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B TYR 131 CD2 10 1 Y 1 A TYR 131 ? CE1 ? B TYR 131 CE1 11 1 Y 1 A TYR 131 ? CE2 ? B TYR 131 CE2 12 1 Y 1 A TYR 131 ? CZ ? B TYR 131 CZ 13 1 Y 1 A TYR 131 ? OH ? B TYR 131 OH 14 1 Y 1 F PRO 332 ? CG ? F PRO 332 CG 15 1 Y 1 F PRO 332 ? CD ? F PRO 332 CD 16 1 Y 1 F ARG 333 ? CG ? F ARG 333 CG 17 1 Y 1 F ARG 333 ? CD ? F ARG 333 CD 18 1 Y 1 F ARG 333 ? NE ? F ARG 333 NE 19 1 Y 1 F ARG 333 ? CZ ? F ARG 333 CZ 20 1 Y 1 F ARG 333 ? NH1 ? F ARG 333 NH1 21 1 Y 1 F ARG 333 ? NH2 ? F ARG 333 NH2 22 1 Y 1 P TRP 338 ? CG ? G TRP 338 CG 23 1 Y 1 P TRP 338 ? CD1 ? G TRP 338 CD1 24 1 Y 1 P TRP 338 ? CD2 ? G TRP 338 CD2 25 1 Y 1 P TRP 338 ? NE1 ? G TRP 338 NE1 26 1 Y 1 P TRP 338 ? CE2 ? G TRP 338 CE2 27 1 Y 1 P TRP 338 ? CE3 ? G TRP 338 CE3 28 1 Y 1 P TRP 338 ? CZ2 ? G TRP 338 CZ2 29 1 Y 1 P TRP 338 ? CZ3 ? G TRP 338 CZ3 30 1 Y 1 P TRP 338 ? CH2 ? G TRP 338 CH2 31 1 Y 1 P LYS 513 ? CG ? G LYS 513 CG 32 1 Y 1 P LYS 513 ? CD ? G LYS 513 CD 33 1 Y 1 P LYS 513 ? CE ? G LYS 513 CE 34 1 Y 1 P LYS 513 ? NZ ? G LYS 513 NZ 35 1 Y 1 P PRO 514 ? CG ? G PRO 514 CG 36 1 Y 1 P PRO 514 ? CD ? G PRO 514 CD 37 1 Y 1 P PHE 515 ? CG ? G PHE 515 CG 38 1 Y 1 P PHE 515 ? CD1 ? G PHE 515 CD1 39 1 Y 1 P PHE 515 ? CD2 ? G PHE 515 CD2 40 1 Y 1 P PHE 515 ? CE1 ? G PHE 515 CE1 41 1 Y 1 P PHE 515 ? CE2 ? G PHE 515 CE2 42 1 Y 1 P PHE 515 ? CZ ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.713 ? 26495 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.568 ? 2557 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 2873 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 3416 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8IFG _struct.title 'Cryo-EM structure of the Clr6S (Clr6-HDAC) complex from S. pombe' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8IFG _struct_keywords.text 'Rpd3S, Histone deacetylase, HDAC, Clr6, Rpd3, Clr6S, Clr6 HDAC, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 7 ? J N N 7 ? K N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PRW1_SCHPO O14021 ? 