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EMDB EMD-36443 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2024-03-27 2 'Structure model' 1 1 2024-04-03 3 'Structure model' 1 2 2024-04-17 4 'Structure model' 1 3 2024-04-24 5 'Structure model' 1 4 2024-05-08 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database 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'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 5 'Structure model' '_citation.title' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8JNE _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-06-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'The cryo-EM structure of the decameric RAD51 ring bound to nucleosome without linker DNA binding' _pdbx_database_related.db_id EMD-36443 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 5 _pdbx_contact_author.email kurumizaka@iqb.u-tokyo.ac.jp _pdbx_contact_author.name_first Hitoshi _pdbx_contact_author.name_last Kurumizaka _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-7412-3722 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Shioi, T.' 1 0009-0005-8891-0037 'Hatazawa, S.' 2 0000-0002-5678-4049 'Ogasawara, M.' 3 0000-0003-3248-2270 'Takizawa, Y.' 4 0000-0002-6265-4830 'Kurumizaka, H.' 5 0000-0001-7412-3722 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 628 _citation.language ? _citation.page_first 212 _citation.page_last 220 _citation.title 'Cryo-EM structures of RAD51 assembled on nucleosomes containing a DSB site.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-024-07196-4 _citation.pdbx_database_id_PubMed 38509361 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Shioi, T.' 1 ? primary 'Hatazawa, S.' 2 ? primary 'Oya, E.' 3 ? primary 'Hosoya, N.' 4 ? primary 'Kobayashi, W.' 5 ? primary 'Ogasawara, M.' 6 ? primary 'Kobayashi, T.' 7 ? primary 'Takizawa, Y.' 8 ? primary 'Kurumizaka, H.' 9 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15719.445 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 2 ? ? ? ? 3 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DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACACCCAAGACACCAGGCACGAGACAGAAAAAAACAACGAAAACGGCCACCA ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;TGGCCGTTTTCGTTGTTTTTTTCTGTCTCGTGCCTGGTGTCTTGGGTGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACA GCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GSHMAMQMQLEANADTSVEEESFGPQPISRLEQCGINANDVKKLEEAGFHTVEAVAYAPKKELINIKGISEAKADKILAE AAKLVPMGFTTATEFHQRRSEIIQITTGSKELDKLLQGGIETGSITEMFGEFRTGKTQICHTLAVTCQLPIDRGGGEGKA MYIDTEGTFRPERLLAVAERYGLSGSDVLDNVAYARAFNTDHQTQLLYQASAMMVESRYALLIVDSATALYRTDYSGRGE LSARQMHLARFLRMLLRLADEFGVAVVITNQVVAQVDGAAMFAADPKKPIGGNIIAHASTTRLYLRKGRGETRICKIYDS PCLPEAEAMFAINADGVGDAKD ; ;GSHMAMQMQLEANADTSVEEESFGPQPISRLEQCGINANDVKKLEEAGFHTVEAVAYAPKKELINIKGISEAKADKILAE AAKLVPMGFTTATEFHQRRSEIIQITTGSKELDKLLQGGIETGSITEMFGEFRTGKTQICHTLAVTCQLPIDRGGGEGKA