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_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SDS3_YEAST P40505 ? 1 ;MAIQKVSNKDLSRKDKRRFNIESKVNKIYQNFYSERDNQYKDRLTALQTDLTSLHQGDNGQYARQVRDLEEERDLELVRL RLFEEYRVSRSGIEFQEDIEKAKAEHEKLIKLCKERLYSSIEQKIKKLQEERLLMDVANVHSYAMNYSRPQYQKNTRSHT VSGWDSSSNEYGRDTANESATDTGAGNDRRTLRRRNASKDTRGNNNNQDESDFQTGNGSGSNGHGSRQGSQFPHFNNLTY KSGMNSDSDFLQGINEGTDLYAFLFGEKNPKDNANGNEKKKNRGAQRYSTKTAPPLQSLKPDEVTEDISLIRELTGQPPA PFRLRSD ; 1 2 UNP SIN3_YEAST P22579 ? 2 ;MSQVWHNSNSQSNDVATSNDATGSNERNEKEPSLQGNKPGFVQQQQRITLPSLSALSTKEEDRRDSNGQQALTSHAAHIL GYPPPHSNAMPSIATDSALKQPHEYHPRPKSSSSSPSINASLMNAGPAPLPTVGAASFSLSRFDNPLPIKAPVHTEEPKS YNGLQEEEKATQRPQDCKEVPAGVQPADAPDPSSNHADANDDNNNNENSHDEDADYRPLNVKDALSYLEQVKFQFSSRPD IYNLFLDIMKDFKSQAIDTPGVIERVSTLFRGYPILIQGFNTFLPQGYRIECSSNPDDPIRVTTPMGTTTVNNNISPSGR GTTDAQELGSFPESDGNGVQQPSNVPMVPSSVYQSEQNQDQQQSLPLLATSSGLPSIQQPEMPAHRQIPQSQSLVPQEDA KKNVDVEFSQAISYVNKIKTRFADQPDIYKHFLEILQTYQREQKPINEVYAQVTHLFQNAPDLLEDFKKFLPDSSASANQ QVQHAQQHAQQQHEAQMHAQAQAQAQAQAQVEQQKQQQQFLYPASGYYGHPSNRGIPQQNLPPIGSFSPPTNGSTVHEAY QDQQHMQPPHFMPLPSIVQHGPNMVHQGIANENPPLSDLRTSLTEQYAPSSIQHQQQHPQSISPIANTQYGDIPVRPEID LDPSIVPVVPEPTEPIENNISLNEEVTFFEKAKRYIGNKHLYTEFLKILNLYSQDILDLDDLVEKVDFYLGSNKELFTWF KNFVGYQEKTKCIENIVHEKHRLDLDLCEAFGPSYKRLPKSDTFMPCSGRDDMCWEVLNDEWVGHPVWASEDSGFIAHRK NQYEETLFKIEEERHEYDFYIESNLRTIQCLETIVNKIENMTENEKANFKLPPGLGHTSMTIYKKVIRKVYDKERGFEII DALHEHPAVTAPVVLKRLKQKDEEWRRAQREWNKVWRELEQKVFFKSLDHLGLTFKQADKKLLTTKQLISEISSIKVDQT NKKIHWLTPKPKSQLDFDFPDKNIFYDILCLADTFITHTTAYSNPDKERLKDLLKYFISLFFSISFEKIEESLYSHKQNV SESSGSDDGSSIASRKRPYQQEMSLLDILHRSRYQKLKRSNDEDGKVPQLSEPPEEEPNTIEEEELIDEEAKNPWLTGNL VEEANSQGIIQNRSIFNLFANTNIYIFFRHWTTIYERLLEIKQMNERVTKEINTRSTVTFAKDLDLLSSQLSEMGLDFVG EDAYKQVLRLSRRLINGDLEHQWFEESLRQAYNNKAFKLYTIDKVTQSLVKHAHTLMTDAKTAEIMALFVKDRNASTTSA KDQIIYRLQVRSHMSNTENMFRIEFDKRTLHVSIQYIALDDLTLKEPKADEDKWKYYVTSYALPHPTEGIPHEKLKIPFL ERLIEFGQDIDGTEVDEEFSPEGISVSTLKIKIQPITYQLHIENGSYDVFTRKATNKYPTIANDNTQKGMVSQKKELISK FLDCAVGLRNNLDEAQKLSMQKKWENLKDSIAKTSAGNQGIESETEKGKITKQEQSDNLDSSTASVLPASITTVPQDDNI ETTGNTESSDKGAKIQ ; 1 3 UNP SAP30_YEAST P38429 ? 3 ;MARPVNTNAETESRGRPTQGGGYASNNNGSCNNNNGSNNNNNNNNNNNNNSNNSNNNNGPTSSGRTNGKQRLTAAQQQYI KNLIETHITDNHPDLRPKSHPMDFEEYTDAFLRRYKDHFQLDVPDNLTLQGYLLGSKLGAKTYSYKRNTQGQHDKRIHKR DLANVVRRHFDEHSIKETDCIPQFIYKVKNQKKKFKMEFRG ; 1 4 UNP PHO23_YEAST P50947 ? 4 ;MSSPANLFPGLNDITDVLEEFPLATSRYLTLLHEIDAKCVHSMPNLNERIDKFLKKDFNKDHQTQVRLLNNINKIYEELM PSLEEKMHVSSIMLDNLDRLTSRLELAYEVAIKNTEIPRGLRLGVDNHPAMHLHHELMEKIESKSNSKSSQALKSESRRE AMAANRRQGEHYSASTHQQDDSKNDANYGGSRHESQDHTGNNTNSRKRANAANTNNADPETKKRKRRVATTAVSPSTIST ATAVNNGRIGTSTASRGVSSVGNSNNSRISRPKTNDYGEPLYCYCNQVAYGEMVGCDGADCELEWFHLPCIGLETLPKGK WYCDDCKKKL ; 1 5 UNP RXT2_YEAST P38255 ? 