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K63R ? 'GSGGS linker sequence remaining at C-terminus after TEV cleavage' 28 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 3 ? ? ? ? 29 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 4 ? ? ? ? 30 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 '26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT1,Proteasome 26S subunit ATPase 2,Protein MSS1' 2 'P26s4,26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT2,Proteasome 26S subunit ATPase 1' 3 '26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT3,MB67-interacting protein,MIP224,Proteasome 26S subunit ATPase 4,Tat-binding protein 7,TBP-7' 4 '26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT5,Proteasome 26S subunit ATPase 3,Proteasome subunit P50,Tat-binding protein 1,TBP-1' 5 ;26S proteasome AAA-ATPase subunit RPT6,Proteasome 26S subunit ATPase 5,Proteasome subunit p45,Thyroid hormone receptor-interacting protein 1,TRIP1,p45/SUG ; 6 '27 kDa prosomal protein,p27K,Macropain iota chain,Multicatalytic endopeptidase complex iota chain,Proteasome iota chain' 7 'Macropain subunit C3,Multicatalytic endopeptidase complex subunit C3,Proteasome component C3' 8 'Macropain subunit C9,Multicatalytic endopeptidase complex subunit C9,Proteasome component C9,Proteasome subunit L' 9 'Proteasome subunit RC6-1,Proteasome subunit XAPC7' 10 'Macropain zeta chain,Multicatalytic endopeptidase complex zeta chain,Proteasome zeta chain' 11 ;30 kDa prosomal protein,PROS-30,Macropain subunit C2,Multicatalytic endopeptidase complex subunit C2,Proteasome component C2,Proteasome nu chain ; 12 'Macropain subunit C8,Multicatalytic endopeptidase complex subunit C8,Proteasome component C8' 13 '26S proteasome regulatory subunit RPN3,26S proteasome regulatory subunit S3,Proteasome subunit p58' 14 '26S proteasome regulatory subunit RPN5,26S proteasome regulatory subunit p55' 15 '26S proteasome regulatory subunit RPN6,26S proteasome regulatory subunit S9,26S proteasome regulatory subunit p44.5' 16 ;26S proteasome regulatory subunit RPN7,26S 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;MPDYLGADQRKTKEDEKDDKPIRALDEGDIALLKTYGQSTYSRQIKQVEDDIQQLLKKINELTGIKESDTGLAPPALWDL AADKQTLQSEQPLQVARCTKIINADSEDPKYIINVKQFAKFVVDLSDQVAPTDIEEGMRVGVDRNKYQIHIPLPPKIDPT VTMMQVEEKPDVTYSDVGGCKEQIEKLREVVETPLLHPERFVNLGIEPPKGVLLFGPPGTGKTLCARAVANRTDACFIRV IGSELVQKYVGEGARMVRELFEMARTKKACLIFFDEIDAIGGARFDDGAGGDNEVQRTMLELINQLDGFDPRGNIKVLMA TNRPDTLDPALMRPGRLDRKIEFSLPDLEGRTHIFKIHARSMSVERDIRFELLARLCPNSTGAEIRSVCTEAGMFAIRAR RKIATEKDFLEAVNKVIKSYAKFSATPRYMTYN ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MGQSQSGGHGPGGGKKDDKDKKKKYEPPVPTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIR NQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVI GVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVA NQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFD SRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICT EAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL ; ;MGQSQSGGHGPGGGKKDDKDKKKKYEPPVPTRVGKKKKKTKGPDAASKLPLVTPHTQCRLKLLKLERIKDYLLMEEEFIR NQEQMKPLEEKQEEERSKVDDLRGTPMSVGTLEEIIDDNHAIVSTSVGSEHYVSILSFVDKDLLEPGCSVLLNHKVHAVI GVLMDDTDPLVTVMKVEKAPQETYADIGGLDNQIQEIKESVELPLTHPEYYEEMGIKPPKGVILYGPPGTGKTLLAKAVA NQTSATFLRVVGSELIQKYLGDGPKLVRELFRVAEEHAPSIVFIDEIDAIGTKRYDSNSGGEREIQRTMLELLNQLDGFD SRGDVKVIMATNRIETLDPALIRPGRIDRKIEFPLPDEKTKKRIFQIHTSRMTLADDVTLDDLIMAKDDLSGADIKAICT EAGLMALRERRMKVTNEDFKKSKENVLYKKQEGTPEGLYL ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIKDEQKNLKKEFLHAQEEVK RIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKP DVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYL GEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNRADTLDPA LLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFE KAYKTVIKKDEQEHEFYK ; ;MEEIGILVEKAQDEIPALSVSRPQTGLSFLGPEPEDLEDLYSRYKKLQQELEFLEVQEEYIKDEQKNLKKEFLHAQEEVK RIQSIPLVIGQFLEAVDQNTAIVGSTTGSNYYVRILSTIDRELLKPNASVALHKHSNALVDVLPPEADSSIMMLTSDQKP DVMYADIGGMDIQKQEVREAVELPLTHFELYKQIGIDPPRGVLMYGPPGCGKTMLAKAVAHHTTAAFIRVVGSEFVQKYL GEGPRMVRDVFRLAKENAPAIIFIDEIDAIATKRFDAQTGADREVQRILLELLNQMDGFDQNVNVKVIMATNRADTLDPA LLRPGRLDRKIEFPLPDRRQKRLIFSTITSKMNLSEEVDLEDYVARPDKISGADINSICQESGMLAVRENRYIVLAKDFE KAYKTVIKKDEQEHEFYK ; D ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKI KVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLI LETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARAC AAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGF QPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVC VEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA ; ;MNLLPNIESPVTRQEKMATVWDEAEQDGIGEEVLKMSTEEIIQRTRLLDSEIKIMKSEVLRVTHELQAMKDKIKENSEKI KVNKTLPYLVSNVIELLDVDPNDQEEDGANIDLDSQRKGKCAVIKTSTRQTYFLPVIGLVDAEKLKPGDLVGVNKDSYLI LETLPTEYDSRVKAMEVDERPTEQYSDIGGLDKQIQELVEAIVLPMNHKEKFENLGIQPPKGVLMYGPPGTGKTLLARAC AAQTKATFLKLAGPQLVQMFIGDGAKLVRDAFALAKEKAPSIIFIDELDAIGTKRFDSEKAGDREVQRTMLELLNQLDGF QPNTQVKVIAATNRVDILDPALLRSGRLDRKIEFPMPNEEARARIMQIHSRKMNVSPDVNYEELARCTDDFNGAQCKAVC VEAGMIALRRGATELTHEDYMEGILEVQAKKKANLQYYA ; F ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MALDGPEQMELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQRNELNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRAM DKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKE IKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGEGARMVRELFVMARE HAPSIIFMDEIDSIGSSRLEGGSGGDSEVQRTMLELLNQLDGFEATKNIKVIMATNRIDILDSALLRPGRIDRKIEFPPP NEEARLDILKIHSRKMNLTRGINLRKIAELMPGASGAEVKGVCTEAGMYALRERRVHVTQEDFEMAVAKVMQKDSEKNMS IKKLWK ; ;MALDGPEQMELEEGKAGSGLRQYYLSKIEELQLIVNDKSQNLRRLQAQRNELNAKVRLLREELQLLQEQGSYVGEVVRAM