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UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 14 ? 4851 4851 'High resolution cryo-EM and crystallographic snapshots of the actinobacterial two-in-one 2-oxoglutarate dehydrogenase.' 2023 ? 10.1038/s41467-023-40253-6 37563123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? ;High resolution cryo-EM and crystallographic snapshots of the large actinobacterial 2-oxoglutarate dehydrogenase: an all-in-one fusion with unique properties ; 2023 ? 10.1101/2023.02.23.529587 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Yang, L.' 1 ? primary 'Wagner, T.' 2 ? primary 'Mechaly, A.' 3 ? primary 'Boyko, A.' 4 ? primary 'Bruch, E.M.' 5 ? primary 'Megrian, D.' 6 ? primary 'Gubellini, F.' 7 ? primary 'Alzari, P.M.' 8 ? primary 'Bellinzoni, M.' 9 ? 1 'Yang, L.' 10 ? 1 'Wagner, T.' 11 ? 1 'Mechaly, A.' 12 ? 1 'Boyko, A.' 13 ? 1 'Bruch, E.M.' 14 ? 1 'Megrian, D.' 15 ? 1 'Gubellini, F.' 16 ? 1 'Alzari, P.M.' 17 ? 1 'Bellinzoni, M.' 18 ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 120 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8P5R _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 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_entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 1250 ? ? 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'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TPP non-polymer . 'THIAMINE DIPHOSPHATE' ? 'C12 H19 N4 O7 P2 S 1' 425.314 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8P5R _exptl.crystals_number 1 _exptl.details ? _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' _exptl.method_details ? # _exptl_crystal.colour ? _exptl_crystal.density_diffrn ? _exptl_crystal.density_Matthews 4.09 _exptl_crystal.density_method ? _exptl_crystal.density_percent_sol 69.95 _exptl_crystal.description ? _exptl_crystal.F_000 ? _exptl_crystal.id 1 _exptl_crystal.preparation ? _exptl_crystal.size_max ? _exptl_crystal.size_mid ? _exptl_crystal.size_min ? _exptl_crystal.size_rad ? _exptl_crystal.colour_lustre ? _exptl_crystal.colour_modifier ? _exptl_crystal.colour_primary ? _exptl_crystal.density_meas ? _exptl_crystal.density_meas_esd ? _exptl_crystal.density_meas_gt ? _exptl_crystal.density_meas_lt ? _exptl_crystal.density_meas_temp ? _exptl_crystal.density_meas_temp_esd ? _exptl_crystal.density_meas_temp_gt ? _exptl_crystal.density_meas_temp_lt ? _exptl_crystal.pdbx_crystal_image_url ? _exptl_crystal.pdbx_crystal_image_format ? _exptl_crystal.pdbx_mosaicity ? _exptl_crystal.pdbx_mosaicity_esd ? _exptl_crystal.pdbx_mosaic_method ? _exptl_crystal.pdbx_mosaic_block_size ? _exptl_crystal.pdbx_mosaic_block_size_esd ? # _exptl_crystal_grow.apparatus ? _exptl_crystal_grow.atmosphere ? _exptl_crystal_grow.crystal_id 1 _exptl_crystal_grow.details ? _exptl_crystal_grow.method 'VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP' _exptl_crystal_grow.method_ref ? _exptl_crystal_grow.pH ? _exptl_crystal_grow.pressure ? _exptl_crystal_grow.pressure_esd ? _exptl_crystal_grow.seeding ? _exptl_crystal_grow.seeding_ref ? _exptl_crystal_grow.temp_details ? _exptl_crystal_grow.temp_esd ? _exptl_crystal_grow.time ? _exptl_crystal_grow.pdbx_details '0.1 M bicine pH 8.0, 30% (v/v) PEG550MME, 0.2 M NaCl' _exptl_crystal_grow.pdbx_pH_range ? _exptl_crystal_grow.temp 291 # _diffrn.ambient_environment ? _diffrn.ambient_temp 100 _diffrn.ambient_temp_details ? _diffrn.ambient_temp_esd ? _diffrn.crystal_id 1 _diffrn.crystal_support ? _diffrn.crystal_treatment ? _diffrn.details ? _diffrn.id 1 _diffrn.ambient_pressure ? _diffrn.ambient_pressure_esd ? _diffrn.ambient_pressure_gt ? _diffrn.ambient_pressure_lt ? _diffrn.ambient_temp_gt ? _diffrn.ambient_temp_lt ? _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment N # _diffrn_detector.details ? _diffrn_detector.detector CCD _diffrn_detector.diffrn_id 1 _diffrn_detector.type 'ADSC QUANTUM 315r' _diffrn_detector.area_resol_mean ? _diffrn_detector.dtime ? _diffrn_detector.pdbx_frames_total ? _diffrn_detector.pdbx_collection_time_total ? _diffrn_detector.pdbx_collection_date 2008-11-21 _diffrn_detector.pdbx_frequency ? _diffrn_detector.id ? _diffrn_detector.number_of_axes ? # _diffrn_radiation.collimation ? _diffrn_radiation.diffrn_id 1 _diffrn_radiation.filter_edge ? _diffrn_radiation.inhomogeneity ? _diffrn_radiation.monochromator ? _diffrn_radiation.polarisn_norm ? _diffrn_radiation.polarisn_ratio ? _diffrn_radiation.probe ? _diffrn_radiation.type ? _diffrn_radiation.xray_symbol ? _diffrn_radiation.wavelength_id 1 _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l M _diffrn_radiation.pdbx_wavelength_list ? _diffrn_radiation.pdbx_wavelength ? _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol 'SINGLE WAVELENGTH' _diffrn_radiation.pdbx_analyzer ? _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type x-ray # _diffrn_radiation_wavelength.id 1 _diffrn_radiation_wavelength.wavelength 0.9763 _diffrn_radiation_wavelength.wt 1.0 # _diffrn_source.current ? _diffrn_source.details ? _diffrn_source.diffrn_id 1 _diffrn_source.power ? _diffrn_source.size ? _diffrn_source.source SYNCHROTRON _diffrn_source.target ? _diffrn_source.type 'SOLEIL BEAMLINE PROXIMA 1' _diffrn_source.voltage ? _diffrn_source.take-off_angle ? _diffrn_source.pdbx_wavelength_list 0.9763 _diffrn_source.pdbx_wavelength ? _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline 'PROXIMA 1' _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site SOLEIL # _reflns.B_iso_Wilson_estimate ? _reflns.entry_id 8P5R _reflns.data_reduction_details ? _reflns.data_reduction_method ? _reflns.d_resolution_high 4.562 _reflns.d_resolution_low 282.108 _reflns.details ;Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary! ; _reflns.limit_h_max ? _reflns.limit_h_min ? _reflns.limit_k_max ? _reflns.limit_k_min ? _reflns.limit_l_max ? _reflns.limit_l_min ? _reflns.number_all ? _reflns.number_obs 121219 _reflns.observed_criterion ? _reflns.observed_criterion_F_max ? _reflns.observed_criterion_F_min ? _reflns.observed_criterion_I_max ? _reflns.observed_criterion_I_min ? _reflns.observed_criterion_sigma_F ? _reflns.observed_criterion_sigma_I ? _reflns.percent_possible_obs 94.6 _reflns.R_free_details ? _reflns.Rmerge_F_all ? _reflns.Rmerge_F_obs ? _reflns.Friedel_coverage ? _reflns.number_gt ? _reflns.threshold_expression ? _reflns.pdbx_redundancy 11.45 _reflns.pdbx_netI_over_av_sigmaI ? _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI 8.11 _reflns.pdbx_res_netI_over_av_sigmaI_2 ? _reflns.pdbx_res_netI_over_sigmaI_2 ? _reflns.pdbx_chi_squared ? _reflns.pdbx_scaling_rejects ? _reflns.pdbx_d_res_high_opt ? _reflns.pdbx_d_res_low_opt ? _reflns.pdbx_d_res_opt_method ? _reflns.phase_calculation_details ? _reflns.pdbx_Rrim_I_all 0.2565 _reflns.pdbx_Rpim_I_all 0.0758 _reflns.pdbx_d_opt ? _reflns.pdbx_number_measured_all 1388278 _reflns.pdbx_diffrn_id 1 _reflns.pdbx_ordinal 1 _reflns.pdbx_CC_half 0.998 _reflns.pdbx_CC_star ? _reflns.pdbx_R_split ? _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs 0.2450 _reflns.pdbx_Rmerge_I_all ? _reflns.pdbx_Rsym_value ? _reflns.pdbx_CC_split_method ? _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_1_ortho[1] 1.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_1_ortho[2] 0.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_1_ortho[3] 0.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_2_ortho[1] 0.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_2_ortho[2] 1.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_2_ortho[3] 0.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_3_ortho[1] 0.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_3_ortho[2] 0.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_axis_3_ortho[3] 1.00000 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_1 4.71300 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_2 4.71300 _reflns.pdbx_aniso_diffraction_limit_3 4.56200 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_1_ortho[1] 1.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_1_ortho[2] 0.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_1_ortho[3] 0.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_2_ortho[1] 0.