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EMDB EMD-17226 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically a centromeric CENP-A nucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-17226 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8OW0 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2023-04-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Dendooven, T.D.' 1 ? 'Zhang, Z.' 2 ? 'Yang, J.' 3 ? 'McLaughlin, S.' 4 ? 'Schwabb, J.' 5 ? 'Scheres, S.' 6 ? 'Yatskevich, S.' 7 ? 'Barford, D.' 8 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 9 _citation.language ? _citation.page_first eadg7480 _citation.page_last eadg7480 _citation.title 'Cryo-EM structure of the complete inner kinetochore of the budding yeast point centromere.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.adg7480 _citation.pdbx_database_id_PubMed 37506202 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Dendooven, T.' 1 0000-0002-9847-0910 primary 'Zhang, Z.' 2 0000-0002-7268-9631 primary 'Yang, J.' 3 0000-0002-8984-4503 primary 'McLaughlin, S.H.' 4 0000-0001-9135-6253 primary 'Schwab, J.' 5 0000-0002-7144-3031 primary 'Scheres, S.H.W.' 6 0000-0002-0462-6540 primary 'Yatskevich, S.' 7 0000-0003-2999-6561 primary 'Barford, D.' 8 0000-0001-8810-950X # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8OW0 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? 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'Inner kinetochore subunit MCM16' 21166.100 1 ? ? ? ? 9 polymer man 'Inner kinetochore subunit CTF3' 84345.633 1 ? ? ? ? 10 polymer man 'Inner kinetochore subunit MCM22' 27602.541 1 ? ? ? ? 11 polymer man 'Inner kinetochore subunit IML3' 28093.223 1 ? ? ? ? 12 polymer man 'Inner kinetochore subunit CHL4' 52743.723 1 ? ? ? ? 13 polymer man 'Inner kinetochore subunit MCM21' 43028.879 1 ? ? ? ? 14 polymer man 'Inner kinetochore subunit CTF19' 42841.113 1 ? ? ? ? 15 polymer man 'Inner kinetochore subunit OKP1' 47427.246 1 ? ? ? ? 16 polymer man 'Inner kinetochore subunit CNN1' 41359.785 1 ? ? ? ? 17 polymer man 'Inner kinetochore subunit AME1' 37506.723 1 ? ? ? ? 18 polymer man 'Inner kinetochore subunit WIP1' 10255.458 1 ? ? ? ? 19 polymer man 'Inner kinetochore subunit NKP1' 27006.451 1 ? ? ? ? 