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A LYS 418 CE 36 1 Y 1 A LYS 418 ? NZ ? A LYS 418 NZ 37 1 Y 1 A PHE 419 ? CG ? A PHE 419 CG 38 1 Y 1 A PHE 419 ? CD1 ? A PHE 419 CD1 39 1 Y 1 A PHE 419 ? CD2 ? A PHE 419 CD2 40 1 Y 1 A PHE 419 ? CE1 ? A PHE 419 CE1 41 1 Y 1 A PHE 419 ? CE2 ? A PHE 419 CE2 42 1 Y 1 A PHE 419 ? CZ ? A PHE 419 CZ 43 1 Y 1 A ARG 553 ? CG ? A ARG 553 CG 44 1 Y 1 A ARG 553 ? CD ? A ARG 553 CD 45 1 Y 1 A ARG 553 ? NE ? A ARG 553 NE 46 1 Y 1 A ARG 553 ? CZ ? A ARG 553 CZ 47 1 Y 1 A ARG 553 ? NH1 ? A ARG 553 NH1 48 1 Y 1 A ARG 553 ? NH2 ? A ARG 553 NH2 49 1 Y 1 A LYS 560 ? CG ? A LYS 560 CG 50 1 Y 1 A LYS 560 ? CD ? A LYS 560 CD 51 1 Y 1 A LYS 560 ? CE ? A LYS 560 CE 52 1 Y 1 A LYS 560 ? NZ ? A LYS 560 NZ 53 1 Y 1 A LYS 566 ? CG ? A LYS 566 CG 54 1 Y 1 A LYS 566 ? CD ? A LYS 566 CD 55 1 Y 1 A LYS 566 ? CE ? A LYS 566 CE 56 1 Y 1 A LYS 566 ? NZ ? A LYS 566 NZ 57 1 Y 1 A ARG 626 ? CG ? A ARG 626 CG 58 1 Y 1 A ARG 626 ? CD ? A ARG 626 CD 59 1 Y 1 A ARG 626 ? NE ? A ARG 626 NE 60 1 Y 1 A ARG 626 ? CZ ? A ARG 626 CZ 61 1 Y 1 A ARG 626 ? NH1 ? A ARG 626 NH1 62 1 Y 1 A ARG 626 ? NH2 ? A ARG 626 NH2 63 1 Y 1 A ARG 685 ? CG ? A ARG 685 CG 64 1 Y 1 A ARG 685 ? CD ? A ARG 685 CD 65 1 Y 1 A ARG 685 ? NE ? A ARG 685 NE 66 1 Y 1 A ARG 685 ? CZ ? A ARG 685 CZ 67 1 Y 1 A ARG 685 ? NH1 ? A ARG 685 NH1 68 1 Y 1 A ARG 685 ? NH2 ? A ARG 685 NH2 69 1 Y 1 B LYS 150 ? CG ? B LYS 150 CG 70 1 Y 1 B LYS 150 ? CD ? B LYS 150 CD 71 1 Y 1 B LYS 150 ? CE ? B LYS 150 CE 72 1 Y 1 B LYS 150 ? NZ ? B LYS 150 NZ 73 1 Y 1 B LYS 159 ? CG ? B LYS 159 CG 74 1 Y 1 B LYS 159 ? CD ? B LYS 159 CD 75 1 Y 1 B LYS 159 ? CE ? B LYS 159 CE 76 1 Y 1 B LYS 159 ? NZ ? B LYS 159 NZ # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8OST _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8OST _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8OST _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8OST _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 5179 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.509 ? 7358 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.162 ? 1306 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.037 ? 890 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 672 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8OST _struct.title 'Structure of human terminal uridylyltransferase 4 (TUT4, ZCCHC11) in complex with pre-let7g miRNA and Lin28A' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8OST _struct_keywords.text 'Polymerase, uridylation, RNA maturation and turnover control, RNA, CELL CYCLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL CYCLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP TUT4_HUMAN Q5TAX3 ? 1 ;MEESKTLKSENHEPKKNVICEESKAVQVIGNQTLKARNDKSVKEIENSSPNRNSSKKNKQNDICIEKTEVKSCKVNAANL PGPKDLGLVLRDQSHCKAKKFPNSPVKAEKATISQAKSEKATSLQAKAEKSPKSPNSVKAEKASSYQMKSEKVPSSPAEA EKGPSLLLKDMRQKTELQQIGKKIPSSFTSVDKVNIEAVGGEKCALQNSPRSQKQQTCTDNTGDSDDSASGIEDVSDDLS KMKNDESNKENSSEMDYLENATVIDESALTPEQRLGLKQAEERLERDHIFRLEKRSPEYTNCRYLCKLCLIHIENIQGAH KHIKEKRHKKNILEKQEESELRSLPPPSPAHLAALSVAVIELAKEHGITDDDLRVRQEIVEEMSKVITTFLPECSLRLYG SSLTRFALKSSDVNIDIKFPPKMNHPDLLIKVLGILKKNVLYVDVESDFHAKVPVVVCRDRKSGLLCRVSAGNDMACLTT DLLTALGKIEPVFIPLVLAFRYWAKLCYIDSQTDGGIPSYCFALMVMFFLQQRKPPLLPCLLGSWIEGFDPKRMDDFQLK GIVEEKFVKWECNSSSATEKNSIAEENKAKADQPKDDTKKTETDNQSNAMKEKHGKSPLALETPNRVSLGQLWLELLKFY TLDFALEEYVICVRIQDILTRENKNWPKRRIAIEDPFSVKRNVARSLNSQLVYEYVVERFRAAYRYFACPQTKGGNKSTV DFKKREKGKISNKKPVKSNNMATNGCILLGETTEKINAEREQPVQCDEMDCTSQRCIIDNNNLLVNELDFADHGQDSSSL