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EMD-17928 'other EM volume' PDB . 8OFF unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8OFF _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-03-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Foglizzo, M.' 1 0000-0001-9132-4737 'Burdett, H.' 2 0000-0003-4803-9660 'Wilson, M.D.' 3 0000-0001-9551-5514 'Zeqiraj, E.' 4 0000-0003-0239-5926 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nucleic Acids Res.' _citation.journal_id_ASTM NARHAD _citation.journal_id_CSD 0389 _citation.journal_id_ISSN 1362-4962 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 51 _citation.language ? _citation.page_first 11080 _citation.page_last 11103 _citation.title 'BRCA1-BARD1 combines multiple chromatin recognition modules to bridge nascent nucleosomes.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1093/nar/gkad793 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37823591 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Burdett, H.' 1 ? primary 'Foglizzo, M.' 2 ? primary 'Musgrove, L.J.' 3 ? primary 'Kumar, D.' 4 ? primary 'Clifford, G.' 5 ? primary 'Campbell, L.J.' 6 ? primary 'Heath, G.R.' 7 ? primary 'Zeqiraj, E.' 8 ? primary 'Wilson, M.D.' 9 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8OFF _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8OFF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'DNA (142-MER)' 108097.586 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H3.1' 15366.088 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2B type 1-C/E/F/G/I' 13937.213 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2A type 1' 14121.537 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'BRCA1 associated RING domain 1' 85897.531 2 ? ? ? ? 7 polymer man Ubiquitin 8576.831 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 2 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'Histone H2B.1 A,Histone H2B.a,H2B/a,Histone H2B.g,H2B/g,Histone H2B.h,H2B/h,Histone H2B.k,H2B/k,Histone H2B.l,H2B/l' 4 'H2A.1,Histone H2A/ptl' 7 Polyubiquitin-C # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT) ; ;AATACGCGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCAC GTACGCGCTGTCCGCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTG TGCAATGTGTTCCATATGGAACACATTGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTT GGCGGTTAAAACGCGGCGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGG CACCGGGATTCTCCAGGGCGGCCGCGTATT ; J,I ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGER ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGER ; Ca,Cb ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; Ba,Bb ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; Aa,Ab ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; Da,Db ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MPGNRQLRVRSGNEPRPAPAMEPEGRGAWAHSRAAFDRLEKLLRCSRCTNILREPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPV CYTPAWIQDVKINRQLDSMIQLCSKLRNLLHDNKLSDLKEDTSRQNVFNDAENKKNSIKMWFSPRSKKVRYVVTKVSVQT QPQVIDDGNAQQASVYKFVSTSPPTSVPERAKKASTRSRKKQKKKTLAEINQEWNFEAEKEDGEPDSKEEFKEKLVSFCS QPSVIASPQTNGGIDLLASDSVTESECSRSLTEVSLPLAEQIESPETGSRNEDATPEKNACVDHLTSKQPLPSGHNGRPG RRSRRSSPVSKRCRSSIPGTSGQQMLLSENKPLPGCSSPPPSKRKVGDTLRRKNSNISDESMSLSPGTPPSTLNSPSYRR MMFSPSAVKLSPGSLTAVKRNHRGETLLHIASIKGDLPSVEYLLQNGSDPNVKDHAGWTPLHEACNHGHLKVVELLLQHK ALVNSTGYQNDSPLHDAAKNGHMDIVKLLLSYGASRNAVNIFGLRPVDYADGENMKSLLLLPEQNESSSTRHCSVTNTGQ RRDGPLVLIGSGLSSEQQKMLSELAVILKAKKCAEFDSTVTHVIVPGDTVQSTLKCMLGILNGCWILKFEWVKACLQRKA CEQEEKYEIPEGPQRSRLNKEQLLPKLFDGCYFYFGGAFKHHPKDNLVKLVTAAGGQVLSRKPKPDSDVTQTINTVAYHA KADSDQRFCTQYIIYEDLSNHRPERVRQGKVWMAPSSWFIDCVMSFELLPLDS ; ;MPGNRQLRVRSGNEPRPAPAMEPEGRGAWAHSRAAFDRLEKLLRCSRCTNILREPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPV CYTPAWIQDVKINRQLDSMIQLCSKLRNLLHDNKLSDLKEDTSRQNVFNDAENKKNSIKMWFSPRSKKVRYVVTKVSVQT QPQVIDDGNAQQASVYKFVSTSPPTSVPERAKKASTRSRKKQKKKTLAEINQEWNFEAEKEDGEPDSKEEFKEKLVSFCS QPSVIASPQTNGGIDLLASDSVTESECSRSLTEVSLPLAEQIESPETGSRNEDATPEKNACVDHLTSKQPLPSGHNGRPG RRSRRSSPVSKRCRSSIPGTSGQQMLLSENKPLPGCSSPPPSKRKVGDTLRRKNSNISDESMSLSPGTPPSTLNSPSYRR MMFSPSAVKLSPGSLTAVKRNHRGETLLHIASIKGDLPSVEYLLQNGSDPNVKDHAGWTPLHEACNHGHLKVVELLLQHK ALVNSTGYQNDSPLHDAAKNGHMDIVKLLLSYGASRNAVNIFGLRPVDYADGENMKSLLLLPEQNESSSTRHCSVTNTGQ RRDGPLVLIGSGLSSEQQKMLSELAVILKAKKCAEFDSTVTHVIVPGDTVQSTLKCMLGILNGCWILKFEWVKACLQRKA CEQEEKYEIPEGPQRSRLNKEQLLPKLFDGCYFYFGGAFKHHPKDNLVKLVTAAGGQVLSRKPKPDSDVTQTINTVAYHA KADSDQRFCTQYIIYEDLSNHRPERVRQGKVWMAPSSWFIDCVMSFELLPLDS ; Ea,Eb ? 7 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG Fa ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 DA n 1 2 DA n 1 3 DT n 1 4 DA n 1 5 DC n 1 6 DG n 1 7 DC n 1 8 DG n 1 9 DG n 1 10 DC n 1 11 DC n 1 12 DG n 1 13 DC n 1 14 DC n 1 15 DC n 1 16 DT n 1 17 DG n 1 18 DG n 1 19 DA n 1 20 DG n 1 21 DA n 1 22 DA n 1 23 DT n 1 24 DC n 1 25 DC n 1 26 DC n 1 27 DG n 1 28 DG n 1 29 DT n 1 30 DG n 1 31 DC n 1 32 DC n 1 33 DG n 1 34 DA n 1 35 DG n 1 36 DG n 1 37 DC n 1 38 DC n 1 39 DG n 1 40 DC n 1 41 DT n 1 42 DC n 1 43 DA n 1 44 DA n 1 45 DT n 1 46 DT n 1 47 DG n 1 48 DG n 1 49 DT n 1 50 DC n 1 51 DG n 1 52 DT n 1 53 DA n 1 54 DG n 1 55 DA n 1 56 DC n 1 57 DA n 1 58 DG n 1 59 DC n 1 60 DT n 1 61 DC n 1 62 DT n 1 63 DA n 1 64 DG n 1 65 DC n 1 66 DA n 1 67 DC n 1 68 DC n 1 69 DG n 1 70 DC n 1 71 DT n 1 72 DT n 1 73 DA n 1 74 DA n 1 75 DA n 1 76 DC n 1 77 DG n 1 78 DC n 1 79 DA n 1 80 DC n 1 81 DG n 1 82 DT n 1 83 DA n 1 84 DC n 1 85 DG n 1 86 DC n 1 87 DG n 1 88 DC n 1 89 DT n 1 90 DG n 1 91 DT n 1 92 DC n 1 93 DC n 1 94 DG n 1 95 DC n 1 96 DC n 1 97 DG n 1 98 DC n 1 99 DG n 1 100 DT n 1 101 DT n 1 102 DT n 1 103 DT n 1 104 DA n 1 105 DA n 1 106 DC n 1 107 DC n 1 108 DG n 1 109 DC n 1 110 DC n 1 111 DA n 1 112 DA n 1 113 DG n 1 114 DG n 1 115 DG n 1 116 DG n 1 