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(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;GCTTACGTCAGTCTGGCCATCTTTGTGTTTGGTGTGTTTGGGTGGTGGCCGTTTTCGTTGTTTTTTTCTGTCTCGTGCCT GGTGTCTTGGGTGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTC TACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; N ? 14 polyribonucleotide no no GGUGUCUUGGGUG GGUGUCUUGGGUG P ? 15 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA) (DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACACCCAAGACACCAGGCACGAGACAGAAAAAAACAACGAAAACGGCCACCACCCA AACACACCAAACACAAGAGCTAATTGACTGACGTAAGC ; T ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPSTGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSAAIGALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPSTGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSAAIGALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; a,e ? 17 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; b,f ? 18 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; c,g ? 19 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; d,h ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 GLN n 1 4 PHE n 1 5 PRO n 1 6 TYR n 1 7 SER n 1 8 SER n 1 9 ALA n 1 10 PRO n 1 11 LEU n 1 12 ARG n 1 13 SER n 1 14 VAL n 1 15 LYS n 1 16 GLU n 1 17 VAL n 1 18 GLN n 1 19 PHE n 1 20 GLY n 1 21 LEU n 1 22 LEU n 1 23 SER n 1 24 PRO n 1 25 GLU n 1 26 GLU n 1 27 ILE n 1 28 ARG n 1 29 ALA n 1 30 ILE n 1 31 SER n 1 32 VAL n 1 33 VAL n 1 34 LYS n 1 35 ILE n 1 36 GLU n 1 37 TYR n 1 38 PRO n 1 39 GLU n 1 40 ILE n 1 41 MET n 1 42 ASP n 1 43 GLU n 1 44 SER n 1 45 ARG n 1 46 GLN n 1 47 ARG n 1 48 PRO n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 GLY n 1 52 GLY n 1 53 LEU n 1 54 ASN n 1 55 ASP n 1 56 PRO n 1 57 LYS n 1 58 LEU n 1 59 GLY n 1 60 SER n 1 61 ILE n 1 62 ASP n 1 63 ARG n 1 64 ASN n 1 65 PHE n 1 66 LYS n 1 67 CYS n 1 68 GLN n 1 69 THR n 1 70 CYS n 1 71 GLY n 1 72 GLU n 1 73 GLY n 1 74 MET n 1 75 ALA n 1 76 GLU n 1 77 CYS n 1 78 PRO n 1 79 GLY n 1 80 HIS n 1 81 PHE n 1 82 GLY n 1 83 HIS n 1 84 MET n 1 85 GLU n 1 86 LEU n 1 87 ALA n 1 88 LYS n 1 89 PRO n 1 90 VAL n 1 91 PHE n 1 92 HIS n 1 93 ILE n 1 94 GLY n 1 95 PHE n 1 96 ILE n 1 97 PRO n 1 98 LYS n 1 99 ILE n 1 100 LYS n 1 101 LYS n 1 102 VAL n 1 103 CYS n 1 104 GLU n 1 105 CYS n 1 106 ILE n 1 107 CYS n 1 108 MET n 1 109 ASN n 1 110 CYS n 1 111 GLY n 1 112 LYS n 1 113 LEU n 1 114 LEU n 1 115 LEU n 1 116 ASP n 1 117 GLU n 1 118 THR n 1 119 ASN n 1 120 PRO n 1 121 THR n 1 122 MET n 1 123 ALA n 1 124 GLN n 1 125 ALA n 1 126 ILE n 1 127 ARG n 1 128 ILE n 1 129 ARG n 1 130 ASP n 1 131 PRO n 1 132 LYS n 1 133 LYS n 1 134 ARG n 1 135 PHE n 1 136 ASN n 1 137 ALA n 1 138 VAL n 1 139 TRP n 1 140 GLN n 1 141 LEU n 1 142 CYS n 1 143 LYS n 1 144 THR n 1 145 LYS n 1 146 MET n 1 147 VAL n 1 148 CYS n 1 149 GLU n 1 150 ALA n 1 151 ASP n 1 152 ALA n 1 153 PRO n 1 154 VAL n 1 155 ASP n 1 156 GLU n 1 157 TYR n 1 158 SER n 1 159 GLU n 1 160 GLN n 1 161 LYS n 1 162 VAL n 1 163 VAL n 1 164 SER n 1 165 ARG n 1 166 GLY n 1 167 GLY n 1 168 CYS n 1 169 GLY n 1 170 ASN n 1 171 THR n 1 172 GLN n 1 173 PRO n 1 174 VAL n 1 175 VAL n 1 176 ARG n 1 177 LYS n 1 178 ASP n 1 179 GLY n 1 180 MET n 1 181 LYS n 1 182 LEU n 1 183 TRP n 1 184 GLY n 1 185 THR n 1 186 TRP n 1 187 LYS n 1 188 LYS n 1 189 SER n 1 190 GLY n 1 191 PHE n 1 192 SER n 1 193 ASP n 1 194 ARG n 1 195 ASP n 1 196 ALA n 1 197 GLN n 1 198 PRO n 1 199 GLU n 1 200 ARG n 1 201 LYS n 1 202 LEU n 1 203 LEU n 1 204 THR n 1 205 PRO n 1 206 GLY n 1 207 GLU n 1 208 ILE n 1 209 LEU n 1 210 ASN n 1 211 VAL n 1 212 PHE n 1 213 LYS n 1 214 HIS n 1 215 ILE n 1 216 SER n 1 217 PRO n 1 218 GLU n 1 219 ASP n 1 220 CYS n 1 221 PHE n 1 222 ARG n 1 223 LEU n 1 224 GLY n 1 225 PHE n 1 226 ASN n 1 227 GLU n 1 228 ASP n 1 229 TYR n 1 230 ALA n 1 231 ARG n 1 232 PRO n 1 233 GLU n 1 234 TRP n 1 235 MET n 1 236 ILE n 1 237 ILE n 1 238 THR n 1 239 VAL n 1 240 LEU n 1 241 PRO n 1 242 VAL n 1 243 PRO n 1 244 PRO n 1 245 PRO n 1 246 GLN n 1 247 VAL n 1 248 ARG n 1 249 PRO n 1 250 SER n 1 251 ILE n 1 252 ALA n 1 253 MET n 