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'TRPC5, TRP5' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 360 human ? GNAI3 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli K-12' 83333 ? ? ? ? ? ? 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'expression tag' 769 4 1 8GVX VAL B 770 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 770 5 1 8GVX LEU B 771 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 771 6 1 8GVX PHE B 772 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 772 7 1 8GVX GLN B 773 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 773 8 2 8GVX HIS F 120 A UNP P08754 ? ? insertion 119 9 2 8GVX HIS F 121 B UNP P08754 ? ? insertion 119 10 2 8GVX HIS F 122 C UNP P08754 ? ? insertion 119 11 2 8GVX HIS F 123 D UNP P08754 ? ? insertion 119 12 2 8GVX HIS F 124 E UNP P08754 ? ? insertion 119 13 2 8GVX HIS F 125 F UNP P08754 ? ? insertion 119 14 2 8GVX LEU F 210 ? UNP P08754 GLN 204 'engineered mutation' 204 15 3 8GVX HIS E 120 A UNP P08754 ? ? insertion 119 16 3 8GVX HIS E 121 B UNP P08754 ? ? insertion 119 17 3 8GVX HIS E 122 C UNP P08754 ? ? insertion 119 18 3 8GVX HIS E 123 D UNP P08754 ? ? insertion 119 19 3 8GVX HIS E 124 E UNP P08754 ? ? insertion 119 20 3 8GVX HIS E 125 F UNP P08754 ? ? insertion 119 21 3 8GVX LEU E 210 ? UNP P08754 GLN 204 'engineered mutation' 204 22 4 8GVX HIS G 120 A UNP P08754 ? ? insertion 119 23 4 8GVX HIS G 121 B UNP P08754 ? ? insertion 119 24 4 8GVX HIS G 122 C UNP P08754 ? ? insertion 119 25 4 8GVX HIS G 123 D UNP P08754 ? ? insertion 119 26 4 8GVX HIS G 124 E UNP P08754 ? ? insertion 119 27 4 8GVX HIS G 125 F UNP P08754 ? ? insertion 119 28 4 8GVX LEU G 210 ? UNP P08754 GLN 204 'engineered mutation' 204 29 5 8GVX HIS H 120 A UNP P08754 ? ? insertion 119 30 5 8GVX HIS H 121 B UNP P08754 ? ? insertion 119 31 5 8GVX HIS H 122 C UNP P08754 ? ? insertion 119 32 5 8GVX HIS H 123 D UNP P08754 ? ? insertion 119 33 5 8GVX HIS H 124 E UNP P08754 ? ? insertion 119 34 5 8GVX HIS H 125 F UNP P08754 ? ? insertion 119 35 5 8GVX LEU H 210 ? UNP P08754 GLN 204 'engineered mutation' 204 36 6 8GVX SER A 766 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 766 37 6 8GVX ARG A 767 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 767 38 6 8GVX LEU A 768 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 768 39 6 8GVX GLU A 769 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 769 40 6 8GVX VAL A 770 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 770 41 6 8GVX LEU A 771 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 771 42 6 8GVX PHE A 772 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 772 43 6 8GVX GLN A 773 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 773 44 7 8GVX SER C 766 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 766 45 7 8GVX ARG C 767 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 767 46 7 8GVX LEU C 768 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 768 47 7 8GVX GLU C 769 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 769 48 7 8GVX VAL C 770 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 770 49 7 8GVX LEU C 771 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 771 50 7 8GVX PHE C 772 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 772 51 7 8GVX GLN C 773 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 773 52 8 8GVX SER D 766 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 766 53 8 8GVX ARG D 767 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 767 54 8 8GVX LEU D 768 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 768 55 8 8GVX GLU D 769 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 769 56 8 8GVX VAL D 770 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 770 57 8 8GVX LEU D 771 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 771 58 8 8GVX PHE D 772 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 772 59 8 8GVX GLN D 773 ? UNP Q9UL62 ? ? 'expression tag' 773 60 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CA non-polymer . 'CALCIUM ION' ? 'Ca 2' 40.078 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PTY non-polymer . PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE ? 'C40 H80 N O8 P' 734.039 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 Y01 non-polymer . 'CHOLESTEROL HEMISUCCINATE' ? 'C31 H50 O4' 486.726 YZY non-polymer . '(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate' ? 'C37 H70 O5' 594.949 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8GVX _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8GVX _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 33164 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.791 ? 44864 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.105 ? 