117 DA n 1 118 DT n 1 119 DT n 1 120 DA n 1 121 DC n 1 122 DT n 1 123 DC n 1 124 DC n 1 125 DC n 1 126 DT n 1 127 DA n 1 128 DG n 1 129 DT n 1 130 DC n 1 131 DT n 1 132 DC n 1 133 DC n 1 134 DA n 1 135 DG n 1 136 DG n 1 137 DC n 1 138 DA n 1 139 DC n 1 140 DG n 1 141 DT n 1 142 DG n 1 143 DT n 1 144 DC n 1 145 DA n 1 146 DG n 1 147 DA n 1 148 DT n 1 149 DA n 1 150 DT n 1 151 DA n 1 152 DT n 1 153 DA n 1 154 DC n 1 155 DA n 1 156 DT n 1 157 DC n 1 158 DC n 1 159 DT n 1 160 DG n 1 161 DT n 1 162 DG n 1 163 DC n 1 164 DA n 1 165 DA n 1 166 DT n 1 167 DG n 1 168 DT n 1 169 DG n 1 170 DT n 1 171 DT n 1 172 DC n 1 173 DC n 1 174 DA n 1 175 DT n 1 176 DA n 1 177 DT n 1 178 DG n 1 179 DG n 1 180 DA n 1 181 DA n 1 182 DC n 1 183 DA n 1 184 DC n 1 185 DA n 1 186 DT n 1 187 DT n 1 188 DG n 1 189 DC n 1 190 DA n 1 191 DC n 1 192 DA n 1 193 DG n 1 194 DG n 1 195 DA n 1 196 DT n 1 197 DG n 1 198 DT n 1 199 DA n 1 200 DT n 1 201 DA n 1 202 DT n 1 203 DA n 1 204 DT n 1 205 DC n 1 206 DT n 1 207 DG n 1 208 DA n 1 209 DC n 1 210 DA n 1 211 DC n 1 212 DG n 1 213 DT n 1 214 DG n 1 215 DC n 1 216 DC n 1 217 DT n 1 218 DG n 1 219 DG n 1 220 DA n 1 221 DG n 1 222 DA n 1 223 DC n 1 224 DT n 1 225 DA n 1 226 DG n 1 227 DG n 1 228 DG n 1 229 DA n 1 230 DG n 1 231 DT n 1 232 DA n 1 233 DA n 1 234 DT n 1 235 DC n 1 236 DC n 1 237 DC n 1 238 DC n 1 239 DT n 1 240 DT n 1 241 DG n 1 242 DG n 1 243 DC n 1 244 DG n 1 245 DG n 1 246 DT n 1 247 DT n 1 248 DA n 1 249 DA n 1 250 DA n 1 251 DA 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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 135 human ? ;H3C1, H3FA, HIST1H3A, H3C2, H3FL, HIST1H3B, H3C3, H3FC HIST1H3C, H3C4, H3FB, HIST1H3D, H3C6, H3FD, HIST1H3E, H3C7, H3FI, HIST1H3F, H3C8, H3FH, HIST1H3G, H3C10, H3FK, HIST1H3H, H3C11, H3FF, HIST1H3I, H3C12, H3FJ, HIST1H3J ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 126 human ? 'HIST1H2BC, H2BFL, HIST1H2BE, H2BFH, HIST1H2BF, H2BFG, HIST1H2BG, H2BFA, HIST1H2BI, H2BFK' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 130 human ? 'H2AC11, H2AFP, HIST1H2AG, H2AC13, H2AFC, HIST1H2AI, H2AC15, H2AFD, HIST1H2AK, H2AC16, H2AFI, HIST1H2AL, H2AC17, H2AFN, HIST1H2AM' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 103 human ? ;HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 773 'domestic cat' ? BARD1 ? ? ? ? ? ? 'Felis catus' 9685 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 76 human ? UBC ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8OFF 8OFF ? 1 ? 1 2 UNP H31_HUMAN P68431 ? 2 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGER ; 1 3 UNP H2B1C_HUMAN P62807 ? 3 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 1 4 UNP H2A1_HUMAN P0C0S8 ? 4 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 5 UNP H4_HUMAN P62805 ? 5 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 6 UNP M3WD26_FELCA M3WD26 ? 