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EMDB EMD-29850 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence' EMD-29850 'associated EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of Oct4 bound region)' EMD-29841 'other EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome)' EMD-29837 'other EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence' EMD-29843 'other EM volume' EMDB 'Nucleosome with human LIN28B sequence in complex with Human Oct4' EMD-29845 'other EM volume' EMDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence' EMD-29846 'other EM volume' PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human LIN28B sequence' 8G8E unspecified PDB 'Nucleosome with human LIN28B sequence in complex with Human Oct4' 8G8B unspecified PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence' 8G88 unspecified PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of Oct4 bound region)' 8G87 unspecified PDB 'Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome)' 8G86 unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8G8G _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-02-17 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sinha, K.K.' 1 0000-0001-7884-7664 'Bilokapic, S.' 2 0000-0003-2199-2929 'Du, Y.' 3 0000-0001-8015-6037 'Malik, D.' 4 0000-0001-5155-0262 'Halic, M.' 5 0000-0002-0061-7372 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 619 _citation.language ? _citation.page_first 378 _citation.page_last 384 _citation.title 'Histone modifications regulate pioneer transcription factor cooperativity.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-023-06112-6 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37225990 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sinha, K.K.' 1 ? primary 'Bilokapic, S.' 2 ? primary 'Du, Y.' 3 ? primary 'Malik, D.' 4 ? primary 'Halic, M.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8G8G _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8G8G _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3' 15303.930 2 ? ? ? 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'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 102 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 129 'African clawed frog' ? 'h2ac14.L, h2ac14, hist1h2aj, hist1h2aj.L, LOC494591' ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 122 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 395 human ? 'POU5F1, OCT3, OCT4, OTF3' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 182 'Homo sapiens' ? 9606 ? 6 1 sample 1 182 'Homo sapiens' ? 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 8G8G 8G8G ? 5 ? 1 6 PDB 8G8G 8G8G ? 6 ? 1 7 UNP PO5F1_HUMAN Q01860 ? 7 ;MAGHLASDFAFSPPPGGGGDGPGGPEPGWVDPRTWLSFQGPPGGPGIGPGVGPGSEVWGIPPCPPPYEFCGGMAYCGPQV GVGLVPQGGLETSQPEGEAGVGVESNSDGASPEPCTVTPGAVKLEKEKLEQNPEESQDIKALQKELEQFAKLLKQKRITL GYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQARKRKRTSIENR VRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDYAQREDFEAAGSPFSGGPVSFPLAPGPHF GTPGYGSPHFTALYSSVPFPEGEAFPPVSVTTLGSPMHSN ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8G8G A 1 ? 135 ? 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'expression tag' -3 36 11 8G8G PRO X 33 ? UNP Q01860 ? ? 'expression tag' -2 37 11 8G8G ASN X 34 ? UNP Q01860 ? ? 'expression tag' -1 38 11 8G8G SER X 35 ? UNP Q01860 ? ? 'expression tag' 0 39 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8G8G _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8G8G _struct.title 'Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8G8G _struct_keywords.text 'Oct4, Nucleosome, Pioneer factor, LIN28B DNA, iPSc, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? SER A 57 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 63 ? GLN A 76 ? ARG A 63 GLN A 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 85 ? ALA A 114 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 120 ? GLY A 132 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 24 ? ILE B 29 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 30 ? GLY B 41 ? 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J 73 ? I -72 ? J 72 ? 1 I DA 4 1_555 J DT 179 1_555 I DA 5 1_555 J DT 178 1_555 -0.341 -0.068 3.641 2.778 0.812 42.232 -0.186 0.787 3.611 1.125 -3.850 42.327 2 II_DA-72DA-71:DT71DT72_JJ I -72 ? J 72 ? I -71 ? J 71 ? 1 I DA 5 1_555 J DT 178 1_555 I DG 6 1_555 J DC 177 1_555 0.560 0.118 3.425 -4.103 3.579 30.438 -0.498 -1.877 3.314 6.749 7.737 30.910 3 II_DA-71DG-70:DC70DT71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 I DG 6 1_555 J DC 177 1_555 I DT 7 1_555 J DA 176 1_555 -0.303 -0.054 2.813 -7.289 1.524 33.880 -0.294 -0.465 2.811 2.576 12.323 34.665 4 II_DG-70DT-69:DA69DC70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 I DT 7 1_555 J DA 176 1_555 I DA 8 1_555 J DT 175 1_555 0.128 0.325 3.575 4.285 3.748 41.408 0.024 0.314 3.585 5.270 -6.026 41.781 5 II_DT-69DA-68:DT68DA69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 I DA 8 1_555 J DT 175 1_555 I DT 9 1_555 J DA 174 1_555 -0.425 -0.407 2.906 1.899 -2.060 28.076 -0.408 1.265 2.894 -4.232 -3.901 28.212 6 II_DA-68DT-67:DA67DT68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? 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