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_citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Dai, Z.' 1 ? primary 'Liang, L.' 2 ? primary 'Wang, W.' 3 ? primary 'Zuo, P.' 4 ? primary 'Yu, S.' 5 ? primary 'Liu, Y.' 6 ? primary 'Zhao, X.' 7 ? primary 'Lu, Y.' 8 ? primary 'Jin, Y.' 9 ? primary 'Zhang, F.' 10 ? primary 'Ding, D.' 11 ? primary 'Deng, W.' 12 ? primary 'Yin, Y.' 13 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man Cullin-2 87927.820 2 ? ? ? ? 2 polymer man Elongin-B 11748.406 2 ? ? ? ? 3 polymer man Elongin-C 11045.694 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Protein fem-1 homolog B' 70688.406 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase RBX1' 12289.977 1 2.3.2.27,2.3.2.32 ? ? ? 6 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 CUL-2 2 ;EloB,Elongin 18 kDa subunit,RNA polymerase II 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'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 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D ARG 250 NH1 28 1 Y 1 D ARG 247 ? NH2 ? D ARG 250 NH2 29 1 Y 1 D SER 248 ? OG ? D SER 251 OG 30 1 Y 1 D GLU 265 ? CG ? D GLU 268 CG 31 1 Y 1 D GLU 265 ? CD ? D GLU 268 CD 32 1 Y 1 D GLU 265 ? OE1 ? D GLU 268 OE1 33 1 Y 1 D GLU 265 ? OE2 ? D GLU 268 OE2 34 1 Y 1 D ASN 266 ? CG ? D ASN 269 CG 35 1 Y 1 D ASN 266 ? OD1 ? D ASN 269 OD1 36 1 Y 1 D ASN 266 ? ND2 ? D ASN 269 ND2 37 1 Y 1 D ILE 299 ? CG1 ? D ILE 302 CG1 38 1 Y 1 D ILE 299 ? CG2 ? D ILE 302 CG2 39 1 Y 1 D ILE 299 ? CD1 ? D ILE 302 CD1 40 1 Y 1 D HIS 300 ? CG ? D HIS 303 CG 41 1 Y 1 D HIS 300 ? ND1 ? D HIS 303 ND1 42 1 Y 1 D HIS 300 ? CD2 ? D HIS 303 CD2 43 1 Y 1 D HIS 300 ? CE1 ? D HIS 303 CE1 44 1 Y 1 D HIS 300 ? NE2 ? D HIS 303 NE2 45 1 Y 1 D ASN 304 ? CG ? D ASN 307 CG 46 1 Y 1 D ASN 304 ? OD1 ? D ASN 307 OD1 47 1 Y 1 D ASN 304 ? ND2 ? D ASN 307 ND2 48 1 Y 1 D ARG 305 ? CG ? D ARG 308 CG 49 1 Y 1 D ARG 305 ? CD ? D ARG 308 CD 50 1 Y 1 D ARG 305 ? NE ? D ARG 308 NE 51 1 Y 1 D ARG 305 ? CZ ? D ARG 308 CZ 52 1 Y 1 D ARG 305 ? NH1 ? D ARG 308 NH1 53 1 Y 1 D ARG 305 ? NH2 ? D ARG 308 NH2 54 1 Y 1 D ARG 309 ? NE ? D ARG 312 NE 55 1 Y 1 D ARG 309 ? CZ ? D ARG 312 CZ 56 1 Y 1 D ARG 309 ? NH1 ? D ARG 312 NH1 57 1 Y 1 D ARG 309 ? NH2 ? D ARG 312 NH2 58 1 Y 1 D ASN 310 ? CG ? D ASN 313 CG 59 1 Y 1 D ASN 310 ? OD1 ? D ASN 313 OD1 60 1 Y 1 D ASN 310 ? ND2 ? D ASN 313 ND2 61 1 Y 1 D GLN 312 ? CG ? D GLN 315 CG 62 1 Y 1 D GLN 312 ? CD ? D GLN 315 CD 63 1 Y 1 D GLN 312 ? OE1 ? D GLN 315 OE1 64 1 Y 1 D GLN 312 ? NE2 ? D GLN 315 NE2 65 1 Y 1 D PRO 510 ? CG ? D PRO 513 CG 66 1 Y 1 D PRO 510 ? CD ? D PRO 513 CD 67 1 Y 1 F VAL 76 ? CG1 ? E VAL 76 CG1 68 1 Y 1 F VAL 76 ? CG2 ? E VAL 76 CG2 69 1 Y 1 G THR 12 ? OG1 ? F THR 12 OG1 70 1 Y 1 G THR 12 ? CG2 ? F THR 12 CG2 71 1 Y 1 H ARG 63 ? CG ? G ARG 49 CG 72 1 Y 1 H ARG 63 ? CD ? G ARG 49 CD 73 1 Y 1 H ARG 63 ? NE ? G ARG 49 NE 74 1 Y 1 H ARG 63 ? CZ ? G ARG 49 CZ 75 1 Y 1 H ARG 63 ? NH1 ? G ARG 49 NH1 76 1 Y 1 H ARG 63 ? NH2 ? G ARG 49 NH2 77 1 