6 ;MPGNRQLRVRSGNEPRPAPAMEPEGRGAWAHSRAAFDRLEKLLRCSRCTNILREPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPV CYTPAWIQDVKINRQLDSMIQLCSKLRNLLHDNKLSDLKEDTSRQNVFNDAENKKNSIKMWFSPRSKKVRYVVTKVSVQT QPQVIDDGNAQQASVYKFVSTSPPTSVPERAKKASTRSRKKQKKKTLAEINQEWNFEAEKEDGEPDSKEEFKEKLVSFCS QPSVIASPQTNGGIDLLASDSVTESECSRSLTEVSLPLAEQIESPETGSRNEDATPEKNACVDHLTSKQPLPSGHNGRPG RRSRRSSPVSKRCRSSIPGTSGQQMLLSENKPLPGCSSPPPSKRKVGDTLRRKNSNISDESMSLSPGTPPSTLNSPSYRR MMFSPSAVKLSPGSLTAVKRNHRGETLLHIASIKGDLPSVEYLLQNGSDPNVKDHAGWTPLHEACNHGHLKVVELLLQHK ALVNSTGYQNDSPLHDAAKNGHMDIVKLLLSYGASRNAVNIFGLRPVDYADGENMKSLLLLPEQNESSSTRHCSVTNTGQ RRDGPLVLIGSGLSSEQQKMLSELAVILKAKKCAEFDSTVTHVIVPGDTVQSTLKCMLGILNGCWILKFEWVKACLQRKA CEQEEKYEIPEGPQRSRLNKEQLLPKLFDGCYFYFGGAFKHHPKDNLVKLVTAAGGQVLSRKPKPDSDVTQTINTVAYHA KADSDQRFCTQYIIYEDLSNHRPERVRQGKVWMAPSSWFIDCVMSFELLPLDS ; 1 7 UNP UBC_HUMAN P0CG48 ? 7 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8OFF J 1 ? 350 ? 8OFF -87 ? 262 ? -87 262 2 2 8OFF Ca 1 ? 135 ? P68431 1 ? 135 ? 1 135 3 3 8OFF Ba 1 ? 126 ? P62807 1 ? 126 ? 1 126 4 4 8OFF Aa 1 ? 130 ? P0C0S8 1 ? 130 ? 1 130 5 3 8OFF Bb 1 ? 126 ? P62807 1 ? 126 ? 1 126 6 5 8OFF Da 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 1 103 7 4 8OFF Ab 1 ? 130 ? P0C0S8 1 ? 130 ? 1 130 8 2 8OFF Cb 1 ? 135 ? P68431 1 ? 135 ? 1 135 9 5 8OFF Db 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 1 103 10 6 8OFF Ea 1 ? 773 ? M3WD26 1 ? 773 ? 1 773 11 7 8OFF Fa 1 ? 76 ? P0CG48 1 ? 76 ? 1 76 12 6 8OFF Eb 1 ? 773 ? M3WD26 1 ? 773 ? 1 773 13 1 8OFF I 1 ? 350 ? 8OFF -262 ? 87 ? -262 87 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.609 ? 21981 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 29.827 ? 4148 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 2552 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1789 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8OFF _struct.title 'Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8OFF _struct_keywords.text 'BRCA1-BARD1, chromatin recognition, nucleosomes, ubiquitin, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 3 ? F N N 5 ? G N N 4 ? H N N 2 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 6 ? M N N 1 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY B 45 ? GLN B 56 ? GLY Ca 45 GLN Ca 56 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG B 64 ? LYS B 80 ? ARG Ca 64 LYS Ca 80 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 SER B 87 ? HIS B 114 ? SER Ca 87 HIS Ca 114 1 ? 28 HELX_P HELX_P4 AA4 LYS B 123 ? GLY B 133 ? LYS Ca 123 GLY Ca 133 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 VAL C 40 ? HIS C 50 ? VAL Ba 40 HIS Ba 50 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 SER C 56 ? LYS C 58 ? 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ILE Da 51 ALA Da 77 1 ? 