DKKKVLVKVHPEGKFVVDVDKNIDINDVTPNCRVALRNDSYTLHKILPNKVDPLVSLMMVEKVPDSTYEMIGGLDKQIKE IKEVIELPVKHPELFEALGIAQPKGVLLYGPPGTGKTLLARAVAHHTDCTFIRVSGSELVQKFIGEGARMVRELFVMARE 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14 ;MADGGSERADGRIVKMEVDYSATVDQRLPECAKLAKEGRLQEVIETLLSLEKQTRTASDMVSTSRILVAVVKMCYEAKEW DLLNENIMLLSKRRSQLKQAVAKMVQQCCTYVEEITDLPIKLRLIDTLRMVTEGKIYVEIERARLTKTLATIKEQNGDVK EAASILQELQVETYGSMEKKERVEFILEQMRLCLAVKDYIRTQIISKKINTKFFQEENTEKLKLKYYNLMIQLDQHEGSY LSICKHYRAIYDTPCIQAESEKWQQALKSVVLYVILAPFDNEQSDLVHRISGDKKLEEIPKYKDLLKLFTTMELMRWSTL VEDYGMELRKGSLESPATDVFGSTEEGEKRWKDLKNRVVEHNIRIMAKYYTRITMKRMAQLLDLSVDESEAFLSNLVVNK TIFAKVDRLAGIINFQRPKDPNNLLNDWSQKLNSLMSLVNKTTHLIAKEEMIHNLQ ; 1 15 UNP PSD11_HUMAN O00231 ? 15 ;MAAAAVVEFQRAQSLLSTDREASIDILHSIVKRDIQENDEEAVQVKEQSILELGSLLAKTGQAAELGGLLKYVRPFLNSI SKAKAARLVRSLLDLFLDMEAATGQEVELCLECIEWAKSEKRTFLRQALEARLVSLYFDTKRYQEALHLGSQLLRELKKM DDKALLVEVQLLESKTYHALSNLPKARAALTSARTTANAIYCPPKLQATLDMQSGIIHAAEEKDWKTAYSYFYEAFEGYD SIDSPKAITSLKYMLLCKIMLNTPEDVQALVSGKLALRYAGRQTEALKCVAQASKNRSLADFEKALTDYRAELRDDPIIS THLAKLYDNLLEQNLIRVIEPFSRVQIEHISSLIKLSKADVERKLSQMILDKKFHGILDQGEGVLIIFDEPPVDKTYEAA LETIQNMSKVVDSLYNKAKKLT ; 1 16 UNP PSMD6_HUMAN Q15008 ? 16 ;MPLENLEEEGLPKNPDLRIAQLRFLLSLPEHRGDAAVRDELMAAVRDNNMAPYYEALCKSLDWQIDVDLLNKMKKANEDE LKRLDEELEDAEKNLGESEIRDAMMAKAEYLCRIGDKEGALTAFRKTYDKTVALGHRLDIVFYLLRIGLFYMDNDLITRN TEKAKSLIEEGGDWDRRNRLKVYQGLYCVAIRDFKQAAELFLDTVSTFTSYELMDYKTFVTYTVYVSMIALERPDLREKV IKGAEILEVLHSLPAVRQYLFSLYECRYSVFFQSLAVVEQEMKKDWLFAPHYRYYVREMRIHAYSQLLESYRSLTLGYMA EAFGVGVEFIDQELSRFIAAGRLHCKIDKVNEIVETNRPDSKNWQYQETIKKGDLLLNRVQKLSRVINM ; 1 17 UNP PSMD8_HUMAN P48556 ? 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23 ;MPELAVQKVVVHPLVLLSVVDHFNRIGKVGNQKRVVGVLLGSWQKKVLDVSNSFAVPFDEDDKDDSVWFLDHDYLENMYG MFKKVNARERIVGWYHTGPKLHKNDIAINELMKRYCPNSVLVIIDVKPKDLGLPTEAYISVEEVHDDGTPTSKTFEHVTS EIGAEEAEEVGVEHLLRDIKDTTVGTLSQRITNQVHGLKGLNSKLLDIRSYLEKVATGKLPINHQIIYQLQDVFNLLPDV SLQEFVKAFYLKTNDQMVVVYLASLIRSVVALHNLINNKIANRDAEKKEGQEKEESKKDRKEDKEKDKDKEKSDVKKEEK KEKK ; 1 24 UNP PSD13_HUMAN Q9UNM6 ? 24 ;MKDVPGFLQQSQNSGPGQPAVWHRLEELYTKKLWHQLTLQVLDFVQDPCFAQGDGLIKLYENFISEFEHRVNPLSLVEII LHVVRQMTDPNVALTFLEKTREKVKSSDEAVILCKTAIGALKLNIGDLQVTKETIEDVEEMLNNLPGVTSVHSRFYDLSS KYYQTIGNHASYYKDALRFLGCVDIKDLPVSEQQERAFTLGLAGLLGEGVFNFGELLMHPVLESLRNTDRQWLIDTLYAF NSGNVERFQTLKTAWGQQPDLAANEAQLLRKIQLLCLMEMTFTRPANHRQLTFEEIAKSAKITVNEVELLVMKALSVGLV KGSIDEVDKRVHMTWVQPRVLDLQQIKGMKDRLEFWCTDVKSMEMLVEHQAHDILT ; 1 25 UNP PSMD4_HUMAN P55036 ? 25 ;MVLESTMVCVDNSEYMRNGDFLPTRLQAQQDAVNIVCHSKTRSNPENNVGLITLANDCEVLTTLTPDTGRILSKLHTVQP KGKITFCTGIRVAHLALKHRQGKNHKMRIIAFVGSPVEDNEKDLVKLAKRLKKEKVNVDIINFGEEEVNTEKLTAFVNTL NGKDGTGSHLVTVPPGPSLADALISSPILAGEGGAMLGLGASDFEFGVDPSADPELALALRVSMEEQRQRQEEEARRAAA ASAAEAGIATTGTEDSDDALLKMTISQQEFGRTGLPDLSSMTEEEQIAYAMQMSLQGAEFGQAESADIDASSAMDTSEPA KEEDDYDVMQDPEFLQSVLENLPGVDPNNEAIRNAMGSLASQATKDGKKDKKEEDKK ; 1 26 UNP PSDE_HUMAN O00487 ? 