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F 4 MG 1 1301 2 MG MG B . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8KGR _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8KGR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8KGR _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8KGR _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 14413 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.937 ? 19751 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.020 ? 8411 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.058 ? 2161 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 2292 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8KGR _struct.title 'Structure of African swine fever virus topoisomerase II in complex with dsDNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8KGR _struct_keywords.text 'topo 2, VIRAL PROTEIN-DNA COMPLEX' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8KGR 8KGR ? 1 ? 1 2 PDB 8KGR 8KGR ? 2 ? 1 3 UNP A0A2X0THW2_ASF A0A2X0THW2 ? 3 ;MEAFEISDFKEHAKKKSMWAGALNKVTISGLMGVFTEDEDLMALPIHRDHCPALLKIFDEIIVNATDHERACHNKTKKVT YIKISFDKGVFSCENDGPGIPIAKHEQASLIAKRDVYVPEVASCHFLAGTNINKAKDCIKGGTNGVGLKLAMVHSQWAIL TTADGAQKYVQHINQRLDIIEPPTITPSREMFTRIELMPVYQELGYAEPLSETEQADLSAWIYLRACQCAAYVGKGTTIY YNDKPCRTGSVMALAKMYTLLSAPNSTIHTATIKADAKPYSLHPLQVAAVVSPKFKKFEHVSVINGVNCVKGEHVTFLKK TINEMVVKKFQQTIKDKNRKTTLRDSCSNIFIVIVGSIPGIEWTGQRKDELSIAENVFKTHYSIPSSFLTSMTKSIVDIL LQSISKKDNHKQVDVDKYTRARNAGGKRAQDCMLLAAEGDSALSLLRTGLTLGKSNPSGPSFDFCGMISLGGVIMNACKK VTNITTDSGETIMVRNEQLTNNKVLQGIVQVLGLDFNCHYKTQEERAKLRYGCIVACVDQDLDGCGKILGLLLAYFHLFW PQLIIHGFVKRLLTPLIRVYEKGKTMPVEFYYEQEFDAWAKKQTSLANHTVKYYKGLAAHDTHEVKSMFKHFDNMVYTFT LDDSAKELFHIYFGGESELRKRELCTGVVPLTETQTQSIHSVRRIPCSLHLQVDTKAYKLDAIERQIPNFLDGMTRARRK ILAGGVKCFASNNRERKVFQFGGYVADHMFYHHGDMSLNTSIIKAAQYYPGSSHLYPVFIGIGSFGSRHLGGKDAGSPRY ISVQLASEFIKTMFPAEDSWLLPYVFEDGQRAEPEYYVPVLPLAIMEYGANPSEGWKYTTWARQLEDILALVRAYVDKDN PKHELLHYAIKHKITILPLRPSNYNFKGHLKRFGQYYYSYGTYVISEQRNIITITELPLRVPTVAYIESIKKSSNRMTFI EEIIDYSSSETIEILVKLKPNSLNRIVEEFKETEEQDSIENFLRLRNCLHSHLNFVKPKGGIIEFNTYYEILYAWLPYRR ELYQKRLMREHAVLKLRIIMETAIVRYINESAELNLSHYEDEKEASRILSEHGFPPLNHTLIISPEFASIEELNQKALQG CYTYILSLQARELLIAAKTRRVEKIKKMQARLDKVEQLLQESPFPGASVWLEEIDAVEKAIIKGRNTQWKFH ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8KGR C 1 ? 52 ? 8KGR 1 ? 52 ? 1 52 2 2 8KGR D 1 ? 52 ? 8KGR 1 ? 52 ? 1 52 3 3 8KGR A 5 ? 1196 ? 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'expression tag' 1207 38 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP C 444 ? 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A DA 39 N1 ? ? ? 1_555 B DT 14 N3 ? ? C DA 39 D DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? A DA 39 N6 ? ? ? 1_555 B DT 14 O4 ? ? C DA 39 D DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? A DT 40 N3 ? ? ? 1_555 B DA 13 N1 ? ? C DT 40 D DA 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? A DT 40 O4 ? ? ? 1_555 B DA 13 N6 ? ? C DT 40 D DA 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? A DA 41 N1 ? ? ? 1_555 B DT 12 N3 ? ? C DA 41 D DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? A DA 41 N6 ? ? ? 1_555 B DT 12 O4 ? ? C DA 41 D DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? A DT 42 N3 ? ? ? 1_555 B DA 11 N1 ? ? C DT 42 D DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? A DT 42 O4 ? ? ? 1_555 B DA 11 N6 ? ? C DT 42 D DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? A DA 43 N1 ? ? ? 1_555 B DT 10 N3 ? ? C DA 43 D DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? A DA 43 N6 ? ? ? 1_555 B DT 10 O4 ? ? C DA 43 D DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? A DT 44 N3 ? ? ? 1_555 B DA 9 N1 ? ? C DT 44 D DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? A DT 44 O4 ? ? ? 1_555 B DA 9 N6 ? ? C DT 44 D DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? A DA 45 N1 ? ? ? 1_555 B DT 8 N3 ? ? C DA 45 D DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? A DA 45 N6 ? ? ? 1_555 B DT 8 O4 ? ? C DA 45 D DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? A DT 46 N3 ? ? ? 1_555 B DA 7 N1 ? ? C DT 46 D DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? A DT 46 O4 ? ? ? 1_555 B DA 7 N6 ? ? C DT 46 D DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? A DA 47 N1 ? ? ? 1_555 B DT 6 N3 ? ? C DA 47 D DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DT PAIR' ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? A DT 48 N3 ? ? ? 1_555 B DT 6 O2 ? ? C DT 48 D DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DT MISPAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # _pdbx_struct_conn_angle.id 1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id OP1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id B _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id DA _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id 19 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id D _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id DA _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id 19 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id E _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id . _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id MG _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id 1301 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id OD2 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id C _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id ASP _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id 543 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id ASP _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id 539 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.value 98.7 _pdbx_struct_conn_angle.value_esd ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 1166 C . ? 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