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EMDB EMD-16658 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex).' _pdbx_database_related.db_id EMD-16658 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8CH6 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-02-07 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Cretu, C.' 1 0000-0002-6466-176X 'Schmitzova, J.' 2 0000-0001-9538-5983 'Pena, V.' 3 0000-0002-7013-5504 # _citation.abstract ? 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'MINX-M3 pre-mRNA model splicing substrate, synthesized by T7 run-off in vitro transcription' 39 polymer nat 'U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein' 39359.492 1 ? ? ? ? 40 polymer nat 'Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1' 18257.805 1 5.2.1.8 ? ? ? 41 polymer nat 'Serine/arginine repetitive matrix protein 2' 300255.312 1 ? ? ? ? 42 polymer nat ;U2 small nuclear ribonucleoprotein A' ; 28456.584 1 ? ? ? ? 43 polymer nat ;U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' ; 25524.367 1 ? ? ? ? 44 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog' 33046.254 1 ? ? ? ? 45 polymer nat 'RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2' 58910.379 1 2.3.2.27 ? ? ? 46 polymer nat 'Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E' 33475.773 1 5.2.1.8 ? ? ? 47 polymer nat 'Pre-mRNA-processing factor 17' 65612.180 1 ? ? ? ? 48 polymer nat 'Intron-binding protein aquarius' 171502.453 1 3.6.4.13 ? ? ? 49 polymer nat 'Pre-mRNA-splicing factor SYF1' 100148.711 1 ? ? ? ? 50 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 12 ? 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'220 kDa U5 snRNP-specific protein,PRP8 homolog,Splicing factor Prp8,p220' 33 'Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2,SNU114 homolog,hSNU114,U5 snRNP-specific protein,116 kDa,U5-116 kDa' 34 'Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1,BRR2 homolog,U5 snRNP-specific 200 kDa protein,U5-200KD' 39 'U5-40K,38 kDa-splicing factor,Prp8-binding protein,hPRP8BP,U5 snRNP-specific 40 kDa protein,WD repeat-containing protein 57' 40 'PPIase,Rotamase PPIL1' 41 ;300 kDa nuclear matrix antigen,Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix protein of 300 kDa,Ser/Arg-related nuclear matrix protein of 300 kDa,Splicing coactivator subunit SRm300,Tax-responsive enhancer element-binding protein 803,TaxREB803 ; 42 ;U2 snRNP A' ; 43 ;U2 snRNP B'' ; 45 ;CYC4,Cyclophilin-60,Cyclophilin-like protein Cyp-60,Cyp60,hCyP-60,Probable inactive peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 2,PPIase,Rotamase PPIL2 ; 46 'PPIase E,Cyclophilin E,Cyclophilin-33,Rotamase E' 47 'Cell division cycle 40 homolog,EH-binding protein 3,Ehb3,PRP17 homolog,hPRP17' 48 'Intron-binding protein of 160 kDa,IBP160' 49 'Protein HCNP,XPA-binding protein 2' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLK GDNITLLQSVSN ; ;MAYRGQGQKVQKVMVQPINLIFRYLQNRSRIQVWLYEQVNMRIEGCIIGFDEYMNLVLDDAEEIHSKTKSRKQLGRIMLK GDNITLLQSVSN ; 1,i ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEE DGEMRE ; ;MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEE DGEMRE ; 2,h ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNA PMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKRR ; ;MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNA PMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKRR ; 3,j ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; 4,l ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL VDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR ; ;MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL VDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR ; 5,k ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSM TVEGPPPKDTGIARVPLAGAAGGPGIGRAAGRGIPAGVPMPQAPAGLAGPVRGVGGPSQQVMTPQGRGTVAAAAAAATAS IAGAPTQYPPGRGGPPPPMGRGAPPPGMMGPPPGMRPPMGPPMGIPPGRGTPMGMPPPGMRPPPPGMRGPPPPGMRPPRP ; ;MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSM TVEGPPPKDTGIARVPLAGAAGGPGIGRAAGRGIPAGVPMPQAPAGLAGPVRGVGGPSQQVMTPQGRGTVAAAAAAATAS IAGAPTQYPPGRGGPPPPMGRGAPPPGMMGPPPGMRPPMGPPMGIPPGRGTPMGMPPPGMRPPPPGMRGPPPPGMRPPRP ; 8,n ? 7 'polypeptide(L)' no no MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV 9,m ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MFLYNLTLQRATGISFAIHGNFSGTKQQEIVVSRGKILELLRPDPNTGKVHTLLTVEVFGVIRSLMAFRLTGGTKDYIVV GSDSGRIVILEYQPSKNMFEKIHQETFGKSGCRRIVPGQFLAVDPKGRAVMISAIEKQKLVYILNRDAAARLTISSPLEA HKANTLVYHVVGVDVGFENPMFACLEMDYEEADNDPTGEAAANTQQTLTFYELDLGLNHVVRKYSEPLEEHGNFLITVPG GSDGPSGVLICSENYITYKNFGDQPDIRCPIPRRRNDLDDPERGMIFVCSATHKTKSMFFFLAQTEQGDIFKITLETDED MVTEIRLKYFDTVPVAAAMCVLKTGFLFVASEFGNHYLYQIAHLGDDDEEPEFSSAMPLEEGDTFFFQPRPLKNLVLVDE 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? 11 'polypeptide(L)' no no ;MAKHHPDLIFCRKQAGVAIGRLCEKCDGKCVICDSYVRPCTLVRICDECNYGSYQGRCVICGGPGVSDAYYCKECTIQEK DRDGCPKIVNLGSSKTDLFYERKKYGFKKR ; ;MAKHHPDLIFCRKQAGVAIGRLCEKCDGKCVICDSYVRPCTLVRICDECNYGSYQGRCVICGGPGVSDAYYCKECTIQEK DRDGCPKIVNLGSSKTDLFYERKKYGFKKR ; D ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MATEHPEPPKAELQLPPPPPPGHYGAWAAQELQAKLAEIGAPIQGNREELVERLQSYTRQTGIVLNRPVLRGEDGDKAAP PPMSAQLPGIPMPPPPLGLPPLQPPPPPPPPPPGLGLGFPMAHPPNLGPPPPLRVGEPVALSEEERLKLAQQQAALLMQQ EERAKQQGDHSLKEHELLEQQKRAAVLLEQERQQEIAKMGTPVPRPPQDMGQIGVRTPLGPRVAAPVGPVGPTPTVLPMG APVPRPRGPPPPPGDENREMDDPSVGPKIPQALEKILQLKESRQEEMNSQQEEEEMETDARSSLGQSASETEEDTVSVSK KEKNRKRRNRKKKKKPQRVRGVSSESSGDREKDSTRSRGSDSPAADVEIEYVTEEPEIYEPNFIFFKRIFEAFKLTDDVK KEKEKEPEKLDKLENSAAPKKKGFEEEHKDSDDDSSDDEQEKKPEAPKLSKKKLRRMNRFTVAELKQLVARPDVVEMHDV TAQDPKLLVHLKATRNSVPVPRHWCFKRKYLQGKRGIEKPPFELPDFIKRTGIQEMREALQEKEEQKTMKSKMREKVRPK MGKIDIDYQKLHDAFFKWQTKPKLTIHGDLYYEGKEFETRLKEKKPGDLSDELRISLGMPVGPNAHKVPPPWLIAMQRYG 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;MAAAPPLSKAEYLKRYLSGADAGVDRGSESGRKRRKKRPKPGGAGGKGMRIVDDDVSWTAISTTKLEKEEEEDDGDLPVV AEFVDERPEEVKQMEAFRSSAKWKLLGGHNEDLPSNRHFRHDTPDSSPRRVRHGTPDPSPRKDRHDTPDPSPRRARHDTP DPSPLRGARHDSDTSPPRRIRHDSSDTSPPRRARHDSPDPSPPRRPQHNSSGASPRRVRHDSPDPSPPRRARHGSSDISS PRRVHNNSPDTSRRTLGSSDTQQLRRARHDSPDLAPNVTYSLPRTKSGKAPERASSKTSPHWKESGASHLSFPKNSKYEY DPDISPPRKKQAKSHFGDKKQLDSKGDCQKATDSDLSSPRHKQSPGHQDSDSDLSPPRNRPRHRSSDSDLSPPRRRQRTK SSDSDLSPPRRSQPPGKKAAHMYSGAKTGLVLTDIQREQQELKEQDQETMAFEAEFQYAETVFRDKSGRKRNLKLERLEQ RRKAEKDSERDELYAQWGKGLAQSRQQQQNVEDAMKEMQKPLARYIDDEDLDRMLREQEREGDPMANFIKKNKAKENKNK KVRPRYSGPAPPPNRFNIWPGYRWDGVDRSNGFEQKRFARLASKKAVEELAYKWSVEDM ; ;MAAAPPLSKAEYLKRYLSGADAGVDRGSESGRKRRKKRPKPGGAGGKGMRIVDDDVSWTAISTTKLEKEEEEDDGDLPVV AEFVDERPEEVKQMEAFRSSAKWKLLGGHNEDLPSNRHFRHDTPDSSPRRVRHGTPDPSPRKDRHDTPDPSPRRARHDTP DPSPLRGARHDSDTSPPRRIRHDSSDTSPPRRARHDSPDPSPPRRPQHNSSGASPRRVRHDSPDPSPPRRARHGSSDISS PRRVHNNSPDTSRRTLGSSDTQQLRRARHDSPDLAPNVTYSLPRTKSGKAPERASSKTSPHWKESGASHLSFPKNSKYEY 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46 ;MATTKRVLYVGGLAEEVDDKVLHAAFIPFGDITDIQIPLDYETEKHRGFAFVEFELAEDAAAAIDNMNESELFGRTIRVN LAKPMRIKEGSSRPVWSDDDWLKKFSGKTLEENKEEEGSEPPKAETQEGEPIAKKARSNPQVYMDIKIGNKPAGRIQMLL RSDVVPMTAENFRCLCTHEKGFGFKGSSFHRIIPQFMCQGGDFTNHNGTGGKSIYGKKFDDENFILKHTGPGLLSMANSG PNTNGSQFFLTCDKTDWLDGKHVVFGEVTEGLDVLRQIEAQGSKDGKPKQKVIIADCGEYV ; 1 47 UNP PRP17_HUMAN O60508 ? 