallel AH2 6 7 ? anti-parallel AH3 1 2 ? anti-parallel AH3 2 3 ? anti-parallel AH3 3 4 ? anti-parallel AH3 4 5 ? anti-parallel AH3 5 6 ? anti-parallel AH3 6 7 ? anti-parallel AH4 1 2 ? anti-parallel AH5 1 2 ? anti-parallel AH5 2 3 ? anti-parallel AH5 3 4 ? anti-parallel AH5 4 5 ? anti-parallel AH6 1 2 ? parallel AH6 2 3 ? anti-parallel AH6 3 4 ? anti-parallel AH6 4 5 ? anti-parallel AH7 1 2 ? parallel AH7 2 3 ? anti-parallel AH7 3 4 ? anti-parallel AH7 4 5 ? anti-parallel AH8 1 2 ? anti-parallel AH9 1 2 ? anti-parallel AI1 1 2 ? anti-parallel AI1 2 3 ? anti-parallel AI1 3 4 ? anti-parallel AI1 4 5 ? anti-parallel AI2 1 2 ? parallel AI2 2 3 ? anti-parallel AI2 3 4 ? anti-parallel AI2 4 5 ? anti-parallel AI2 5 6 ? anti-parallel AI3 1 2 ? anti-parallel AI4 1 2 ? anti-parallel AI4 2 3 ? anti-parallel AI4 3 4 ? anti-parallel AI4 4 5 ? anti-parallel AI5 1 2 ? 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HIS CA HA sing N N 134 HIS C O doub N N 135 HIS C OXT sing N N 136 HIS CB CG sing N N 137 HIS CB HB2 sing N N 138 HIS CB HB3 sing N N 139 HIS CG ND1 sing Y N 140 HIS CG CD2 doub Y N 141 HIS ND1 CE1 doub Y N 142 HIS ND1 HD1 sing N N 143 HIS CD2 NE2 sing Y N 144 HIS CD2 HD2 sing N N 145 HIS CE1 NE2 sing Y N 146 HIS CE1 HE1 sing N N 147 HIS NE2 HE2 sing N N 148 HIS OXT HXT sing N N 149 ILE N CA sing N N 150 ILE N H sing N N 151 ILE N H2 sing N N 152 ILE CA C sing N N 153 ILE CA CB sing N N 154 ILE CA HA sing N N 155 ILE C O doub N N 156 ILE C OXT sing N N 157 ILE CB CG1 sing N N 158 ILE CB CG2 sing N N 159 ILE CB HB sing N N 160 ILE CG1 CD1 sing N N 161 ILE CG1 HG12 sing N N 162 ILE CG1 HG13 sing N N 163 ILE CG2 HG21 sing N N 164 ILE CG2 HG22 sing N N 165 ILE CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 175 LEU CA HA sing N N 176 LEU C O doub N N 177 LEU C OXT sing N N 178 LEU CB CG sing N N 179 LEU CB HB2 sing N N 180 LEU CB HB3 sing N N 181 LEU CG CD1 sing N N 182 LEU CG CD2 sing N N 183 LEU CG HG sing N N 184 LEU CD1 HD11 sing N N 185 LEU CD1 HD12 sing N N 186 LEU CD1 HD13 sing N N 187 LEU CD2 HD21 sing N N 188 LEU CD2 HD22 sing N N 189 LEU CD2 HD23 sing N N 190 LEU OXT HXT sing N N 191 LYS N CA sing N N 192 LYS N H sing N N 193 LYS N H2 sing N N 194 LYS CA C sing N N 195 LYS CA CB sing N N 196 LYS CA HA sing N N 197 LYS C O doub N N 198 LYS C OXT sing N N 199 LYS CB CG sing N N 200 LYS CB HB2 sing N N 201 LYS CB HB3 sing N N 202 LYS CG CD sing N N 203 LYS CG HG2 sing N N 204 LYS CG HG3 sing N N 205 LYS CD CE sing N N 206 LYS CD HD2 sing N N 207 LYS CD HD3 sing N N 208 LYS CE NZ sing N N 209 LYS CE HE2 sing N N 210 LYS CE HE3 sing N N 211 LYS NZ HZ1 sing N N 212 LYS NZ HZ2 sing N N 213 LYS NZ HZ3 sing N N 214 LYS OXT HXT sing N N 215 MET N CA sing N N 216 MET N H sing N N 217 MET N H2 sing N N 218 MET CA C sing N N 219 MET CA CB sing N N 220 MET CA HA sing N N 221 MET C O doub N N 222 MET C OXT sing N N 223 MET CB CG sing N N 224 MET CB HB2 sing N N 225 MET CB HB3 sing N N 226 MET CG SD sing N N 227 MET CG HG2 sing N N 228 MET CG HG3 sing N N 229 MET SD CE sing N N 230 MET CE HE1 sing N N 231 MET CE HE2 sing N N 232 MET CE HE3 sing N N 233 MET OXT HXT sing N N 234 PHE N CA sing N N 235 PHE N H sing N N 236 PHE N H2 sing N N 237 PHE CA C sing N N 238 PHE CA CB sing N N 239 PHE CA HA sing N N 240 PHE C O doub N N 241 PHE C OXT sing N N 242 PHE CB CG sing N N 243 PHE CB HB2 sing N N 244 PHE CB HB3 sing N N 245 PHE CG CD1 doub Y N 246 PHE CG CD2 sing Y N 247 PHE CD1 CE1 sing Y N 248 PHE CD1 HD1 sing N N 249 PHE CD2 CE2 doub Y N 250 PHE CD2 HD2 sing N N 251 PHE CE1 CZ doub Y N 252 PHE CE1 HE1 sing N N 253 PHE CE2 CZ sing Y N 254 PHE CE2 HE2 sing N N 255 PHE CZ HZ sing N N 256 PHE OXT HXT sing N N 257 PRO N CA sing N N 258 PRO N CD sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N CA sing N N 304 TRP N H sing N N 305 TRP N H2 sing N N 306 TRP CA C sing N N 307 TRP CA CB sing N N 308 TRP CA HA sing N N 309 TRP C O doub N N 310 TRP C OXT sing N N 311 TRP CB CG sing N N 312 TRP CB HB2 sing N N 313 TRP CB HB3 sing N N 314 TRP CG CD1 doub Y N 315 TRP CG CD2 sing Y N 316 TRP CD1 NE1 sing Y N 317 TRP CD1 HD1 sing N N 318 TRP CD2 CE2 doub Y N 319 TRP CD2 CE3 sing Y N 320 TRP NE1 CE2 sing Y N 321 TRP NE1 HE1 sing N N 322 TRP CE2 CZ2 sing Y N 323 TRP CE3 CZ3 doub Y N 324 TRP CE3 HE3 sing N N 325 TRP CZ2 CH2 doub Y N 326 TRP CZ2 HZ2 sing N N 327 TRP CZ3 CH2 sing Y N 328 TRP CZ3 HZ3 sing N N 329 TRP CH2 HH2 sing N N 330 TRP OXT HXT sing N N 331 TYR N CA sing N N 332 TYR N H sing N N 333 TYR N H2 sing N N 334 TYR CA C sing N N 335 TYR CA CB sing N N 336 TYR CA HA sing N N 337 TYR C O doub N N 338 TYR C OXT sing N N 339 TYR CB CG sing N N 340 TYR CB HB2 sing N N 341 TYR CB HB3 sing N N 342 TYR CG CD1 doub Y N 343 TYR CG CD2 sing Y N 344 TYR CD1 CE1 sing Y N 345 TYR CD1 HD1 sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 10 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 444.9 mM NaCl 2 NaCl 1 20.286 mM MgSO4 3 MgSO4 1 24.59 mM MgCl2 4 MgCl2 1 10.2 mM CaCl2 5 CaCl2 1 1 mM NH4Cl 6 NH4Cl 1 14.696 microM KH2PO4 7 KH2PO4 1 7.5 microM FeNaC10H12N2O8 8 FeNaEDTA 1 0.5 microM H3BO3 9 H3BO3 1 0.5 microM MnCl2 10 MnCl2 1 0.8 microM CoCl2 11 CoCl2 1 0.1 microM NiCl2 12 NiCl2 1 0.01 microM CuCl2 13 CuCl2 1 0.5 microM ZnSO4 14 ZnSO4 1 0.15 microM Na2MoO4 15 Na2MoO4 # _em_ctf_correction.details 'PseudoSubtomograms as described in Zivanov 2022 (https://elifesciences.org/articles/83724)' _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location extracellular _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 436308 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Nitrosopumilus maritimus SCM1' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain SCM1 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_image_processing.details ;Movies collected at the scope were clustered into optics groups based on the XML meta-data of the data-collection software EPU (Thermo Fisher Scientific) using a k-means algorithm implemented in EPU_group_AFIS (https://github.com/DustinMorado/EPU_group_AFIS). Imported movies were motion-corrected, dose-weighted, and Fourier cropped (2x) with MotionCor2 implemented in RELION-3.1. Contrast transfer functions (CTFs) of the resulting motion-corrected micrographs were estimated using CTFFIND4. ; _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 0.9 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 121 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2.96 _em_image_recording.details 'Dose-symmetric tilt scheme (Hagen et al, JSB)' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 1 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'not used' _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ;Initially, side views of S-layer sheets were first manually picked along the edge of the lattice using the helical picking tab in RELION while setting the helical rise to 60 angstrom. Top and tilted views were manually picked at the central hexameric axis. Manually picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Class averages centered at a hexameric axis were used to automatically pick particles inside RELION-3.1. Automatically picked particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification. Particle coordinates belonging to class averages centered at the hexameric axis were used to train TOPAZ in 5x downsampled micrographs with the neural network architecture conv127. For the final reconstruction, particles were picked using TOPAZ and the previously trained neural network above. Additionally, top, bottom, and side views were picked using the reference-based autopicker inside RELION-3.1, which TOPAZ did not readily identify. Particles were extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes and classified using reference-free 2D classification inside RELION-3.1. Particles belonging to class averages centered at the hexameric axis were combined, and particles within 30 angstrom were removed to prevent duplication after alignment. All resulting particles were then re-extracted in 4x downsampled 128x128 pixel2 boxes. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1971908 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'VOLUME SELECTION' ? 1 1 ? ? RELION 4.0.0 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'CTF estimation' 4 1 ? ? CTFFIND 4.1.13 'CTF CORRECTION' 'CTF correction' 5 1 ? ? RELION 4.0.0 'LAYERLINE INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 7 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? Coot 0.9.2-pre OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? RELION 4.0.0 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? RELION 4.0.0 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? RELION 4.0.0 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.19-4092 'MODEL REFINEMENT' ? 15 ? 1 ? REFMAC ? 'PARTICLE SELECTION' ? 16 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 18 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 19 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 20 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 21 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Nitrosopumilus maritimus cells' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.details ? _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 153 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 138532 _em_volume_selection.reference_model None # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 202231/Z/16/Z 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/31 2 # _atom_sites.entry_id 8C8R _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C CA N O S # loop_