STSKSSEIEPKLDKKQDDLAPSETCLKKELSQCNCIDLSKSPDPDKSTGTDCRSNLETESSHQSVCTDTSATSCNCKATE DASDLNDDDNLPTQELYYVFDKFILTSGKPPTIVCSICKKDGHSKNDCPEDFRKIDLKPLPPMTNRFREILDLVCKRCFD ELSPPCSEQHNREQILIGLEKFIQKEYDEKARLCLFGSSKNGFGFRDSDLDICMTLEGHENAEKLNCKEIIENLAKILKR HPGLRNILPITTAKVPIVKFEHRRSGLEGDISLYNTLAQHNTRMLATYAAIDPRVQYLGYTMKVFAKRCDIGDASRGSLS SYAYILMVLYFLQQRKPPVIPVLQEIFDGKQIPQRMVDGWNAFFFDKTEELKKRLPSLGKNTESLGELWLGLLRFYTEEF DFKEYVISIRQKKLLTTFEKQWTSKCIAIEDPFDLNHNLGAGVSRKMTNFIMKAFINGRKLFGTPFYPLIGREAEYFFDS RVLTDGELAPNDRCCRVCGKIGHYMKDCPKRKSLLFRLKKKDSEEEKEGNEEEKDSRDVLDPRDLHDTRDFRDPRDLRCF ICGDAGHVRRECPEVKLARQRNSSVAAAQLVRNLVNAQQVAGSAQQQGDQSIRTRQSSECSESPSYSPQPQPFPQNSSQS AAITQPSSQPGSQPKLGPPQQGAQPPHQVQMPLYNFPQSPPAQYSPMHNMGLLPMHPLQIPAPSWPIHGPVIHSAPGSAP SNIGLNDPSIIFAQPAARPVAIPNTSHDGHWPRTVAPNSLVNSGAVGNSEPGFRGLTPPIPWEHAPRPHFPLVPASWPYG LHQNFMHQGNARFQPNKPFYTQDRCATRRCRERCPHPPRGNVSE ; 1 2 UNP LN28A_HUMAN Q9H9Z2 ? 2 ;MGSVSNQQFAGGCAKAAEEAPEEAPEDAARAADEPQLLHGAGICKWFNVRMGFGFLSMTARAGVALDPPVDVFVHQSKLH MEGFRSLKEGEAVEFTFKKSAKGLESIRVTGPGGVFCIGSERRPKGKSMQKRRSKGDRCYNCGGLDHHAKECKLPPQPKK CHFCQSISHMVASCPLKAQQGPSAQGKPTYFREEEEEIHSPTLLPEAQN ; 1 3 GB AC092045.2 15281257 ? 3 GGUAGUAGUUUGUACAGUUUGAGGGUCUAUGAUACCACCCGGUACAGGAGAUAACUGUACAGGCCACUG 144504 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8OST A 1 ? 1644 ? Q5TAX3 1 ? 1644 ? 1 1644 2 2 8OST B 1 ? 209 ? Q9H9Z2 1 ? 209 ? 1 209 3 3 8OST C 1 ? 69 ? 15281257 144504 ? 144572 ? 4 72 # _struct_ref_seq_dif.align_id 3 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 8OST _struct_ref_seq_dif.mon_id A _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id C _struct_ref_seq_dif.seq_num 36 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name GB _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code 15281257 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id C _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 144539 _struct_ref_seq_dif.details conflict _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 39 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 2670 ? 1 MORE -15 ? 1 'SSA (A^2)' 36420 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 275 ? ARG A 286 ? LEU A 275 ARG A 286 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 315 ? LYS A 324 ? ASN A 315 LYS A 324 1 ? 10 HELX_P HELX_P3 AA3 GLU A 325 ? SER A 343 ? GLU A 325 SER A 343 1 ? 19 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 348 ? HIS A 366 ? SER A 348 HIS A 366 1 ? 19 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 369 ? GLU A 378 ? THR A 369 GLU A 378 1 ? 10 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 381 ? LEU A 391 ? GLU A 381 LEU A 391 1 ? 11 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY A 400 ? ARG A 405 ? GLY A 400 ARG A 405 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 424 ? ASN A 439 ? ASN A 424 ASN A 439 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 AA9 MET A 475 ? GLU A 490 ? MET A 475 GLU A 490 1 ? 16 HELX_P HELX_P10 AB1 VAL A 492 ? TYR A 508 ? VAL A 492 TYR A 508 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 AB2 TYR A 520 ? ARG A 533 ? TYR A 520 ARG A 533 1 ? 14 HELX_P HELX_P12 AB3 SER A 628 ? LEU A 642 ? SER A 628 LEU A 642 1 ? 15 HELX_P HELX_P13 AB4 ARG A 661 ? ASN A 665 ? ARG A 661 ASN A 665 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 SER A 689 ? CYS A 709 ? SER A 689 CYS A 709 1 ? 21 HELX_P HELX_P15 AB6 GLN A 711 ? GLY A 715 ? 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MET B 170 CYS B 174 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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