20 polymer man 'Inner kinetochore subunit NKP2' 17877.033 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 4 'Suppressor of Ty protein 12' 5 'CENP-A homolog,CENPA homolog,Chromosome segregation protein 4' 7 'CBP-1,Centromere promoter factor 1,Centromere-binding factor 1' 8 'CENP-H homolog,Constitutive centromere-associated network protein MCM16,Minichromosome maintenance protein 16' 9 ;CENP-I homolog,Chromosome loss protein 3,Chromosome transmission fidelity protein 3,Constitutive centromere-associated network protein CTF3 ; 10 'CENP-K homolog,Constitutive centromere-associated network protein MCM22,Minichromosome maintenance protein 22' 11 ;CENP-L homolog,Constitutive centromere-associated network protein IML3,Increased minichromosome loss protein 3,Minichromosome maintenance protein 19 ; 12 ;CENP-N homolog,Chromosome loss protein 4,Chromosome transmission fidelity protein 17,Constitutive centromere-associated network protein CHL4,Minichromosome maintenance protein 17 ; 13 ;CENP-O homolog,Chromosome transmission fidelity protein 5,Constitutive centromere-associated network protein MCM21,Minichromosome maintenance protein 21 ; 14 ;CENP-P homolog,Chromosome transmission fidelity protein 19,Constitutive centromere-associated network protein CTF19,Minichromosome maintenance protein 18 ; 15 'CENP-Q homolog,Constitutive centromere-associated network protein OKP1,Outer kinetochore protein 1' 16 'CENP-T homolog,Co-purified with NNF1 protein 1,Constitutive centromere-associated network protein CNN1' 17 'Associated with microtubules and essential protein 1,CENP-U homolog,Constitutive centromere-associated network protein AME1' 18 'CENP-W homolog,Constitutive centromere-associated network protein WIP1,W-like protein 1' 19 'Constitutive centromere-associated network protein NKP1,Non-essential kinetochore protein 1' 20 'Constitutive centromere-associated network protein NKP2,Non-essential kinetochore protein 2' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) ; ;ATAAGTCACATGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAATATTAGTGTATTTGATTTCCGAAAGTTAAAAAAGAAATAGTAAGAAATATATATTTCATTGAA ; D ? 2 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT) ; ;TTCAATGAAATATATATTTCTTACTATTTCTTTTTTAACTTTCGGAAATCAAATACACTAATATTAAAACGCGGGGGACA GCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCATGTGACTTAT ; E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRK TVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRK TVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; b,f ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSAKAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSTDGKKRSKARKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATE ASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA ; ;MSAKAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSTDGKKRSKARKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATE ASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA ; d,h ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSSKQQWVSSAIQSDSSGRSLSNVNRLAGDQQSINDRALSLLQRTRATKNLFPRREERRRYESSKSDLDIETDYEDQAGN LEIETENEEEAEMETEVPAPVRTHSYALDRYVRQKRREKQRKQSLKRVEKKYTPSELALYEIRKYQRSTDLLISKIPFAR LVKEVTDEFTTKDQDLRWQSMAIMALQEASEAYLVGLLEHTNLLALHAKRITIMKKDMQLARRIRGQFI ; ;MSSKQQWVSSAIQSDSSGRSLSNVNRLAGDQQSINDRALSLLQRTRATKNLFPRREERRRYESSKSDLDIETDYEDQAGN LEIETENEEEAEMETEVPAPVRTHSYALDRYVRQKRREKQRKQSLKRVEKKYTPSELALYEIRKYQRSTDLLISKIPFAR LVKEVTDEFTTKDQDLRWQSMAIMALQEASEAYLVGLLEHTNLLALHAKRITIMKKDMQLARRIRGQFI ; e,a ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRI IPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKATKASQEL ; ;MSGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRI IPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKATKASQEL ; g,c ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MNSLANNNKLSTEDEEIHSARKRGYNEEQNYSEARKKQRDQGLLSQESNDGNIDSALLSEGATLKGTQSQYESGLTSNKD EKGSDDEDASVAEAAVAATVNYTDLIQGQEDSSDAHTSNQTNANGEHKDSLNGERAITPSNEGVKPNTSLEGMTSSPMES TQQSKNDMLIPLAEHDRGPEHQQDDEDNDDADIDLKKDISMQPGRRGRKPTTLATTDEWKKQRKDSHKEVERRRRENINT AINVLSDLLPVRESSKAAILACAAEYIQKLKETDEANIEKWTLQKLLSEQNASQLASANEKLQEELGNAYKEIEYMKRVL RKEGIEYEDMHTHKKQENERKSTRSDNPHEA ; ;MNSLANNNKLSTEDEEIHSARKRGYNEEQNYSEARKKQRDQGLLSQESNDGNIDSALLSEGATLKGTQSQYESGLTSNKD EKGSDDEDASVAEAAVAATVNYTDLIQGQEDSSDAHTSNQTNANGEHKDSLNGERAITPSNEGVKPNTSLEGMTSSPMES TQQSKNDMLIPLAEHDRGPEHQQDDEDNDDADIDLKKDISMQPGRRGRKPTTLATTDEWKKQRKDSHKEVERRRRENINT AINVLSDLLPVRESSKAAILACAAEYIQKLKETDEANIEKWTLQKLLSEQNASQLASANEKLQEELGNAYKEIEYMKRVL RKEGIEYEDMHTHKKQENERKSTRSDNPHEA ; A,B ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MTNSSEKQWERIQQLEKEHVEVYRELLITLDRLYLIRKHNHAVILSHTQQRLLEIRHQLQINLEKTALLIRLLEKPDNTN VLFTKLQNLLEESNSLDYELLQSLGAQSSLHKQLIESRAERDELMSKLIELSSKFPKPTIPPDDSDTAGKQVEVEKENET IQELMIALQIHSGYTNISYTI ; ;MTNSSEKQWERIQQLEKEHVEVYRELLITLDRLYLIRKHNHAVILSHTQQRLLEIRHQLQINLEKTALLIRLLEKPDNTN VLFTKLQNLLEESNSLDYELLQSLGAQSSLHKQLIESRAERDELMSKLIELSSKFPKPTIPPDDSDTAGKQVEVEKENET IQELMIALQIHSGYTNISYTI ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MSLILDDIILSLTNANERTPPQALKTTLSLLYEKSKQYGLSSPQLQALVRLLCETSIIDTVTKVYIVENCFLPDGYLTKE LLLEIINHLGTPTVFSRYRIQTPPVLQSALCKWLVHVYFLFPVHSEREHNISSSIWLHLWQFSFLQKWITPLVIWQATTP VDVKPWKLSIIKRCAMHPGYRDAPGSATLILQRFQCLVGASSQITESIITINCNRKTLKSHRNLKLDAHFLSILKRILSR AHPANFPADTVQNTIDMYLSEIHQLGADSIYPLRLQSLPEYVPSDSTVSLWDVTSLEQLAQNWPQLHIPNDVDYMMKPSL NSNVLLPRKVMSRDSLKHLYSSIILIKNSRDESSSPYEWCIWQLKRCFAHQIETPQEVIPIIISVSSMDNKLSSRIIQTF CNLKYLKLDELTLKKVCGGILPLWKPELISGTREFFVKFMASIFMWSTRDGHDNNCTFSETCFYVLQMITNWVLDDKLIA LGLTLLHDMQSLLTLDKIFNNATSNRFSTMAFISSLDILTQLSKQTKSDYAIQYLIVGPDIMNKVFSSDDPLLLSAACRY