data_8D4D # _entry.id 8D4D # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.393 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8D4D pdb_00008d4d 10.2210/pdb8d4d/pdb WWPDB D_1000265997 ? ? EMDB EMD-27182 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-06-14 2 'Structure model' 1 1 2024-06-12 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' chem_comp_atom 2 2 'Structure model' chem_comp_bond 3 2 'Structure model' em_3d_fitting_list # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 2 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 3 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 4 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8D4D _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-01 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Asymmetric unit of AP-1 lattice on narrow membrane tubes' EMD-26853 'other EM volume' EMDB ;gamma-Arf1 mediated dimeric assembly of AP-1, Arf1, Nef complex within lattice on MHC-I lipopeptide incorporated narrow membrane tubes ; EMD-27182 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email jimhurley@berkeley.edu _pdbx_contact_author.name_first James _pdbx_contact_author.name_last Hurley _pdbx_contact_author.name_mi H _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-5054-5445 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Hooy, R.M.' 1 0000-0001-8917-0249 'Hurley, J.H.' 2 0000-0001-5054-5445 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first eadd3914 _citation.page_last eadd3914 _citation.title 'Self-assembly and structure of a clathrin-independent AP-1:Arf1 tubular membrane coat.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.add3914 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36269825 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hooy, R.M.' 1 0000-0001-8917-0249 primary 'Iwamoto, Y.' 2 0000-0002-6747-1590 primary 'Tudorica, D.A.' 3 0000-0003-0337-5150 primary 'Ren, X.' 4 0000-0002-4822-4316 primary 'Hurley, J.H.' 5 0000-0001-5054-5445 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'ADP-ribosylation factor 1' 20590.547 4 ? ? ? 'N-terminal myristoylation' 2 polymer man 'Protein Nef' 24154.049 4 ? ? ? 'N-terminal myristoylation' 3 polymer man 'HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain' 4139.429 2 ? 'T345S, S349G, G355S, C363A' ? ? 4 polymer man 'AP-1 complex subunit beta-1' 104736.461 2 ? 'K359R, E476K' ? ? 5 polymer man 'AP-1 complex subunit gamma-1' 68194.094 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'AP-1 complex subunit mu-1' 48606.730 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'AP-1 complex subunit sigma-3' 18305.273 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 4 ? ? ? ? 9 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 2 ;3'ORF,Negative factor,F-protein ; 3 'Human leukocyte antigen A,HLA-A' 4 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit beta-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit beta-1,Beta-1-adaptin,Beta-adaptin 1,Clathrin assembly protein complex 1 beta large chain,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin beta subunit ; 5 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit gamma-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit gamma-1,Clathrin assembly protein complex 1 gamma-1 large chain,Gamma-adaptin,Gamma1-adaptin,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin subunit gamma-1 ; 6 ;AP-mu chain family member mu1A,Adaptor protein complex AP-1 subunit mu-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit mu-1,Clathrin assembly protein complex 1 mu-1 medium chain 1,Clathrin coat assembly protein AP47,Clathrin coat-associated protein AP47,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin mu-1 subunit,Mu-adaptin 1,Mu1A-adaptin ; 7 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1C,Adaptor-related protein complex 1 subunit sigma-1C,Clathrin assembly protein complex 1 sigma-1C small chain,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin sigma-1C subunit,Sigma 1C subunit of AP-1 clathrin,Sigma-adaptin 1C,Sigma1C-adaptin ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; C,H,D,F ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH ; ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH ; N,L,K,I ? 