26 ;MDRLLRLGGGMPGLGQGPPTDAPAVDTAEQVYISSLALLKMLKHGRAGVPMEVMGLMLGEFVDDYTVRVIDVFAMPQSGT GVSVEAVDPVFQAKMLDMLKQTGRPEMVVGWYHSHPGFGCWLSGVDINTQQSFEALSERAVAVVVDPIQSVKGKVVIDAF RLINANMMVLGHEPRQTTSNLGHLNKPSIQALIHGLNRHYYSITINYRKNELEQKMLLNLHKKSWMEGLTLQDYSEHCKH NESVVKEMLELAKNYNKAVEEEDKMTPEQLAIKNVGKQDPKRHLEEHVDVLMTSNIVQCLAAMLDTVVFK ; 1 27 UNP UBB_HUMAN P0CG47 ? 27 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 77 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8K0G A 1 ? 433 ? 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'expression tag' 55 22 20 8K0G HIS y 66 ? UNP P38634 ? ? 'expression tag' 56 23 20 8K0G HIS y 67 ? UNP P38634 ? ? 'expression tag' 57 24 20 8K0G HIS y 68 ? UNP P38634 ? ? 'expression tag' 58 25 20 8K0G HIS y 69 ? UNP P38634 ? ? 'expression tag' 59 26 27 8K0G GLY u 1 ? UNP P0CG47 ? ? linker -4 27 27 8K0G SER u 2 ? UNP P0CG47 ? ? linker -3 28 27 8K0G GLY u 3 ? UNP P0CG47 ? ? linker -2 29 27 8K0G GLY u 4 ? UNP P0CG47 ? ? linker -1 30 27 8K0G SER u 5 ? UNP P0CG47 ? ? linker 0 31 27 8K0G ARG u 68 ? UNP P0CG47 LYS 139 'engineered mutation' 63 32 28 8K0G GLY v 1 ? UNP P0CG47 ? ? linker -4 33 28 8K0G SER v 2 ? UNP P0CG47 ? ? linker -3 34 28 8K0G GLY v 3 ? UNP P0CG47 ? ? linker -2 35 28 8K0G GLY v 4 ? UNP P0CG47 ? ? linker -1 36 28 8K0G SER v 5 ? UNP P0CG47 ? ? linker 0 37 28 8K0G ARG v 68 ? UNP P0CG47 LYS 139 'engineered mutation' 63 38 29 8K0G GLY w 1 ? UNP P0CG47 ? ? linker -4 39 29 8K0G SER w 2 ? UNP P0CG47 ? ? linker -3 40 29 8K0G GLY w 3 ? UNP P0CG47 ? ? linker -2 41 29 8K0G GLY w 4 ? UNP P0CG47 ? ? linker -1 42 29 8K0G SER w 5 ? UNP P0CG47 ? ? linker 0 43 29 8K0G ARG w 68 ? UNP P0CG47 LYS 139 'engineered mutation' 63 44 30 8K0G GLY x 1 ? UNP P0CG47 ? ? linker -4 45 30 8K0G SER x 2 ? UNP P0CG47 ? ? linker -3 46 30 8K0G GLY x 3 ? UNP P0CG47 ? ? linker -2 47 30 8K0G GLY x 4 ? UNP P0CG47 ? ? linker -1 48 30 8K0G SER x 5 ? UNP P0CG47 ? ? linker 0 49 30 8K0G ARG x 68 ? UNP P0CG47 LYS 139 'engineered mutation' 63 50 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 30-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 30 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' 'negative stain TEM' 2 1 'mass spectrometry' ? 3 1 'native gel electrophoresis' ? 4 1 cross-linking ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 26 ? 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C ADP 501 C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG1 ? 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C ADP 501 ? 1_555 71.3 ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 236 ? CYS A 270 ? CYS A 236 ? 1_555 CYS A 270 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS L 42 ? CYS L 187 ? CYS M 41 ? 