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_2_ortho[2] 1.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_2_ortho[3] 0.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_3_ortho[1] 0.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_3_ortho[2] 0.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvector_3_ortho[3] 1.0000 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvalue_1 17.1186 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvalue_2 17.1186 _reflns.pdbx_aniso_B_tensor_eigenvalue_3 0.0000 _reflns.pdbx_orthogonalization_convention pdb _reflns.pdbx_percent_possible_ellipsoidal 94.6 _reflns.pdbx_percent_possible_spherical 89.6 _reflns.pdbx_percent_possible_ellipsoidal_anomalous 94.6 _reflns.pdbx_percent_possible_spherical_anomalous 89.7 _reflns.pdbx_redundancy_anomalous 5.78 _reflns.pdbx_CC_half_anomalous -0.117 _reflns.pdbx_absDiff_over_sigma_anomalous 0.733 _reflns.pdbx_percent_possible_anomalous 94.6 _reflns.pdbx_observed_signal_threshold 1.20 _reflns.pdbx_signal_type 'local ' _reflns.pdbx_signal_details ? _reflns.pdbx_signal_software_id ? # loop_ _reflns_shell.d_res_high _reflns_shell.d_res_low _reflns_shell.meanI_over_sigI_all _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs _reflns_shell.number_measured_all _reflns_shell.number_measured_obs _reflns_shell.number_possible _reflns_shell.number_unique_all _reflns_shell.number_unique_obs _reflns_shell.percent_possible_obs _reflns_shell.Rmerge_F_all _reflns_shell.Rmerge_F_obs _reflns_shell.meanI_over_sigI_gt _reflns_shell.meanI_over_uI_all _reflns_shell.meanI_over_uI_gt _reflns_shell.number_measured_gt _reflns_shell.number_unique_gt _reflns_shell.percent_possible_gt _reflns_shell.Rmerge_F_gt _reflns_shell.Rmerge_I_gt _reflns_shell.pdbx_redundancy _reflns_shell.pdbx_chi_squared _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_all _reflns_shell.pdbx_netI_over_sigmaI_obs _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all _reflns_shell.pdbx_rejects _reflns_shell.pdbx_ordinal _reflns_shell.pdbx_diffrn_id _reflns_shell.pdbx_CC_half _reflns_shell.pdbx_CC_star _reflns_shell.pdbx_R_split _reflns_shell.percent_possible_all _reflns_shell.Rmerge_I_all _reflns_shell.Rmerge_I_obs _reflns_shell.pdbx_Rsym_value _reflns_shell.pdbx_percent_possible_ellipsoidal _reflns_shell.pdbx_percent_possible_spherical _reflns_shell.pdbx_percent_possible_ellipsoidal_anomalous _reflns_shell.pdbx_percent_possible_spherical_anomalous _reflns_shell.pdbx_redundancy_anomalous _reflns_shell.pdbx_CC_half_anomalous _reflns_shell.pdbx_absDiff_over_sigma_anomalous _reflns_shell.pdbx_percent_possible_anomalous 12.910 282.108 ? 28.08 65721 65721 ? 6059 6059 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.85 ? ? ? 0.0565 0.0171 ? 1 ? 0.999 ? ? 99.9 ? 0.0538 ? 99.9 99.9 99.7 99.7 5.56 -0.255 0.540 99.7 10.228 12.910 ? 27.49 65395 65395 ? 6064 6064 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.78 ? ? ? 0.0682 0.0207 ? 2 ? 0.999 ? ? 100.0 ? 0.0650 ? 100.0 100.0 100.0 100.0 5.47 -0.412 0.596 100.0 8.930 10.228 ? 23.26 64441 64441 ? 6060 6060 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.63 ? ? ? 0.0886 0.0272 ? 3 ? 0.999 ? ? 100.0 ? 0.0843 ? 100.0 100.0 100.0 100.0 5.38 -0.287 0.682 100.0 8.108 8.930 ? 18.52 66609 66609 ? 6062 6062 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10.99 ? ? ? 0.1220 0.0369 ? 4 ? 0.998 ? ? 100.0 ? 0.1163 ? 100.0 100.0 100.0 100.0 5.55 -0.235 0.715 100.0 7.525 8.108 ? 13.98 68402 68402 ? 6060 6060 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11.29 ? ? ? 0.1780 0.0532 ? 5 ? 0.995 ? ? 100.0 ? 0.1699 ? 100.0 100.0 100.0 100.0 5.70 -0.149 0.750 100.0 7.078 7.525 ? 9.60 69492 69492 ? 6060 6060 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11.47 ? ? ? 0.2842 0.0840 ? 6 ? 0.989 ? ? 100.0 ? 0.2714 ? 100.0 100.0 100.0 100.0 5.79 -0.083 0.761 100.0 6.723 7.078 ? 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TRP Q 33 VAL Q 38 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A GLU 311 OE2 ? ? ? 1_555 T CA . CA ? ? A GLU 288 A CA 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? ? metalc2 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 S TPP . O3A ? ? A MG 1301 A TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.730 ? ? metalc3 metalc ? ? Q MG . MG ? ? ? 