1 254 ASP n 1 255 GLU n 1 256 THR n 1 257 THR n 1 258 GLN n 1 259 GLY n 1 260 GLN n 1 261 ASP n 1 262 ASP n 1 263 LEU n 1 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ASP n 1 348 PHE n 1 349 SER n 1 350 ALA n 1 351 ARG n 1 352 THR n 1 353 VAL n 1 354 ILE n 1 355 SER n 1 356 GLY n 1 357 ASP n 1 358 PRO n 1 359 ASN n 1 360 LEU n 1 361 GLU n 1 362 LEU n 1 363 ASP n 1 364 GLN n 1 365 VAL n 1 366 GLY n 1 367 VAL n 1 368 PRO n 1 369 ILE n 1 370 SER n 1 371 ILE n 1 372 ALA n 1 373 LYS n 1 374 THR n 1 375 LEU n 1 376 SER n 1 377 TYR n 1 378 PRO n 1 379 GLU n 1 380 THR n 1 381 VAL n 1 382 THR n 1 383 GLN n 1 384 TYR n 1 385 ASN n 1 386 ILE n 1 387 HIS n 1 388 ARG n 1 389 LEU n 1 390 THR n 1 391 GLU n 1 392 TYR n 1 393 VAL n 1 394 ARG n 1 395 ASN n 1 396 GLY n 1 397 PRO n 1 398 ASN n 1 399 GLU n 1 400 HIS n 1 401 PRO n 1 402 GLY n 1 403 ALA n 1 404 LYS n 1 405 TYR n 1 406 VAL n 1 407 ILE n 1 408 ARG n 1 409 ASP n 1 410 ASN n 1 411 GLY n 1 412 ASP n 1 413 ARG n 1 414 ILE n 1 415 ASP n 1 416 LEU n 1 417 ARG n 1 418 TYR n 1 419 HIS n 1 420 LYS n 1 421 ARG n 1 422 ALA n 1 423 GLY n 1 424 ASP n 1 425 ILE n 1 426 VAL n 1 427 LEU n 1 428 GLN n 1 429 TYR n 1 430 GLY 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17 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 18 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 18 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 19 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 19 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8JH3 A 1 ? 1743 ? 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P06899 1 ? 126 ? 0 125 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 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'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8JH3 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8JH3 _struct.title 'RNA polymerase II elongation complex containing 40 bp upstream DNA loop, stalled at SHL(-1) of the nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8JH3 _struct_keywords.text 'Transcription-DNA-RNA complex, RNAPII' _struct_keywords.pdbx_keywords Transcription/DNA/RNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? 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ASN A 742 GLY A 751 1 ? 10 HELX_P HELX_P31 AD4 SER A 755 ? ALA A 764 ? SER A 755 ALA A 764 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 AD5 THR A 810 ? GLU A 847 ? THR A 810 GLU A 847 1 ? 38 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU A 868 ? ASP A 872 ? LEU A 868 ASP A 872 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 SER A 890 ? TYR A 899 ? SER A 890 TYR A 899 1 ? 10 HELX_P HELX_P35 AD8 LYS A 910 ? ILE A 914 ? LYS A 910 ILE A 914 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 TYR A 916 ? LEU A 921 ? TYR A 916 LEU A 921 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 LEU A 926 ? ILE A 947 ? LEU A 926 ILE A 947 1 ? 22 HELX_P HELX_P38 AE2 LEU A 962 ? HIS A 974 ? LEU A 962 HIS A 974 1 ? 13 HELX_P HELX_P39 AE3 THR A 984 ? LYS A 997 ? THR A 984 LYS A 997 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN A 1006 ? THR A 1017 ? ASN A 1006 THR A 1017 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 THR A 1017 ? LEU A 1028 ? THR A 1017 LEU A 1028 1 ? 12 HELX_P HELX_P42 AE6 ALA A 1029 ? GLU A 1036 ? ALA A 1029 GLU A 1036 1 ? 8 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN A 1040 ? SER A 1058 ? ASN A 1040 SER A 1058 1 ? 19 HELX_P HELX_P44 AE8 MET A 1065 ? 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C CYS 91 C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? ? metalc20 metalc ? ? C CYS 94 SG ? ? ? 1_555 BA ZN . ZN ? ? C CYS 94 C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? ? metalc21 metalc ? ? I CYS 7 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? I CYS 7 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? ? metalc22 metalc ? ? I CYS 29 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? I CYS 29 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? ? metalc23 metalc ? ? I CYS 32 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? I CYS 32 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? ? metalc24 metalc ? ? I CYS 75 SG ? ? ? 