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EMDB EMD-35761 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the PEA-bound mTAAR9-Golf complex' _pdbx_database_related.db_id EMD-35761 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8IW1 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-03-29 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sun, J.P.' 1 0000-0003-3572-1580 'Li, Q.' 2 0000-0003-1300-3377 'Yang, F.' 3 0000-0002-3000-2336 'Xu, Y.F.' 4 0000-0002-0580-7116 'Guo, L.L.' 5 0000-0002-1309-6801 'Lian, S.' 6 0000-0001-9659-9430 'Zhang, M.H.' 7 0000-0002-1614-4338 'Rong, N.K.' 8 0000-0002-7455-8512 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 618 _citation.language ? _citation.page_first 193 _citation.page_last 200 _citation.title 'Structural basis of amine odorant perception by a mammal olfactory receptor.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-023-06106-4 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37225986 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Guo, L.' 1 ? primary 'Cheng, J.' 2 ? primary 'Lian, S.' 3 ? primary 'Liu, Q.' 4 ? primary 'Lu, Y.' 5 ? primary 'Zheng, Y.' 6 ? primary 'Zhu, K.' 7 ? primary 'Zhang, M.' 8 ? primary 'Kong, Y.' 9 ? primary 'Zhang, C.' 10 ? primary 'Rong, N.' 11 ? primary 'Zhuang, Y.' 12 ? primary 'Fang, G.' 13 ? primary 'Jiang, J.' 14 ? primary 'Zhang, T.' 15 ? primary 'Han, X.' 16 ? primary 'Liu, Z.' 17 ? primary 'Xia, M.' 18 ? primary 'Liu, S.' 19 ? primary 'Zhang, L.' 20 0000-0002-4880-824X primary 'Liberles, S.D.' 21 0000-0002-2177-9741 primary 'Yu, X.' 22 0000-0003-1119-8334 primary 'Xu, Y.' 23 0000-0002-0580-7116 primary 'Yang, F.' 24 0000-0002-3000-2336 primary 'Li, Q.' 25 0000-0003-1300-3377 primary 'Sun, J.P.' 26 0000-0003-3572-1580 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8IW1 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8IW1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha' 29528.566 1 ? G51D,E52N,A236D,S239D,L259D,I359A,V362I ? ;Author stated: We buide a chimera based on wide type Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha and deleted GaAH domain (V67-L190) according to the Articles (Nehme, Rony et al. "Mini-G proteins: Novel tools for studying GPCRs in their active conformation." PloS one vol. 12,4 e0175642. 20 Apr. 2017). Those residues (A236, S239, L259, I359, V362) are dominant negative mutant during G protein modification to increase stability and affinity. A modified Gaolf chimera (Chain A) was generated on the basis of the mini-Golf scaffold with its N terminus replaced by the N terminus of Golf (residue M1 to residue K27) with Gai1 (residue M1 to residue M18) to facilitate the binding of scFv16. ; 2 polymer man 'Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1' 41055.867 1 ? ? ? 'Author stated: residues (-9) - (-4) is His Tag, residues 341-355 is Linker, residues 356-366 is Small Bit.' 3 polymer man 'Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2' 6504.446 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Trace amine-associated receptor 9' 38928.238 1 ? ? ? ? 