1_555 CYS M 186 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS V 633 ? CYS V 659 ? CYS U 633 ? 1_555 CYS U 659 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 11 ? AA2 ? 8 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 8 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 8 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 6 ? AE2 ? 8 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 5 ? AE5 ? 5 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 7 8 ? anti-parallel AA1 8 9 ? anti-parallel AA1 9 10 ? anti-parallel AA1 10 11 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? parallel AD1 6 7 ? anti-parallel AD1 7 8 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? parallel AD4 3 4 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD8 6 7 ? parallel AD8 7 8 ? parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? parallel AE1 3 4 ? parallel AE1 4 5 ? parallel AE1 5 6 ? parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE2 5 6 ? anti-parallel AE2 6 7 ? parallel AE2 7 8 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE4 4 5 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE A 149 ? 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CYS A 270 PHE A 273 AA3 3 ILE A 315 ? ALA A 320 ? ILE A 315 ALA A 320 AA3 4 GLY A 211 ? PHE A 215 ? GLY A 211 PHE A 215 AA3 5 ARG A 339 ? GLU A 342 ? ARG A 339 GLU A 342 AA4 1 GLU B 130 ? HIS B 131 ? GLU B 130 HIS B 131 AA4 2 HIS B 120 ? SER B 124 ? HIS B 120 SER B 124 AA4 3 SER B 108 ? ASP B 117 ? SER B 108 ASP B 117 AA4 4 SER B 149 ? LEU B 152 ? SER B 149 LEU B 152 AA4 5 VAL B 159 ? VAL B 162 ? VAL B 159 VAL B 162 AA5 1 PHE B 247 ? VAL B 251 ? PHE B 247 VAL B 251 AA5 2 ILE B 281 ? ASP B 285 ? ILE B 281 ASP B 285 AA5 3 LYS B 326 ? ALA B 330 ? LYS B 326 ALA B 330 AA5 4 GLY B 221 ? TYR B 225 ? GLY B 221 TYR B 225 AA5 5 ARG B 349 ? GLU B 352 ? ARG B 349 GLU B 352 AA6 1 GLY C 108 ? VAL C 113 ? GLY D 108 VAL D 113 AA6 2 THR C 100 ? SER C 105 ? THR D 100 SER D 105 AA6 3 VAL C 88 ? ASP C 97 ? VAL D 88 ASP D 97 AA6 4 SER C 129 ? LEU C 132 ? SER D 129 LEU D 132 AA6 5 LEU C 139 ? VAL C 142 ? LEU D 139 VAL D 142 AA7 1 ALA C 226 ? VAL C 230 ? ALA D 226 VAL D 230 AA7 2 ALA C 260 ? ILE C 264 ? ALA D 260 ILE D 264 AA7 3 VAL C 307 ? THR C 311 ? VAL D 307 THR D 311 AA7 4 GLY C 201 ? TYR C 205 ? GLY D 201 TYR D 205 AA7 5 ARG C 329 ? GLU C 332 ? ARG D 329 GLU D 332 AA8 1 LEU D 249 ? LYS D 250 ? LEU F 249 LYS F 250 AA8 2 ILE D 282 ? ILE D 285 ? ILE F 282 ILE F 285 AA8 3 LYS D 327 ? ALA D 331 ? LYS F 327 ALA F 331 AA8 4 GLY D 222 ? TYR D 226 ? GLY F 222 TYR F 226 AA8 5 ARG D 350 ? GLU D 353 ? ARG F 350 GLU F 353 AA9 1 PHE E 95 ? VAL E 97 ? PHE C 95 VAL C 97 AA9 2 VAL E 85 ? VAL E 89 ? VAL C 85 VAL C 89 AA9 3 SER E 71 ? ALA E 79 ? SER C 71 ALA C 79 AA9 4 ARG E 113 ? ARG E 117 ? ARG C 113 ARG C 117 AA9 5 LEU E 123 ? LEU E 127 ? LEU C 123 LEU C 127 AB1 1 THR E 210 ? PHE E 211 ? THR C 210 PHE C 211 AB1 2 SER E 244 ? PHE E 247 ? SER C 244 PHE C 247 AB1 3 ILE E 289 ? THR E 295 ? ILE C 289 THR C 295 AB1 4 VAL E 186 ? TYR E 189 ? VAL C 186 TYR C 189 AB1 5 ARG E 313 ? GLU E 316 ? ARG C 313 GLU C 316 AB2 1 THR F 166 ? GLY F 169 ? THR G 166 GLY G 169 AB2 2 THR F 38 ? GLY F 44 ? THR G 38 GLY G 44 AB2 3 CYS F 47 ? GLN F 53 ? CYS G 47 GLN G 53 AB2 4 ILE F 215 ? THR F 221 ? ILE G 215 THR G 221 AB2 5 ASN F 224 ? ILE F 229 ? ASN G 224 ILE G 229 AB3 1 PHE F 70 ? THR F 73 ? PHE G 70 THR G 73 AB3 2 ILE F 76 ? MET F 80 ? ILE G 76 MET G 80 AB3 3 MET F 138 ? ASP F 144 ? MET G 138 ASP G 144 AB3 4 GLY F 148 ? CYS F 154 ? GLY G 148 CYS G 154 AB3 5 TYR F 160 ? CYS F 161 ? TYR G 160 CYS G 161 AB4 1 ALA G 160 ? MET G 163 ? ALA H 160 MET H 163 AB4 2 SER G 35 ? LYS G 39 ? SER H 35 LYS H 39 AB4 3 VAL G 44 ? GLU G 49 ? VAL H 44 GLU H 49 AB4 4 ILE G 208 ? ASN G 214 ? ILE H 208 ASN H 214 AB4 5 GLY G 217 ? ARG G 220 ? GLY H 217 ARG H 220 AB5 1 GLU G 66 ? THR G 69 ? GLU H 66 THR H 69 AB5 2 ILE G 72 ? GLY G 78 ? ILE H 72 GLY H 78 AB5 3 VAL G 132 ? ASN G 140 ? VAL H 132 ASN H 140 AB5 4 ARG G 143 ? SER G 149 ? ARG H 143 SER H 149 AB5 5 TYR G 155 ? ALA G 157 ? TYR H 155 ALA H 157 AB6 1 ALA H 161 ? CYS H 163 ? ALA I 161 CYS I 163 AB6 2 CYS H 34 ? ALA H 39 ? 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Some parts of the map were then improved by using focused local refinement. ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 84476 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 2 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.6 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 RECOMBINANT COMPLEX 'Human 26S proteasome' ;Images of double-capped (RP-CP-RP) 26S proteasome particles were split in half. After combining with subset of single-capped (RP-CP) complexes the signal in particle images was partially subtracted leaving only the signal of 19S RP together with alpha subunits of the 20S CP proteasomal subcomplex. ; ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27' 2 1 RECOMBINANT COMPLEX '19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome' ? ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 21, 22, 23, 24, 25, 26' 3 2 RECOMBINANT COMPLEX 'AAA+-ATPase of 19S regulatory particle (RP) of human 26S proteasome' ? ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 21' 4 1 RECOMBINANT COMPLEX 'alpha subunits of the 20S core particle (CP) of human 26S proteasome' ? ? ? '6, 7, 8, 9, 10, 11, 12' 5 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Ubiquitinated substrate' 'Sic1_PY conjugated with K11/K48-branched ubiquitin chain.' ? ? '20, 27' 6 5 RECOMBINANT COMPLEX 'K11/K48-branched ubiquitin (Ub) chain composed of four Ub.' ? ? ? 27 7 5 RECOMBINANT COMPLEX 'Sic1_PY substrate polypeptide' ? ? ? 20 # _em_imaging.entry_id 8K0G _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1200 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 70000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details '20 mA' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 8K0G _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;incubation time= 3 s blotting time= 2.5 s ; # _em_experiment.entry_id 8K0G _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8K0G _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A PRO 2 ? A PRO 2 3 1 Y 1 A ASP 3 ? A ASP 3 4 1 Y 1 A TYR 4 ? A TYR 4 5 1 Y 1 A LEU 5 ? A LEU 5 6 1 Y 1 A GLY 6 ? A GLY 6 7 1 Y 1 A ALA 7 ? A ALA 7 8 1 Y 1 A ASP 8 ? A ASP 8 9 1 Y 1 A GLN 9 ? A GLN 9 10 1 Y 1 A ARG 10 ? A ARG 10 11 1 Y 1 A LYS 11 ? A LYS 11 12 1 Y 1 A THR 12 ? A THR 12 13 1 Y 1 A LYS 13 ? A LYS 13 14 1 Y 1 A GLU 14 ? A GLU 14 15 1 Y 1 A ASP 15 ? A ASP 15 16 1 Y 1 A GLU 16 ? A GLU 16 17 1 Y 1 A LYS 17 ? A LYS 17 18 1 Y 1 A ASP 18 ? A ASP 18 19 1 Y 1 A ASP 19 ? A ASP 19 20 1 Y 1 A LYS 20 ? A LYS 20 21 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 22 1 Y 1 B GLY 2 ? B GLY 2 23 1 Y 1 B GLN 3 ? B GLN 3 24 1 Y 1 B SER 4 ? B SER 4 25 1 Y 1 B GLN 5 ? B GLN 5 26 1 Y 1 B SER 6 ? B SER 6 27 1 Y 1 B GLY 7 ? B GLY 7 28 1 Y 1 B GLY 8 ? B GLY 8 29 1 Y 1 B HIS 9 ? B HIS 9 30 1 Y 1 B GLY 10 ? B GLY 10 31 1 Y 1 B PRO 11 ? B PRO 11 32 1 Y 1 B GLY 12 ? B GLY 12 33 1 Y 1 B GLY 13 ? B GLY 13 34 1 Y 1 B GLY 14 ? B GLY 14 35 1 Y 1 B LYS 15 ? B LYS 15 36 1 Y 1 B LYS 16 ? B LYS 16 37 1 Y 1 B ASP 17 ? B ASP 17 38 1 Y 1 B ASP 18 ? B ASP 18 39 1 Y 1 B LYS 19 ? B LYS 19 40 1 Y 1 B ASP 20 ? B ASP 20 41 1 Y 1 B LYS 21 ? B LYS 21 42 1 Y 1 B LYS 22 ? B LYS 22 43 1 Y 1 B LYS 23 ? B LYS 23 44 1 Y 1 B LYS 24 ? B LYS 24 45 1 Y 1 B TYR 25 ? B TYR 25 46 1 Y 1 B GLU 26 ? B GLU 26 47 1 Y 1 B PRO 27 ? B PRO 27 48 1 Y 1 B PRO 28 ? B PRO 28 49 1 Y 1 B VAL 29 ? B VAL 29 50 1 Y 1 B PRO 30 ? B PRO 30 51 1 Y 1 B THR 31 ? B THR 31 52 1 Y 1 B ARG 32 ? B ARG 32 53 1 Y 1 B VAL 33 ? B VAL 33 54 1 Y 1 B GLY 34 ? B GLY 34 55 1 Y 1 B LYS 35 ? B LYS 35 56 1 Y 1 B LYS 36 ? B LYS 36 57 1 Y 1 D MET 1 ? C MET 1 58 1 Y 1 D GLU 2 ? C GLU 2 59 1 Y 1 D GLU 3 ? C GLU 3 60 1 Y 1 D ILE 4 ? C ILE 4 61 1 Y 1 D GLY 5 ? C GLY 5 62 1 Y 1 D ILE 6 ? C ILE 6 63 1 Y 1 D LEU 7 ? C LEU 7 64 1 Y 1 D VAL 8 ? C VAL 8 65 1 Y 1 D GLU 9 ? C GLU 9 66 1 Y 1 D LYS 10 ? C LYS 10 67 1 Y 1 D ALA 11 ? C ALA 11 68 1 Y 1 D GLN 12 ? C GLN 12 69 1 Y 1 D ASP 13 ? C ASP 13 70 1 Y 1 D GLU 14 ? C GLU 14 71 1 Y 1 D ILE 15 ? 