27 HELX_P HELX_P21 AC3 THR F 83 ? ARG F 93 ? THR Da 83 ARG Da 93 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 THR G 17 ? ALA G 22 ? THR Ab 17 ALA Ab 22 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 VAL G 28 ? LYS G 37 ? VAL Ab 28 LYS Ab 37 1 ? 10 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY G 47 ? ASN G 74 ? GLY Ab 47 ASN Ab 74 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 ILE G 80 ? ASN G 90 ? ILE Ab 80 ASN Ab 90 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU G 93 ? LEU G 98 ? GLU Ab 93 LEU Ab 98 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 THR H 46 ? GLN H 56 ? THR Cb 46 GLN Cb 56 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 LYS H 65 ? GLN H 77 ? LYS Cb 65 GLN Cb 77 1 ? 13 HELX_P HELX_P29 AD2 GLN H 86 ? ALA H 115 ? GLN Cb 86 ALA Cb 115 1 ? 30 HELX_P HELX_P30 AD3 MET H 121 ? GLY H 133 ? MET Cb 121 GLY Cb 133 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN I 26 ? ILE I 30 ? ASN Db 26 ILE Db 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 THR I 31 ? GLY I 43 ? THR Db 31 GLY Db 43 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU I 50 ? ALA I 77 ? LEU Db 50 ALA Db 77 1 ? 28 HELX_P HELX_P34 AD7 THR I 83 ? GLY I 95 ? 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GLU L 661 ? GLN Eb 654 GLU Eb 661 1 ? 8 HELX_P HELX_P49 AF4 LYS L 684 ? GLY L 695 ? LYS Eb 684 GLY Eb 695 1 ? 12 HELX_P HELX_P50 AF5 SER L 707 ? THR L 712 ? SER Eb 707 THR Eb 712 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 SER L 756 ? MET L 764 ? SER Eb 756 MET Eb 764 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? A DG 64 N2 ? ? ? 1_555 M DC 287 O2 ? ? J DG -24 I DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? A DG 64 O6 ? ? ? 1_555 M DC 287 N4 ? ? J DG -24 I DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? A DC 67 N3 ? ? ? 1_555 M DG 284 N1 ? ? J DC -21 I DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog65 hydrog ? ? A DC 67 N4 ? ? ? 1_555 M DG 284 O6 ? ? J DC -21 I DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog66 hydrog ? ? A DC 67 O2 ? ? ? 1_555 M DG 284 N2 ? ? J DC -21 I DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog67 hydrog ? ? A DC 68 N3 ? ? ? 1_555 M DG 283 N1 ? ? J DC -20 I DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog68 hydrog ? ? A DC 68 N4 ? ? ? 1_555 M DG 283 O6 ? ? J DC -20 I DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog69 hydrog ? ? A DC 68 O2 ? ? ? 1_555 M DG 283 N2 ? ? J DC -20 I DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog70 hydrog ? ? A DG 69 N1 ? ? ? 1_555 M DC 282 N3 ? ? 