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EMDB EMD-36389 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the human nucleosome with scFv' _pdbx_database_related.db_id EMD-36389 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8JL9 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-06-02 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Oishi, T.' 1 0009-0005-1724-0670 'Hatazawa, S.' 2 0000-0002-5678-4049 'Kujirai, T.' 3 0000-0001-5547-9598 'Kato, J.' 4 ? 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_citation.pdbx_database_id_PubMed 37718728 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Oishi, T.' 1 ? primary 'Hatazawa, S.' 2 ? primary 'Kujirai, T.' 3 ? primary 'Kato, J.' 4 ? primary 'Kobayashi, Y.' 5 ? primary 'Ogasawara, M.' 6 ? primary 'Akatsu, M.' 7 ? primary 'Ehara, H.' 8 ? primary 'Sekine, S.I.' 9 ? primary 'Hayashi, G.' 10 ? primary 'Takizawa, Y.' 11 ? primary 'Kurumizaka, H.' 12 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8JL9 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? 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;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACGTAATATTGGCCAGCTAGGATCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCT TAAACGCACGTACGGAATCCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGG GATTGTGATCCTAGCTGGCCAATATTACGTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACGTAATATTGGCCAGCTAGGATCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCT TAAACGCACGTACGGATTCCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGG GATTGTGATCCTAGCTGGCCAATATTACGTGAT ; J ? # loop_ 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33 ILE n 2 34 THR n 2 35 LYS n 2 36 PRO n 2 37 ALA n 2 38 ILE n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 LEU n 2 42 ALA n 2 43 ARG n 2 44 ARG n 2 45 GLY n 2 46 GLY n 2 47 VAL n 2 48 LYS n 2 49 ARG n 2 50 ILE n 2 51 SER n 2 52 GLY n 2 53 LEU n 2 54 ILE n 2 55 TYR n 2 56 GLU n 2 57 GLU n 2 58 THR n 2 59 ARG n 2 60 GLY n 2 61 VAL n 2 62 LEU n 2 63 LYS n 2 64 VAL n 2 65 PHE n 2 66 LEU n 2 67 GLU n 2 68 ASN n 2 69 VAL n 2 70 ILE n 2 71 ARG n 2 72 ASP n 2 73 ALA n 2 74 VAL n 2 75 THR n 2 76 TYR n 2 77 THR n 2 78 GLU n 2 79 HIS n 2 80 ALA n 2 81 LYS n 2 82 ARG n 2 83 LYS n 2 84 THR n 2 85 VAL n 2 86 THR n 2 87 ALA n 2 88 MET n 2 89 ASP n 2 90 VAL n 2 91 VAL n 2 92 TYR n 2 93 ALA n 2 94 LEU n 2 95 LYS n 2 96 ARG n 2 97 GLN n 2 98 GLY n 2 99 ARG n 2 100 THR n 2 101 LEU n 2 102 TYR n 2 103 GLY n 2 104 PHE n 2 105 GLY n 2 106 GLY n 3 1 GLY n 3 2 SER n 3 3 HIS n 3 4 MET n 3 5 SER n 3 6 GLY n 3 7 ARG n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 GLN n 3 11 GLY n 3 12 GLY n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 ARG n 3 16 ALA n 3 17 LYS n 3 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 139 human ? ;H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J ; ? ? ? ? ? ? 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 8JL9 8JL9 ? 5 ? 1 6 PDB 8JL9 8JL9 ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8JL9 A 4 ? 139 ? 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