1_555 CA ZN . ZN ? ? I CYS 75 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? ? metalc25 metalc ? ? I CYS 78 SG ? ? ? 1_555 CA ZN . ZN ? ? I CYS 78 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc26 metalc ? ? I CYS 103 SG ? ? ? 1_555 CA ZN . ZN ? ? I CYS 103 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? ? metalc27 metalc ? ? I CYS 106 SG ? ? ? 1_555 CA ZN . ZN ? ? I CYS 106 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc28 metalc ? ? J CYS 7 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? J CYS 7 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? ? metalc29 metalc ? ? J CYS 10 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? J CYS 10 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc30 metalc ? ? J CYS 44 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? J CYS 44 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? ? metalc31 metalc ? ? J CYS 45 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? J CYS 45 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc32 metalc ? ? L CYS 33 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? L CYS 33 L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc33 metalc ? ? L CYS 36 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? L CYS 36 L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc34 metalc ? ? L CYS 50 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? L CYS 50 L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc35 metalc ? ? L CYS 53 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? L CYS 53 L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? hydrog1 hydrog ? ? M DG 40 N1 ? ? ? 1_555 O DC 159 N3 ? ? N DG -86 T DC 86 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? M DG 40 N2 ? ? ? 1_555 O DC 159 O2 ? ? N DG -86 T DC 86 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? M DG 40 O6 ? ? ? 1_555 O DC 159 N4 ? ? N DG -86 T DC 86 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? M DG 41 N1 ? ? ? 1_555 O DC 158 N3 ? ? N DG -85 T DC 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? M DG 41 N2 ? ? ? 1_555 O DC 158 O2 ? ? N DG -85 T DC 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? M DG 41 O6 ? ? ? 1_555 O DC 158 N4 ? ? N DG -85 T DC 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? M DG 42 N1 ? ? ? 1_555 O DC 157 N3 ? ? N DG -84 T DC 84 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? M DG 42 N2 ? ? ? 1_555 O DC 157 O2 ? ? N DG -84 T DC 84 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? M DG 42 O6 ? ? ? 1_555 O DC 157 N4 ? ? N DG -84 T DC 84 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? M DT 43 N3 ? ? ? 1_555 O DA 156 N1 ? ? N DT -83 T DA 83 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? M DT 43 O4 ? ? ? 1_555 O DA 156 N6 ? ? N DT -83 T DA 83 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? M DG 44 N1 ? ? ? 1_555 O DC 155 N3 ? ? N DG -82 T DC 82 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? M DG 44 N2 ? ? ? 1_555 O DC 155 O2 ? ? N DG -82 T DC 82 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? M DG 44 O6 ? ? ? 1_555 O DC 155 N4 ? ? N DG -82 T DC 82 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? M DG 45 N2 ? ? ? 1_555 O DC 154 O2 ? ? N DG -81 T DC 81 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? M DT 46 N3 ? ? ? 1_555 O DA 153 N1 ? ? N DT -80 T DA 80 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? M DT 46 O4 ? ? ? 1_555 O DA 153 N6 ? ? N DT -80 T DA 80 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? M DG 47 N1 ? ? ? 1_555 O DC 152 N3 ? ? N DG -79 T DC 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? M DG 47 N2 ? ? ? 1_555 O DC 152 O2 ? ? N DG -79 T DC 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? M DG 47 O6 ? ? ? 1_555 O DC 152 N4 ? ? N DG -79 T DC 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? M DG 48 N1 ? ? ? 1_555 O DC 151 N3 ? ? N DG -78 T DC 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? M DG 48 N2 ? ? ? 