5 ;MTIRSSMKNNAELESKSVLANESNIISTFTRRIIKEKSGNYQVLKRSLDGKLIYPEATGISSNRGNKLLQRSEVVTRRDL NNSKPMIEQTVFYNGSEHRLLQTNIVTDSRRKRIKFTPDINVEPVLVGDENDIDGSEKEDENITDEYYGEEDDDDLSKLV NVKEILTPILSLGDIINHKTISRTFSSPILKNLALQIILMIEKEQMSVVRYSQFLEVFLGDHPEPIYESNLNLPSYNHNL TLPEDRGASDEDDINNKNNINEVNSNSLSTEAGHINNGMEEFGEEDPFFALPRLEQSNALLSLLPSSSGSASISTLTAAE QQQLNEEIESARQLSQIALQRNKEFIRNLQKIRKSVIKANRIRGRILNWSREYLGISDDDITIPVALRVVKRGLISATTN KTTNFEEEIENTMEDGVVDDNEPDEEANRA ; 1 6 UNP DEP1_YEAST P31385 ? 6 ;MSQQTPQESEQTTAKEQDLDQESVLSNIDFNTDLNHNLNLSEYCISSDAGTEKMDSDEEKSLANLPELKYAPKLSSLVKQ ETLTESLKRPHEDEKEAIDEAKKMKVPGENEDESKEEEKSQELEEAIDSKEKSTDARDEQGDEGDNEEENNEEDNENENE HTAPPALVMPSPIEMEEQRMTALKEITDIEYKFAQLRQKLYDNQLVRLQTELQMCLEGSHPELQVYYSKIAAIRDYKLHR AYQRQKYELSCINTETIATRTFIHQDFHKKVTDLRARLLNRTTQTWYDINKERRDMDIVIPDVNYHVPIKLDNKTLSCIT GYASAAQLCYPGEPVAEDLACESIEYRYRANPVDKLEVIVDRMRLNNEISDLEGLRKYFHSFPGAPELNPLRDSEINDDF HQWAQ ; 1 7 UNP RPD3_YEAST P32561 ? 7 ;MVYEATPFDPITVKPSDKRRVAYFYDADVGNYAYGAGHPMKPHRIRMAHSLIMNYGLYKKMEIYRAKPATKQEMCQFHTD EYIDFLSRVTPDNLEMFKRESVKFNVGDDCPVFDGLYEYCSISGGGSMEGAARLNRGKCDVAVNYAGGLHHAKKSEASGF CYLNDIVLGIIELLRYHPRVLYIDIDVHHGDGVEEAFYTTDRVMTCSFHKYGEFFPGTGELRDIGVGAGKNYAVNVPLRD GIDDATYRSVFEPVIKKIMEWYQPSAVVLQCGGDSLSGDRLGCFNLSMEGHANCVNYVKSFGIPMMVVGGGGYTMRNVAR TWCFETGLLNNVVLDKDLPYNEYYEYYGPDYKLSVRPSNMFNVNTPEYLDKVMTNIFANLENTKYAPSVQLNHTPRDAED LGDVEEDSAEAKDTKGGSQYARDLHVEHDNEFY ; 1 8 UNP RXT3_YEAST Q07458 ? 8 ;MSVSEQDPNRAYRETQSQIYKLQETLLNSARTKNKQEEGQESNTHSFPEQYMHYQNGRNSAYDLPNVSSQSVLAFTEKHY PNKLKNLGTLYYNRFKEGSFDEDSTSYSDRHSFPYNLYDNTLPPPFLPAIGIQNINNIATLKITYEDIQASFNNIESPRK RNNEIWGCDIYSDDSDPILVLRHCGFKIGAPSGGSFHKLRRTPVNVTNQDNVTGNLPLLEGTPFDLEVELLFLPTLQKYP SVKRFDITSREWGSEATVIHDGLSYGIYSIVIKQRLDRDKPHEPNGYIKNLKWT ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8GA8 H 1 ? 327 ? 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'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8GA8 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8GA8 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 22481 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.528 ? 30317 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.604 ? 2943 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.038 ? 3282 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 3894 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8GA8 _struct.title 'Structure of the yeast (HDAC) Rpd3L complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8GA8 _struct_keywords.text 'HDAC, Silencing, chromatin, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 2 ? K N N 9 ? L N N 9 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 11 ? GLU A 35 ? LEU H 11 GLU H 35 1 ? 25 HELX_P HELX_P2 AA2 GLU A 35 ? GLN A 56 ? GLU H 35 GLN H 56 1 ? 22 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 59 ? LEU A 117 ? ASN H 59 LEU H 117 1 ? 59 HELX_P HELX_P4 AA4 LYS A 300 ? GLY A 316 ? LYS H 300 GLY H 316 1 ? 