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'Hastie, K.M.' 2 ? primary 'Davis, C.W.' 3 ? primary 'Avalos, R.D.' 4 ? primary 'Williams, D.' 5 ? primary 'Parekh, D.' 6 ? primary 'Hui, S.' 7 ? primary 'Mann, C.' 8 ? primary 'Hariharan, C.' 9 ? primary 'Takada, A.' 10 ? primary 'Ahmed, R.' 11 ? primary 'Saphire, E.O.' 12 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8DPM _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? 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;EVQLVESGGDLVQPGGSLRLSCAASGITLSGVWMNWVRQAPGKGLEWIGRIKSTSDGGRADFAAPARGRFTMSRDESKNK LFLQMNNLGIEDTGMYYCFTRVQRDGTKDDFWGRGTLVTVSS ; I,D,N ? 5 'polypeptide(L)' no no ;QSVLTQPPSVSGAPGQTVTISCTGSYSNIGAGYDVQWYQHLPGTAPKLLIYDNVHRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGL QTEDEADYYCQSYDSRLRDQWVFGGGTKLTVL ; ;QSVLTQPPSVSGAPGQTVTISCTGSYSNIGAGYDVQWYQHLPGTAPKLLIYDNVHRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGL QTEDEADYYCQSYDSRLRDQWVFGGGTKLTVL ; J,E,O ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ILE n 1 2 PRO n 1 3 LEU n 1 4 GLY n 1 5 VAL n 1 6 ILE n 1 7 HIS n 1 8 ASN n 1 9 SER n 1 10 THR n 1 11 LEU n 1 12 GLN n 1 13 VAL n 1 14 SER n 1 15 ASP n 1 16 VAL n 1 17 ASP n 1 18 LYS n 1 19 LEU n 1 20 VAL n 1 21 CYS n 1 22 ARG n 1 23 ASP n 1 24 LYS n 1 25 LEU n 1 26 SER n 1 27 SER n 1 28 THR n 1 29 ASN n 1 30 GLN n 1 31 LEU n 1 32 ARG n 1 33 SER n 1 34 VAL n 1 35 GLY n 1 36 LEU n 1 37 ASN n 1 38 LEU n 1 39 GLU n 1 40 GLY n 1 41 ASN n 1 42 GLY n 1 43 VAL n 1 44 ALA n 1 45 THR n 1 46 ASP 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8DPM _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8DPM _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 17391 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.389 ? 23613 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 16.253 ? 6243 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.038 ? 2628 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3000 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8DPM _struct.title 'Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 9.20.1A2 Fab and 6D6 scFv bound' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8DPM _struct_keywords.text 'Antibody, Viral protein, glycoprotein, immune system, Ebola virus, VIRAL PROTEIN-Immune System complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/Immune System' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 1 ? L N N 2 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 5 ? P N N 6 ? Q N N 6 ? R N N 6 ? S N N 7 ? T N N 7 ? U N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 46 ? THR A 51 ? ASP F 78 THR F 83 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP B 51 ? THR B 75 ? ASP G 552 THR G 576 1 ? 25 HELX_P HELX_P3 AA3 SER B 82 ? TRP B 96 ? SER G 583 TRP G 597 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 AA4 THR D 28 ? VAL D 32 ? THR I 28 VAL I 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN E 81 ? GLU E 85 ? GLN J 81 GLU J 85 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP F 46 ? THR F 51 ? ASP A 78 THR A 83 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP G 51 ? THR G 75 ? ASP B 552 THR B 576 1 ? 25 HELX_P HELX_P8 AA8 SER G 82 ? TRP G 96 ? SER B 583 TRP B 597 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 AA9 THR I 28 ? VAL I 32 ? THR D 28 VAL D 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 GLN J 81 ? GLU J 85 ? GLN E 81 GLU E 85 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP K 46 ? THR K 51 ? ASP K 78 THR K 83 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP L 51 ? THR L 75 ? ASP L 552 THR L 576 1 ? 25 HELX_P HELX_P13 AB4 SER L 82 ? TRP L 96 ? SER L 583 TRP L 597 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 THR N 28 ? VAL N 32 ? THR N 28 VAL N 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 GLN O 81 ? GLU O 85 ? GLN O 81 GLU O 85 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 76 SG ? ? ? 1_555 A CYS 103 SG ? ? F CYS 108 F CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 89 SG ? ? ? 1_555 A CYS 115 SG ? ? F CYS 121 F CYS 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 10 SG ? ? ? 1_555 B CYS 55 SG ? ? G CYS 511 G CYS 556 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf4 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 161 SG ? ? ? 