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EMDB EMD-27183 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on MHC-I lipopeptide incorporated wide(r) membrane tubes' _pdbx_database_related.db_id EMD-27183 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8D4E _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-01 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Hooy, R.M.' 1 0000-0001-8917-0249 'Hurley, J.H.' 2 0000-0001-5054-5445 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first eadd3914 _citation.page_last eadd3914 _citation.title 'Self-assembly and structure of a clathrin-independent AP-1:Arf1 tubular membrane coat.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.add3914 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36269825 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hooy, R.M.' 1 0000-0001-8917-0249 primary 'Iwamoto, Y.' 2 0000-0002-6747-1590 primary 'Tudorica, D.A.' 3 0000-0003-0337-5150 primary 'Ren, X.' 4 0000-0002-4822-4316 primary 'Hurley, J.H.' 5 0000-0001-5054-5445 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8D4E _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8D4E _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'ADP-ribosylation factor 1' 20590.547 3 ? ? ? 'N-terminal myristoylation' 2 polymer man 'Protein Nef' 24154.049 2 ? ? ? 'N-terminal myristoylation' 3 polymer man 'HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain' 4139.429 1 ? 'T345S, S349G, G355S, C363A' ? ? 4 polymer man 'AP-1 complex subunit beta-1' 104736.461 1 ? 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mu-1,Adaptor-related protein complex 1 subunit mu-1,Clathrin assembly protein complex 1 mu-1 medium chain 1,Clathrin coat assembly protein AP47,Clathrin coat-associated protein AP47,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin mu-1 subunit,Mu-adaptin 1,Mu1A-adaptin ; 7 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1C,Adaptor-related protein complex 1 subunit sigma-1C,Clathrin assembly protein complex 1 sigma-1C small chain,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin sigma-1C subunit,Sigma 1C subunit of AP-1 clathrin,Sigma-adaptin 1C,Sigma1C-adaptin ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; C,H,Z ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH ; ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH ; N,L ? 3 'polypeptide(L)' no no CRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH CRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH Y ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQG 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GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ ; G ? 6 'polypeptide(L)' no no ;SASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLVF SFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRS EGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQC VRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDAD SPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKS GYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; ;SASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLVF SFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRS EGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQC VRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDAD SPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKS GYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; S ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 ASN n 1 3 ILE n 1 4 PHE n 1 5 ALA n 1 6 ASN n 1 7 LEU n 1 8 PHE n 1 9 LYS n 1 10 GLY n 1 11 LEU n 1 12 PHE n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 LYS n 1 16 GLU n 1 17 MET n 1 18 ARG n 1 19 ILE n 1 20 LEU n 1 21 MET n 1 22 VAL n 1 23 GLY n 1 24 LEU n 1 25 ASP n 1 26 ALA n 1 27 ALA n 1 28 GLY n 1 29 LYS n 1 30 THR n 1 31 THR n 1 32 ILE n 1 33 LEU n 1 34 TYR n 1 35 LYS n 1 36 LEU n 1 37 LYS n 1 38 LEU n 1 39 GLY n 1 40 GLU n 1 41 ILE n 1 42 VAL n 1 43 THR n 1 44 THR n 1 45 ILE n 1 46 PRO n 1 47 THR n 1 48 ILE n 1 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n 1 137 GLU n 1 138 ILE n 1 139 THR n 1 140 ASP n 1 141 LYS n 1 142 LEU n 1 143 GLY n 1 144 LEU n 1 145 HIS n 1 146 SER n 1 147 LEU n 1 148 ARG n 1 149 HIS n 1 150 ARG n 1 151 ASN n 1 152 TRP n 1 153 TYR n 1 154 ILE n 1 155 GLN n 1 156 ALA n 1 157 THR n 1 158 CYS n 1 159 ALA n 1 160 THR n 1 161 SER n 1 162 GLY n 1 163 ASP n 1 164 GLY n 1 165 LEU n 1 166 TYR n 1 167 GLU n 1 168 GLY n 1 169 LEU n 1 170 ASP n 1 171 TRP n 1 172 LEU n 1 173 SER n 1 174 ASN n 1 175 GLN n 1 176 LEU n 1 177 ARG n 1 178 ASN n 1 179 GLN n 1 180 LYS n 2 1 GLY n 2 2 GLY n 2 3 LYS n 2 4 TRP n 2 5 SER n 2 6 LYS n 2 7 SER n 2 8 SER n 2 9 VAL n 2 10 ILE n 2 11 GLY n 2 12 TRP n 2 13 PRO n 2 14 ALA n 2 15 VAL n 2 16 ARG n 2 17 GLU n 2 18 ARG n 2 19 MET n 2 20 ARG n 2 21 ARG n 2 22 ALA n 2 23 GLU n 2 24 PRO n 2 25 ALA n 2 26 ALA n 2 27 ASP n 2 28 GLY n 2 29 VAL n 2 30 GLY n 2 31 ALA n 2 32 VAL n 2 33 SER n 2 34 ARG n 2 35 ASP n 2 36 LEU n 2 37 GLU n 2 38 LYS n 2 39 HIS n 2 40 GLY n 2 41 ALA n 2 42 ILE n 2 43 THR n 2 44 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ARF1_HUMAN P84077 ? 