data_8H9V # _entry.id 8H9V # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.370 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8H9V pdb_00008h9v 10.2210/pdb8h9v/pdb WWPDB D_1300033080 ? ? EMDB EMD-34583 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Human ATP synthase state 3b (combined)' EMD-34583 'associated EM volume' EMDB 'Human ATP synthase state 3b F1 domain' EMD-34576 'other EM volume' EMDB 'Human ATP synthase state 3b subregion 1' EMD-34579 'other EM volume' EMDB 'Human ATP synthase state 3b subregion 2' EMD-34578 'other EM volume' EMDB 'Human ATP synthase state 3b subregion 3' EMD-34577 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8H9V _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-10-25 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lai, Y.' 1 ? 'Zhang, Y.' 2 ? 'Liu, F.' 3 ? 'Gao, Y.' 4 ? 'Gong, H.' 5 ? 'Rao, Z.' 6 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 83 _citation.language ? _citation.page_first 2137 _citation.page_last ? _citation.title 'Structure of the human ATP synthase.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2023.04.029 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37244256 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lai, Y.' 1 ? primary 'Zhang, Y.' 2 ? primary 'Zhou, S.' 3 ? primary 'Xu, J.' 4 ? primary 'Du, Z.' 5 ? primary 'Feng, Z.' 6 ? primary 'Yu, L.' 7 ? primary 'Zhao, Z.' 8 ? primary 'Wang, W.' 9 ? primary 'Tang, Y.' 10 ? primary 'Yang, X.' 11 ? primary 'Guddat, L.W.' 12 ? primary 'Liu, F.' 13 ? primary 'Gao, Y.' 14 ? primary 'Rao, Z.' 15 ? primary 'Gong, H.' 16 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8H9V _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8H9V _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATP synthase F(0) complex subunit C1, mitochondrial' 7610.954 8 ? ? ? ? 2 polymer nat 'ATP synthase subunit delta, mitochondrial' 15029.817 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial' 5790.779 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial' 24658.586 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'ATP synthase subunit d, mitochondrial' 18383.982 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'ATP synthase subunit a' 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_entity_name_com.name 1 ;ATP synthase lipid-binding protein,ATP synthase membrane subunit c locus 1,ATP synthase proteolipid P1,ATP synthase proton-transporting mitochondrial F(0) complex subunit C1,ATPase protein 9,ATPase subunit c ; 2 'ATP synthase F1 subunit delta,F-ATPase delta subunit' 3 'ATPase subunit epsilon,ATP synthase F1 subunit epsilon' 4 ;ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b,ATP synthase proton-transporting mitochondrial F(0) complex subunit B1,ATP synthase subunit b,ATPase subunit b ; 5 'ATPase subunit d,ATP synthase peripheral stalk subunit d' 6 'F-ATPase protein 6' 7 '6.8 kDa mitochondrial proteolipid protein,MLQ,ATP synthase membrane subunit 6.8PL' 8 'A6L,F-ATPase subunit 8' 9 'ATP synthase membrane subunit f' 10 'ATPase subunit g,ATP synthase membrane subunit g' 11 'ATPase subunit e,ATP synthase membrane subunit e' 12 'ATPase subunit F6,ATP synthase peripheral stalk subunit F6' 13 'ATP synthase F1 subunit alpha' 14 'ATP synthase F1 subunit beta' 15 'ATP 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;PVPPLPEYGGKVRYGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYALSKEIYVISAETFTALSVLGVMVYGIKKYGPFVAD FADKLNEQKLAQLEEAKQASIQHIQNAIDTEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLYRVYKEVKNRLDYHIS VQNMMRRKEQEHMINWVEKHVVQSISTQQEKETIAKCIADLKLLAKKAQAQPVM ; ;PVPPLPEYGGKVRYGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYALSKEIYVISAETFTALSVLGVMVYGIKKYGPFVAD FADKLNEQKLAQLEEAKQASIQHIQNAIDTEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLYRVYKEVKNRLDYHIS VQNMMRRKEQEHMINWVEKHVVQSISTQQEKETIAKCIADLKLLAKKAQAQPVM ; K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;AGRKLALKTIDWVAFAEIIPQNQKAIASSLKSWNETLTSRLAALPENPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPV PEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEWVSLSKARIVEYEKEMEKMKNLIPFDQMTIEDLNEAFPETKLDKKKYPYWPHQPIENL ; ;AGRKLALKTIDWVAFAEIIPQNQKAIASSLKSWNETLTSRLAALPENPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPV PEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEWVSLSKARIVEYEKEMEKMKNLIPFDQMTIEDLNEAFPETKLDKKKYPYWPHQPIENL ; M ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MNENLFASFIAPTILGLPAAVLIILFPPLLIPTSKYLINNRLITTQQWLIKLTSKQMMTMHNTKGRTWSLMLVSLIIFIA TTNLLGLLPHSFTPTTQLSMNLAMAIPLWAGTVIMGFRSKIKNALAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLLIQPMALAVRL TANITAGHLLMHLIGSATLAMSTINLPSTLIIFTILILLTILEIAVALIQAYVFTLLVSLYLHDNT ; ;MNENLFASFIAPTILGLPAAVLIILFPPLLIPTSKYLINNRLITTQQWLIKLTSKQMMTMHNTKGRTWSLMLVSLIIFIA TTNLLGLLPHSFTPTTQLSMNLAMAIPLWAGTVIMGFRSKIKNALAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLLIQPMALAVRL TANITAGHLLMHLIGSATLAMSTINLPSTLIIFTILILLTILEIAVALIQAYVFTLLVSLYLHDNT ; N ? 7 'polypeptide(L)' no no MLQSIIKNIWIPMKPYYTKVYQEIWIGMGLMGFIVYKIRAADKRSKALKASAPAPGHH MLQSIIKNIWIPMKPYYTKVYQEIWIGMGLMGFIVYKIRAADKRSKALKASAPAPGHH P ? 8 'polypeptide(L)' no no MPQLNTTVWPTMITPMLLTLFLITQLKMLNTNYHLPPSPKPMKMKNYNKPWEPKWTKICSLHSLPPQS MPQLNTTVWPTMITPMLLTLFLITQLKMLNTNYHLPPSPKPMKMKNYNKPWEPKWTKICSLHSLPPQS Q ? 9 'polypeptide(L)' no no ;ASVGECPAPVPVKDKKLLEVKLGELPSWILMRDFSPSGIFGAFQRGYYRYYNKYINVKKGSISGITMVLACYVLFSYSFS YKHLKHERLRKYH ; ;ASVGECPAPVPVKDKKLLEVKLGELPSWILMRDFSPSGIFGAFQRGYYRYYNKYINVKKGSISGITMVLACYVLFSYSFS YKHLKHERLRKYH ; R ? 10 'polypeptide(L)' no no ;AQFVRNLVEKTPALVNAAVTYSKPRLATFWYYAKVELVPPTPAEIPRAIQSLKKIVNSAQTGSFKQLTVKEAVLNGLVAT EVLMWFYVGEIIGKRGIIGYDV ; ;AQFVRNLVEKTPALVNAAVTYSKPRLATFWYYAKVELVPPTPAEIPRAIQSLKKIVNSAQTGSFKQLTVKEAVLNGLVAT EVLMWFYVGEIIGKRGIIGYDV ; S ? 11 'polypeptide(L)' no no MVPPVQVSPLIKLGRYSALFLGVAYGATRYNYLKPRAEEERRIAAEEKKKQDELKRIARELAEDDSILK MVPPVQVSPLIKLGRYSALFLGVAYGATRYNYLKPRAEEERRIAAEEKKKQDELKRIARELAEDDSILK T ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MILQRLFRFSSVIRSAVSVHLRRNIGVTAVAFNKELDPIQKLFVDKIREYKSKRQTSGGPVDASSEYQQELERELFKLKQ MFGNADMNTFPTFKFEDPKFEVIEKPQA ; ;MILQRLFRFSSVIRSAVSVHLRRNIGVTAVAFNKELDPIQKLFVDKIREYKSKRQTSGGPVDASSEYQQELERELFKLKQ MFGNADMNTFPTFKFEDPKFEVIEKPQA ; L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;QKTGTAEMSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDK LIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDGKGPIGSKTRRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIG RGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGSDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAA PLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGS LTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREV AAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVVSQHQALL GTIRADGKISEQSDAKLKEIVTNFLAGFEA ; ;QKTGTAEMSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDK LIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNAIDGKGPIGSKTRRRVGLKAPGIIPRISVREPMQTGIKAVDSLVPIG RGQRELIIGDRQTGKTSIAIDTIINQKRFNDGSDEKKKLYCIYVAIGQKRSTVAQLVKRLTDADAMKYTIVVSATASDAA PLQYLAPYSGCSMGEYFRDNGKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMNDAFGGGS LTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGTMKLELAQYREV AAFAQFGSDLDAATQQLLSRGVRLTELLKQGQYSPMAIEEQVAVIYAGVRGYLDKLEPSKITKFENAFLSHVVSQHQALL GTIRADGKISEQSDAKLKEIVTNFLAGFEA ; A,B,C ? 