17 HELX_P HELX_P5 AA5 ILE B 660 ? GLY B 677 ? ILE A 660 GLY A 677 1 ? 18 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN B 678 ? GLN B 694 ? ASN A 678 GLN A 694 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP B 698 ? ASP B 707 ? ASP A 698 ASP A 707 1 ? 10 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN B 713 ? VAL B 724 ? ASN A 713 VAL A 724 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 PRO B 759 ? PHE B 764 ? PRO A 759 PHE A 764 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP B 772 ? VAL B 777 ? ASP A 772 VAL A 777 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 TYR B 803 ? GLU B 839 ? TYR A 803 GLU A 839 1 ? 37 HELX_P HELX_P12 AB3 ASN B 840 ? MET B 841 ? ASN A 840 MET A 841 5 ? 2 HELX_P HELX_P13 AB4 THR B 842 ? LYS B 846 ? THR A 842 LYS A 846 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 THR B 861 ? TYR B 871 ? THR A 861 TYR A 871 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 ARG B 875 ? HIS B 886 ? ARG A 875 HIS A 886 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 AB7 HIS B 886 ? LYS B 922 ? HIS A 886 LYS A 922 1 ? 37 HELX_P HELX_P17 AB8 VAL B 923 ? ASP B 929 ? VAL A 923 ASP A 929 1 ? 7 HELX_P HELX_P18 AB9 THR B 934 ? LEU B 943 ? THR A 934 LEU A 943 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 AC1 THR B 944 ? ASN B 961 ? THR A 944 ASN A 961 1 ? 18 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN B 983 ? THR B 999 ? 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THR J 128 GLY J 135 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 LEU C 138 ? LYS C 141 ? LEU J 138 LYS J 141 5 ? 4 HELX_P HELX_P35 AD8 THR C 142 ? ASN C 148 ? THR J 142 ASN J 148 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 AD9 HIS C 158 ? HIS C 173 ? HIS J 158 HIS J 173 1 ? 16 HELX_P HELX_P37 AE1 LYS C 176 ? GLN C 191 ? LYS J 176 GLN J 191 1 ? 16 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP D 13 ? CYS D 39 ? ASP L 13 CYS L 39 1 ? 27 HELX_P HELX_P39 AE3 SER D 42 ? LEU D 54 ? SER L 42 LEU L 54 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP D 61 ? ASN D 114 ? ASP L 61 ASN L 114 1 ? 54 HELX_P HELX_P41 AE5 ALA D 130 ? ALA D 152 ? ALA L 130 ALA L 152 1 ? 23 HELX_P HELX_P42 AE6 GLU E 22 ? LYS E 37 ? GLU M 22 LYS M 37 1 ? 16 HELX_P HELX_P43 AE7 SER E 83 ? ILE E 87 ? SER M 83 ILE M 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P44 AE8 LEU E 156 ? VAL E 160 ? LEU M 156 VAL M 160 1 ? 5 HELX_P HELX_P45 AE9 VAL E 162 ? LEU E 166 ? VAL M 162 LEU M 166 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 THR E 180 ? SER E 186 ? THR M 180 SER M 186 1 ? 7 HELX_P HELX_P47 AF2 PRO E 188 ? VAL E 217 ? 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E ASP 274 E ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? 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