47 ;MSAAIAALAASYGSGSGSESDSDSESSRCPLPAADSLMHLTKSPSSKPSLAVAVDSAPEVAVKEDLETGVHLDPAVKEVQ YNPTYETMFAPEFGPENPFRTQQMAAPRNMLSGYAEPAHINDFMFEQQRRTFATYGYALDPSLDNHQVSAKYIGSVEEAE KNQGLTVFETGQKKTEKRKKFKENDASNIDGFLGPWAKYVDEKDVAKPSEEEQKELDEITAKRQKKGKQEEEKPGEEKTI LHVKEMYDYQGRSYLHIPQDVGVNLRSTMPPEKCYLPKKQIHVWSGHTKGVSAVRLFPLSGHLLLSCSMDCKIKLWEVYG ERRCLRTFIGHSKAVRDICFNTAGTQFLSAAYDRYLKLWDTETGQCISRFTNRKVPYCVKFNPDEDKQNLFVAGMSDKKI VQWDIRSGEIVQEYDRHLGAVNTIVFVDENRRFVSTSDDKSLRVWEWDIPVDFKYIAEPSMHSMPAVTLSPNGKWLACQS MDNQILIFGAQNRFRLNKKKIFKGHMVAGYACQVDFSPDMSYVISGDGNGKLNIWDWKTTKLYSRFKAHDKVCIGAVWHP HETSKVITCGWDGLIKLWD ; 1 48 UNP AQR_HUMAN O60306 ? 48 ;MAAPAQPKKIVAPTVSQINAEFVTQLACKYWAPHIKKKSPFDIKVIEDIYEKEIVKSRFAIRKIMLLEFSQYLENYLWMN YSPEVSSKAYLMSICCMVNEKFRENVPAWEIFKKKPDHFPFFFKHILKAALAETDGEFSLHEQTVLLLFLDHCFNSLEVD LIRSQVQQLISLPMWMGLQLARLELELKKTPKLRKFWNLIKKNDEKMDPEAREQAYQERRFLSQLIQKFISVLKSVPLSE PVTMDKVHYCERFIELMIDLEALLPTRRWFNTILDDSHLLVHCYLSNLVRREEDGHLFSQLLDMLKFYTGFEINDQTGNA LTENEMTTIHYDRITSLQRAAFAHFPELYDFALSNVAEVDTRESLVKFFGPLSSNTLHQVASYLCLLPTLPKNEDTTFDK EFLLELLVSRHERRISQIQQLNQMPLYPTEKIIWDENIVPTEYYSGEGCLALPKLNLQFLTLHDYLLRNFNLFRLESTYE IRQDIEDSVSRMKPWQSEYGGVVFGGWARMAQPIVAFTVVEVAKPNIGENWPTRVRADVTINLNVRDHIKDEWEGLRKHD VCFLITVRPTKPYGTKFDRRRPFIEQVGLVYVRGCEIQGMLDDKGRVIEDGPEPRPNLRGESRTFRVFLDPNQYQQDMTN TIQNGAEDVYETFNIIMRRKPKENNFKAVLETIRNLMNTDCVVPDWLHDIILGYGDPSSAHYSKMPNQIATLDFNDTFLS IEHLKASFPGHNVKVTVEDPALQIPPFRITFPVRSGKGKKRKDADVEDEDTEEAKTLIVEPHVIPNRGPYPYNQPKRNTI QFTHTQIEAIRAGMQPGLTMVVGPPGTGKTDVAVQIISNIYHNFPEQRTLIVTHSNQALNQLFEKIMALDIDERHLLRLG HGEEELETEKDFSRYGRVNYVLARRIELLEEVKRLQKSLGVPGDASYTCETAGYFFLYQVMSRWEEYISKVKNKGSTLPD VTEVSTFFPFHEYFANAPQPIFKGRSYEEDMEIAEGCFRHIKKIFTQLEEFRASELLRSGLDRSKYLLVKEAKIIAMTCT HAALKRHDLVKLGFKYDNILMEEAAQILEIETFIPLLLQNPQDGFSRLKRWIMIGDHHQLPPVIKNMAFQKYSNMEQSLF TRFVRVGVPTVDLDAQGRARASLCNLYNWRYKNLGNLPHVQLLPEFSTANAGLLYDFQLINVEDFQGVGESEPNPYFYQN LGEAEYVVALFMYMCLLGYPADKISILTTYNGQKHLIRDIINRRCGNNPLIGRPNKVTTVDRFQGQQNDYILLSLVRTRA VGHLRDVRRLVVAMSRARLGLYIFARVSLFQNCFELTPAFSQLTARPLHLHIIPTEPFPTTRKNGERPSHEVQIIKNMPQ MANFVYNMYMHLIQTTHHYHQTLLQLPPAMVEEGEEVQNQETELETEEEAMTVQADIIPSPTDTSCRQETPAFQTDTTPS ETGATSTPEAIPALSETTPTVVGAVSAPAEANTPQDATSAPEETK ; 1 49 UNP SYF1_HUMAN Q9HCS7 ? 49 ;MVVMARLSRPERPDLVFEEEDLPYEEEIMRNQFSVKCWLRYIEFKQGAPKPRLNQLYERALKLLPCSYKLWYRYLKARRA QVKHRCVTDPAYEDVNNCHERAFVFMHKMPRLWLDYCQFLMDQGRVTHTRRTFDRALRALPITQHSRIWPLYLRFLRSHP LPETAVRGYRRFLKLSPESAEEYIEYLKSSDRLDEAAQRLATVVNDERFVSKAGKSNYQLWHELCDLISQNPDKVQSLNV DAIIRGGLTRFTDQLGKLWCSLADYYIRSGHFEKARDVYEEAIRTVMTVRDFTQVFDSYAQFEESMIAAKMETASELGRE EEDDVDLELRLARFEQLISRRPLLLNSVLLRQNPHHVHEWHKRVALHQGRPREIINTYTEAVQTVDPFKATGKPHTLWVA FAKFYEDNGQLDDARVILEKATKVNFKQVDDLASVWCQCGELELRHENYDEALRLLRKATALPARRAEYFDGSEPVQNRV YKSLKVWSMLADLEESLGTFQSTKAVYDRILDLRIATPQIVINYAMFLEEHKYFEESFKAYERGISLFKWPNVSDIWSTY LTKFIARYGGRKLERARDLFEQALDGCPPKYAKTLYLLYAQLEEEWGLARHAMAVYERATRAVEPAQQYDMFNIYIKRAA EIYGVTHTRGIYQKAIEVLSDEHAREMCLRFADMECKLGEIDRARAIYSFCSQICDPRTTGAFWQTWKDFEVRHGNEDTI KEMLRIRRSVQATYNTQVNFMASQMLKVSGSATGTVSDLAPGQSGMDDMKLLEQRAEQLAAEAERDQPLRAQSKILFVRS DASREELAELAQQVNPEEIQLGEDEDEDEMDLEPNEVRLEQQSVPAAVFGSLKED ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8CH6 1 1 ? 