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W N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP HOLA_ECOLI P28630 ? 1 ;MIRLYPEQLRAQLNEGLRAAYLLLGNDPLLLQESQDAVRQVAAAQGFEEHHTFSIDPNTDWNAIFSLCQAMSLFASRQTL LLLLPENGPNAAINEQLLTLTGLLHDDLLLIVRGNKLSKAQENAAWFTALANRSVQVTCQTPEQAQLPRWVAARAKQLNL ELDDAANQVLCYCYEGNLLALAQALERLSLLWPDGKLTLPRVEQAVNDAAHFTPFHWVDALLMGKSKRALHILQQLRLEG SEPVILLRTLQRELLLLVNLKRQSAHTPLRALFDKHRVWQNRRGMMGEALNRLSQTQLRQAVQLLTRTELTLKQDYGQSV WAELEGLSLLLCHKPLADVFIDG ; 1 2 UNP DPO3X_ECOLI P06710 ? 2 ;MSYQVLARKWRPQTFADVVGQEHVLTALANGLSLGRIHHAYLFSGTRGVGKTSIARLLAKGLNCETGITATPCGVCDNCR EIEQGRFVDLIEIDAASRTKVEDTRDLLDNVQYAPARGRFKVYLIDEVHMLSRHSFNALLKTLEEPPEHVKFLLATTDPQ KLPVTILSRCLQFHLKALDVEQIRHQLEHILNEEHIAHEPRALQLLARAAEGSLRDALSLTDQAIASGDGQVSTQAVSAM LGTLDDDQALSLVEAMVEANGERVMALINEAAARGIEWEALLVEMLGLLHRIAMVQLSPAALGNDMAAIELRMRELARTI PPTDIQLYYQTLLIGRKELPYAPDRRMGVEMTLLRALAFHPRMPLPEPEVPRQSFAPVAPTAVMTPTQVPPQPQSAPQQA PTVPLPETTSQVLAARQQLQRVQGATKAKKSEPAAATRARPVNNAALERLASVTDRVQARPVPSALEKAPAKKEAYRWKA TTPVMQQKEVVATPKALKKALEHEKTPELAAKLAAEAIERDPWAAQVSQLSLPKLVEQVALNAWKEESDNAVCLHLRSSQ RHLNNRGAQQKLAEALSMLKGSTVELTIVEDDNPAVRTPLEWRQAIYEEKLAQARESIIADNNIQTLRRFFDAELDEESI RPI ; 1 3 UNP HOLB_ECOLI P28631 ? 3 ;MRWYPWLRPDFEKLVASYQAGRGHHALLIQALPGMGDDALIYALSRYLLCQQPQGHKSCGHCRGCQLMQAGTHPDYYTLA PEKGKNTLGVDAVREVTEKLNEHARLGGAKVVWVTDAALLTDAAANALLKTLEEPPAETWFFLATREPERLLATLRSRCR LHYLAPPPEQYAVTWLSREVTMSQDALLAALRLSAGSPGAALALFQGDNWQARETLCQALAYSVPSGDWYSLLAALNHEQ APARLHWLATLLMDALKRHHGAAQVTNVDVPGLVAELANHLSPSRLQAILGDVCHIREQLMSVTGINRELLITDLLLRIE HYLQPGVVLPVPHL ; 1 4 UNP HOLD_ECOLI P28632 ? 4 ;MTSRRDWQLQQLGITQWSLRRPGALQGEIAIAIPAHVRLVMVANDLPALTDPLVSDVLRALTVSPDQVLQLTPEKIAMLP QGSHCNSWRLGTDEPLSLEGAQVASPALTDLRANPTARAALWQQICTYEHDFFPRND ; 1 5 UNP DPO3B_ECOLI P0A988 ? 5 ;MKFTVEREHLLKPLQQVSGPLGGRPTLPILGNLLLQVADGTLSLTGTDLEMEMVARVALVQPHEPGATTVPARKFFDICR GLPEGAEIAVQLEGERMLVRSGRSRFSLSTLPAADFPNLDDWQSEVEFTLPQATMKRLIEATQFSMAHQDVRYYLNGMLF ETEGEELRTVATDGHRLAVCSMPIGQSLPSHSVIVPRKGVIELMRMLDGGDNPLRVQIGSNNIRAHVGDFIFTSKLVDGR FPDYRRVLPKNPDKHLEAGCDLLKQAFARAAILSNEKFRGVRLYVSENQLKITANNPEQEEAEEILDVTYSGAEMEIGFN VSYVLDVLNALKCENVRMMLTDSVSSVQIEDAASQSAAYVVMPMRL ; 1 6 PDB 8GJ0 8GJ0 ? 6 ? 1 7 PDB 8GJ0 8GJ0 ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8GJ0 A 1 ? 343 ? 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PRO A 268 ARG A 277 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN A 281 ? LEU A 293 ? ASN A 281 LEU A 293 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 ARG A 299 ? GLN A 314 ? ARG A 299 GLN A 314 1 ? 