1_555 C CYS 226 SG ? ? H CYS 161 H CYS 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 98 SG ? ? I CYS 22 I CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf7 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 90 SG ? ? J CYS 22 J CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf8 disulf ? ? F CYS 76 SG ? ? ? 1_555 F CYS 103 SG ? ? A CYS 108 A CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf9 disulf ? ? F CYS 89 SG ? ? ? 1_555 F CYS 115 SG ? ? A CYS 121 A CYS 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf10 disulf ? ? G CYS 10 SG ? ? ? 1_555 G CYS 55 SG ? ? B CYS 511 B CYS 556 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf11 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG ? ? C CYS 22 C CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf12 disulf ? ? H CYS 161 SG ? ? ? 1_555 H CYS 226 SG ? ? C CYS 161 C CYS 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? I CYS 22 SG ? ? ? 1_555 I CYS 98 SG ? ? D CYS 22 D CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf14 disulf ? ? J CYS 22 SG ? ? ? 1_555 J CYS 90 SG ? ? E CYS 22 E CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf15 disulf ? ? K CYS 76 SG ? ? ? 1_555 K CYS 103 SG ? ? K CYS 108 K CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf16 disulf ? ? K CYS 89 SG ? ? ? 1_555 K CYS 115 SG ? ? K CYS 121 K CYS 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf17 disulf ? ? L CYS 10 SG ? ? ? 1_555 L CYS 55 SG ? ? L CYS 511 L CYS 556 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf18 disulf ? ? M CYS 22 SG ? ? ? 1_555 M CYS 96 SG ? ? M CYS 22 M CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? M CYS 161 SG ? ? ? 1_555 M CYS 226 SG ? ? M CYS 161 M CYS 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf20 disulf ? ? N CYS 22 SG ? ? ? 1_555 N CYS 98 SG ? ? N CYS 22 N CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf21 disulf ? ? O CYS 22 SG ? ? ? 1_555 O CYS 90 SG ? ? O CYS 22 O CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 196 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? F ASN 228 F NAG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 62 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? G ASN 563 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? F ASN 196 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 228 A NAG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? G ASN 62 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? B ASN 563 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? K ASN 196 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? K ASN 228 K NAG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? L ASN 62 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? L ASN 563 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale7 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale8 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale9 covale both ? P BMA . O6 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P BMA 3 P MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale10 covale both ? P BMA . O3 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P BMA 3 P MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale11 covale both ? P MAN . O3 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P MAN 4 P MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale12 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale13 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? Q NAG 2 Q BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale14 covale both ? Q BMA . O6 ? ? ? 1_555 Q MAN . C1 ? ? Q BMA 3 Q MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale15 covale both ? Q BMA . O3 ? ? ? 1_555 Q MAN . C1 ? ? Q BMA 3 Q MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale16 covale both ? Q MAN . O3 ? ? ? 1_555 Q MAN . C1 ? ? Q MAN 4 Q MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale17 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale18 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R BMA . C1 ? ? R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale19 covale both ? R BMA . O6 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale20 covale both ? R BMA . O3 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale21 covale both ? R MAN . O3 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R MAN 4 R MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 5 ? 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