1 ;MAVSAVPHPSKQAQASEEGINQEKCINEEYKIWKKNSPFLYDLIITRALEWPCMSLQWYPEQQIFAEHGYTEQKMFLGVR ADVGKYLLAVASIQLPYLNQTVPPTTMEGASAGDESSLRVNISNLYSHPESVCSAKLMPQDDSCVATVGNYHNDVLVFDK ESFESYSSASESPLKPKYRLTKHTQPCTSVCWNFLSKGTLVSGSQDATLSCWDLNAYNESDSASVLKVHISSHEKQVSDV RFHYKHQDLLASVSYDQYLHVHDIRRPDASTKPARSVHAHSGPIHSVAFNPHNDFILATCSTDKTIALWDLRNLNQRLHT LEGHEDIVTKISFSPHEEPILASTSADRRTLVWDLSRIGEDQPAEEAQDGPPELLFMHGGHTSCTIDMDWCPNYNWTMAT AAEDNILQIWTPSRSIWGNEQLEEDATAYLS ; 1 2 UNP PST2_SCHPO O13919 ? 2 ;MEQTLAILKNDNSTLVAEMQNQLVHDFSPNGTALPELDIKAFVQKLGQRLCHRPYVYSAFMDVVKALHNEIVDFPGFIER ISVILRDYPDLLEYLNIFLPSSYKYLLSNSGANFTLQFTTPSGPVSTPSTYVATYNDLPCTYHRAIGFVSRVRRALLSNP EQFFKLQDSLRKFKNSECSLSELQTIVTSLLAEHPSLAHEFHNFLPSSIFFGSKPPLGSFPLRGIQSSQFTLSNISDLLS QSRPDNLSPFSHLSNESSDFFKNVKNVLTDVETYHEFLKLLNLYVQGIIDRNILVSRGFGFLKSNSGLWRSFLSLTSLSP EEFLSVYNSACSDFPECGPSYRLLPVEERNISCSGRDDFAWGILNDDWVSHPTWASEESGFIVQRKTPYEEAMTKLEEER YEFDRHIEATSWTIKSLKKIQNRINELPEEERETYTLEEGLGLPSKSIYKKTIKLVYTSEHAEEMFKALERMPCLTLPLV ISRLEEKNEEWKSVKRSLQPGWRSIEFKNYDKSLDSQCVYFKARDKKNVSSKFLLAEADILRSQAKLHFPLRSRSAFEFS FVYDNEIVLFDTCYMVCTYIVCNSPSGLKKVEHFFKNILPLHFGLEKDKFSIFLDQVFRGPDYDVNAPNIVGNKPVRRKR SNSITQLTEFVKQPKINGQRESRSAAAARKKEESGNKSQSNSQNSLSDESGNVTPVSKKQLSQPAAAIKASLKYPSHPDS LLEHQDHAGDTENEMHDDVDKEQFGYSSMYVFFRLFNLLYERLYELQRLEDQVSIIQQRIIPNPVSQKQKIWRDRWNDLS DVPDEKTHYENTYVMILRLIYGIVDQSAFEDYLRFYYGNKAYKIYTIDKLVWSAAKQVHHIVSDGKYKFVTSLVEQNSSA SPKKNYDDFLYRLEIEKLLNPDEILFRFCWINKFKSFGIKIMKRANLIVDQSLDTQRRVWKKYVQNYRIQKLTEEISYKN YRCPFLCRNIEKERTVEQLVSRLQTKLLRSAELVSGLQAKLCLDSFKLLYLPRTEDSYIDASYLRLRDTDFLDCQNKRKQ RWRNRWESLLKSVRGTSDNTAEVNFDADINALFIP ; 0 3 UNP CLR6_SCHPO O59702 ? 3 ;KKKVSYFYDEDVGNYHYGPQHPMKPHRVRMVHNLVVNYNLYEKLNVITPVRATRNDMTRCHTDEYIEFLWRVTPDTMEKF QPHQLKFNVGDDCPVFDGLYEFCSISAGGSIGAAQELNSGNAEIAINWAGGLHHAKKREASGFCYVNDIALAALELLKYH QRVLYIDIDVHHGDGVEEFFYTTDRVMTCSFHKFGEYFPGTGHIKDTGIGTGKNYAVNVPLRDGIDDESYESVFKPVISH IMQWFRPEAVILQCGTDSLAGDRLGCFNLSMKGHSMCVDFVKSFNLPMICVGGGGYTVRNVARVWTYETGLLAGEELDEN LPYNDYLQYYGPDYKLNVLSNNMENHNTRQYLDSITSEIIENLRNLSFAPSVQMHKTPGDFTFENAEKQNIAKEEIMDER V ; 5 4 UNP EAF3_SCHPO O13953 ? 