MYIDTEGTFRPERLLAVAERYGLSGSDVLDNVAYARAFNTDHQTQLLYQASAMMVESRYALLIVDSATALYRTDYSGRGE LSARQMHLARFLRMLLRLADEFGVAVVITNQVVAQVDGAAMFAADPKKPIGGNIIAHASTTRLYLRKGRGETRICKIYDS PCLPEAEAMFAINADGVGDAKD ; K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 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VAL n 1 122 THR n 1 123 ILE n 1 124 MET n 1 125 PRO n 1 126 LYS n 1 127 ASP n 1 128 ILE n 1 129 GLN n 1 130 LEU n 1 131 ALA n 1 132 ARG n 1 133 ARG n 1 134 ILE n 1 135 ARG n 1 136 GLY n 1 137 GLU n 1 138 ARG n 1 139 ALA n 2 1 GLY n 2 2 SER n 2 3 HIS n 2 4 MET n 2 5 SER n 2 6 GLY n 2 7 ARG n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 LEU n 2 15 GLY n 2 16 LYS n 2 17 GLY n 2 18 GLY n 2 19 ALA n 2 20 LYS n 2 21 ARG n 2 22 HIS n 2 23 ARG n 2 24 LYS n 2 25 VAL n 2 26 LEU n 2 27 ARG n 2 28 ASP n 2 29 ASN n 2 30 ILE n 2 31 GLN n 2 32 GLY n 2 33 ILE n 2 34 THR n 2 35 LYS n 2 36 PRO n 2 37 ALA n 2 38 ILE n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 LEU n 2 42 ALA n 2 43 ARG n 2 44 ARG n 2 45 GLY n 2 46 GLY n 2 47 VAL n 2 48 LYS n 2 49 ARG n 2 50 ILE n 2 51 SER n 2 52 GLY n 2 53 LEU n 2 54 ILE n 2 55 TYR n 2 56 GLU n 2 57 GLU n 2 58 THR n 2 59 ARG n 2 60 GLY n 2 61 VAL n 2 62 LEU n 2 63 LYS n 2 64 VAL n 2 65 PHE n 2 66 LEU n 2 67 GLU n 2 68 ASN n 2 69 VAL n 2 70 ILE n 2 71 ARG n 2 72 ASP n 2 73 ALA n 2 74 VAL n 2 75 THR n 2 76 TYR n 2 77 THR n 2 78 GLU n 2 79 HIS n 2 80 ALA n 2 81 LYS n 2 82 ARG n 2 83 LYS n 2 84 THR n 2 85 VAL n 2 86 THR n 2 87 ALA n 2 88 MET n 2 89 ASP n 2 90 VAL n 2 91 VAL n 2 92 TYR n 2 93 ALA n 2 94 LEU n 2 95 LYS n 2 96 ARG n 2 97 GLN n 2 98 GLY n 2 99 ARG n 2 100 THR n 2 101 LEU n 2 102 TYR n 2 103 GLY n 2 104 PHE n 2 105 GLY n 2 106 GLY n 3 1 GLY n 3 2 SER n 3 3 HIS n 3 4 MET n 3 5 SER n 3 6 GLY n 3 7 ARG n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 GLN n 3 11 GLY n 3 12 GLY n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 ARG n 3 16 ALA n 3 17 LYS n 3 18 ALA n 3 19 LYS n 3 20 THR n 3 21 ARG n 3 22 SER n 3 23 SER n 3 24 ARG n 3 25 ALA n 3 26 GLY n 3 27 LEU n 3 28 GLN n 3 29 PHE n 3 30 PRO n 3 31 VAL n 3 32 GLY n 3 33 ARG n 3 34 VAL n 3 35 HIS n 3 36 ARG n 3 37 LEU n 3 38 LEU n 3 39 ARG n 3 40 LYS n 3 41 GLY n 3 42 ASN n 3 43 TYR n 3 44 SER n 3 45 GLU n 3 46 ARG n 3 47 VAL n 3 48 GLY n 3 49 ALA n 3 50 GLY n 3 51 ALA n 3 52 PRO n 3 53 VAL n 3 54 TYR n 3 55 LEU n 3 56 ALA n 3 57 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'expression tag' 0 54 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 20-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 20 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 48 ? 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I DC 152 O2 ? ? ? 1_555 J DG 2 N2 ? ? I DC 152 J DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 9 ? AB3 ? 9 ? AB4 ? 9 ? AB5 ? 9 ? AB6 ? 9 ? AB7 ? 9 ? AB8 ? 9 ? AB9 ? 9 ? AC1 ? 9 ? 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