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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Sun, J.' 1 ? primary 'Kinman, L.F.' 2 ? primary 'Jahagirdar, D.' 3 ? primary 'Ortega, J.' 4 ? primary 'Davis, J.H.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8EYQ _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8EYQ 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RS4_ECOLI P0A7V8 ? 1 ;MARYLGPKLKLSRREGTDLFLKSGVRAIDTKCKIEQAPGQHGARKPRLSDYGVQLREKQKVRRIYGVLERQFRNYYKEAA RLKGNTGENLLALLEGRLDNVVYRMGFGATRAEARQLVSHKAIMVNGRVVNIASYQVSPNDVVSIREKAKKQSRVKAALE LAEQREKPTWLEVDAGKMEGTFKRKPERSDLSADINEHLIVELYSK ; 1 2 UNP RS5_ECOLI P0A7W1 ? 2 ;MAHIEKQAGELQEKLIAVNRVSKTVKGGRIFSFTALTVVGDGNGRVGFGYGKAREVPAAIQKAMEKARRNMINVALNNGT LQHPVKGVHTGSRVFMQPASEGTGIIAGGAMRAVLEVAGVHNVLAKAYGSTNPINVVRATIDGLENMNSPEMVAAKRGKS VEEILGK ; 1 3 UNP RS6_ECOLI P02358 ? 3 ;MRHYEIVFMVHPDQSEQVPGMIERYTAAITGAEGKIHRLEDWGRRQLAYPINKLHKAHYVLMNVEAPQEVIDELETTFRF NDAVIRSMVMRTKHAVTEASPMVKAKDERRERRDDFANETADDAEAGDSEEEEEE ; 1 4 UNP D7XKZ3_ECOLX D7XKZ3 ? 4 ;MSMQDPIADMLTRIRNGQAANKAAVTMPSSKLKVAIANVLKEEGFIEDFKVEGDTKPELELTLKYFQGKAVVESIQRVSR PGLRIYKRKDELPKVMAGLGIAVVSTSKGVMTDRAARQAGLGGEIICYVA ; 1 5 UNP RS11_ECO45 B7MCR3 ? 5 ;MAKAPIRARKRVRKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIK NLEVMVKGPGPGRESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRRV ; 1 6 UNP RS12_ECOLI P0A7S3 ? 6 ;MATVNQLVRKPRARKVAKSNVPALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVI LIRGGRVKDLPGVRYHTVRGALDCSGVKDRKQARSKYGVKRPKA ; 1 7 UNP D8EB41_ECOLX D8EB41 ? 7 ;MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQ LIERLGLRR ; 1 8 UNP C3SYP2_ECOLX C3SYP2 ? 8 ;MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNK AA ; 1 9 UNP A0A829A8C6_ECOLX A0A829A8C6 ? 9 ;MTDKIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVE KAVL ; 1 10 UNP A0A0E2KXL3_ECOU3 A0A0E2KXL3 ? 10 MARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ 1 11 UNP C3TRH7_ECOLX C3TRH7 ? 11 ;MANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLT AQINKLA ; 1 12 GB CP032808.1 1758835854 ? 12 ;AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGA AGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGA AACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUG GGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGA ACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGC CGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUU GACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAA UUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGA UACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACC GGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGG UAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACC GCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAU UCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGU GAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCC UUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUC AUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGA CCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCA GAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGU AGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAAC CUGCGGUUGGAUCACCUCCU ; 5557324 13 UNP RS3_ECO45 B7MCS9 ? 13 ;MGQKVHPNGIRLGIVKPWNSTWFANTKEFADNLDSDFKVRQYLTKELAKASVSRIVIERPAKSIRVTIHTARPGIVIGKK GEDVEKLRKVVADIAGVPAQINIAEVRKPELDAKLVADSITSQLERRVMFRRAMKRAVQNAMRLGAKGIKVEVSGRLGGA EIARTEWYREGRVPLHTLRADIDYNTSEAHTTYGVIGVKVWIFKGEILGGMAAVEQPEKPAAQPKKQQRKGRK ; 1 14 UNP A0A1X3LT86_ECOLX A0A1X3LT86 ? 14 ;MAENQYYGTGRRKSSAARVFIKPGNGKIVINQRSLEQYFGRETARMVVRQPLELVDMVEKLDLYITVKGGGISGQAGAIR HGITRALMEYDESLRSELRKAGFVTRDARQVERKKVGLRKARRRPQFSKR ; 1 15 UNP V0ANK5_ECOLX V0ANK5 ? 15 ;MQNQRIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPT EKTVDALMRLDLAAGVDVQISLG ; 1 16 UNP A0A7U9IV78_ECOLX A0A7U9IV78 ? 16 ;MARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRL MDLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; 1 17 UNP U9Y6H3_ECOLX U9Y6H3 ? 