4 ;MAVSYKVNERVLCFHGPLLYEAKIVDTEMKGDVTTYLIHYKGWKNSWDEWVEQDRILQWTEENLKTQKELKNAAISTRQK PTSKKSASSTSKHDSTGVKTSGKRSRESSTVTVDGDSHELPSRIKTQKSESPIPQQVKRDGTTDAKNEETTKPENNEKDD FEEEPPLPKHKISVPDVLKLWLVDDWENITKNQQLIAIPRNPTVRAAIAAFRESKISHLNNEIDVDVFEQAMAGLVIYFN KCLGNMLLYRFERQQYLEIRQQYPDTEMCDLYGVEHLIRLFVSLPELIDRTNMDSQSIECLLNYIEEFLKYLVLHKDEYF IKEYQNAPPNYRSLVGV ; 1 5 UNP YAC5_SCHPO Q09819 ? 5 ;MASSINNSSQPTVPSISNNSHGDSFVNEGPPSNFKNNSLTSSTHSSTDHVNVLPISQDKEMDISSPVKKQKASYSNKSPN KAPIQKSRGSSLKSHLETESQQTPVKRRRRKATIRNVDYCSACGGRGLFICCEGCPCSFHLSCLEPPLTPENIPEGSWFC VTCSIKSHHPPKHPLSIWSQLYDWIDSQNPSQYRLPDDLVHYFHGISRGDTGAYKETEGEMDTDEFSALPTGSSITNLAY CGYCSKPSMGACWVYGCQLCDTFYHKNCKEHAKKCSHDSIGKKGMRVPKNAVVIRTPLVLDTTSNTLNPKVMISGWQFLM GEFPSDELLYFPRLPVSCLYKVSEDGLIKDFLYAIGIEAKKFNNERKKRELEVIPPDVKSALLPARTHPNLPIALRTLFN KART ; 0 6 UNP YA27_SCHPO Q09698 ? 6 ;MDAKPWNHTSEAFQASILEDLKIIQKAGAERNAKSSHGSINSRSASPNKATSRRNRAQNGNSNGRASVDNSDDGSKDDLD YSPSVKRKHVNGEGAEKGDHDTSNNGPSITKLRRKVRRTYDTKDGFVAWNTLDDDFRPIVPDQERSRKINPQKGNNNNLL KENKSLKTTAKDLSDISSSSMKKANNSSKPLFSGKLTFKANIPVPTSEVVTENNVTRNVTVYSNQKHLGNESENFNDMEG RAEDISSNELLPTPEEYPYRYNNDYCSACHGPGNFLCCETCPNSFHFTCIDPPIEEKNLPDDAWYCNECKHHSLYNELDE QEELESNVKEEGTMVDVWMQLCTYIDSHNPIQFHLPHSISSFFRGVGSGVMGEYIETDVLKHLKSSRRSNGEERDPLLLK SKSGTPILCFRCHKSALVSQSILACDYCNSYWHPDCLNPPLATLPSNLRKWKCPNHSDHVTPRYRLPEKAKVIRVGLPRG FKNKGNIVIDENEDEPSVQTIQLQGKIRVVPSKPFKLNFLEQIRDNVINLRKMVEQDEQLCIETFSKFDFYATRDCELPL RILCDVANDNLENDDYVLALRDLLRISKWDPNQPVPAPFDLANLLSY ; 0 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8IFG B 1 ? 431 ? O14021 1 ? 431 ? 1 431 2 2 8IFG A 1 ? 1075 ? O13919 1 ? 1075 ? 1 1075 3 3 8IFG C 1 ? 401 ? O59702 5 ? 405 ? 5 405 4 4 8IFG E 1 ? 337 ? O13953 1 ? 337 ? 1 337 5 4 8IFG D 1 ? 337 ? O13953 1 ? 337 ? 1 337 6 5 8IFG F 1 ? 404 ? Q09819 1 ? 404 ? 3 404 7 6 8IFG P 1 ? 607 ? Q09698 1 ? 607 ? 1 607 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 18 ? 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