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_citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Song, J.' 1 0000-0003-1376-1389 primary 'Gooding, A.R.' 2 0000-0002-5367-0038 primary 'Hemphill, W.O.' 3 0000-0002-8136-1574 primary 'Love, B.D.' 4 ? primary 'Robertson, A.' 5 ? primary 'Yao, L.' 6 0000-0001-8344-6531 primary 'Zon, L.I.' 7 0000-0003-0860-926X primary 'North, T.E.' 8 ? primary 'Kasinath, V.' 9 0000-0003-2686-0546 primary 'Cech, T.R.' 10 0000-0001-7338-3389 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Polycomb protein SUZ12' 83181.922 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Polycomb protein EED' 50267.691 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone-binding protein RBBP4' 47709.527 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone-lysine N-methyltransferase EZH2' 86149.055 2 2.1.1.356 ? ? ? 5 polymer man 'protein Jumonji isoform X3' 138406.219 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Zinc finger protein AEBP2' 54535.496 2 ? ? ? ? 7 polymer syn 'G4 RNA' 7955.823 1 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 14 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Chromatin precipitated E2F target 9 protein,ChET 9 protein,Joined to JAZF1 protein,Suppressor of zeste 12 protein homolog' 2 'hEED,Embryonic ectoderm development protein,WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1,WAIT-1' 3 ;Chromatin assembly factor 1 subunit C,CAF-1 subunit C,Chromatin assembly factor I p48 subunit,CAF-I p48,Nucleosome-remodeling factor subunit RBAP48,Retinoblastoma-binding protein 4,RBBP-4,Retinoblastoma-binding protein p48 ; 4 'ENX-1,Enhancer of zeste homolog 2,Lysine N-methyltransferase 6' 6 'Adipocyte enhancer-binding protein 2,AE-binding protein 2' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MAPQKHGGGGGGGSGPSAGSGGGGFGGSAAVAAATASGGKSGGGSCGGGGSYSASSSSSAAAAAGAAVLPVKKPKMEHVQ ADHELFLQAFEKPTQIYRFLRTRNLIAPIFLHRTLTYMSHRNSRTNIKRKTFKVDDMLSKVEKMKGEQESHSLSAHLQLT FTGFFHKNDKPSPNSENEQNSVTLEVLLVKVCHKKRKDVSCPIRQVPTGKKQVPLNPDLNQTKPGNFPSLAVSSNEFEPS NSHMVKSYSLLFRVTRPGRREFNGMINGETNENIDVNEELPARRKRNREDGEKTFVAQMTVFDKNRRLQLLDGEYEVAMQ EMEECPISKKRATWETILDGKRLPPFETFSQGPTLQFTLRWTGETNDKSTAPIAKPLATRNSESLHQENKPGSVKPTQTI AVKESLTTDLQTRKEKDTPNENRQKLRIFYQFLYNNNTRQQTEARDDLHCPWCTLNCRKLYSLLKHLKLCHSRFIFNYVY HPKGARIDVSINECYDGSYAGNPQDIHRQPGFAFSRNGPVKRTPITHILVCRPKRTKASMSEFLESEDGEVEQQRTYSSG HNRLYFHSDTCLPLRPQEMEVDSEDEKDPEWLREKTITQIEEFSDVNEGEKEVMKLWNLHVMKHGFIADNQMNHACMLFV ENYGQKIIKKNLCRNFMLHLVSMHDFNLISIMSIDKAVTKLREMQQKLEKGESASPANEEITEEQNGTANGFSEINSKEK ALETDSVSGVSKQSKKQKL ; ;MAPQKHGGGGGGGSGPSAGSGGGGFGGSAAVAAATASGGKSGGGSCGGGGSYSASSSSSAAAAAGAAVLPVKKPKMEHVQ 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IIAPAPAEDVDTPPRKKKRKHRLWAAHCRKIQLKKDGSSNHVYNYQPCDHPRQPCDSSCPCVIAQNFCEKFCQCSSECQN RFPGCRCKAQCNTKQCPCYLAVRECDPDLCLTCGAADHWDSKNVSCKNCSIQRGSKKHLLLAPSDVAGWGIFIKDPVQKN EFISEYCGEIISQDEADRRGKVYDKYMCSFLFNLNNDFVVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVMMVNGDHRIGIFAKRA IQTGEELFFDYRYSQADALKYVGIEREMEIP ; A,G ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSKERPKRNIIQKKYDDSDGIPWSEERVVRKVLYLSLKEFKNAQKRQHGEGIAGSLKSVNGLLGNDQSKALGPASEQSEN EKDDASQVSSTSNDVSSSDFEEGPSRKRPRLQAQRKFAQSQPNSPSTTPVKTVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTF LCLRGSPALPSSMVYFGSSQDEEDVEEEDDETEDVKTANNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSNRSTREKEPAQK HKSKETTPAKEKHIDHRADSRREPASVAQPTATPSAGSLAKGLPANHQPPPPHRSAQDLRKQVTLHVSKVNGVTRMSSLG AGTTSAKKIREVRPSPSKTVKYTATVTKGTVTYTKAKRELVKETKPTHHKPSSAVNHTISGKTESSNAKTRKQVLSLGGA STSTGPAASGLKASSRLNPKSCTKEVGGRQLREGLRNSKRRLEEAQQVDKPQSPPKKMKGAAGIAEAPGKKASAASAEKS LLNGHVKKEVPERSLERNRPKRATAGKNMPGKQAHGKAEGTPCENRSTSQPESSHKPHDPQGKPEKGIGKSGWTAMDEIP