3 'polypeptide(L)' no no CRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH CRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH Y,P ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQG FLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHE MKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKSTQV QLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLL DELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPP VSGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPK AVWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTV GSVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSS NIFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN ; ;MTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQG FLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHE MKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKSTQV QLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLL DELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPP VSGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPK AVWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTV GSVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSS NIFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN ; B,A ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFT DKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALC AVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGI SDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNN DKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADC ASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCI GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ ; ;MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFT DKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALC AVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGI SDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNN DKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADC ASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCI GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ ; G,E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLV FSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWR SEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQ CVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDA DSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEK SGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; ;MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLV FSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWR SEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQ CVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDA DSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEK SGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; M,J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; S,O ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" GTP 9 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 ASN n 1 3 ILE n 1 4 PHE n 1 5 ALA n 1 6 ASN n 1 7 LEU n 1 8 PHE n 1 9 LYS n 1 10 GLY n 1 11 LEU n 1 12 PHE n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 LYS n 1 16 GLU n 1 17 MET n 1 18 ARG n 1 19 ILE n 1 20 LEU n 1 21 MET n 1 22 VAL n 1 23 GLY n 1 24 LEU n 1 25 ASP n 1 26 ALA n 1 27 ALA n 1 28 GLY n 1 29 LYS n 1 30 THR n 1 31 THR n 1 32 ILE n 1 33 LEU n 1 34 TYR n 1 35 LYS n 1 36 LEU n 1 37 LYS n 1 38 LEU n 1 39 GLY n 1 40 GLU n 1 41 ILE n 1 42 VAL n 1 43 THR n 1 44 THR n 1 45 ILE n 1 46 PRO n 1 47 THR n 1 48 ILE n 1 49 GLY n 1 50 PHE n 1 51 ASN n 1 52 VAL n 1 53 GLU n 1 54 THR n 1 55 VAL n 1 56 GLU n 1 57 TYR n 1 58 LYS n 1 59 ASN n 1 60 ILE n 1 61 SER n 1 62 PHE n 1 63 THR n 1 64 VAL n 1 65 TRP n 1 66 ASP n 1 67 VAL n 1 68 GLY n 1 69 GLY n 1 70 GLN n 1 71 ASP n 1 72 LYS n 1 73 ILE n 1 74 ARG n 1 75 PRO n 1 76 LEU n 1 77 TRP n 1 78 ARG n 1 79 HIS n 1 80 TYR n 1 81 PHE n 1 82 GLN n 1 83 ASN n 1 84 THR n 1 85 GLN n 1 86 GLY n 1 87 LEU n 1 88 ILE n 1 89 PHE n 1 90 VAL n 1 91 VAL n 1 92 ASP n 1 93 SER n 1 94 ASN n 1 95 ASP n 1 96 ARG n 1 97 GLU n 1 98 ARG n 1 99 VAL n 1 100 ASN n 1 101 GLU n 1 102 ALA n 1 103 ARG n 1 104 GLU n 1 105 GLU n 1 106 LEU n 1 107 MET n 1 108 ARG n 1 109 MET n 1 110 LEU n 1 111 ALA n 1 112 GLU n 1 113 ASP n 1 114 GLU n 1 115 LEU n 1 116 ARG n 1 117 ASP n 1 118 ALA n 1 119 VAL n 1 120 LEU n 1 121 LEU n 1 122 VAL n 1 123 PHE n 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UNP P04439 THR 345 'engineered mutation' 345 42 13 8D4D GLY P 17 ? UNP P04439 SER 349 'engineered mutation' 349 43 13 8D4D SER P 23 ? UNP P04439 GLY 355 'engineered mutation' 355 44 13 8D4D ALA P 31 ? UNP P04439 CYS 363 'engineered mutation' 363 45 13 8D4D HIS P 34 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 366 46 13 8D4D HIS P 35 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 367 47 13 8D4D HIS P 36 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 368 48 13 8D4D HIS P 37 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 369 49 13 8D4D HIS P 38 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 370 50 13 8D4D HIS P 39 ? UNP P04439 ? ? 'expression tag' 371 51 14 8D4D ARG A 359 ? UNP Q10567 LYS 359 'engineered mutation' 359 52 14 8D4D LYS A 476 ? UNP Q10567 GLU 476 'engineered mutation' 476 53 15 8D4D GLU E 596 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 596 54 15 8D4D ASN E 597 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 597 55 15 8D4D LEU E 598 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 598 56 15 8D4D TYR E 599 ? UNP P22892 ? ? 'expression tag' 599 57 15 8D4D PHE E 600 ? 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'expression tag' 213 66 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 3 ? 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MET E 267 ASN E 277 1 ? 11 HELX_P HELX_P184 AU4 LYS O 282 ? ASP O 298 ? LYS E 282 ASP E 298 1 ? 17 HELX_P HELX_P185 AU5 GLU O 302 ? LEU O 318 ? GLU E 302 LEU E 318 1 ? 17 HELX_P HELX_P186 AU6 ASP O 321 ? THR O 335 ? ASP E 321 THR E 335 1 ? 15 HELX_P HELX_P187 AU7 ASP O 339 ? GLN O 344 ? ASP E 339 GLN E 344 1 ? 6 HELX_P HELX_P188 AU8 HIS O 346 ? LYS O 355 ? HIS E 346 LYS E 355 1 ? 10 HELX_P HELX_P189 AU9 ASP O 358 ? LEU O 372 ? ASP E 358 LEU E 372 1 ? 15 HELX_P HELX_P190 AV1 ASN O 377 ? SER O 391 ? ASN E 377 SER E 391 1 ? 15 HELX_P HELX_P191 AV2 PHE O 396 ? ALA O 412 ? PHE E 396 ALA E 412 1 ? 17 HELX_P HELX_P192 AV3 SER O 414 ? GLY O 430 ? SER E 414 GLY E 430 1 ? 17 HELX_P HELX_P193 AV4 ASP O 436 ? SER O 448 ? ASP E 436 SER E 448 1 ? 13 HELX_P HELX_P194 AV5 HIS O 452 ? ASP O 466 ? HIS E 452 ASP E 466 1 ? 15 HELX_P HELX_P195 AV6 GLN O 469 ? VAL O 488 ? GLN E 469 VAL E 488 1 ? 20 HELX_P HELX_P196 AV7 ASP O 503 ? SER O 515 ? ASP E 503 SER E 515 1 ? 13 HELX_P HELX_P197 AV8 VAL O 521 ? 