16 HELX_P HELX_P18 AB9 SER A 319 ? CYS A 332 ? SER A 319 CYS A 332 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 VAL B 5 ? TRP B 10 ? VAL B 5 TRP B 10 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN B 21 ? GLY B 35 ? GLN B 21 GLY B 35 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY B 50 ? ASN B 63 ? GLY B 50 ASN B 63 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 AC4 CYS B 76 ? GLN B 84 ? CYS B 76 GLN B 84 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS B 100 ? VAL B 111 ? LYS B 100 VAL B 111 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 VAL B 128 ? LEU B 131 ? VAL B 128 LEU B 131 5 ? 4 HELX_P HELX_P25 AC7 SER B 132 ? GLU B 145 ? SER B 132 GLU B 145 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP B 158 ? LEU B 162 ? ASP B 158 LEU B 162 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO B 163 ? ARG B 169 ? PRO B 163 ARG B 169 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP B 179 ? HIS B 195 ? ASP B 179 HIS B 195 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU B 199 ? GLU B 211 ? GLU B 199 GLU B 211 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 SER B 213 ? ASP B 229 ? SER B 213 ASP B 229 1 ? 17 HELX_P HELX_P31 AD4 SER B 233 ? ASP B 245 ? SER B 233 ASP B 245 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP B 247 ? ALA B 259 ? ASP B 247 ALA B 259 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN B 260 ? GLY B 275 ? ASN B 260 GLY B 275 1 ? 16 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU B 277 ? SER B 298 ? GLU B 277 SER B 298 1 ? 22 HELX_P HELX_P35 AD8 PRO B 299 ? LEU B 302 ? PRO B 299 LEU B 302 5 ? 4 HELX_P HELX_P36 AD9 MET B 306 ? ALA B 308 ? MET B 306 ALA B 308 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 ILE B 309 ? ILE B 320 ? ILE B 309 ILE B 320 1 ? 12 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO B 321 ? LEU B 339 ? PRO B 321 LEU B 339 1 ? 19 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO B 340 ? ALA B 342 ? PRO B 340 ALA B 342 5 ? 3 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP B 344 ? ALA B 358 ? ASP B 344 ALA B 358 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 AE5 VAL C 5 ? TRP C 10 ? VAL C 5 TRP C 10 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 THR C 14 ? VAL C 18 ? THR C 14 VAL C 18 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 GLN C 21 ? GLY C 35 ? 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O LEU D 154 N TYR D 41 ? N TYR D 41 AA6 4 5 N LEU D 42 ? N LEU D 42 O LEU D 171 ? O LEU D 171 AA7 1 2 N LEU E 79 ? N LEU E 79 O TRP E 113 ? O TRP E 113 AA7 2 3 N LYS E 110 ? N LYS E 110 O TRP E 140 ? O TRP E 140 AA7 3 4 O LEU E 143 ? O LEU E 143 N LEU E 27 ? N LEU E 27 AA7 4 5 N ALA E 26 ? N ALA E 26 O ARG E 160 ? O ARG E 160 AA8 1 2 N VAL G 5 ? N VAL H 5 O ILE G 88 ? O ILE H 88 AA8 2 3 N ALA G 89 ? N ALA H 89 O ARG G 100 ? O ARG H 100 AA8 3 4 N VAL G 99 ? N VAL H 99 O PHE G 106 ? O PHE H 106 AA8 4 5 N ARG G 105 ? N ARG H 105 O GLU H 303 ? O GLU I 303 AA8 5 6 O ALA H 302 ? O ALA I 302 N ALA H 294 ? N ALA I 294 AA8 6 7 O LYS H 291 ? O LYS I 291 N TYR H 284 ? N TYR I 284 AA8 7 8 N LEU H 