5 polymer man scFv16 30363.043 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein,Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein,olfactory type' 3 'G gamma-I' 4 'TaR-9,Trace amine receptor 9,mTaar9' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MGCTLSAEDKAAVERSKMIEKQLQKERLAYKATHRLLLLGADNSGKSTIVKQMRILHGGSGGSGGTSGIFETRFQVDKVN FHMFDVGGQRDERRKWIQCFNDVTAIIYVADCSDYNMVIREDNNTNRLRESLDDFESIWNNRWLRTISIILFLNKQDMLA 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RFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDI NAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLA GHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWNGSSGGGGSGGGGSSGVSGWRLFKKIS ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no NTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFRE NTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFRE C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTSDFSPEPPMELCYENVNGSCIKSSYAPWPRAILYGVLGLGALLAVFGNLLVIIAILHFKQLHTPTNFLVASLACADFL VGVTVMPFSTVRSVESCWYFGESYCKFHTCFDTSFCFASLFHLCCISIDRYIAVTDPLTYPTKFTVSVSGLCIALSWFFS VTYSFSIFYTGANEEGIEELVVALTCVGGCQAPLNQNWVLLCFLLFFLPTVVMVFLYGRIFLVAKYQARKIEGTANQAQA SSESYKERVAKRERKAAKTLGIAMAAFLVSWLPYIIDAVIDAYMNFITPAYVYEILVWCVYYNSAMNPLIYAFFYPWFRK AIKLIVSGKVFRADSSTTNLFSEEAGAG ; ;MTSDFSPEPPMELCYENVNGSCIKSSYAPWPRAILYGVLGLGALLAVFGNLLVIIAILHFKQLHTPTNFLVASLACADFL VGVTVMPFSTVRSVESCWYFGESYCKFHTCFDTSFCFASLFHLCCISIDRYIAVTDPLTYPTKFTVSVSGLCIALSWFFS VTYSFSIFYTGANEEGIEELVVALTCVGGCQAPLNQNWVLLCFLLFFLPTVVMVFLYGRIFLVAKYQARKIEGTANQAQA 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1 17 LYS n 1 18 MET n 1 19 ILE n 1 20 GLU n 1 21 LYS n 1 22 GLN n 1 23 LEU n 1 24 GLN n 1 25 LYS n 1 26 GLU n 1 27 ARG n 1 28 LEU n 1 29 ALA n 1 30 TYR n 1 31 LYS n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 HIS n 1 35 ARG n 1 36 LEU n 1 37 LEU n 1 38 LEU n 1 39 LEU n 1 40 GLY n 1 41 ALA n 1 42 ASP n 1 43 ASN n 1 44 SER n 1 45 GLY n 1 46 LYS n 1 47 SER n 1 48 THR n 1 49 ILE n 1 50 VAL n 1 51 LYS n 1 52 GLN n 1 53 MET n 1 54 ARG n 1 55 ILE n 1 56 LEU n 1 57 HIS n 1 58 GLY n 1 59 GLY n 1 60 SER n 1 61 GLY n 1 62 GLY n 1 63 SER n 1 64 GLY n 1 65 GLY n 1 66 THR n 1 67 SER n 1 68 GLY n 1 69 ILE n 1 70 PHE n 1 71 GLU n 1 72 THR n 1 73 ARG n 1 74 PHE n 1 75 GLN n 1 76 VAL n 1 77 ASP n 1 78 LYS n 1 79 VAL n 1 80 ASN n 1 81 PHE n 1 82 HIS n 1 83 MET n 1 84 PHE n 1 85 ASP n 1 86 VAL n 1 87 GLY n 1 88 GLY n 1 89 GLN n 1 90 ARG n 1 91 ASP n 1 92 GLU n 1 93 ARG n 1 94 ARG n 1 95 LYS n 1 96 TRP n 1 97 ILE n 1 98 GLN n 1 99 CYS n 1 100 PHE n 1 101 ASN n 1 102 ASP n 1 103 VAL n 1 104 THR n 1 105 ALA n 1 106 ILE n 1 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ALA n 1 191 GLY n 1 192 GLU n 1 193 ASP n 1 194 PRO n 1 195 LYS n 1 196 VAL n 1 197 THR n 1 198 ARG n 1 199 ALA n 1 200 LYS n 1 201 PHE n 1 202 PHE n 1 203 ILE n 1 204 ARG n 1 205 ASP n 1 206 LEU n 1 207 PHE n 1 208 LEU n 1 209 ARG n 1 210 ILE n 1 211 SER n 1 212 THR n 1 213 ALA n 1 214 THR n 1 215 GLY n 1 216 ASP n 1 217 GLY n 1 218 LYS n 1 219 HIS n 1 220 TYR n 1 221 CYS n 1 222 TYR n 1 223 PRO n 1 224 HIS n 1 225 PHE n 1 226 THR n 1 227 CYS n 1 228 ALA n 1 229 VAL n 1 230 ASP n 1 231 THR n 1 232 GLU n 1 233 ASN n 1 234 ALA n 1 235 ARG n 1 236 ARG n 1 237 ILE n 1 238 PHE n 1 239 ASN n 1 240 ASP n 1 241 CYS n 1 242 ARG n 1 243 ASP n 1 244 ILE n 1 245 ILE n 1 246 GLN n 1 247 ARG n 1 248 MET n 1 249 HIS n 1 250 LEU n 1 251 LYS n 1 252 GLN n 1 253 TYR n 1 254 GLU n 1 255 LEU n 1 256 LEU n 2 1 MET n 2 2 HIS n 2 3 HIS n 2 4 HIS n 2 5 HIS n 2 6 HIS n 2 7 HIS n 2 8 GLY n 2 9 SER n 2 10 LEU n 2 11 LEU n 2 12 GLN n 2 13 SER n 2 14 GLU n 2 15 LEU n 