LVATKNKLMQYPSTNKFVRMQNQYIMDLTNYLYRNKVLSSKSLFGVSPDFFKQILENLYIPTADFKNAKFFTITGIPALS 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;MSNELRLEDNYVPTSDTLVVFKQLMKLPVTVLYDLTLSWFAKFGGSFDGDIYLLTETLDLLIEKGVRRNVIVNRILYVYW PDGLNVFQLAEIDCHLMISKPEKFKWLPSKALRGDGKPYVVKLQPAKFIENLQTDLAKIYHCHVYMFKHPSLPVLITRIQ LFDSNNLFLSTPNIGSINKESLYNKLDKFQGKPLISRRPYYVAFPLNSPIIFHSVDKDIYARLVLQSISRTISERETIIF KPVQKIPVKSIHNIMTLLGPSRFAESMGPWECYASANFERSPLHDYKKHQGLTGKKVMVREFDDSFLNDDENFYGKEEPE IRRLRLEKNMIKFKGSANGVMDQKYNDLKEFNEHVHNIRNGKKNEDSGEPVYISRYSSLVPIEKVGFTLKNEINSRIITI KLKFNGNDIFGGLHELCDKNLINIDKVPGWLAGENGSFSGTIMNGDFQREQVAKGGLL ; ;MSNELRLEDNYVPTSDTLVVFKQLMKLPVTVLYDLTLSWFAKFGGSFDGDIYLLTETLDLLIEKGVRRNVIVNRILYVYW PDGLNVFQLAEIDCHLMISKPEKFKWLPSKALRGDGKPYVVKLQPAKFIENLQTDLAKIYHCHVYMFKHPSLPVLITRIQ LFDSNNLFLSTPNIGSINKESLYNKLDKFQGKPLISRRPYYVAFPLNSPIIFHSVDKDIYARLVLQSISRTISERETIIF KPVQKIPVKSIHNIMTLLGPSRFAESMGPWECYASANFERSPLHDYKKHQGLTGKKVMVREFDDSFLNDDENFYGKEEPE IRRLRLEKNMIKFKGSANGVMDQKYNDLKEFNEHVHNIRNGKKNEDSGEPVYISRYSSLVPIEKVGFTLKNEINSRIITI KLKFNGNDIFGGLHELCDKNLINIDKVPGWLAGENGSFSGTIMNGDFQREQVAKGGLL ; N ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MSRIDDLQQDIESLLSEINSLEESREKLKAKIKDKRKNEESANPIVQEFEDLFDQFPQLNNFLFNEHPELEETDDKDISR AQADIPATPIPYEPKKRAKLENEEILPEQEWVLKTQPMVQHQMFDPGVADLLDTDILTSPSKRKRKLKIDDISTSDRSEL EDYIVLENVYRMFGITFFPLVDPIDLKIKDASGEIFVDREMLGIRLEVFSERTSQFEKPHYVLLKKRIKSNSWFLFKHTI PSFIDVQGIFDDTNGGLVISHDDAYLFAKRVFLQLVEVQKRRQIFKDLEAKKIIHDLDLDLESSMVSFFVKDIKVELFVK QNEIVSCSILDDIHDFSQNNKSKWEIALLGSLDDLELKLNHSFATIFK ; ;MSRIDDLQQDIESLLSEINSLEESREKLKAKIKDKRKNEESANPIVQEFEDLFDQFPQLNNFLFNEHPELEETDDKDISR AQADIPATPIPYEPKKRAKLENEEILPEQEWVLKTQPMVQHQMFDPGVADLLDTDILTSPSKRKRKLKIDDISTSDRSEL EDYIVLENVYRMFGITFFPLVDPIDLKIKDASGEIFVDREMLGIRLEVFSERTSQFEKPHYVLLKKRIKSNSWFLFKHTI PSFIDVQGIFDDTNGGLVISHDDAYLFAKRVFLQLVEVQKRRQIFKDLEAKKIIHDLDLDLESSMVSFFVKDIKVELFVK QNEIVSCSILDDIHDFSQNNKSKWEIALLGSLDDLELKLNHSFATIFK ; O ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MDFTSDTTNSHDTSNSHLSLEDAVGTHHAGEADVNIDGDEKQQLSLLDDDQVRALKLQEEKDALLTRRNTLLQEIQTYQN ILMKENNSKTKNGDILQNDITQDFLNLISISSSNPNSAISDRKRVERINGLTNLQKELVTKYDTLPLLNMNLRLSYLRDH 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'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 1 1 sample 1 153 'Saccharomyces cerevisiae' ;baker's yeast ; 4932 ? 2 1 sample 1 153 'Saccharomyces cerevisiae' ;baker's yeast ; 4932 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8OW0 8OW0 ? 1 ? 1 2 PDB 8OW0 8OW0 ? 2 ? 1 3 UNP H4_YEAST P02309 ? 3 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRK TVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 4 UNP H2B1_YEAST P02293 ? 