283 ? N LEU I 283 O ILE H 317 ? O ILE I 317 AA9 1 2 O GLY G 66 ? O GLY H 66 N VAL G 37 ? N VAL H 37 AA9 2 3 N GLN G 36 ? N GLN H 36 O SER G 43 ? O SER H 43 AA9 3 4 N LEU G 44 ? N LEU H 44 O ALA G 55 ? O ALA H 55 AA9 4 5 N GLU G 52 ? N GLU H 52 O THR G 233 ? O THR H 233 AA9 5 6 O SER G 234 ? O SER H 234 N ILE G 223 ? N ILE H 223 AA9 6 7 O ARG G 224 ? O ARG H 224 N GLN G 217 ? N GLN H 217 AA9 7 8 O LEU G 214 ? O LEU H 214 N LEU G 130 ? N LEU H 130 AB1 1 2 N LEU G 256 ? N LEU H 256 O MET G 338 ? O MET H 338 AB1 2 3 N ARG G 337 ? N ARG H 337 O GLU G 350 ? O GLU H 350 AB1 3 4 N VAL G 347 ? N VAL H 347 O VAL G 361 ? O VAL H 361 AB1 4 5 O VAL G 360 ? O VAL H 360 N LEU G 177 ? N LEU H 177 AB1 5 6 N ILE G 184 ? N ILE H 184 O GLU G 165 ? O GLU H 165 AB2 1 2 O LEU G 306 ? O LEU H 306 N LEU G 290 ? N LEU H 290 AB2 2 3 O GLN G 289 ? O GLN H 289 N SER G 286 ? N SER H 286 AB2 3 4 N LEU G 283 ? N LEU H 283 O ILE G 317 ? O ILE H 317 AB3 1 2 N VAL H 5 ? N VAL I 5 O ILE H 88 ? O ILE I 88 AB3 2 3 N GLN H 91 ? N GLN I 91 O LEU H 98 ? O LEU I 98 AB3 3 4 N MET H 97 ? N MET I 97 O LEU H 108 ? O LEU I 108 AB4 1 2 O VAL H 70 ? O VAL I 70 N LEU H 33 ? N LEU I 33 AB4 2 3 N LEU H 34 ? N LEU I 34 O THR H 45 ? O THR I 45 AB4 3 4 N LEU H 44 ? N LEU I 44 O ALA H 55 ? O ALA I 55 AB4 4 5 N GLU H 52 ? 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O GLY I 164 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O1B B ADP 701 ? ? AL B ALF 703 ? ? 2.06 2 1 O1B C ADP 701 ? ? AL D ALF 701 ? ? 2.07 3 1 O2B C ADP 701 ? ? F4 D ALF 701 ? ? 2.08 4 1 O1B D ADP 702 ? ? AL D ALF 704 ? ? 2.09 5 1 O2B B ADP 701 ? ? F4 B ALF 703 ? ? 2.15 6 1 O D ALA 7 ? ? "O3'" D ADP 702 ? ? 2.15 7 1 O H GLU 257 ? ? OG1 H THR 309 ? ? 2.19 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA A 209 ? ? -140.64 32.24 2 1 LEU A 298 ? ? 73.78 -5.46 3 1 LEU A 336 ? ? 60.00 70.71 4 1 ALA A 337 ? ? -39.65 -16.51 5 1 TRP C 10 ? ? -94.37 57.11 6 1 HIS C 195 ? ? 60.27 60.14 7 1 ASP C 245 ? ? 62.29 62.32 8 1 PHE C 359 ? ? -94.95 31.16 9 1 ARG C 362 ? ? -90.31 -60.42 10 1 TRP D 10 ? ? -99.70 33.60 11 1 ASP D 247 ? ? -94.61 34.71 12 1 MET D 306 ? ? -93.68 50.43 13 1 HIS D 360 ? ? -51.20 108.52 14 1 ALA H 38 ? ? -171.66 148.51 15 1 LEU H 49 ? ? 75.27 -10.89 16 1 ASN H 251 ? ? -159.96 84.48 17 1 LYS H 277 ? ? -80.00 -168.23 18 1 PHE H 278 ? ? 64.80 154.92 19 1 ARG H 279 ? ? 63.78 176.98 20 1 SER H 345 ? ? -171.36 145.95 21 1 THR I 26 ? ? 70.16 -1.51 22 1 ASP I 39 ? ? 54.79 -97.46 23 1 LEU I 49 ? ? 71.10 -2.11 24 1 PRO I 117 ? ? -69.04 76.90 25 1 ASP I 173 ? ? -140.16 14.69 26 1 ARG I 240 ? ? 69.06 145.69 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _pdbx_entry_details.entry_id 8GJ0 _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 8GJ0 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 3GLH ? ? ? ? ? 