Y 1 H THR 88 ? CB ? G THR 74 CB 78 1 Y 1 H THR 88 ? OG1 ? G THR 74 OG1 79 1 Y 1 H THR 88 ? CG2 ? G THR 74 CG2 80 1 Y 1 I PRO 510 ? CG ? H PRO 513 CG 81 1 Y 1 I PRO 510 ? CD ? H PRO 513 CD # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8JE1 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8JE1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8JE1 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8JE1 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 17878 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.911 ? 24104 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.796 ? 6707 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.050 ? 2718 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 3070 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8JE1 _struct.title 'An asymmetry dimer of the Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B ubiquitin ligase complexed with BEX2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8JE1 _struct_keywords.text 'Complex, E3 ubiquitin ligase, Cullin, Oligomer, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CUL2_HUMAN Q13617 ? 1 ;MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESE EQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILI RMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVL GRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIH DEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLK KSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDM SVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLC TGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSL NMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKK CIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA ; 1 2 UNP ELOB_HUMAN Q15370 ? 2 ;MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFR ADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMK ; 1 3 UNP ELOC_HUMAN Q15369 ? 3 ;AMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPI APEIALELLMAANFLDC ; 16 4 UNP FEM1B_HUMAN Q9UK73 ? 4 ;MEGLAGYVYKAASEGKVLTLAALLLNRSESDIRYLLGYVSQQGGQRSTPLIIAARNGHAKVVRLLLEHYRVQTQQTGTVR FDGYVIDGATALWCAAGAGHFEVVKLLVSHGANVNHTTVTNSTPLRAACFDGRLDIVKYLVENNANISIANKYDNTCLMI AAYKGHTDVVRYLLEQRADPNAKAHCGATALHFAAEAGHIDIVKELIKWRAAIVVNGHGMTPLKVAAESCKADVVELLLS HADCDRRSRIEALELLGASFANDRENYDIIKTYHYLYLAMLERFQDGDNILEKEVLPPIHAYGNRTECRNPQELESIRQD RDALHMEGLIVRERILGADNIDVSHPIIYRGAVYADNMEFEQCIKLWLHALHLRQKGNRNTHKDLLRFAQVFSQMIHLNE TVKAPDIECVLRCSVLEIEQSMNRVKNISDADVHNAMDNYECNLYTFLYLVCISTKTQCSEEDQCKINKQIYNLIHLDPR TREGFTLLHLAVNSNTPVDDFHTNDVCSFPNALVTKLLLDCGAEVNAVDNEGNSALHIIVQYNRPISDFLTLHSIIISLV EAGAHTDMTNKQNKTPLDKSTTGVSEILLKTQMKMSLKCLAARAVRANDINYQDQIPRTLEEFVGFH ; 1 5 UNP RBX1_HUMAN P62877 ? 5 ;MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFH FHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8JE1 A 1 ? 745 ? 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'expression tag' 0 20 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 9 ? 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