4 ;MSAKAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSTDGKKRSKARKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATE ASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA ; 1 5 UNP CENPA_YEAST P36012 ? 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9 ;MSLILDDIILSLTNANERTPPQALKTTLSLLYEKSKQYGLSSPQLQALVRLLCETSIIDTVTKVYIVENCFLPDGYLTKE LLLEIINHLGTPTVFSRYRIQTPPVLQSALCKWLVHVYFLFPVHSEREHNISSSIWLHLWQFSFLQKWITPLVIWQATTP VDVKPWKLSIIKRCAMHPGYRDAPGSATLILQRFQCLVGASSQITESIITINCNRKTLKSHRNLKLDAHFLSILKRILSR AHPANFPADTVQNTIDMYLSEIHQLGADSIYPLRLQSLPEYVPSDSTVSLWDVTSLEQLAQNWPQLHIPNDVDYMMKPSL NSNVLLPRKVMSRDSLKHLYSSIILIKNSRDESSSPYEWCIWQLKRCFAHQIETPQEVIPIIISVSSMDNKLSSRIIQTF CNLKYLKLDELTLKKVCGGILPLWKPELISGTREFFVKFMASIFMWSTRDGHDNNCTFSETCFYVLQMITNWVLDDKLIA LGLTLLHDMQSLLTLDKIFNNATSNRFSTMAFISSLDILTQLSKQTKSDYAIQYLIVGPDIMNKVFSSDDPLLLSAACRY LVATKNKLMQYPSTNKFVRMQNQYIMDLTNYLYRNKVLSSKSLFGVSPDFFKQILENLYIPTADFKNAKFFTITGIPALS YICIIILRRLETAENTKIKFTSGIINEETFNNFFRVHHDEIGQHGWIKGVNNIHDLRVKILMHLSNTANPYRDIAAFLFT YLKSLSKYSVQNS ; 1 10 UNP CENPK_YEAST P47167 ? 10 ;MDVEKDVLDVYIKNLENQIGNKRYFLKQAQGAIDEITKRSLDTEGKPVNSEVFTELLRKPMFFSERADPIGFSLTSNFLS LRAQSSSEWLSLMNDQSVDQKAMLLLQNNINSDLKELLRKLQHQMTIMDSKKQDHAHIRTRKARNKELWDSLADFLKGYL VPNLDDNDESIDSLTNEVMLLMKRLIEHDLNLTLNDFSSKTIPIYRLLLRANIITVIEGSTNPGTKYIKLIDFNETSLT ; 1 11 UNP CENPL_YEAST P38265 ? 11 ;MPYTWKFLGISKQLSLENGIAKLNQLLNLEVDLDIQTIRVPSDPDGGTAADEYIRYEMRLDISNLDEGTYSKFIFLGNSK MEVPMFLCYCGTDNRNEVVLQWLKAEYGVIMWPIKFEQKTMIKLADASIVHVTKENIEQITWFSSKLYFEPETQDKNLRQ FSIEIPRESCEGLALGYGNTMHPYNDAIVPYIYNETGMAVERLPLTSVILAGHTKIMRESIVTSTRSLRNRVLAVVLQSI QFTSE ; 1 12 UNP CENPN_YEAST P38907 ? 12 ;MSNELRLEDNYVPTSDTLVVFKQLMKLPVTVLYDLTLSWFAKFGGSFDGDIYLLTETLDLLIEKGVRRNVIVNRILYVYW PDGLNVFQLAEIDCHLMISKPEKFKWLPSKALRGDGKPYVVKLQPAKFIENLQTDLAKIYHCHVYMFKHPSLPVLITRIQ LFDSNNLFLSTPNIGSINKESLYNKLDKFQGKPLISRRPYYVAFPLNSPIIFHSVDKDIYARLVLQSISRTISERETIIF KPVQKIPVKSIHNIMTLLGPSRFAESMGPWECYASANFERSPLHDYKKHQGLTGKKVMVREFDDSFLNDDENFYGKEEPE IRRLRLEKNMIKFKGSANGVMDQKYNDLKEFNEHVHNIRNGKKNEDSGEPVYISRYSSLVPIEKVGFTLKNEINSRIITI KLKFNGNDIFGGLHELCDKNLINIDKVPGWLAGENGSFSGTIMNGDFQREQVAKGGLL ; 1 13 UNP CENPO_YEAST Q06675 ? 13 ;MSRIDDLQQDIESLLSEINSLEESREKLKAKIKDKRKNEESANPIVQEFEDLFDQFPQLNNFLFNEHPELEETDDKDISR AQADIPATPIPYEPKKRAKLENEEILPEQEWVLKTQPMVQHQMFDPGVADLLDTDILTSPSKRKRKLKIDDISTSDRSEL EDYIVLENVYRMFGITFFPLVDPIDLKIKDASGEIFVDREMLGIRLEVFSERTSQFEKPHYVLLKKRIKSNSWFLFKHTI PSFIDVQGIFDDTNGGLVISHDDAYLFAKRVFLQLVEVQKRRQIFKDLEAKKIIHDLDLDLESSMVSFFVKDIKVELFVK QNEIVSCSILDDIHDFSQNNKSKWEIALLGSLDDLELKLNHSFATIFK ; 1 14 UNP CENPP_YEAST Q02732 ? 