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PDB 'experimental model' 1MMI 2 # _em_3d_reconstruction.entry_id 8GJ0 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 2.9 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 75000 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 2 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol.' _em_buffer.pH 7.6 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA' _em_entity_assembly.details ;Clamp loader complex composed of DNA polymerase III delta tau(3) delta' chi and psi subunits. Clamp composed of DNA polymerase III beta(2) subunits. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' # _em_image_scans.entry_id 8GJ0 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4096 _em_image_scans.dimension_width 4096 _em_image_scans.frames_per_image 60 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image 1-60 # _em_imaging.entry_id 8GJ0 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 400 _em_imaging.nominal_defocus_max 1300 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details 'Used a Zepto Low-pressure plasma systems (PLASMA CLEANER) (Diener Electronic) at 10% power for 120 seconds.' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8GJ0 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 279 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;3 uL of sample was applied onto a Ultrafoil Au R1.2/1.3 grid. Blot for 4.5 s with no extra force before plunging into liquid ethane. ; # _em_experiment.entry_id 8GJ0 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8GJ0 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 2 1 Y 1 B GLU 367 ? B GLU 367 3 1 Y 1 B PRO 368 ? B PRO 368 4 1 Y 1 B GLU 369 ? B GLU 369 5 1 Y 1 B VAL 370 ? B VAL 370 6 1 Y 1 B PRO 371 ? B PRO 371 7 1 Y 1 B ARG 372 ? B ARG 372 8 1 Y 1 B GLN 373 ? B GLN 373 9 1 Y 1 B SER 374 ? B SER 374 10 1 Y 1 B PHE 375 ? B PHE 375 11 1 Y 1 B ALA 376 ? B ALA 376 12 1 Y 1 B PRO 377 ? B PRO 377 13 1 Y 1 B VAL 378 ? B VAL 378 14 1 Y 1 B ALA 379 ? B ALA 379 15 1 Y 1 B PRO 380 ? B PRO 380 16 1 Y 1 B THR 381 ? B THR 381 17 1 Y 1 B ALA 382 ? B ALA 382 18 1 Y 1 B VAL 383 ? B VAL 383 19 1 Y 1 B MET 384 ? B MET 384 20 1 Y 1 B THR 385 ? B THR 385 21 1 Y 1 B PRO 386 ? B PRO 386 22 1 Y 1 B THR 387 ? B THR 387 23 1 Y 1 B GLN 388 ? B GLN 388 24 1 Y 1 B VAL 389 ? B VAL 389 25 1 Y 1 B PRO 390 ? B PRO 390 26 1 Y 1 B PRO 391 ? B PRO 391 27 1 Y 1 B GLN 392 ? B GLN 392 28 1 Y 1 B PRO 393 ? B PRO 393 29 1 Y 1 B GLN 394 ? B GLN 394 30 1 Y 1 B SER 395 ? B SER 395 31 1 Y 1 B ALA 396 ? B ALA 396 32 1 Y 1 B PRO 397 ? B PRO 397 33 1 Y 1 B GLN 398 ? B GLN 398 34 1 Y 1 B GLN 399 ? 