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P62314 1 ? 119 ? 1 119 45 4 8CH6 l 1 ? 118 ? P62316 1 ? 118 ? 1 118 46 7 8CH6 m 1 ? 76 ? P62308 1 ? 76 ? 1 76 47 6 8CH6 n 1 ? 240 ? P14678 1 ? 240 ? 1 240 48 39 8CH6 o 1 ? 357 ? Q96DI7 1 ? 357 ? 1 357 49 40 8CH6 p 1 ? 166 ? Q9Y3C6 1 ? 166 ? 1 166 50 41 8CH6 q 1 ? 2752 ? Q9UQ35 1 ? 2752 ? 1 2752 51 42 8CH6 r 1 ? 255 ? P09661 1 ? 255 ? 1 255 52 43 8CH6 s 1 ? 225 ? P08579 1 ? 225 ? 1 225 53 44 8CH6 t 1 ? 285 ? Q9ULR0 1 ? 285 ? 1 285 54 45 8CH6 u 1 ? 520 ? Q13356 1 ? 520 ? 1 520 55 18 8CH6 v 1 ? 504 ? Q9UMS4 1 ? 504 ? 1 504 56 46 8CH6 w 1 ? 301 ? Q9UNP9 1 ? 301 ? 1 301 57 47 8CH6 x 1 ? 579 ? O60508 1 ? 579 ? 1 579 58 48 8CH6 y 1 ? 1485 ? O60306 1 ? 1485 ? 1 1485 59 49 8CH6 z 1 ? 855 ? Q9HCS7 1 ? 855 ? 1 855 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 IHP non-polymer . 'INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE' 'MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE; INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE' 'C6 H18 O24 P6' 660.035 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8CH6 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8CH6 _struct.title 'Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex).' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8CH6 _struct_keywords.text 'activated spliceosome, Aquarius, PRP2, SPLICING' _struct_keywords.pdbx_keywords SPLICING # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? 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ILE z 720 GLN z 737 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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D CYS 72 D ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc11 metalc ? ? K CYS 75 SG ? ? ? 1_555 IB ZN . ZN ? ? D CYS 75 D ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? ? metalc12 metalc ? ? K CYS 85 SG ? ? ? 1_555 HB ZN . ZN ? ? D CYS 85 D ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? ? metalc13 metalc ? ? P CYS 56 SG ? ? ? 1_555 KB ZN . ZN ? ? I CYS 56 I ZN 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc14 metalc ? ? P CYS 59 SG ? ? ? 1_555 KB ZN . ZN ? ? I CYS 59 I ZN 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? ? metalc15 metalc ? ? P HIS 72 NE2 ? ? ? 1_555 KB ZN . ZN ? ? I HIS 72 I ZN 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? ? metalc16 metalc ? ? P HIS 78 NE2 ? ? ? 1_555 KB ZN . ZN ? ? I HIS 78 I ZN 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? metalc17 metalc ? ? Q CYS 408 SG ? ? ? 1_555 LB ZN . ZN ? ? J CYS 408 J ZN 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? ? metalc18 metalc ? ? Q CYS 411 SG ? ? ? 1_555 LB ZN . ZN ? ? J CYS 411 J ZN 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? metalc19 metalc ? ? Q HIS 425 ND1 ? ? ? 1_555 LB ZN . ZN ? ? J HIS 425 J ZN 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? metalc20 metalc ? ? Q HIS 431 ND1 ? ? ? 1_555 LB ZN . ZN ? ? J HIS 431 J ZN 1401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? ? metalc21 metalc ? ? AA CYS 101 SG ? ? ? 1_555 NB ZN . ZN ? ? T CYS 101 T ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? ? metalc22 metalc ? ? AA CYS 101 SG ? ? ? 1_555 OB ZN . ZN ? ? T CYS 101 T ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? ? metalc23 metalc ? ? AA CYS 102 SG ? ? ? 1_555 OB ZN . ZN ? ? T CYS 102 T ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc24 metalc ? ? AA CYS 105 SG ? ? ? 