14 ;MDFTSDTTNSHDTSNSHLSLEDAVGTHHAGEADVNIDGDEKQQLSLLDDDQVRALKLQEEKDALLTRRNTLLQEIQTYQN ILMKENNSKTKNGDILQNDITQDFLNLISISSSNPNSAISDRKRVERINGLTNLQKELVTKYDTLPLLNMNLRLSYLRDH TYPHLQVSVQSRDRVHNDGIEVLVVNYKFCRNTMNPFEIQFKMFYKFEDSTLLKWEILRISTNVRLKAKQLLATRNFQKC LLSLYEFDKIKSKKTGIFQNLINLLKRKTRCYLMNNSDSLIVERVIREGRLTTIKLQINFIITMPGERGKPRNCFLPMSK ISIALWKGGERFNQIDLDEICYGLIKEYGVKTGLKEICNVCLFPDMYAR ; 1 15 UNP CENPQ_YEAST P53298 ? 15 ;MAADRDNFLQNIENDSINNGQAMDLSPNRSSSESDSSILMNVNDIKTLRLDVAPEAKSTQSKKSLFYENSDDAEEGEIEE RTNKEEGQYHHKGSKQLRFEVGKESTGKLQSHLSDGSATSGEGNVRPWEFRKVIQAEYRERLPRNYELKHWKKPSKIMIG SILRLLETNTVSALDSVFEKYEKEMNQMTHGDNNEVKRIYSKKERLLEIILTKIKKKLRQAKFPSRISERDLDIEYIYSK RQFIQNRYSQELQNNERLEAILSREQNLLEETRKLCMNLKTNNKKRLTEKLIQKDLHPVLNKAMEYTYGLESTNGFMHPD GPVTFRNDSHELNLMLNDPIKSTADVRLDKEEVLSLLPSLKEYTKKSKELKETMGQMISDSHEEEIKEVFVPHHESHQDK TEEDIH ; 1 16 UNP CENPT_YEAST P43618 ? 16 ;MSTPRKAAGNNENTEVSEIRTPFRERALEEQRLKDEVLIRNTPGYRKLLSASTKSHDILNKDPNEVRSFLQDLSQVLARK SQGNDTTTNKTQARNLIDELAYEESQPEENELLRSRSEKLTDNNIGNETQPDYTSLSQTVFAKLQERDKGLKSRKIDPII IQDVPTTGHEDELTVHSPDKANSISMEVLRTSPSIGMDQVDEPPVRDPVPISITQQEEPLSEDLPSDDKEETEEAENEDY SFENTSDENLDDIGNDPIRLNVPAVRRSSIKPLQIMDLKHLTRQFLNENRIILPKQTWSTIQEESLNIMDFLKQKIGTLQ KQELVDSFIDMGIINNVDDMFELAHELLPLELQSRIESYLF ; 1 17 UNP CENPU_YEAST P38313 ? 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Q06162 1 ? 153 ? 1 153 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8OW0 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 8OW0 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 39117 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.925 ? 53823 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 26.192 ? 6863 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 6181 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 5990 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 8OW0 _struct.title 'Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8OW0 _struct_keywords.text 'kinetochore, point centromere, CENP-A nucleosome, topological entrapment, centromeric DNA, CELL CYCLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL CYCLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 3 ? G N N 6 ? H N N 4 ? I N N 6 ? J N N 5 ? K N N 7 ? L N N 7 ? M N N 8 ? N N N 9 ? O N N 10 ? P N N 11 ? Q N N 12 ? R N N 13 ? S N N 14 ? T N N 15 ? U N N 16 ? V N N 17 ? W N N 18 ? X N N 19 ? Y N N 20 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP C 25 ? ILE C 30 ? ASP b 25 ILE b 30 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 THR C 31 ? GLY C 42 ? THR b 31 GLY b 42 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 SER C 48 ? LYS C 78 ? SER b 48 LYS b 78 1 ? 31 HELX_P HELX_P4 AA4 THR C 83 ? GLN C 94 ? 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