1_555 S TPP . O1B ? ? A MG 1301 A TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? ? metalc4 metalc ? ? T CA . CA ? ? ? 1_555 C GLU 311 OE2 ? ? A CA 1304 C GLU 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? ? metalc5 metalc ? ? T CA . CA ? ? ? 1_555 E GLU 311 OE2 ? ? A CA 1304 E GLU 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.182 ? ? metalc6 metalc ? ? B GLU 311 OE2 ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? B GLU 288 B CA 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.952 ? ? metalc7 metalc ? ? B ASP 668 OD1 ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? B ASP 645 B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? ? metalc8 metalc ? ? B ASN 701 OD1 ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? B ASN 678 B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? ? metalc9 metalc ? ? B ILE 703 O ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? B ILE 680 B MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? ? metalc10 metalc ? ? U MG . MG ? ? ? 1_555 W TPP . O2A ? ? B MG 1301 B TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? ? metalc11 metalc ? ? U MG . MG ? ? ? 1_555 W TPP . O1B ? ? B MG 1301 B TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? ? metalc12 metalc ? ? X CA . CA ? ? ? 1_555 D GLU 311 OE2 ? ? B CA 1304 D GLU 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? ? metalc13 metalc ? ? X CA . CA ? ? ? 1_555 F GLU 311 OE2 ? ? B CA 1304 F GLU 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? ? metalc14 metalc ? ? C ASP 668 OD1 ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? C ASP 645 C MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? ? metalc15 metalc ? ? Y MG . MG ? ? ? 1_555 AA TPP . O1A ? ? C MG 1301 C TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.945 ? ? metalc16 metalc ? ? Y MG . MG ? ? ? 1_555 AA TPP . O3A ? ? C MG 1301 C TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? ? metalc17 metalc ? ? Y MG . MG ? ? ? 1_555 AA TPP . O1B ? ? C MG 1301 C TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? ? metalc18 metalc ? ? Y MG . MG ? ? ? 1_555 AA TPP . O2B ? ? C MG 1301 C TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? ? metalc19 metalc ? ? D ASP 668 OD1 ? ? ? 1_555 BA MG . MG ? ? D ASP 645 D MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? ? metalc20 metalc ? ? D ASN 701 OD1 ? ? ? 1_555 BA MG . MG ? ? D ASN 678 D MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? ? metalc21 metalc ? ? BA MG . MG ? ? ? 1_555 DA TPP . O1B ? ? D MG 1301 D TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? ? metalc22 metalc ? ? BA MG . MG ? ? ? 1_555 DA TPP . O3B ? ? D MG 1301 D TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? ? metalc23 metalc ? ? BA MG . MG ? ? ? 1_555 DA TPP . O2A ? ? D MG 1301 D TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? ? metalc24 metalc ? ? E ASP 668 OD1 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? E ASP 645 E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? ? metalc25 metalc ? ? E ASN 701 OD1 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? E ASN 678 E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.190 ? ? metalc26 metalc ? ? E ILE 703 O ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? E ILE 680 E MG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? metalc27 metalc ? ? EA MG . MG ? ? ? 1_555 GA TPP . O1A ? ? E MG 1301 E TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? ? metalc28 metalc ? ? EA MG . MG ? ? ? 1_555 GA TPP . O3B ? ? E MG 1301 E TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? ? metalc29 metalc ? ? HA MG . MG ? ? ? 1_555 JA TPP . O1A ? ? F MG 1301 F TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.440 ? ? metalc30 metalc ? ? HA MG . MG ? ? ? 1_555 JA TPP . O3A ? ? F MG 1301 F TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? ? metalc31 metalc ? ? HA MG . MG ? ? ? 1_555 JA TPP . O3B ? ? F MG 1301 F TPP 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.801 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 1167 A . ? ALA 1144 A PRO 1168 A ? PRO 1145 A 1 -1.99 2 ALA 1167 B . ? ALA 1144 B PRO 1168 B ? PRO 1145 B 1 -1.74 3 ALA 1167 C . ? ALA 1144 C PRO 1168 C ? PRO 1145 C 1 -1.80 4 ALA 1167 D . ? ALA 1144 D PRO 1168 D ? PRO 1145 D 1 -1.80 5 ALA 1167 E . ? ALA 1144 E PRO 1168 E ? PRO 1145 E 1 -1.79 6 ALA 1167 F . ? ALA 1144 F PRO 1168 F ? PRO 1145 F 1 -1.98 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 8 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 7 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 7 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 8 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 7 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 8 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 7 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 8 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 8 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 3 ? AE7 ? 5 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 8 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 3 ? AF4 ? 5 ? AF5 ? 6 ? AF6 ? 5 ? AF7 ? 5 ? AF8 ? 5 ? AF9 ? 2 ? AG1 ? 5 ? AG2 ? 5 ? AG3 ? 6 ? AG4 ? 5 ? AG5 ? 5 ? AG6 ? 5 ? AG7 ? 6 ? AG8 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? parallel AA6 5 6 ? parallel AA6 6 7 ? parallel AA6 7 8 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? parallel AB3 3 4 ? parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB3 6 7 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? parallel AB5 5 6 ? parallel AB5 6 7 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB7 5 6 ? parallel AB7 6 7 ? parallel AB7 7 8 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? parallel AC2 3 4 ? parallel AC2 4 5 ? parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC3 6 7 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? parallel AC6 4 5 ? parallel AC6 5 6 ? parallel AC6 6 7 ? parallel AC6 7 8 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? parallel AC7 3 4 ? parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? parallel AD1 4 5 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? parallel AD3 5 6 ? parallel AD3 6 7 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? parallel AD5 3 4 ? parallel AD5 4 5 ? parallel AD5 5 6 ? parallel AD5 6 7 ? parallel AD5 7 8 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? parallel AD9 3 4 ? parallel AD9 4 5 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? parallel AE3 3 4 ? parallel AE3 4 5 ? parallel AE3 5 6 ? parallel AE3 6 7 ? parallel AE3 7 8 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE4 2 3 ? parallel AE4 3 4 ? parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? parallel AE7 3 4 ? parallel AE7 4 5 ? parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? parallel AE9 3 4 ? parallel AE9 4 5 ? parallel AE9 5 6 ? parallel AE9 6 7 ? parallel AE9 7 8 ? anti-parallel AF1 1 2 ? parallel AF1 2 3 ? parallel AF1 3 4 ? parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? parallel AF4 3 4 ? parallel AF4 4 5 ? parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF5 4 5 ? anti-parallel AF5 5 6 ? anti-parallel AF6 1 2 ? parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF6 4 5 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF7 4 5 ? anti-parallel AF8 1 2 ? parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF8 4 5 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG1 4 5 ? anti-parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG3 4 5 ? anti-parallel AG3 5 6 ? anti-parallel AG4 1 2 ? parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG4 4 5 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG5 4 5 ? anti-parallel AG6 1 2 ? parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG6 4 5 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG7 4 5 ? anti-parallel AG7 5 6 ? anti-parallel AG8 1 2 ? parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG8 3 4 ? anti-parallel AG8 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE A 127 ? 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