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N ALA J 297 O TYR Q 354 ? O TYR J 354 AC6 3 4 O HIS Q 359 ? O HIS J 359 N LYS Q 324 ? N LYS J 324 AC7 1 2 O ARG R 15 ? O ARG O 15 N LEU R 7 ? N LEU O 7 AC7 2 3 N HIS R 3 ? N HIS O 3 O ALA R 70 ? O ALA O 70 AC7 3 4 O ILE R 71 ? O ILE O 71 N LYS R 56 ? N LYS O 56 AC7 4 5 O LEU R 57 ? O LEU O 57 N VAL R 50 ? N VAL O 50 AC8 1 2 N ILE R 119 ? N ILE O 119 O GLU R 122 ? O GLU O 122 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 MET C 18 ? ? 82.36 175.06 2 1 MET H 18 ? ? 82.36 175.06 3 1 GLN N 73 ? ? 76.62 -1.56 4 1 PRO N 122 ? ? -80.93 48.52 5 1 ASN B 173 ? ? 66.04 79.32 6 1 LEU B 317 ? ? -99.50 31.95 7 1 LEU B 436 ? ? 62.37 65.87 8 1 TYR G 45 ? ? -97.99 31.17 9 1 ASP G 98 ? ? 79.46 -1.08 10 1 THR G 335 ? ? -91.72 52.31 11 1 GLU G 502 ? ? 77.04 -1.78 12 1 MET G 517 ? ? -90.61 53.79 13 1 SER G 520 ? ? 78.82 -4.12 14 1 HIS L 166 ? ? 62.65 60.11 15 1 GLU M 284 ? ? -94.92 59.05 16 1 SER S 47 ? ? 78.09 -1.18 17 1 ALA S 63 ? ? -148.41 -159.31 18 1 MET D 18 ? ? 82.36 175.06 19 1 MET F 18 ? ? 82.36 175.06 20 1 GLN K 73 ? ? 76.62 -1.56 21 1 PRO K 122 ? ? -80.93 48.52 22 1 ASN A 173 ? ? 66.04 79.32 23 1 LEU A 317 ? ? -99.50 31.95 24 1 LEU A 436 ? ? 62.37 65.87 25 1 TYR E 45 ? ? -97.99 31.17 26 1 ASP E 98 ? ? 79.46 -1.08 27 1 THR E 335 ? ? -91.72 52.31 28 1 GLU E 502 ? ? 77.04 -1.78 29 1 MET E 517 ? ? -90.61 53.79 30 1 SER E 520 ? ? 78.82 -4.12 31 1 HIS I 166 ? ? 62.65 60.11 32 1 GLU J 284 ? ? -94.92 59.05 33 1 SER O 47 ? ? 78.09 -1.18 34 1 ALA O 63 ? ? -148.41 -159.31 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _pdbx_entry_details.entry_id 8D4D _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.entry_id 8D4D _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? ? ? 6CM9 1 ? ? 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C N N 338 SER O O N N 339 SER CB C N N 340 SER OG O N N 341 SER OXT O N N 342 SER H H N N 343 SER H2 H N N 344 SER HA H N N 345 SER HB2 H N N 346 SER HB3 H N N 347 SER HG H N N 348 SER HXT H N N 349 THR N N N N 350 THR CA C N S 351 THR C C N N 352 THR O O N N 353 THR CB C N R 354 THR OG1 O N N 355 THR CG2 C N N 356 THR OXT O N N 357 THR H H N N 358 THR H2 H N N 359 THR HA H N N 360 THR HB H N N 361 THR HG1 H N N 362 THR HG21 H N N 363 THR HG22 H N N 364 THR HG23 H N N 365 THR HXT H N N 366 TRP N N N N 367 TRP CA C N S 368 TRP C C N N 369 TRP O O N N 370 TRP CB C N N 371 TRP CG C Y N 372 TRP CD1 C Y N 373 TRP CD2 C Y N 374 TRP NE1 N Y N 375 TRP CE2 C Y N 376 TRP CE3 C Y N 377 TRP CZ2 C Y N 378 TRP CZ3 C Y N 379 TRP CH2 C Y N 380 TRP OXT O N N 381 TRP H H N N 382 TRP H2 H N N 383 TRP HA H N N 384 TRP HB2 H N N 385 TRP HB3 H N N 386 TRP HD1 H N N 387 TRP HE1 H N N 388 TRP HE3 H N N 389 TRP HZ2 H N N 390 TRP HZ3 H N N 391 TRP HH2 H N N 392 TRP HXT H N N 393 TYR N N N N 394 TYR CA C N S 395 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sing N N 49 ASN CG OD1 doub N N 50 ASN CG ND2 sing N N 51 ASN ND2 HD21 sing N N 52 ASN ND2 HD22 sing N N 53 ASN OXT HXT sing N N 54 ASP N CA sing N N 55 ASP N H sing N N 56 ASP N H2 sing N N 57 ASP CA C sing N N 58 ASP CA CB sing N N 59 ASP CA HA sing N N 60 ASP C O doub N N 61 ASP C OXT sing N N 62 ASP CB CG sing N N 63 ASP CB HB2 sing N N 64 ASP CB HB3 sing N N 65 ASP CG OD1 doub N N 66 ASP CG OD2 sing N N 67 ASP OD2 HD2 sing N N 68 ASP OXT HXT sing N N 69 CYS N CA sing N N 70 CYS N H sing N N 71 CYS N H2 sing N N 72 CYS CA C sing N N 73 CYS CA CB sing N N 74 CYS CA HA sing N N 75 CYS C O doub N N 76 CYS C OXT sing N N 77 CYS CB SG sing N N 78 CYS CB HB2 sing N N 79 CYS CB HB3 sing N N 80 CYS SG HG sing N N 81 CYS OXT HXT sing N N 82 GLN N CA sing N N 83 GLN N H sing N N 84 GLN N H2 sing N N 85 GLN CA C sing N N 86 GLN CA CB sing N N 87 GLN CA HA sing N N 88 GLN C O doub N N 89 GLN C OXT sing N N 90 GLN CB CG sing N N 91 GLN CB HB2 sing N N 92 GLN CB HB3 sing N N 93 GLN CG CD sing N 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N