1 ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; 2 2 UNP Q90VU7_9HIV1 Q90VU7 ? 2 ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC ; 2 3 UNP HLAA_HUMAN P04439 ? 3 RKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSLTACKV 334 4 UNP AP1B1_HUMAN Q10567 ? 4 ;MTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQ PDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQG FLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSI CERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHE MKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQ TKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQV QLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLL DELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPP VSGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPK AVWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTV GSVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSS NIFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN ; 1 5 UNP AP1G1_MOUSE P22892 ? 5 ;MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFT DKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALC AVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGI SDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNN DKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADC ASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCI GEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQ QRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGP ; 1 6 UNP AP1M1_MOUSE P35585 ? 6 ;SASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLVF SFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRS EGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQC VRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDAD SPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKS GYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; 2 7 UNP AP1S3_HUMAN Q96PC3 ? 7 ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8D4E C 1 ? 180 ? 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'expression tag' 213 33 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 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SER N 187 PHE N 191 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 HIS C 192 ? HIS C 198 ? HIS N 193 HIS N 199 1 ? 7 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP D 19 ? SER D 23 ? ASP Y 351 SER Y 355 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 ILE E 15 ? ASN E 23 ? ILE B 15 ASN B 23 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS E 26 ? GLY E 44 ? LYS B 26 GLY B 44 1 ? 19 HELX_P HELX_P25 AC7 VAL E 47 ? ALA E 49 ? VAL B 47 ALA B 49 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU E 50 ? CYS E 57 ? LEU B 50 CYS B 57 1 ? 8 HELX_P HELX_P27 AC9 ASN E 62 ? TYR E 76 ? ASN B 62 TYR B 76 1 ? 15 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO E 81 ? MET E 86 ? PRO B 81 MET B 86 5 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 ALA E 87 ? CYS E 95 ? ALA B 87 CYS B 95 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN E 99 ? ILE E 113 ? ASN B 99 ILE B 113 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU E 122 ? LYS E 131 ? LEU B 122 LYS B 131 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP E 134 ? ASN E 152 ? ASP B 134 ASN B 152 1 ? 19 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN E 152 ? GLY E 160 ? ASN B 152 GLY B 160 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY E 160 ? ILE E 169 ? 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VAL G 521 PHE G 537 1 ? 17 HELX_P HELX_P91 AK1 ARG F 543 ? GLY F 552 ? ARG G 543 GLY G 552 1 ? 10 HELX_P HELX_P92 AK2 ASP F 556 ? TYR F 573 ? ASP G 556 TYR G 573 1 ? 18 HELX_P HELX_P93 AK3 ARG F 577 ? LEU F 581 ? ARG G 577 LEU G 581 5 ? 5 HELX_P HELX_P94 AK4 ASP H 25 ? GLU H 30 ? ASP M 26 GLU M 31 5 ? 6 HELX_P HELX_P95 AK5 HIS H 31 ? GLU H 42 ? HIS M 32 GLU M 43 1 ? 12 HELX_P HELX_P96 AK6 CYS H 75 ? PHE H 94 ? CYS M 76 PHE M 95 1 ? 20 HELX_P HELX_P97 AK7 GLU H 98 ? ARG H 103 ? GLU M 99 ARG M 104 1 ? 6 HELX_P HELX_P98 AK8 ASN H 105 ? LEU H 116 ? ASN M 106 LEU M 117 1 ? 