data_8KES # _entry.id 8KES # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.404 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8KES pdb_00008kes 10.2210/pdb8kes/pdb WWPDB D_1300040264 ? ? EMDB EMD-37166 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-02-19 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-02-19 ? 3 'Half map' 1 0 2025-02-19 1 4 'Half map' 1 0 2025-02-19 2 5 Image 1 0 2025-02-19 ? 6 'Primary map' 1 0 2025-02-19 ? 7 'Structure model' 2 0 2025-02-26 ? 8 'EM metadata' 1 1 2025-02-26 ? 9 'Structure model' 2 1 2025-05-28 ? 10 'EM metadata' 2 0 2025-05-28 ? 11 'Structure model' 2 2 2025-06-04 ? 12 'EM metadata' 3 0 2025-06-04 ? 13 'Structure model' 2 3 2025-07-23 ? 14 'EM metadata' 3 1 2025-07-23 ? 15 'Structure model' 2 4 2025-09-03 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 Image repository 'Initial release' ? ? 6 6 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Model completeness' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 7 'Structure model' Advisory 2 7 'Structure model' 'Atomic model' 3 7 'Structure model' 'Author supporting evidence' 4 7 'Structure model' 'Data collection' 5 7 'Structure model' 'Derived calculations' 6 7 'Structure model' 'Source and taxonomy' 7 7 'Structure model' 'Structure summary' 8 8 'EM metadata' 'Experimental summary' 9 8 'EM metadata' 'Source and taxonomy' 10 8 'EM metadata' 'Structure summary' 11 9 'Structure model' 'Data collection' 12 9 'Structure model' 'Structure summary' 13 10 'EM metadata' 'Experimental summary' 14 10 'EM metadata' 'Source and taxonomy' 15 11 'Structure model' 'Data collection' 16 11 'Structure model' 'Structure summary' 17 12 'EM metadata' 'Experimental summary' 18 12 'EM metadata' 'Source and taxonomy' 19 13 'Structure model' 'Data collection' 20 14 'EM metadata' 'Data processing' 21 14 'EM metadata' 'Experimental summary' 22 15 'Structure model' 'Data collection' 23 15 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 7 'Structure model' atom_site 2 7 'Structure model' em_admin 3 7 'Structure model' entity 4 7 'Structure model' entity_name_com 5 7 'Structure model' entity_src_gen 6 7 'Structure model' 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'_citation.country' 35 15 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 36 15 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 37 15 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 38 15 'Structure model' '_citation.journal_volume' 39 15 'Structure model' '_citation.page_first' 40 15 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 41 15 'Structure model' '_citation.title' 42 15 'Structure model' '_citation.year' 43 15 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8KES _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-08-13 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of human complex B' _pdbx_database_related.db_id EMD-37166 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email hongwuqian@ustc.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Hongwu _pdbx_contact_author.name_last Qian _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9940-8003 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Qian, H.W.' 1 0000-0001-9940-8003 'He, J.J.' 2 0009-0005-0158-4532 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' 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IRETNIRDMFTQLDMDQLLGPEWDLYLMTIIALLLGTVIAYRQRQHQDMPAPRPPGPRPAPPQQEGPPEQQPPQ ; ;MRVRIGLTLLLCAVLLSLASASSDEEGSQDESLDSKTTLTSDESVKDHTTAGRVVAGQIFLDSEESELESSIQEEEDSLK SQEGESVTEDISFLESPNPENKDYEEPKKVRKPALTAIEGTAHGEPCHFPFLFLDKEYDECTSDGREDGRLWCATTYDYK ADEKWGFCETEEEAAKRRQMQEAEMMYQTGMKILNGSNKKSQKREAYRYLQKAASMNHTKALERVSYALLFGDYLPQNIQ AAREMFEKLTEEGSPKGQTALGFLYASGLGVNSSQAKALVYYTFGALGGNLIAHMVLGYRYWAGIGVLQSCESALTHYRL VANHVASDISLTGGSVVQRIRLPDEVENPGMNSGMLEEDLIQYYQFLAEKGDVQAQVGLGQLHLHGGRGVEQNHQRAFDY FNLAANAGNSHAMAFLGKMYSEGSDIVPQSNETALHYFKKAADMGNPVGQSGLGMAYLYGRGVQVNYDLALKYFQKAAEQ GWVDGQLQLGSMYYNGIGVKRDYKQALKYFNLASQGGHILAFYNLAQMHASGTGVMRSCHTAVELFKNVCERGRWSERLM TAYNSYKDGDYNAAVIQYLLLAEQGYEVAQSNAAFILDQREASIVGENETYPRALLHWNRAASQGYTVARIKLGDYHFYG FGTDVDYETAFIHYRLASEQQHSAQAMFNLGYMHEKGLGIKQDIHLAKRFYDMAAEASPDAQVPVFLALCKLGVVYFLQY IRETNIRDMFTQLDMDQLLGPEWDLYLMTIIALLLGTVIAYRQRQHQDMPAPRPPGPRPAPPQQEGPPEQQPPQ ; D,C ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MEEGGGGVRSLVPGGPVLLVLCGLLEASGGGRALPQLSDDIPFRVNWPGTEFSLPTTGVLYKEDNYVIMTTAHKEKYKCI 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_pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PHE n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 ALA n 1 6 VAL n 1 7 MET n 1 8 MET n 1 9 ALA n 1 10 ALA n 1 11 SER n 1 12 LEU n 1 13 ALA n 1 14 LEU n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 ALA n 1 18 VAL n 1 19 VAL n 1 20 ALA n 1 21 HIS n 1 22 ALA n 1 23 TYR n 1 24 TYR n 1 25 LEU n 1 26 LYS n 1 27 HIS n 1 28 GLN n 1 29 PHE n 1 30 TYR n 1 31 PRO n 1 32 THR n 1 33 VAL n 1 34 VAL n 1 35 TYR n 1 36 LEU n 1 37 THR n 1 38 LYS n 1 39 SER n 1 40 SER n 1 41 PRO n 1 42 SER n 1 43 MET n 1 44 ALA n 1 45 VAL n 1 46 LEU n 1 47 TYR n 1 48 ILE n 1 49 GLN n 1 50 ALA n 1 51 PHE n 1 52 VAL n 1 53 LEU n 1 54 VAL n 1 55 PHE n 1 56 LEU n 1 57 LEU n 1 58 GLY n 1 59 LYS n 1 60 VAL n 1 61 MET n 1 62 GLY n 1 63 LYS n 1 64 VAL n 1 65 PHE n 1 66 PHE n 1 67 GLY n 1 68 GLN n 1 69 LEU n 1 70 ARG n 1 71 ALA n 1 72 ALA n 1 73 GLU n 1 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G CYS 215 SG ? ? ? 1_555 G CYS 244 SG ? ? F CYS 215 F CYS 244 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? covale1 covale one ? B ASN 217 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? D ASN 217 D NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 272 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? D ASN 272 D NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 608 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? D ASN 608 D NAG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? D ASN 2 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? G ASN 350 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? F ASN 217 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 217 C NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? F ASN 272 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 272 C NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? F ASN 608 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? C ASN 608 C NAG 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? H ASN 2 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? H ASN 350 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? ? covale10 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I NAG 2 I MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale11 covale both ? I MAN . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale12 covale both ? I MAN . O4 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 3 I MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale13 covale both ? I MAN . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 4 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale14 covale both ? I MAN . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 4 I MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale15 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? ? covale16 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J NAG 2 J MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale17 covale both ? J MAN . 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J MAN 4 J MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG I . ? 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