1_555 O DC 151 O2 ? ? N DG -78 T DC 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? M DG 48 O6 ? ? ? 1_555 O DC 151 N4 ? ? N DG -78 T DC 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? M DG 48 N1 ? ? ? 1_555 O DC 152 O2 ? ? N DG -78 T DC 79 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? M DG 48 N2 ? ? ? 1_555 O DC 152 N3 ? ? N DG -78 T DC 79 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? M DC 49 O2 ? ? ? 1_555 O DG 150 N2 ? ? N DC -77 T DG 77 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DC-DG PAIR' ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? M DC 50 N3 ? ? ? 1_555 O DG 149 N1 ? ? N DC -76 T DG 76 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? M DC 50 N4 ? ? ? 1_555 O DG 149 O6 ? ? N DC -76 T DG 76 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? M DC 50 O2 ? ? ? 1_555 O DG 149 N2 ? ? N DC -76 T DG 76 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? M DG 51 N1 ? ? ? 1_555 O DC 148 N3 ? ? N DG -75 T DC 75 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? M DG 51 N2 ? ? ? 1_555 O DC 148 O2 ? ? N DG -75 T DC 75 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? M DG 51 O6 ? ? ? 1_555 O DC 148 N4 ? ? N DG -75 T DC 75 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? M DT 52 N3 ? ? ? 1_555 O DA 146 N1 ? ? N DT -74 T DA 73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? M DT 52 O4 ? ? ? 1_555 O DA 146 N6 ? ? N DT -74 T DA 73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? M DT 52 N3 ? ? ? 1_555 O DA 147 N1 ? ? N DT -74 T DA 74 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? M DT 52 O4 ? ? ? 1_555 O DA 147 N6 ? ? N DT -74 T DA 74 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? M DT 53 N3 ? ? ? 1_555 O DA 146 N1 ? ? N DT -73 T DA 73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? M DT 53 O4 ? ? ? 1_555 O DA 146 N6 ? ? N DT -73 T DA 73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? M DT 55 N3 ? ? ? 1_555 O DA 144 N1 ? ? N DT -71 T DA 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? M DT 55 O4 ? ? ? 1_555 O DA 144 N6 ? ? N DT -71 T DA 71 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? M DC 56 N3 ? ? ? 1_555 O DG 143 N1 ? ? N DC -70 T DG 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? M DC 56 N4 ? ? ? 1_555 O DG 143 O6 ? ? N DC -70 T DG 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? M DC 56 O2 ? ? ? 1_555 O DG 143 N2 ? ? N DC -70 T DG 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? M DG 57 N1 ? ? ? 1_555 O DC 142 N3 ? ? N DG -69 T DC 69 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? M DG 57 N2 ? ? ? 1_555 O DC 142 O2 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? M DT 65 O4 ? ? ? 1_555 O DA 134 N6 ? ? N DT -61 T DA 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? M DT 66 N3 ? ? ? 1_555 O DA 133 N1 ? ? N DT -60 T DA 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog65 hydrog ? ? M DT 66 O4 ? ? ? 1_555 O DA 133 N6 ? ? N DT -60 T DA 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog66 hydrog ? ? M DT 67 N3 ? ? ? 1_555 O DA 132 N1 ? ? N DT -59 T DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog67 hydrog ? ? M DT 67 O4 ? ? ? 1_555 O DA 132 N6 ? ? N DT -59 T DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog68 hydrog ? ? M DC 68 N3 ? ? ? 1_555 O DG 131 N1 ? ? N DC -58 T DG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog69 hydrog ? ? M DC 68 N4 ? ? ? 1_555 O DG 131 O6 ? ? N DC -58 T DG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog70 hydrog ? ? M DC 68 O2 ? ? ? 1_555 O DG 131 N2 ? ? N DC -58 T DG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog71 hydrog ? ? M DT 69 N3 ? ? ? 1_555 O DA 130 N1 ? ? 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This sample contains 0.005% Tween20.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8JH3 'double helix' 8JH3 'a-form double helix' 8JH3 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 M DG 40 1_555 O DC 159 1_555 -0.199 -0.208 -0.723 -2.677 -3.515 1.437 1 N_DG-86:DC86_T N -86 ? 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