12 HELX_P HELX_P99 AK9 ASP H 126 ? GLU H 132 ? ASP M 127 GLU M 133 1 ? 7 HELX_P HELX_P100 AL1 PRO H 149 ? ASN H 154 ? PRO M 150 ASN M 155 1 ? 6 HELX_P HELX_P101 AL2 ASP H 215 ? GLY H 223 ? ASP M 216 GLY M 224 1 ? 9 HELX_P HELX_P102 AL3 ARG H 242 ? ARG H 250 ? ARG M 243 ARG M 251 1 ? 9 HELX_P HELX_P103 AL4 PRO I 24 ? SER I 41 ? PRO S 24 SER S 41 1 ? 18 HELX_P HELX_P104 AL5 GLU I 77 ? GLY I 96 ? 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Z GTP 1001 Z MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLY _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 129 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id C _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLY _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 130 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id N _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 130 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 C _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 131 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 N _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -0.88 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? 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G HIS 191 673 1 Y 1 L HIS 193 ? G HIS 192 674 1 Y 1 L VAL 194 ? G VAL 193 675 1 Y 1 L ALA 195 ? G ALA 194 676 1 Y 1 L ARG 196 ? G ARG 195 677 1 Y 1 L GLU 197 ? G GLU 196 678 1 Y 1 L LEU 198 ? G LEU 197 679 1 Y 1 L HIS 199 ? G HIS 198 680 1 Y 1 L PRO 200 ? G PRO 199 681 1 Y 1 L GLU 201 ? G GLU 200 682 1 Y 1 L TYR 202 ? G TYR 201 683 1 Y 1 L PHE 203 ? G PHE 202 684 1 Y 1 L LYS 204 ? G LYS 203 685 1 Y 1 L ASN 205 ? G ASN 204 686 1 Y 1 L CYS 206 ? G CYS 205 687 1 Y 1 L GLY 207 ? G GLY 206 688 1 Y 1 L HIS 208 ? G HIS 207 689 1 Y 1 L HIS 209 ? G HIS 208 690 1 Y 1 L HIS 210 ? G HIS 209 691 1 Y 1 L HIS 211 ? G HIS 210 692 1 Y 1 L HIS 212 ? G HIS 211 693 1 Y 1 L HIS 213 ? G HIS 212 694 1 Y 1 M GLY 139 ? H GLY 138 695 1 Y 1 M HIS 140 ? H HIS 139 696 1 Y 1 M LYS 141 ? H LYS 140 697 1 Y 1 M LEU 142 ? H LEU 141 698 1 Y 1 M GLU 143 ? H GLU 142 699 1 Y 1 M THR 144 ? H THR 143 700 1 Y 1 M GLY 145 ? H GLY 144 701 1 Y 1 S GLU 143 ? I GLU 143 702 1 Y 1 S VAL 144 ? I VAL 144 703 1 Y 1 S SER 145 ? I SER 145 704 1 Y 1 S THR 146 ? I THR 146 705 1 Y 1 S VAL 147 ? I VAL 147 706 1 Y 1 S SER 148 ? I SER 148 707 1 Y 1 S GLN 149 ? I GLN 149 708 1 Y 1 S THR 150 ? I THR 150 709 1 Y 1 S MET 151 ? I MET 151 710 1 Y 1 S GLY 152 ? I GLY 152 711 1 Y 1 S GLU 153 ? I GLU 153 712 1 Y 1 S ARG 154 ? I ARG 154 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? HEPES 1 2 125 mM KOAc 'potassium acetate' 1 3 2 mM ? 'magnesium chloride' 1 4 1 mM ? DTT # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY' _em_ctf_correction.details ;CTF was estimated on a per-tilt basis in IMOD (4.11) using CTFPLOTTER. The results were used as input to NOVACTF during 3DCTF correction. ; # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 2 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 3 2 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The images were gain-normalized' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3 _em_image_recording.average_exposure_time 3 _em_image_recording.details 'Tilt images were collected in movie-mode. Each movie/tilt consisted of 3-4 frames each' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 123 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 25 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' ? Dynamo 1.1.532 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? NOVACTF ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.14 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF ChimeraX' 1.3 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.20-4459 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ;Tubes were annotated by tracing the center of the tube in Dynamo and recording the average apparent diameter. Initial subtomogram positions were picked using uniform radial and axial sampling. ; _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 24 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 25534 _em_volume_selection.reference_model Reference-free # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'F32 AI152971' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'R01 AI120691' 2 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'P50 AI150476' 3 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 GTP ? ? GTP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" GTP 9 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6CM9 2 'experimental model' PDB 4EN2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #