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EMDB EMD-28128 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-12-14 2 'Structure model' 1 1 2024-06-19 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Data collection' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' chem_comp_atom 2 2 'Structure model' chem_comp_bond # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8EGR _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-09-13 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Upper tail structure of Staphylococcus phage Andhra' EMD-28128 'associated EM volume' EMDB . 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_citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first eade0459 _citation.page_last eade0459 _citation.title 'Structure and host specificity of Staphylococcus epidermidis bacteriophage Andhra.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.ade0459 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36449623 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hawkins, N.C.' 1 0000-0001-9701-6292 primary 'Kizziah, J.L.' 2 0000-0002-2608-8595 primary 'Hatoum-Aslan, A.' 3 0000-0003-2395-8900 primary 'Dokland, T.' 4 0000-0001-5655-4123 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'gp15, 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;LSKHTTTLYEIIESELQRLGLNEFVNNDRIHFNDSKHAFMQKMLYFDDDVKQIVDHMFFKGFMFNDERIDRYFKESFTLR FLYREIGRQTVESFASQVLYITMTHEDYIYRVYGSDMYKYIEQVTDTQSQDLGKAIENAIEQGQTKDRQQDKGHEEYKDY EDTITKSFDDNRTAESTLPQSKVNIDVDNTVLDYADTNTISRDKNTSETVSEKTGTKDNTFDSLRNGESDTKRNTQSQNE MNRTGLTKQYLIDNLQKLYSMRDTIFKTYDKECFLHIW ; J,I ? 4 'polypeptide(L)' no no ;LIIKHQMKLHLNELVDWAWRNGVTSEKFHSNNGSYVIFDHSAVVETYIINKNDLFNVTEEIEITLDKPIDYFLEKDMYGN YREHFGIAINDLLFLNTTVNIWLVNDDNSHILIYKDGKLIDEYMYHQFEYEANQNKHIYPNNKASGTYPHKTEQDVTPPK KQPDTKPLPPEEHTPKVRTIKTLNGTVMKDYTPVSSIQYVKSVGIIGDSVGKGAHASYNFGDYINEKTGAKIQNLSVSSA TMSEVKDNNILNQAKQLKDNELVIIQGTDDDWLFNSNAGVEVGNKITDTKTYIGAFYKVVETVKENNPKAKIVVITPTKQ AKIDDTGKVIRRDTDKNKKGYTLKTYVDSQVKATKDLGLALYNAYDDSLINPYDEKFRQSSMKDGLHPTKWGHEMMYYRI AETYHKNFD ; ;LIIKHQMKLHLNELVDWAWRNGVTSEKFHSNNGSYVIFDHSAVVETYIINKNDLFNVTEEIEITLDKPIDYFLEKDMYGN YREHFGIAINDLLFLNTTVNIWLVNDDNSHILIYKDGKLIDEYMYHQFEYEANQNKHIYPNNKASGTYPHKTEQDVTPPK KQPDTKPLPPEEHTPKVRTIKTLNGTVMKDYTPVSSIQYVKSVGIIGDSVGKGAHASYNFGDYINEKTGAKIQNLSVSSA TMSEVKDNNILNQAKQLKDNELVIIQGTDDDWLFNSNAGVEVGNKITDTKTYIGAFYKVVETVKENNPKAKIVVITPTKQ AKIDDTGKVIRRDTDKNKKGYTLKTYVDSQVKATKDLGLALYNAYDDSLINPYDEKFRQSSMKDGLHPTKWGHEMMYYRI AETYHKNFD ; K,L ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MAEEEKIIKEEPTNEETEQPEKIESAEDVVTEPEKEVTEEKSEAFVQLEQRISSLEQRLNNLESQPQPTQESSDPNFEDK TVPTEVDDNQETDGIESSEEIKQMLNL ; ;MAEEEKIIKEEPTNEETEQPEKIESAEDVVTEPEKEVTEEKSEAFVQLEQRISSLEQRLNNLESQPQPTQESSDPNFEDK TVPTEVDDNQETDGIESSEEIKQMLNL ; M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 TYR n 1 3 ILE n 1 4 ASN n 1 5 ASN n 1 6 GLY n 1 7 ARG n 1 8 ILE n 1 9 ASN n 1 10 TYR n 1 11 ASN n 1 12 ASN n 1 13 GLU n 1 14 TYR n 1 15 GLY n 1 16 TYR n 1 17 ARG n 1 18 ARG n 1 19 GLY n 1 20 ILE n 1 21 TYR n 1 22 ARG n 1 23 GLU n 1 24 PRO n 1 25 PHE n 1 26 TYR n 1 27 SER n 1 28 ASP n 1 29 ASN n 1 30 ALA n 1 31 ASP n 1 32 TYR n 1 33 ASN n 1 34 THR n 1 35 ASN n 1 36 SER n 1 37 LYS n 1 38 SER n 1 39 TYR n 1 40 TYR n 1 41 ASP n 1 42 TYR n 1 43 LEU n 1 44 ALA n 1 45 ARG n 1 46 PHE n 1 47 ASN n 1 48 GLY n 1 49 PHE n 1 50 ILE n 1 51 PHE n 1 52 GLU n 1 53 LEU n 1 54 CYS n 1 55 ASP n 1 56 PHE n 1 57 VAL n 1 58 ASN n 1 59 GLY n 1 60 LEU n 1 61 ALA n 1 62 ASP n 1 63 ASP n 1 64 ILE n 1 65 GLN n 1 66 LYS n 1 67 MET n 1 68 LYS n 1 69 ASP n 1 70 THR n 1 71 TYR n 1 72 GLU n 1 73 ALA n 1 74 LEU n 1 75 THR n 1 76 LEU n 1 77 SER n 1 78 ASN n 1 79 THR n 1 80 ASP n 1 81 VAL n 1 82 THR n 1 83 TYR n 1 84 THR n 1 85 VAL n 1 86 GLY n 1 87 GLN n 1 88 LYS n 1 89 GLY n 1 90 ASP n 1 91 PHE n 1 92 ASP n 1 93 THR n 1 94 LEU n 1 95 ASN n 1 96 HIS n 1 97 CYS n 1 98 PHE n 1 99 GLU n 1 100 HIS n 1 101 ILE n 1 102 GLU n 1 103 ASP n 1 104 LEU n 1 105 ILE n 1 106 VAL n 1 107 GLN n 1 108 PRO n 1 109 LYS n 1 110 SER n 1 111 ILE n 1 112 ARG n 1 113 VAL n 1 114 ILE n 1 115 LEU n 1 116 LEU n 1 117 LYS n 1 118 ASP n 1 119 TYR n 1 120 MET n 1 121 MET n 1 122 ARG n 1 123 GLU n 1 124 GLN n 1 125 LEU n 1 126 PHE n 1 127 LEU n 1 128 ARG n 1 129 ASP n 1 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X . n # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version dev_4290: _software.pdbx_ordinal 1 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8EGR _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8EGR _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 43194 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.626 ? 58270 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 17.360 ? 15836 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 6296 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 7736 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8EGR _struct.title 'Upper tail structure of Staphylococcus phage Andhra' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8EGR _struct_keywords.text 'phage tail, portal, receptor-binding protein, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 5 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 5 ? U N N 5 ? V N N 5 ? W N N 5 ? 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'expression tag' 6 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 'complete point assembly' ? 144-meric 144 2 'point asymmetric unit' ? 24-meric 24 3 'point asymmetric unit, std point frame' ? 24-meric 24 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 '(1-6)' A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 3 P A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? 0.39741187 0.91764035 0.00000000 -447.07567 -0.91764035 0.39741187 0.00000000 176.86103 0.00000000 0.00000000 1.00000000 -236.39816 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.00000000 0.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 1.00000000 0.00000000 0.00000 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 -0.86602540 0.00000000 464.40492 0.86602540 0.50000000 0.00000000 -124.43692 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 -0.86602540 0.00000000 804.37291 0.86602540 -0.50000000 0.00000000 215.53108 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 4 'point symmetry operation' ? ? -1.00000000 0.00000000 0.00000000 679.93599 0.00000000 -1.00000000 0.00000000 679.93600 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 5 'point symmetry operation' ? ? -0.50000000 0.86602540 0.00000000 215.53107 -0.86602540 -0.50000000 0.00000000 804.37292 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 6 'point symmetry operation' ? ? 0.50000000 0.86602540 0.00000000 -124.43693 -0.86602540 0.50000000 0.00000000 464.40492 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 35 ? 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parallel AE6 18 19 ? parallel AE7 1 2 ? parallel AE7 2 3 ? parallel AE8 1 2 ? parallel AE9 1 2 ? parallel AF1 1 2 ? parallel AF1 2 3 ? parallel AF1 3 4 ? parallel AF1 4 5 ? parallel AF1 5 6 ? parallel AF1 6 7 ? parallel AF1 7 8 ? parallel AF1 8 9 ? parallel AF1 9 10 ? parallel AF2 1 2 ? parallel AF3 1 2 ? parallel AF4 1 2 ? parallel AF4 2 3 ? parallel AF4 3 4 ? parallel AF5 1 2 ? parallel AF5 2 3 ? parallel AF5 3 4 ? parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF8 1 2 ? parallel AF8 2 3 ? parallel AF8 3 4 ? parallel AF8 4 5 ? parallel AF9 1 2 ? parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AG1 1 2 ? parallel AG1 2 3 ? parallel AG1 3 4 ? parallel AG1 4 5 ? parallel AG1 5 6 ? parallel AG1 6 7 ? parallel AG1 7 8 ? parallel AG1 8 9 ? parallel AG1 9 10 ? parallel AG1 10 11 ? parallel AG1 11 12 ? parallel AG1 12 13 ? parallel AG1 13 14 ? parallel AG1 14 15 ? parallel AG1 15 16 ? parallel AG1 16 17 ? parallel AG1 17 18 ? parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? parallel AG2 3 4 ? parallel AG2 4 5 ? 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