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3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 135 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 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'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8G86 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8G86 _struct.title 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8G86 _struct_keywords.text 'Oct4, Nucleosome, Histone, nMatn1 DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? 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J -73 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DT 4 1_555 J DA 183 1_555 I DG 5 1_555 J DC 182 1_555 0.693 0.709 3.217 2.857 4.454 35.330 0.510 -0.715 3.323 7.288 -4.674 35.712 1 II_DT-71DG-70:DC70DA71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 I DG 5 1_555 J DC 182 1_555 I DC 6 1_555 J DG 181 1_555 -0.744 -0.055 3.085 -7.066 5.892 37.609 -0.781 0.286 3.126 8.976 10.765 38.678 2 II_DG-70DC-69:DG69DC70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 I DC 6 1_555 J DG 181 1_555 I DA 7 1_555 J DT 180 1_555 -0.027 0.216 3.500 3.907 -0.273 40.784 0.340 0.495 3.482 -0.391 -5.590 40.964 3 II_DC-69DA-68:DT68DG69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 I DA 7 1_555 J DT 180 1_555 I DC 8 1_555 J DG 179 1_555 0.260 0.009 3.126 -2.468 -0.670 31.759 0.133 -0.903 3.096 -1.222 4.501 31.859 4 II_DA-68DC-67:DG67DT68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? J 67 ? 1 I DC 8 1_555 J DG 179 1_555 I DA 9 1_555 J DT 178 1_555 -0.286 -0.448 2.965 -2.957 -0.965 35.665 -0.602 0.078 2.989 -1.572 4.816 35.796 5 II_DC-67DA-66:DT66DG67_JJ I -67 ? J 67 ? I -66 ? J 66 ? 1 I DA 9 1_555 J DT 178 1_555 I DC 10 1_555 J DG 177 1_555 0.210 -0.133 3.326 8.679 -5.937 25.992 1.177 1.689 3.183 -12.564 -18.368 28.004 6 II_DA-66DC-65:DG65DT66_JJ I -66 ? J 66 ? I -65 ? J 65 ? 1 I DC 10 1_555 J DG 177 1_555 I DA 11 1_555 J DT 176 1_555 0.493 -0.519 3.966 1.519 10.634 31.435 -3.041 -0.560 3.623 18.948 -2.707 33.176 7 II_DC-65DA-64:DT64DG65_JJ I -65 ? J 65 ? I -64 ? J 64 ? 1 I DA 11 1_555 J DT 176 1_555 I DT 12 1_555 J DA 175 1_555 -0.659 -0.134 3.254 -1.902 -2.604 42.201 0.080 0.719 3.282 -3.610 2.637 42.319 8 II_DA-64DT-63:DA63DT64_JJ I -64 ? J 64 ? I -63 ? J 63 ? 1 I DT 12 1_555 J DA 175 1_555 I DG 13 1_555 J DC 174 1_555 0.112 1.067 3.820 6.915 17.407 36.143 -0.891 0.804 3.879 26.019 -10.336 40.564 9 II_DT-63DG-62:DC62DA63_JJ I -63 ? J 63 ? I -62 ? J 62 ? 1 I DG 13 1_555 J DC 174 1_555 I DC 14 1_555 J DG 173 1_555 1.090 0.594 2.924 -11.860 3.500 42.684 0.507 -2.391 2.586 4.692 15.899 44.358 10 II_DG-62DC-61:DG61DC62_JJ I -62 ? J 62 ? I -61 ? J 61 ? 1 I DC 14 1_555 J DG 173 1_555 I DT 15 1_555 J DA 172 1_555 -1.454 -0.708 2.795 3.416 12.617 22.970 -4.153 3.889 1.918 28.876 -7.819 26.386 11 II_DC-61DT-60:DA60DG61_JJ I -61 ? J 61 ? I -60 ? J 60 ? 1 I DT 15 1_555 J DA 172 1_555 I DA 16 1_555 J DT 171 1_555 0.184 -0.359 3.545 2.861 12.056 33.272 -2.486 0.147 3.230 20.204 -4.794 35.443 12 II_DT-60DA-59:DT59DA60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 I DA 16 1_555 J DT 171 1_555 I DA 17 1_555 J DT 170 1_555 -0.177 -0.196 3.318 -3.984 -0.479 36.382 -0.246 -0.275 3.321 -0.764 6.358 36.595 13 II_DA-59DA-58:DT58DT59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? J 58 ? 1 I DA 17 1_555 J DT 170 1_555 I DT 18 1_555 J DA 169 1_555 -0.440 -0.116 3.235 1.963 -2.479 35.710 0.163 0.993 3.207 -4.033 -3.194 35.845 14 II_DA-58DT-57:DA57DT58_JJ I -58 ? J 58 ? I -57 ? J 57 ? 1 I DT 18 1_555 J DA 169 1_555 I DA 19 1_555 J DT 168 1_555 0.524 1.571 3.401 -2.322 -2.118 39.967 2.539 -1.036 3.283 -3.093 3.391 40.086 15 II_DT-57DA-56:DT56DA57_JJ I -57 ? J 57 ? I -56 ? J 56 ? 1 I DA 19 1_555 J DT 168 1_555 I DT 20 1_555 J DA 167 1_555 -0.074 1.123 3.440 -0.837 -20.001 36.453 3.674 0.017 2.520 -29.410 1.231 41.424 16 II_DA-56DT-55:DA55DT56_JJ I -56 ? J 56 ? I -55 ? 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J -30 ? 1 I DC 105 1_555 J DG 82 1_555 I DA 106 1_555 J DT 81 1_555 -0.322 -0.480 3.514 -1.364 11.403 34.235 -2.483 0.316 3.207 18.729 2.240 36.055 102 II_DC30DA31:DT-31DG-30_JJ I 30 ? J -30 ? I 31 ? J -31 ? 1 I DA 106 1_555 J DT 81 1_555 I DC 107 1_555 J DG 80 1_555 0.374 -0.828 3.114 -0.009 7.231 27.985 -3.141 -0.753 2.816 14.644 0.018 28.886 103 II_DA31DC32:DG-32DT-31_JJ I 31 ? J -31 ? I 32 ? J -32 ? 1 I DC 107 1_555 J DG 80 1_555 I DG 108 1_555 J DC 79 1_555 0.114 1.044 3.426 0.331 0.938 40.295 1.404 -0.127 3.449 1.361 -0.480 40.307 104 II_DC32DG33:DC-33DG-32_JJ I 32 ? J -32 ? I 33 ? J -33 ? 1 I DG 108 1_555 J DC 79 1_555 I DT 109 1_555 J DA 78 1_555 0.389 -0.313 3.155 2.855 7.757 30.715 -1.935 -0.209 3.011 14.321 -5.271 31.781 105 II_DG33DT34:DA-34DC-33_JJ I 33 ? J -33 ? I 34 ? J -34 ? 1 I DT 109 1_555 J DA 78 1_555 I DA 110 1_555 J DT 77 1_555 -1.136 1.381 3.570 -2.911 -5.156 44.038 2.341 1.211 3.459 -6.839 3.861 44.415 106 II_DT34DA35:DT-35DA-34_JJ I 34 ? J -34 ? I 35 ? 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