1_555 MB ZN . ZN ? ? T CYS 105 T ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? ? metalc25 metalc ? ? AA CYS 105 SG ? ? ? 1_555 OB ZN . ZN ? ? T CYS 105 T ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? ? metalc26 metalc ? ? AA CYS 117 SG ? ? ? 1_555 MB ZN . ZN ? ? T CYS 117 T ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? ? metalc27 metalc ? ? AA CYS 119 SG ? ? ? 1_555 MB ZN . ZN ? ? T CYS 119 T ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc28 metalc ? ? AA CYS 119 SG ? ? ? 1_555 NB ZN . ZN ? ? T CYS 119 T ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? ? metalc29 metalc ? ? AA CYS 134 SG ? ? ? 1_555 MB ZN . ZN ? ? T CYS 134 T ZN 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? ? metalc30 metalc ? ? AA CYS 137 SG ? ? ? 1_555 OB ZN . ZN ? ? T CYS 137 T ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc31 metalc ? ? AA CYS 139 SG ? ? ? 1_555 NB ZN . ZN ? ? T CYS 139 T ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? ? metalc32 metalc ? ? AA CYS 142 SG ? ? ? 1_555 NB ZN . ZN ? ? T CYS 142 T ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc33 metalc ? ? BA CYS 24 SG ? ? ? 1_555 PB ZN . ZN ? ? U CYS 24 U ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc34 metalc ? ? BA CYS 27 SG ? ? ? 1_555 PB ZN . ZN ? ? U CYS 27 U ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc35 metalc ? ? BA CYS 45 SG ? ? ? 1_555 QB ZN . ZN ? ? U CYS 45 U ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc36 metalc ? ? BA CYS 48 SG ? ? ? 1_555 QB ZN . ZN ? ? U CYS 48 U ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? ? metalc37 metalc ? ? BA CYS 71 SG ? ? ? 1_555 QB ZN . ZN ? ? U CYS 71 U ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc38 metalc ? ? BA CYS 74 SG ? ? ? 1_555 QB ZN . ZN ? ? U CYS 74 U ZN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc39 metalc ? ? BA CYS 81 SG ? ? ? 1_555 PB ZN . ZN ? ? U CYS 81 U ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc40 metalc ? ? BA CYS 84 SG ? ? ? 1_555 PB ZN . ZN ? ? U CYS 84 U ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc41 metalc ? ? BA CYS 165 SG ? ? ? 1_555 RB ZN . ZN ? ? U CYS 165 U ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc42 metalc ? ? BA CYS 173 SG ? ? ? 1_555 RB ZN . ZN ? ? U CYS 173 U ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc43 metalc ? ? BA CYS 179 SG ? ? ? 1_555 RB ZN . ZN ? ? U CYS 179 U ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc44 metalc ? ? BA HIS 183 NE2 ? ? ? 1_555 RB ZN . ZN ? ? U HIS 183 U ZN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? ? metalc45 metalc ? ? GA CYS 202 SG ? ? ? 1_555 SB ZN . ZN ? ? Z CYS 202 Z ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc46 metalc ? ? GA CYS 211 SG ? ? ? 1_555 SB ZN . ZN ? ? Z CYS 211 Z ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc47 metalc ? ? GA CYS 217 SG ? ? ? 1_555 SB ZN . ZN ? ? Z CYS 217 Z ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? ? metalc48 metalc ? ? GA HIS 221 NE2 ? ? ? 