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D VAL 11 106 1 Y 1 F THR 12 ? D THR 12 107 1 Y 1 F ARG 13 ? D ARG 13 108 1 Y 1 F GLN 14 ? D GLN 14 109 1 Y 1 F GLU 15 ? D GLU 15 110 1 Y 1 F LYS 16 ? D LYS 16 111 1 Y 1 F MET 17 ? D MET 17 112 1 Y 1 F ALA 18 ? D ALA 18 113 1 Y 1 F THR 19 ? D THR 19 114 1 Y 1 F VAL 20 ? D VAL 20 115 1 Y 1 F TRP 21 ? D TRP 21 116 1 Y 1 F ASP 22 ? D ASP 22 117 1 Y 1 F GLU 23 ? D GLU 23 118 1 Y 1 F ALA 24 ? D ALA 24 119 1 Y 1 F ASP 100 ? D ASP 100 120 1 Y 1 F PRO 101 ? D PRO 101 121 1 Y 1 F ASN 102 ? D ASN 102 122 1 Y 1 F ASP 103 ? D ASP 103 123 1 Y 1 F GLN 104 ? D GLN 104 124 1 Y 1 F GLU 105 ? D GLU 105 125 1 Y 1 F GLU 106 ? D GLU 106 126 1 Y 1 F ASP 107 ? D ASP 107 127 1 Y 1 F GLY 108 ? D GLY 108 128 1 Y 1 F ALA 109 ? D ALA 109 129 1 Y 1 F ASN 110 ? D ASN 110 130 1 Y 1 F ILE 111 ? D ILE 111 131 1 Y 1 F ASP 112 ? D ASP 112 132 1 Y 1 F LEU 113 ? D LEU 113 133 1 Y 1 F ASP 114 ? D ASP 114 134 1 Y 1 F SER 115 ? D SER 115 135 1 Y 1 F GLN 116 ? D GLN 116 136 1 Y 1 F ARG 117 ? D ARG 117 137 1 Y 1 F LYS 118 ? 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G ALA 2 171 1 Y 1 H GLU 3 ? G GLU 3 172 1 Y 1 H ARG 4 ? G ARG 4 173 1 Y 1 I MET 1 ? H MET 1 174 1 Y 1 I SER 2 ? H SER 2 175 1 Y 1 I ARG 3 ? H ARG 3 176 1 Y 1 I LYS 252 ? H LYS 252 177 1 Y 1 I GLU 253 ? H GLU 253 178 1 Y 1 I LYS 254 ? H LYS 254 179 1 Y 1 I GLU 255 ? H GLU 255 180 1 Y 1 I GLN 256 ? H GLN 256 181 1 Y 1 I LYS 257 ? H LYS 257 182 1 Y 1 I GLU 258 ? H GLU 258 183 1 Y 1 I LYS 259 ? H LYS 259 184 1 Y 1 I ASP 260 ? H ASP 260 185 1 Y 1 I LYS 261 ? H LYS 261 186 1 Y 1 J MET 1 ? I MET 1 187 1 Y 1 J LYS 241 ? I LYS 241 188 1 Y 1 J LYS 242 ? I LYS 242 189 1 Y 1 J LYS 243 ? I LYS 243 190 1 Y 1 J GLN 244 ? I GLN 244 191 1 Y 1 J LYS 245 ? I LYS 245 192 1 Y 1 J LYS 246 ? I LYS 246 193 1 Y 1 J ALA 247 ? I ALA 247 194 1 Y 1 J SER 248 ? I SER 248 195 1 Y 1 K MET 1 ? J MET 1 196 1 Y 1 K PHE 2 ? J PHE 2 197 1 Y 1 K LEU 3 ? J LEU 3 198 1 Y 1 K THR 4 ? J THR 4 199 1 Y 1 K ARG 5 ? J ARG 5 200 1 Y 1 K SER 6 ? J SER 6 201 1 Y 1 K GLU 7 ? J GLU 7 202 1 Y 1 K ALA 128 ? 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RELION 3.1 RECONSTRUCTION ? 15 1 ? ? cryoSPARC 3.1 # _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details 'The complex was additionally supplemented with an excess of preformed and SEC-purified RPN13:UCHL5 complex.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan 'AS-CDA-109- L08' 1 'Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)' Taiwan 'MOST 109-3114-Y-001-001' 2 'Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)' Taiwan 'MOST 110-2113-M-001- 050-MY3' 3 'Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)' Taiwan 110-2311-B-001-013-MY3 4 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6MSK # _atom_sites.entry_id 8K0G _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C MG N O P S # loop_ #