14 'polypeptide(L)' no no ;AQTSPSPKAGAATGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLD SGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAPIHAEAPEFMEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGG AGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGL TVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDL TDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELS EEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHMGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEH SS ; ;AQTSPSPKAGAATGRIVAVIGAVVDVQFDEGLPPILNALEVQGRETRLVLEVAQHLGESTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLD SGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIKTKQFAPIHAEAPEFMEMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGG AGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVINLKDATSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGL TVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDL TDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRIMDPNIVGSEHYDVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELS EEDKLTVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHMGKLVPLKETIKGFQQILAGEYDHLPEQAFYMVGPIEEAVAKADKLAEEH SS ; E,F,D ? 15 'polypeptide(L)' no no ;ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARIYGLGSLALYEKADIKGPEDKKKHLLIGVSSDRGLCGA IHSSIAKQMKSEVATLTAAGKEVMLVGIGDKIRGILYRTHSDQFLVAFKEVGRKPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSI IFNKFRSVISYKTEEKPIFSLNTVASADSMSIYDDIDADVLQNYQEYNLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNAS EMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD ; ;ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARIYGLGSLALYEKADIKGPEDKKKHLLIGVSSDRGLCGA IHSSIAKQMKSEVATLTAAGKEVMLVGIGDKIRGILYRTHSDQFLVAFKEVGRKPPTFGDASVIALELLNSGYEFDEGSI IFNKFRSVISYKTEEKPIFSLNTVASADSMSIYDDIDADVLQNYQEYNLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNAS EMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAALD ; G ? 16 'polypeptide(L)' no no ;FAKLVRPPVQVYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVAQILKEPKVAASVLNPYVKRSIKVKSLNDITAKERFSP LTTNLINLLAENGRLSNTQGVVSAFSTMMSVHRGEVPCTVTSASPLEEATLSELKTVLKSFLSQGQVLKLEAKTDPSILG GMIVRIGEKYVDMSVKTKIQKLGRAMREIV ; ;FAKLVRPPVQVYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVAQILKEPKVAASVLNPYVKRSIKVKSLNDITAKERFSP LTTNLINLLAENGRLSNTQGVVSAFSTMMSVHRGEVPCTVTSASPLEEATLSELKTVLKSFLSQGQVLKLEAKTDPSILG GMIVRIGEKYVDMSVKTKIQKLGRAMREIV ; O ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ASP n 1 2 ILE n 1 3 ASP n 1 4 THR n 1 5 ALA n 1 6 ALA n 1 7 LYS n 1 8 PHE n 1 9 ILE n 1 10 GLY n 1 11 ALA n 1 12 GLY n 1 13 ALA n 1 14 ALA n 1 15 THR n 1 16 VAL n 1 17 GLY n 1 18 VAL n 1 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ASP A 96 VAL A 99 AA8 2 THR T 125 ? ARG T 128 ? THR A 125 ARG A 128 AA9 1 VAL T 107 ? VAL T 108 ? VAL A 107 VAL A 108 AA9 2 THR T 229 ? ALA T 234 ? THR A 229 ALA A 234 AA9 3 TYR T 200 ? ILE T 206 ? TYR A 200 ILE A 206 AA9 4 HIS T 263 ? ASP T 269 ? HIS A 263 ASP A 269 AA9 5 SER T 320 ? ALA T 323 ? SER A 320 ALA A 323 AB1 1 VAL T 326 ? GLU T 328 ? VAL A 326 GLU A 328 AB1 2 LEU T 166 ? GLY T 169 ? LEU A 166 GLY A 169 AB1 3 GLY T 348 ? PHE T 351 ? GLY A 348 PHE A 351 AB1 4 VAL T 371 ? SER T 372 ? VAL A 371 SER A 372 AB2 1 LYS U 60 ? LEU U 66 ? LYS B 60 LEU B 66 AB2 2 GLU U 51 ? PHE U 55 ? GLU B 51 PHE B 55 AB2 3 ILE U 87 ? ILE U 94 ? ILE B 87 ILE B 94 AB2 4 THR U 28 ? GLY U 35 ? THR B 28 GLY B 35 AB2 5 ILE U 38 ? GLY U 43 ? ILE B 38 GLY B 43 AB2 6 ASN U 70 ? VAL U 75 ? ASN B 70 VAL B 75 AB2 7 LYS U 60 ? LEU U 66 ? LYS B 60 LEU B 66 AB2 8 THR X 13 ? ILE X 20 ? THR F 13 ILE F 20 AB2 9 LYS X 77 ? ASP X 80 ? LYS F 77 ASP F 80 AB2 10 ALA X 38 ? VAL X 41 ? ALA F 38 VAL F 41 AB2 11 VAL X 49 ? 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ALA X 150 ? TYR F 149 ALA F 150 AC7 1 LYS Y 86 ? VAL Y 89 ? LYS D 86 VAL D 89 AC7 2 GLN Y 115 ? PRO Y 118 ? GLN D 115 PRO D 118 AC8 1 ILE Y 97 ? MET Y 98 ? ILE D 97 MET D 98 AC8 2 VAL Y 218 ? GLN Y 224 ? VAL D 218 GLN D 224 AC8 3 SER Y 184 ? GLU Y 191 ? SER D 184 GLU D 191 AC8 4 ASP Y 253 ? ILE Y 258 ? ASP D 253 ILE D 258 AC8 5 SER Y 306 ? GLN Y 311 ? SER D 306 GLN D 311 AC8 6 LYS Y 154 ? GLY Y 156 ? LYS D 154 GLY D 156 AC9 1 ILE Y 135 ? LEU Y 136 ? ILE D 135 LEU D 136 AC9 2 TYR Y 149 ? ALA Y 150 ? TYR D 149 ALA D 150 AD1 1 ALA Y 334 ? THR Y 335 ? ALA D 334 THR D 335 AD1 2 THR Y 357 ? SER Y 358 ? 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