2 16 ASP n 2 17 GLN n 2 18 LEU n 2 19 ARG n 2 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TYR n 5 267 CYS n 5 268 MET n 5 269 GLN n 5 270 HIS n 5 271 LEU n 5 272 GLU n 5 273 TYR n 5 274 PRO n 5 275 LEU n 5 276 THR n 5 277 PHE n 5 278 GLY n 5 279 ALA n 5 280 GLY n 5 281 THR n 5 282 LYS n 5 283 LEU n 5 284 GLU n 5 285 LEU n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag _entity_src_gen.pdbx_seq_type _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num _entity_src_gen.gene_src_common_name _entity_src_gen.gene_src_genus _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name 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'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 285 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'synthetic construct' 32630 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GNAI1_HUMAN P63096 ? 1 MGCTLSAEDKAAVERSKM 1 2 UNP GNAL_HUMAN P38405 ? 1 IEKQLQKERLAYKATHRLLLLGAGESGKSTIVKQMRILH 28 3 UNP GNAL_HUMAN P38405 ? 1 ;TSGIFETRFQVDKVNFHMFDVGGQRDERRKWIQCFNDVTAIIYVAACSSYNMVIREDNNTNRLRESLDLFESIWNNRWLR TISIILFLNKQDMLAEKVLAGKSKIEDYFPEYANYTVPEDATPDAGEDPKVTRAKFFIRDLFLRISTATGDGKHYCYPHF TCAVDTENIRRVFNDCRDIIQRMHLKQYELL ; 191 4 UNP GBB1_HUMAN P62873 ? 2 ;SELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLII WDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSS GDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAF ATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVT DDGMAVATGSWDSFLKIWN ; 2 5 UNP GBG2_HUMAN P59768 ? 3 NTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFRE 5 6 UNP TAAR9_MOUSE Q5QD04 ? 4 ;MTSDFSPEPPMELCYENVNGSCIKSSYAPWPRAILYGVLGLGALLAVFGNLLVIIAILHFKQLHTPTNFLVASLACADFL VGVTVMPFSTVRSVESCWYFGESYCKFHTCFDTSFCFASLFHLCCISIDRYIAVTDPLTYPTKFTVSVSGLCIALSWFFS VTYSFSIFYTGANEEGIEELVVALTCVGGCQAPLNQNWVLLCFLLFFLPTVVMVFLYGRIFLVAKYQARKIEGTANQAQA SSESYKERVAKRERKAAKTLGIAMAAFLVSWLPYIIDAVIDAYMNFITPAYVYEILVWCVYYNSAMNPLIYAFFYPWFRK AIKLIVSGKVFRADSSTTNLFSEEAGAG ; 1 7 PDB 8IW1 8IW1 ? 5 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8IW1 A 1 ? 18 ? 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UNP P38405 ? ? linker 185 5 2 8IW1 GLY A 61 ? UNP P38405 ? ? linker 186 6 2 8IW1 GLY A 62 ? UNP P38405 ? ? linker 187 7 2 8IW1 SER A 63 ? UNP P38405 ? ? linker 188 8 2 8IW1 GLY A 64 ? UNP P38405 ? ? linker 189 9 2 8IW1 GLY A 65 ? UNP P38405 ? ? linker 190 10 3 8IW1 ASP A 111 ? UNP P38405 ALA 236 'engineered mutation' 236 11 3 8IW1 ASP A 114 ? UNP P38405 SER 239 'engineered mutation' 239 12 3 8IW1 ASP A 134 ? UNP P38405 LEU 259 'engineered mutation' 259 13 3 8IW1 ALA A 234 ? UNP P38405 ILE 359 'engineered mutation' 359 14 3 8IW1 ILE A 237 ? UNP P38405 VAL 362 'engineered mutation' 362 15 4 8IW1 MET B 1 ? UNP P62873 ? ? 'initiating methionine' -10 16 4 8IW1 HIS B 2 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -9 17 4 8IW1 HIS B 3 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -8 18 4 8IW1 HIS B 4 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -7 19 4 8IW1 HIS B 5 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -6 20 4 8IW1 HIS B 6 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -5 21 4 8IW1 HIS B 7 ? UNP P62873 ? ? 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'expression tag' 366 53 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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