1_555 SB ZN . ZN ? ? Z HIS 221 Z ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? ? metalc49 metalc ? ? IA THR 143 OG1 ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? b THR 143 b MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? ? metalc50 metalc ? ? UB GTP . O1G ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? b GTP 1500 b MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? ? metalc51 metalc ? ? UB GTP . O3B ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? b GTP 1500 b MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? ? metalc52 metalc ? ? UB GTP . O2B ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? b GTP 1500 b MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? ? metalc53 metalc ? ? UB GTP . O3A ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? b GTP 1500 b MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.940 ? ? metalc54 metalc ? ? KA A 48 OP1 ? ? ? 1_555 BC MG . MG ? ? d A 48 d MG 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? ? metalc55 metalc ? ? KA A 48 OP2 ? ? ? 1_555 BC MG . MG ? ? d A 48 d MG 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? ? metalc56 metalc ? ? KA G 54 OP1 ? ? ? 1_555 WB MG . MG ? ? d G 54 d MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.720 ? ? metalc57 metalc ? ? KA G 54 OP2 ? ? ? 1_555 WB MG . MG ? ? d G 54 d MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? ? metalc58 metalc ? ? KA G 54 "O5'" ? ? ? 1_555 WB MG . MG ? ? d G 54 d MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? ? metalc59 metalc ? ? KA G 54 "O3'" ? ? ? 1_555 AC MG . MG ? ? d G 54 d MG 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? ? metalc60 metalc ? ? KA C 55 OP1 ? ? ? 1_555 AC MG . MG ? ? d C 55 d MG 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? ? metalc61 metalc ? ? KA C 55 "O5'" ? ? ? 1_555 AC MG . MG ? ? d C 55 d MG 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? ? metalc62 metalc ? ? KA G 71 OP1 ? ? ? 1_555 AC MG . MG ? ? d G 71 d MG 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? ? metalc63 metalc ? ? KA U 74 OP1 ? ? ? 1_555 WB MG . MG ? ? d U 74 d MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? ? metalc64 metalc ? ? KA U 74 OP2 ? ? ? 1_555 WB MG . MG ? ? d U 74 d MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? ? metalc65 metalc ? ? KA U 74 "O5'" ? ? ? 1_555 WB MG . MG ? ? d U 74 d MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? ? metalc66 metalc ? ? KA U 74 OP1 ? ? ? 1_555 XB MG . MG ? ? d U 74 d MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? ? metalc67 metalc ? ? KA U 74 "O5'" ? ? ? 1_555 XB MG . MG ? ? d U 74 d MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? ? metalc68 metalc ? ? KA U 74 "O4'" ? ? ? 1_555 XB MG . MG ? ? d U 74 d MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? ? hydrog1 hydrog ? ? KA G 1 N1 ? ? ? 1_555 KA C 19 N3 ? ? d G 1 d C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? KA G 1 N2 ? ? ? 1_555 KA C 19 O2 ? ? d G 1 d C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? KA G 1 O6 ? ? ? 1_555 KA C 19 N4 ? ? d G 1 d C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? KA U 2 N3 ? ? ? 1_555 KA A 18 N1 ? ? d U 2 d A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? KA U 2 O4 ? ? ? 1_555 KA A 18 N6 ? ? d U 2 d A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? 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PDB 'experimental model' 5Z57 # _em_3d_reconstruction.entry_id 8CH6 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 5.9 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 12395 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details 'All solutions were sterile-filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.' _em_buffer.pH 7.9 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Late human activated spliceosome arrested with a dominant-negative mutant of the splicing helicase Aquarius (Aquarius K829A)' _em_entity_assembly.details ;The spliceosome complex was assembled in vitro in the HeLa nuclear extract on a model pre-mRNA substrate (MINX) tagged with three MS2 aptamer sequences for affinity purification. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list ;1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49 ; # _em_image_scans.entry_id 8CH6 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 8CH6 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R2/2' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8CH6 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI), operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane. ; # _em_experiment.entry_id 8CH6 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8CH6 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 CD2 I HIS 78 ? ? 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GB GLU 784 13678 1 Y 1 z ARG 785 ? GB ARG 785 13679 1 Y 1 z ASP 786 ? GB ASP 786 13680 1 Y 1 z GLN 787 ? GB GLN 787 13681 1 Y 1 z PRO 788 ? GB PRO 788 13682 1 Y 1 z LEU 789 ? GB LEU 789 13683 1 Y 1 z ARG 790 ? GB ARG 790 13684 1 Y 1 z ALA 791 ? GB ALA 791 13685 1 Y 1 z GLN 792 ? GB GLN 792 13686 1 Y 1 z SER 793 ? GB SER 793 13687 1 Y 1 z LYS 794 ? GB LYS 794 13688 1 Y 1 z ILE 795 ? GB ILE 795 13689 1 Y 1 z LEU 796 ? GB LEU 796 13690 1 Y 1 z PHE 797 ? GB PHE 797 13691 1 Y 1 z VAL 798 ? GB VAL 798 13692 1 Y 1 z ARG 799 ? GB ARG 799 13693 1 Y 1 z SER 800 ? GB SER 800 13694 1 Y 1 z ASP 801 ? GB ASP 801 13695 1 Y 1 z ALA 802 ? GB ALA 802 13696 1 Y 1 z SER 803 ? GB SER 803 13697 1 Y 1 z ARG 804 ? GB ARG 804 13698 1 Y 1 z GLU 805 ? GB GLU 805 13699 1 Y 1 z GLU 806 ? GB GLU 806 13700 1 Y 1 z LEU 807 ? GB LEU 807 13701 1 Y 1 z ALA 808 ? GB ALA 808 13702 1 Y 1 z GLU 809 ? GB GLU 809 13703 1 Y 1 z LEU 810 ? GB LEU 810 13704 1 Y 1 z ALA 811 ? GB ALA 811 13705 1 Y 1 z GLN 812 ? GB GLN 812 13706 1 Y 1 z GLN 813 ? GB GLN 813 13707 1 Y 1 z VAL 814 ? GB VAL 814 13708 1 Y 1 z ASN 815 ? GB ASN 815 13709 1 Y 1 z PRO 816 ? GB PRO 816 13710 1 Y 1 z GLU 817 ? GB GLU 817 13711 1 Y 1 z GLU 818 ? GB GLU 818 13712 1 Y 1 z ILE 819 ? GB ILE 819 13713 1 Y 1 z GLN 820 ? GB GLN 820 13714 1 Y 1 z LEU 821 ? GB LEU 821 13715 1 Y 1 z GLY 822 ? GB GLY 822 13716 1 Y 1 z GLU 823 ? GB GLU 823 13717 1 Y 1 z ASP 824 ? GB ASP 824 13718 1 Y 1 z GLU 825 ? GB GLU 825 13719 1 Y 1 z ASP 826 ? GB ASP 826 13720 1 Y 1 z GLU 827 ? GB GLU 827 13721 1 Y 1 z ASP 828 ? GB ASP 828 13722 1 Y 1 z GLU 829 ? GB GLU 829 13723 1 Y 1 z MET 830 ? GB MET 830 13724 1 Y 1 z ASP 831 ? GB ASP 831 13725 1 Y 1 z LEU 832 ? GB LEU 832 13726 1 Y 1 z GLU 833 ? GB GLU 833 13727 1 Y 1 z PRO 834 ? GB PRO 834 13728 1 Y 1 z ASN 835 ? GB ASN 835 13729 1 Y 1 z GLU 836 ? GB GLU 836 13730 1 Y 1 z VAL 837 ? GB VAL 837 13731 1 Y 1 z ARG 838 ? GB ARG 838 13732 1 Y 1 z LEU 839 ? GB LEU 839 13733 1 Y 1 z GLU 840 ? GB GLU 840 13734 1 Y 1 z GLN 841 ? GB GLN 841 13735 1 Y 1 z GLN 842 ? GB GLN 842 13736 1 Y 1 z SER 843 ? GB SER 843 13737 1 Y 1 z VAL 844 ? GB VAL 844 13738 1 Y 1 z PRO 845 ? GB PRO 845 13739 1 Y 1 z ALA 846 ? GB ALA 846 13740 1 Y 1 z ALA 847 ? GB ALA 847 13741 1 Y 1 z VAL 848 ? GB VAL 848 13742 1 Y 1 z PHE 849 ? GB PHE 849 13743 1 Y 1 z GLY 850 ? GB GLY 850 13744 1 Y 1 z SER 851 ? GB SER 851 13745 1 Y 1 z