N 175 GTP N2 HN21 sing N N 176 GTP N2 HN22 sing N N 177 GTP N3 C4 sing N N 178 HIS N CA sing N N 179 HIS N H sing N N 180 HIS N H2 sing N N 181 HIS CA C sing N N 182 HIS CA CB sing N N 183 HIS CA HA sing N N 184 HIS C O doub N N 185 HIS C OXT sing N N 186 HIS CB CG sing N N 187 HIS CB HB2 sing N N 188 HIS CB HB3 sing N N 189 HIS CG ND1 sing Y N 190 HIS CG CD2 doub Y N 191 HIS ND1 CE1 doub Y N 192 HIS ND1 HD1 sing N N 193 HIS CD2 NE2 sing Y N 194 HIS CD2 HD2 sing N N 195 HIS CE1 NE2 sing Y N 196 HIS CE1 HE1 sing N N 197 HIS NE2 HE2 sing N N 198 HIS OXT HXT sing N N 199 ILE N CA sing N N 200 ILE N H sing N N 201 ILE N H2 sing N N 202 ILE CA C sing N N 203 ILE CA CB sing N N 204 ILE CA HA sing N N 205 ILE C O doub N N 206 ILE C OXT sing N N 207 ILE CB CG1 sing N N 208 ILE CB CG2 sing N N 209 ILE CB HB sing N N 210 ILE CG1 CD1 sing N N 211 ILE CG1 HG12 sing N N 212 ILE CG1 HG13 sing N N 213 ILE CG2 HG21 sing N N 214 ILE CG2 HG22 sing N N 215 ILE CG2 HG23 sing N N 216 ILE CD1 HD11 sing N N 217 ILE CD1 HD12 sing N N 218 ILE CD1 HD13 sing N N 219 ILE OXT HXT sing N N 220 LEU N CA sing N N 221 LEU N H sing N N 222 LEU N H2 sing N N 223 LEU CA C sing N N 224 LEU CA CB sing N N 225 LEU CA HA sing N N 226 LEU C O doub N N 227 LEU C OXT sing N N 228 LEU CB CG sing N N 229 LEU CB HB2 sing N N 230 LEU CB HB3 sing N N 231 LEU CG CD1 sing N N 232 LEU CG CD2 sing N N 233 LEU CG HG sing N N 234 LEU CD1 HD11 sing N N 235 LEU CD1 HD12 sing N N 236 LEU CD1 HD13 sing N N 237 LEU CD2 HD21 sing N N 238 LEU CD2 HD22 sing N N 239 LEU CD2 HD23 sing N N 240 LEU OXT HXT sing N N 241 LYS N CA sing N N 242 LYS N H sing N N 243 LYS N H2 sing N N 244 LYS CA C sing N N 245 LYS CA CB sing N N 246 LYS CA HA sing N N 247 LYS C O doub N N 248 LYS C OXT sing N N 249 LYS CB CG sing N N 250 LYS CB HB2 sing N N 251 LYS CB HB3 sing N N 252 LYS CG CD sing N N 253 LYS CG HG2 sing N N 254 LYS CG HG3 sing N N 255 LYS CD CE sing N N 256 LYS CD HD2 sing N N 257 LYS CD HD3 sing N N 258 LYS CE NZ sing N N 259 LYS 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 3 2 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The images were gain-normalized' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3 _em_image_recording.average_exposure_time 3 _em_image_recording.details 'Tilt images were collected in movie-mode. Each movie/tilt consisted of 3-4 frames each' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 123 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 25 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' ? Dynamo 1.1.532 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? NOVACTF ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.14 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF ChimeraX' 1.3 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.20-4459 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ;Tubes were annotated by tracing the center of the tube in Dynamo and recording the average apparent diameter. Initial subtomogram positions were picked using uniform radial and axial sampling. ; _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 38 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 29941 _em_volume_selection.reference_model Reference-free # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'F32 AI152971' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'R01 AI120691' 2 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'P50 AI150476' 3 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 GTP ? ? GTP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6CM9 2 'experimental model' PDB 4EN2 # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 8D4D _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C MG N O P # loop_