4720 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 5040 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 5580 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8GVX _struct.title 'Cryo-EM structure of the human TRPC5 ion channel in complex with G alpha i3 subunits, class2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8GVX _struct_keywords.text 'TRP, transient receptor potential, METAL TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'METAL TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 7 ? N N N 8 ? O N N 8 ? P N N 8 ? Q N N 8 ? R N N 3 ? S N N 4 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 7 ? W N N 3 ? X N N 4 ? Y N N 5 ? Z N N 6 ? AA N N 7 ? BA N N 3 ? CA N N 4 ? DA N N 5 ? EA N N 6 ? FA N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 30 ? GLY A 43 ? SER B 30 GLY B 43 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 44 ? TYR A 59 ? ASP B 44 TYR B 59 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 72 ? ASN A 80 ? SER B 72 ASN B 80 1 ? 9 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN A 82 ? HIS A 92 ? ASN B 82 HIS B 92 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 98 ? GLU A 107 ? ASP B 98 GLU B 107 1 ? 10 HELX_P HELX_P6 AA6 VAL A 108 ? ARG A 119 ? VAL B 108 ARG B 119 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 THR A 144 ? ASN A 153 ? THR B 144 ASN B 153 1 ? 10 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 154 ? GLN A 163 ? ASN B 154 GLN B 163 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 AA9 CYS A 178 ? ASP A 188 ? CYS B 178 ASP B 188 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP A 188 ? ALA A 204 ? ASP B 188 ALA B 204 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 205 ? SER A 213 ? SER B 205 SER B 213 1 ? 9 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP A 215 ? GLU A 234 ? ASP B 215 GLU B 234 1 ? 20 HELX_P HELX_P13 AB4 PHE A 237 ? GLN A 258 ? PHE B 237 GLN B 258 1 ? 22 HELX_P HELX_P14 AB5 SER A 261 ? ASN A 270 ? SER B 261 ASN B 270 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 LEU A 287 ? TYR A 296 ? LEU B 287 TYR B 296 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 GLN A 298 ? ALA A 303 ? GLN B 298 ALA B 303 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 GLN A 304 ? TYR A 316 ? GLN B 304 TYR B 316 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 HIS A 326 ? PHE A 339 ? 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ASP D 98 GLU D 107 1 ? 10 HELX_P HELX_P186 AU6 VAL H 108 ? ARG H 119 ? VAL D 108 ARG D 119 1 ? 12 HELX_P HELX_P187 AU7 THR H 144 ? ASN H 153 ? THR D 144 ASN D 153 1 ? 10 HELX_P HELX_P188 AU8 ASN H 154 ? GLN H 163 ? ASN D 154 GLN D 163 1 ? 10 HELX_P HELX_P189 AU9 CYS H 178 ? ASP H 188 ? CYS D 178 ASP D 188 1 ? 11 HELX_P HELX_P190 AV1 ASP H 188 ? ALA H 204 ? ASP D 188 ALA D 204 1 ? 17 HELX_P HELX_P191 AV2 SER H 205 ? SER H 213 ? SER D 205 SER D 213 1 ? 9 HELX_P HELX_P192 AV3 ASP H 215 ? GLU H 234 ? ASP D 215 GLU D 234 1 ? 20 HELX_P HELX_P193 AV4 PHE H 237 ? GLN H 258 ? PHE D 237 GLN D 258 1 ? 22 HELX_P HELX_P194 AV5 SER H 261 ? ASN H 270 ? SER D 261 ASN D 270 1 ? 10 HELX_P HELX_P195 AV6 LEU H 287 ? TYR H 296 ? LEU D 287 TYR D 296 1 ? 10 HELX_P HELX_P196 AV7 GLN H 298 ? ALA H 303 ? GLN D 298 ALA D 303 1 ? 6 HELX_P HELX_P197 AV8 GLN H 304 ? TYR H 316 ? GLN D 304 TYR D 316 1 ? 13 HELX_P HELX_P198 AV9 HIS H 326 ? PHE H 339 ? HIS D 326 PHE D 339 1 ? 14 HELX_P HELX_P199 AW1 SER H 345 ? 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D ASP 439 D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 2 ? 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D CA 804 ? 1_555 OD1 ? H ASN 436 ? D ASN 436 ? 1_555 113.1 ? 45 OE1 ? H GLU 421 ? D GLU 421 ? 1_555 CA ? EA CA . ? D CA 804 ? 1_555 OD1 ? H ASN 436 ? D ASN 436 ? 1_555 108.9 ? 46 OE2 ? H GLU 418 ? D GLU 418 ? 1_555 CA ? EA CA . ? D CA 804 ? 1_555 OD2 ? H ASP 439 ? D ASP 439 ? 1_555 62.0 ? 47 OE1 ? H GLU 421 ? D GLU 421 ? 1_555 CA ? EA CA . ? D CA 804 ? 1_555 OD2 ? H ASP 439 ? D ASP 439 ? 1_555 159.2 ? 48 OD1 ? H ASN 436 ? D ASN 436 ? 1_555 CA ? EA CA . ? D CA 804 ? 1_555 OD2 ? H ASP 439 ? 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The density of the G protein area could not be visualized clearly in the consensus map of this EM dataset. Therefore, we performed focused classification and local refinement to improve the density of the G protein area using symmetry expanded particles with C4 symmetry imposition, which required more number of particles. Finally, the number of particles used to reconstruct additional volume data 1 (D_1300031718_em-additional-volume_P1.map.V4) is 5,344 and the number of particles used to reconstruct additional volume data 2 (D_1300031718_em-additional-volume_P2.map.V4) is 205,343. Furthermore, the resolution stated above is based on map resolution estimates calculated by a validation tool in Phenix, FSC (model) = 0.143. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 5344 _em_3d_reconstruction.resolution 3.91 _em_3d_reconstruction.resolution_method OTHER _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Transient receptor potential' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 8GVX _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'TFS GLACIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 8GVX _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 8GVX _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OE1 B GLN 537 ? ? 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