LEU 852 ? GB LEU 852 13746 1 Y 1 z LYS 853 ? GB LYS 853 13747 1 Y 1 z GLU 854 ? GB GLU 854 13748 1 Y 1 z ASP 855 ? GB ASP 855 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 20 mM HEPES 1 '4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazine ethanesulfonic acid' 1 120 mM NaCl 2 'Sodium chloride' 1 1.5 mM 'Mg(CH3COO)2' 3 'Magnesium acetate' 1 2 % C3H8O3 4 Glycerol # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 9 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 45.47 _em_image_recording.details ;Automated data acquisition for dataset 1 (untilted, 5229 micrographs) and dataset 2 (tilted, 25 degrees, 4784 micrographs) was performed with FEI EPU software package at a nominal magnification of 130,000 (1.05 A per pixel). Micrographs for these two datasets, dose fractionated over 40 frames, were collected at a dose rate of 5.04 or 5.06 e/A2/s-1 over 9 s, resulting in a total dose of 45.38 and 45.55 e/A2, respectively. ; _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 10013 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 30 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 734691 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? ? ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? RELION 3.1 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? Coot 0.9.6 'MODEL FITTING' ? 8 ? 1 ? 'UCSF Chimera' 1.16 OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? RELION 3.1 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? RELION 3.1 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? RELION 3.1 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.19.2_4158 'VOLUME SELECTION' ? 15 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 18 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 19 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 20 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 0.6 _em_specimen.details ;The Baqr spliceosome was purified by affinity selection and gradient ultracentrifugation and crosslinked with 0.1% (v/v) glutaraldehyde in batch for cryo-EM grid preparation. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8CH6 'double helix' 8CH6 'a-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 KA G 1 1_555 KA C 19 1_555 -0.123 -0.553 -0.163 -12.822 -18.340 -1.886 1 d_G1:C19_d d 1 ? d 19 ? 19 1 1 KA U 2 1_555 KA A 18 1_555 -0.069 -0.420 -0.252 17.531 -19.113 0.009 2 d_U2:A18_d d 2 ? d 18 ? 20 1 1 KA G 3 1_555 KA C 17 1_555 -0.161 -0.549 -0.309 -12.022 -16.334 -0.849 3 d_G3:C17_d d 3 ? d 17 ? 19 1 1 KA C 4 1_555 KA G 16 1_555 1.068 -0.456 -0.125 -1.185 -14.487 5.565 4 d_C4:G16_d d 4 ? d 16 ? 19 1 1 KA U 5 1_555 KA A 15 1_555 0.570 -0.465 -0.021 -0.220 -10.458 0.577 5 d_U5:A15_d d 5 ? d 15 ? 20 1 1 KA G 7 1_555 KA C 14 1_555 -0.057 -0.576 -0.020 -6.545 -15.927 -0.155 6 d_G7:C14_d d 7 ? d 14 ? 19 1 1 KA C 8 1_555 KA G 13 1_555 -0.007 -0.606 0.244 -5.827 -15.212 -4.882 7 d_C8:G13_d d 8 ? d 13 ? 19 1 1 KA A 30 1_555 NA G 74 1_555 -5.867 -4.938 1.396 -33.261 13.468 3.933 8 d_A30:G16_g d 30 ? g 16 ? 11 9 1 KA U 31 1_555 NA U 73 1_555 -0.437 -1.642 0.675 17.429 19.045 20.994 9 d_U31:U15_g d 31 ? g 15 ? 16 1 1 KA U 32 1_555 NA A 72 1_555 -0.053 -0.705 -1.646 10.280 -15.599 15.722 10 d_U32:A14_g d 32 ? g 14 ? 20 1 1 KA G 33 1_555 NA C 71 1_555 -0.771 -0.568 -0.337 6.073 -8.611 3.039 11 d_G33:C13_g d 33 ? 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