VLRPSAKEFHDPLIYIESVRAQVEKYGMCRVIPPPDWRPECKLNDEMRFVTQIQHIHKLGRRWGPNVQRLACIKKHLRSQ 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;MAAAITDMADLEELSRLSPLPPGSPGSAARGRAEPPEEEEEEEEEEEEAEAEAVAALLLNGGSGGGGGGGGGGVGGGEAE TMSEPSPESASQAGEDEDEEEDDEEEEDESSSSGGGEEESSAESLVGSSGGSSSDETRSLSPGAASSSSGDGDGKEGLEE PKGPRGSQGGGGGGSSSSSVVSSGGDEGYGTGGGGSSATSGGRRGSLEMSSDGEPLSRMDSEDSISSTIMDVDSTISSGR STPAMMNGQGSTTSSSKNIAYNCCWDQCQACFNSSPDLADHIRSIHVDGQRGGVFVCLWKGCKVYNTPSTSQSWLQRHML THSGDKPFKCVVGGCNASFASQGGLARHVPTHFSQQNSSKVSSQPKAKEESPSKAGMNKRRKLKNKRRRSLPRPHDFFDA QTLDAIRHRAICFNLSAHIESLGKGHSVVFHSTVIAKRKEDSGKIKLLLHWMPEDILPDVWVNESERHQLKTKVVHLSKL PKDTALLLDPNIYRTMPQKRLKRTLIRKVFNLYLSKQ ; ;MAAAITDMADLEELSRLSPLPPGSPGSAARGRAEPPEEEEEEEEEEEEAEAEAVAALLLNGGSGGGGGGGGGGVGGGEAE TMSEPSPESASQAGEDEDEEEDDEEEEDESSSSGGGEEESSAESLVGSSGGSSSDETRSLSPGAASSSSGDGDGKEGLEE PKGPRGSQGGGGGGSSSSSVVSSGGDEGYGTGGGGSSATSGGRRGSLEMSSDGEPLSRMDSEDSISSTIMDVDSTISSGR STPAMMNGQGSTTSSSKNIAYNCCWDQCQACFNSSPDLADHIRSIHVDGQRGGVFVCLWKGCKVYNTPSTSQSWLQRHML THSGDKPFKCVVGGCNASFASQGGLARHVPTHFSQQNSSKVSSQPKAKEESPSKAGMNKRRKLKNKRRRSLPRPHDFFDA 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loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? RELION 4.0-beta-2 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 SerialEM ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? RELION 4.0-beta-2 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? Coot ? OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? RELION 4.0-beta-2 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 4.0-beta-2 CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? RELION 4.0-beta-2 RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? RELION 4.0-beta-2 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? PHENIX ? 'VOLUME SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 15 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 17 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 18 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;We used streptavidin-affinity grid preparation method with biotin-labeled RNA at 100 nM concentration. PRC2 was applied in excess at 600 nM. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _ndb_struct_conf_na.entry_id 8FYH _ndb_struct_conf_na.feature 'double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 M G 3 1_555 M G 9 1_555 1.924 3.294 0.050 -18.120 -14.562 -82.308 1 M_G3:G9_M M 3 ? M 9 ? 6 3 1 M G 21 1_555 M G 15 1_555 -1.775 -3.354 0.265 9.221 21.560 81.447 2 M_G21:G15_M M 21 ? M 15 ? 6 3 1 M G 2 1_555 M G 8 1_555 1.922 3.111 0.343 8.912 -23.085 -91.700 3 M_G2:G8_M M 2 ? M 8 ? 6 3 1 M G 20 1_555 M G 14 1_555 -1.738 -3.213 -0.433 -8.722 19.506 92.235 4 M_G20:G14_M M 20 ? M 14 ? 6 3 1 M G 13 1_555 M G 19 1_555 1.328 3.496 -0.165 3.532 -11.864 -93.113 5 M_G13:G19_M M 13 ? M 19 ? 6 3 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 M G 3 1_555 M G 9 1_555 M G 21 1_555 M G 15 1_555 -1.383 -3.187 -0.246 18.675 -12.065 179.136 -1.594 0.691 -0.245 -6.033 -9.338 179.152 1 MM_G3G21:G15G9_MM M 3 ? M 9 ? M 21 ? M 15 ? 1 M G 21 1_555 M G 15 1_555 M G 2 1_555 M G 8 1_555 -1.454 -2.663 -3.594 14.177 -13.898 150.599 -1.434 0.691 -3.553 -7.179 -7.324 151.049 2 MM_G21G2:G8G15_MM M 21 ? M 15 ? M 2 ? M 8 ? 1 M G 2 1_555 M G 8 1_555 M G 20 1_555 M G 14 1_555 -1.238 -3.471 -0.159 10.216 -18.505 178.581 -1.736 0.619 -0.154 -9.253 -5.109 178.605 3 MM_G2G20:G14G8_MM M 2 ? M 8 ? M 20 ? M 14 ? # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Howard Hughes Medical Institute (HHMI)' 'United States' ? 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R00GM132544 2 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'MicroScale Thermophoresis (MST) was used to determine the stoichiometry of this complex' #