17 ;MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLS RIKVREAAMRGEIPGLKKASW ; 1 18 UNP S1EA57_ECOLX S1EA57 ? 18 ;MPRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTY RGHAADKKAKKK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8EYQ D 1 ? 206 ? 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S1EA57 1 ? 92 ? 1 92 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 2MG 'RNA linking' n "2N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C11 H16 N5 O8 P' 377.247 A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8EYQ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8EYQ _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 52336 ? f_bond_d ? ? 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L A 1508 N6 ? ? ? 1_555 L U 1528 O4 ? ? A A 1508 A U 1528 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog1496 hydrog ? ? L C 1509 N3 ? ? ? 1_555 L U 1527 N3 ? ? A C 1509 A U 1527 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_18_PAIR ? ? ? hydrog1497 hydrog ? ? L C 1509 N4 ? ? ? 1_555 L U 1527 O4 ? ? A C 1509 A U 1527 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_18_PAIR ? ? ? hydrog1498 hydrog ? ? L C 1510 N3 ? ? ? 1_555 L G 1525 N1 ? ? A C 1510 A G 1525 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog1499 hydrog ? ? L C 1510 N4 ? ? ? 1_555 L G 1525 O6 ? ? A C 1510 A G 1525 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog1500 hydrog ? ? L C 1510 O2 ? ? ? 1_555 L G 1525 N2 ? ? A C 1510 A G 1525 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog1501 hydrog ? ? L C 1510 N3 ? ? ? 1_555 L G 1526 N1 ? ? A C 1510 A G 1526 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog1502 hydrog ? ? L C 1510 N4 ? ? ? 1_555 L G 1526 O6 ? ? A C 1510 A G 1526 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog1503 hydrog ? ? L C 1510 O2 ? ? ? 1_555 L G 1526 N2 ? ? 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GLN L 29 ARG L 36 AB3 1 ARG H 8 ? ALA H 11 ? ARG P 8 ALA P 11 AB3 2 ARG H 14 ? ALA H 22 ? ARG P 14 ALA P 22 AB3 3 GLU H 34 ? PHE H 39 ? GLU P 34 PHE P 39 AB4 1 ARG H 8 ? ALA H 11 ? ARG P 8 ALA P 11 AB4 2 ARG H 14 ? ALA H 22 ? ARG P 14 ALA P 22 AB4 3 THR H 3 ? ARG H 5 ? THR P 3 ARG P 5 AB4 4 THR H 66 ? ILE H 67 ? THR P 66 ILE P 67 AB5 1 GLY I 10 ? SER I 14 ? GLY Q 10 SER Q 14 AB5 2 SER I 20 ? ALA I 24 ? SER Q 20 ALA Q 24 AB5 3 LYS I 43 ? HIS I 47 ? LYS Q 43 HIS Q 47 AB5 4 TRP I 73 ? GLU I 80 ? TRP Q 73 GLU Q 80 AB5 5 VAL I 58 ? GLU I 63 ? VAL Q 58 GLU Q 63 AB5 6 GLY I 10 ? SER I 14 ? GLY Q 10 SER Q 14 AB6 1 ARG I 27 ? LYS I 30 ? ARG Q 27 LYS Q 30 AB6 2 PHE I 37 ? ARG I 40 ? PHE Q 37 ARG Q 40 AB7 1 VAL M 52 ? GLU M 58 ? VAL C 52 GLU C 58 AB7 2 ILE M 64 ? THR M 70 ? ILE C 64 THR C 70 AB7 3 ALA M 99 ? GLU M 105 ? ALA C 99 GLU C 105 AB8 1 THR M 165 ? GLY M 171 ? THR C 165 GLY C 171 AB8 2 GLY M 148 ? SER M 154 ? GLY C 148 SER C 154 AB8 3 VAL M 195 ? PHE M 203 ? VAL C 195 PHE C 203 AB8 4 ILE M 182 ? TYR M 184 ? ILE C 182 TYR C 184 AB9 1 THR M 165 ? GLY M 171 ? THR C 165 GLY C 171 AB9 2 GLY M 148 ? SER M 154 ? GLY C 148 SER C 154 AB9 3 VAL M 195 ? PHE M 203 ? VAL C 195 PHE C 203 AB9 4 SER M 187 ? HIS M 190 ? SER C 187 HIS C 190 AC1 1 TYR N 6 ? GLY N 10 ? TYR I 6 GLY I 10 AC1 2 ALA N 16 ? PRO N 23 ? ALA I 16 PRO I 23 AC1 3 LEU N 61 ? LYS N 68 ? LEU I 61 LYS I 68 AC2 1 VAL N 29 ? ILE N 30 ? VAL I 29 ILE I 30 AC2 2 ARG N 33 ? SER N 34 ? ARG I 33 SER I 34 AC3 1 ILE O 40 ? PRO O 41 ? ILE J 40 PRO J 41 AC3 2 ARG O 62 ? ILE O 76 ? ARG J 62 ILE J 76 AC3 3 ARG O 45 ? LEU O 52 ? ARG J 45 LEU J 52 AC4 1 ILE O 40 ? PRO O 41 ? ILE J 40 PRO J 41 AC4 2 ARG O 62 ? ILE O 76 ? ARG J 62 ILE J 76 AC4 3 ILE O 6 ? ALA O 12 ? ILE J 6 ALA J 12 AC4 4 ASP O 97 ? SER O 101 ? ASP J 97 SER J 101 AC5 1 PHE Q 73 ? LEU Q 74 ? PHE N 73 LEU N 74 AC5 2 LEU Q 79 ? SER Q 80 ? LEU N 79 SER N 80 AC6 1 LEU R 31 ? ARG R 32 ? LEU S 31 ARG S 32 AC6 2 THR R 48 ? HIS R 52 ? THR S 48 HIS S 52 AC6 3 HIS R 57 ? PHE R 61 ? 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