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N N 314 GLU OE2 HE2 sing N N 315 GLU OXT HXT sing N N 316 GLY N CA sing N N 317 GLY N H sing N N 318 GLY N H2 sing N N 319 GLY CA C sing N N 320 GLY CA HA2 sing N N 321 GLY CA HA3 sing N N 322 GLY C O doub N N 323 GLY C OXT sing N N 324 GLY OXT HXT sing N N 325 HIS N CA sing N N 326 HIS N H sing N N 327 HIS N H2 sing N N 328 HIS CA C sing N N 329 HIS CA CB sing N N 330 HIS CA HA sing N N 331 HIS C O doub N N 332 HIS C OXT sing N N 333 HIS CB CG sing N N 334 HIS CB HB2 sing N N 335 HIS CB HB3 sing N N 336 HIS CG ND1 sing Y N 337 HIS CG CD2 doub Y N 338 HIS ND1 CE1 doub Y N 339 HIS ND1 HD1 sing N N 340 HIS CD2 NE2 sing Y N 341 HIS CD2 HD2 sing N N 342 HIS CE1 NE2 sing Y N 343 HIS CE1 HE1 sing N N 344 HIS NE2 HE2 sing N N 345 HIS OXT HXT sing N N 346 ILE N CA sing N N 347 ILE N H sing N N 348 ILE N H2 sing N N 349 ILE CA C sing N N 350 ILE CA CB sing N N 351 ILE CA HA sing N N 352 ILE C O doub N N 353 ILE C OXT sing N N 354 ILE CB CG1 sing N N 355 ILE CB CG2 sing N N 356 ILE CB HB sing N 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sing N N 569 VAL OXT HXT sing N N 570 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 30 mM ? 1 Tris-HCl 1 3 mM MgCl2 2 'Magnesium Chloride' 1 2 mM ? 3 dithiothreitol 1 0.25 mM ? 4 EDTA 1 2 % ? 5 glycerol 1 2 mM ? 6 'Adenosine disphosphate' 1 0.5 mM AlCl3 7 'Aluminium Chloride' 1 5 mM NaF 8 'Sodium Fluoride' # _em_ctf_correction.details 'CTF refinement per-particle was performed in RELION before final 3D reconstruction.' _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.419 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain K-12 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain BL21 # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 6 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? 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RELION 3.1 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? RELION 3.1 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? PHENIX dev-4788 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 9 ? 1 ? PHENIX dev-4788 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? RELION 3.1 CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? RELION 3.1 RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? RELION 3.1 # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;30 microL of 6.0 microM delta/tau3/delta' complex was mixed with chi/psi complex, beta, and p/t DNA (annealed DNA oligonucleotides) at a molar ratio of 1:1.3 and dialysed at 4 degrees C against 250 mL of 30 mM Tris-HCl pH 7.6, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 5 mM NaF, 5 mM dithiothreitol, 0.25 mM EDTA, 2% glycerol. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8GJ0 'double helix' 8GJ0 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DG 1 1_555 J DC 68 1_555 -0.169 -0.223 -0.714 -0.408 -3.151 1.438 1 X_DG1:DC68_Y X 1 ? 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