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'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8CK1 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8CK1 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 38646 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.668 ? 52608 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.651 ? 5352 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 5838 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 6987 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8CK1 _struct.title 'Carin 1 bacteriophage tail, connector and tail fibers assembly' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8CK1 _struct_keywords.text 'Bacteriophages; virus structure, Cryo-EM, marine podovirus, tail assembly, connector, tail fibers, depolymerase, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 23 ? ARG A 29 ? ALA A 23 ARG A 29 5 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 LEU A 32 ? ILE A 37 ? LEU A 32 ILE A 37 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 80 ? GLU A 82 ? ASN A 80 GLU A 82 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 120 ? ILE A 124 ? ASP A 120 ILE A 124 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 310 ? GLU A 316 ? PRO A 310 GLU A 316 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 475 ? LEU A 479 ? SER A 475 LEU A 479 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 GLN A 512 ? GLN A 516 ? GLN A 512 GLN A 516 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 VAL A 552 ? GLU A 555 ? VAL A 552 GLU A 555 5 ? 4 HELX_P HELX_P9 AA9 HIS A 570 ? PHE A 574 ? HIS A 570 PHE A 574 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 617 ? VAL A 621 ? SER A 617 VAL A 621 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 PRO A 656 ? ARG A 660 ? PRO A 656 ARG A 660 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU A 677 ? GLU A 681 ? LEU A 677 GLU A 681 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 THR A 765 ? LEU A 769 ? THR A 765 LEU A 769 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR B 102 ? ALA B 127 ? TYR D 102 ALA D 127 1 ? 26 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR C 102 ? ALA C 127 ? TYR B 102 ALA B 127 1 ? 26 HELX_P HELX_P16 AB7 GLU D 29 ? SER D 31 ? GLU C 29 SER C 31 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 ILE D 48 ? ASP D 52 ? ILE C 48 ASP C 52 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 TYR D 102 ? ALA D 127 ? TYR C 102 ALA C 127 1 ? 26 HELX_P HELX_P19 AC1 SER E 3 ? GLY E 16 ? SER E 3 GLY E 16 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 SER E 28 ? TYR E 49 ? SER E 28 TYR E 49 1 ? 22 HELX_P HELX_P21 AC3 TRP E 51 ? PHE E 53 ? TRP E 51 PHE E 53 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY E 95 ? PHE E 99 ? GLY E 95 PHE E 99 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP E 137 ? MET E 141 ? ASP E 137 MET E 141 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO E 142 ? GLY E 163 ? PRO E 142 GLY E 163 1 ? 22 HELX_P HELX_P25 AC7 ASN E 164 ? GLU E 189 ? ASN E 164 GLU E 189 1 ? 26 HELX_P HELX_P26 AC8 ALA E 198 ? ALA E 203 ? ALA E 198 ALA E 203 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 SER F 3 ? GLY F 16 ? SER F 3 GLY F 16 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 THR F 20 ? LEU F 24 ? THR F 20 LEU F 24 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 SER F 28 ? TYR F 49 ? SER F 28 TYR F 49 1 ? 22 HELX_P HELX_P30 AD3 TRP F 51 ? PHE F 53 ? TRP F 51 PHE F 53 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY F 95 ? PHE F 99 ? GLY F 95 PHE F 99 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 PRO F 142 ? GLY F 163 ? PRO F 142 GLY F 163 1 ? 22 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN F 164 ? GLU F 189 ? ASN F 164 GLU F 189 1 ? 26 HELX_P HELX_P34 AD7 ALA F 198 ? GLY F 206 ? ALA F 198 GLY F 206 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? E CYS 8 SG ? ? ? 1_555 E CYS 34 SG ? ? E CYS 8 E CYS 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf2 disulf ? ? F CYS 8 SG ? ? ? 1_555 F CYS 34 SG ? ? F CYS 8 F CYS 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 68 B . ? PHE 68 D PRO 69 B ? PRO 69 D 1 -6.03 2 PHE 68 C . ? PHE 68 B PRO 69 C ? PRO 69 B 1 -4.44 3 PHE 68 D . ? PHE 68 C PRO 69 D ? PRO 69 C 1 1.64 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 41 ? 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