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LYS CD HD3 sing N N 357 LYS CE NZ sing N N 358 LYS CE HE2 sing N N 359 LYS CE HE3 sing N N 360 LYS NZ HZ1 sing N N 361 LYS NZ HZ2 sing N N 362 LYS NZ HZ3 sing N N 363 LYS OXT HXT sing N N 364 MET N CA sing N N 365 MET N H sing N N 366 MET N H2 sing N N 367 MET CA C sing N N 368 MET CA CB sing N N 369 MET CA HA sing N N 370 MET C O doub N N 371 MET C OXT sing N N 372 MET CB CG sing N N 373 MET CB HB2 sing N N 374 MET CB HB3 sing N N 375 MET CG SD sing N N 376 MET CG HG2 sing N N 377 MET CG HG3 sing N N 378 MET SD CE sing N N 379 MET CE HE1 sing N N 380 MET CE HE2 sing N N 381 MET CE HE3 sing N N 382 MET OXT HXT sing N N 383 PHE N CA sing N N 384 PHE N H sing N N 385 PHE N H2 sing N N 386 PHE CA C sing N N 387 PHE CA CB sing N N 388 PHE CA HA sing N N 389 PHE C O doub N N 390 PHE C OXT sing N N 391 PHE CB CG sing N N 392 PHE CB HB2 sing N N 393 PHE CB HB3 sing N N 394 PHE CG CD1 doub Y N 395 PHE CG CD2 sing Y N 396 PHE CD1 CE1 sing Y N 397 PHE CD1 HD1 sing N N 398 PHE CD2 CE2 doub Y N 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RELION 3.1.2 'MODEL REFINEMENT' ? 3 ? ? ? PHENIX 1.17.1_3660: 'IMAGE ACQUISITION' ? 4 1 1 1 ? ? MASKING ? 5 1 1 1 ? ? 'CTF CORRECTION' ? 6 1 ? ? RELION 3.1.2 'LAYERLINE INDEXING' ? 7 1 1 1 ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 8 1 1 1 ? ? 'MODEL FITTING' ? 9 1 1 1 ? ? OTHER ? 10 1 1 1 ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? cryoSPARC 3.2.0 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 12 1 ? ? cryoSPARC 4.0.1 CLASSIFICATION ? 13 1 ? ? cryoSPARC 4.0.1 RECONSTRUCTION ? 14 1 ? ? cryoSPARC 4.0.1 'VOLUME SELECTION' ? 15 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 18 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 19 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 20 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details ;Purified cat BRCA1dExon11-FL BARD1 (at 3 uM) was incubated with H2AKc15ub mono-nucleosomes (at 1.5 uM) for 1 h on ice before cryo-EM grids preparation ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8OFF 'double helix' 8OFF 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A DG 18 1_555 M DC 334 1_555 2.720 1.915 -1.276 17.636 18.603 45.894 1 J_DG-70:DC71_I J -70 ? I 71 ? ? ? 1 A DG 20 1_555 M DT 332 1_555 1.496 1.890 1.877 34.530 -43.781 48.864 2 J_DG-68:DT69_I J -68 ? I 69 ? ? ? 1 A DA 21 1_555 M DT 330 1_555 1.164 0.717 -0.215 5.720 -12.194 -8.966 3 J_DA-67:DT67_I J -67 ? I 67 ? ? ? 1 A DC 25 1_555 M DG 326 1_555 0.197 -0.175 -0.815 -8.875 -2.067 6.677 4 J_DC-63:DG63_I J -63 ? I 63 ? 19 1 1 A DC 26 1_555 M DG 325 1_555 0.201 -0.130 -0.342 -6.082 4.066 0.821 5 J_DC-62:DG62_I J -62 ? I 62 ? 19 1 1 A DG 27 1_555 M DC 324 1_555 -0.200 -0.142 0.281 -1.595 3.544 -0.062 6 J_DG-61:DC61_I J -61 ? I 61 ? 19 1 1 A DG 28 1_555 M DC 323 1_555 -0.204 -0.168 0.509 2.302 1.630 1.538 7 J_DG-60:DC60_I J -60 ? I 60 ? 19 1 1 A DT 29 1_555 M DA 322 1_555 0.700 0.888 -2.442 50.130 -20.507 -8.723 8 J_DT-59:DA59_I J -59 ? I 59 ? ? ? 1 A DG 30 1_555 M DC 321 1_555 1.623 0.139 1.451 -19.928 -3.748 -4.979 9 J_DG-58:DC58_I J -58 ? I 58 ? ? 1 1 A DC 31 1_555 M DG 320 1_555 0.344 0.603 1.959 -27.362 6.858 5.378 10 J_DC-57:DG57_I J -57 ? 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